서울고등법원 2021누68225 양도소득세부과처분취소 [제1-3행정부 2022. 7. 5. 선고] <조세> □ 사안 개요 - 원고는 A회사 주식 양도에 따른 양도소득세를 신고 납부하면서, 중소기업 주식에 대한 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 10% 세율을 적용함 - 피고(과세관청)는 세무조사를 통해 A회사 주식 중 44%를 B회사가 소유하고 있고, B회사는 자산총액 5천억 원 이상인 해외법인 C가 다른 해외법인들을 순차 통하여 100% 소유하고 있음을 밝혀내고, 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목의 20% 세율을 적용하여 양도소득세를 경정 고지함 □ 쟁점 동일 쟁점에 대하여 서울행정법원 2020구합60772 판결(항소기각 및 심불기각으로 확정)이 있으나, 서울고등법원 판결속보, 종합법률정보 등에 게재된 바는 없음 - 구 중소기업법 시행령(2013. 12. 30. 대통령령 제25050호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 나목의 최다출자자 판단시 간접소유를 포함하는지(적극) - 중소기업 판단의 기준 시점(= 양도일 직전 사업연도) □ 판단 - 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목의 문언에 더하여 개정경과와 입법 취지를 고려하면, 최다출자자를 판단함에 있어 ‘해당 기업의 주식등을 소유한 법인’에는 ‘해당 기업의 주식등을 간접소유한 법인’도 포함된다고 해석함이 타당함 ① 2009. 3. 25. 개정 시행령에서 간접소유의 경우까지 적용대상을 확대하였는데, 이는 규모가 큰 기업들이 중소기업에 대하여 실질적으로 지배적인 영향력을 행사하고 있음에도 간접소유라는 이유로 해당 중소기업이 소유와 경영의 실질적 독립성 기준을 충족하게 되는 문제점을 보완하기 위한 것임 ② 2011. 12. 28. 개정 시행령에서는 ‘최대주주’를 추가하였는데(이후 이 부분이 ‘최다출자자’로 개정됨), 이는 자산이 5,000억 원 이상인 국내외 대기업이 해당 중소기업 주식의 30퍼센트 이상을 보유한 경우라도 그 대기업이 최대주주가 아닌 경우에는 그 기업을 중소기업으로 인정함으로써 중소기업에 대한 투자유치를 원활히 하기 위한 것임 ③ 최다출자자가 반드시 하나의 기업 또는 한 사람으로 확정되어야 할 필요는 없음 - 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3 제1항, 제2항의 문언 및 해석상, 중소기업에 해당하는지 여부는 양도일의 직전 사업연도를 기준으로 판단하여야 함 [항소기각(원고패)]