가. 축협중앙회는 단순한 사법인이라 볼 수 없고 많은 공법인적 성격을 가지고 있으며, 특히 축협법 제111조는 따로 법률로 정하여서만 중앙회를 해산하도록 규정하고 있는데, 그 취지는, 축산업을 포함한 농업은 단순히 농민의 이익만을 위한 산업이 아니라 국민에 대한 식량공급을 담당하고 있는 산업으로서, 축협중앙회는 한편으로는 회원조합이나 그 조합원의 이익을 위하여 기능하기도 하지만, 다른 한편으로는 국가의 농업정책 수행을 보조하거나 이를 담당하는 기능도 아울러 지니고 있으므로, 해산에 관한 한, 중앙회 회원들끼리 함부로 중앙회를 임의해산하는 일이 없도록 하여 중앙회의 유지·존속을 꾀함과 아울러, 중앙회의 존속여부 및 해산방식에 관하여는 법 자체에서 입법자에게 광범위한 입법형성권을 유보하여 둔 것이라 볼 수 있다.
나. 경제정책적인 문제, 사회경제적인 문제에 대한 입법자의 입법행위는, 사회경제의 실태에 대한 정확한 기초자료의 파악과 그러한 입법행위가 가져올 영향 및 다른 사회경제정책 전체와의 조화를 고려하여야 하므로, 이러한 여러 가지 조건에 대한 적정한 평가와 판단은 사법적 판단보다는 입법자의 정책기술적인 재량에 맡기는 것이 바람직하고, 헌법재판소는 일단 입법자의 입법형성권을 존중하되, 다만 입법자가 그 재량범위를 일탈하여 현저히 불합리한 입법을 하는 경우에만 이에 개입하여 그 효력을 부인하는 것이 상당하다.
다. 농축협의 비효율성과 낭비적 요소를 제거함으로써, 농민 및 축산인의 지위를 보호하고, 나아가 국민경제의 균형있는 발전을 꾀하고자 하는 통합조항의 입법목적은 입법자가 추구할 수 있는 헌법상 정당한 목적이라 할 것이며, 농협중앙회 및 축협중앙회의 중복기능 및 불필요한 자산의 보유 등 낭비요소를 제거하기 위하여는 이들을 하나로 축소통합하는 것이 효과적이고 적절한 방법이며, 달리 가능한 합리적인 대안도 없다고 보인다.
라. 통합으로 인하여 얻어지는 이익은 모든 농축산인의 경쟁력 강화와 나아가서는 국민경제의 발전이다. 축협중앙회의 부실이 최악의 경우에 파산으로 이어진다면, 회원축협들도 동반 파산되어 우리나라의 축산업기반이 붕괴되는 결과를 낳게 될 것이고, 이는 축산인들만의 피해에 그치지 않고, 국민에 대한 식량공급에 지장을 초래할 수도 있다.
마. 비록 새 농업협동조합법이 청구인들의 결사의 자유, 직업의 자유, 재산권 등 기본권을 다소 제한한다고 하더라도, 그 정도가 과도하여 기본권제한의 목적·수단간의 비례성을 현저히 상실하였다고 보기 어렵고, 그 입법목적 및 통합이 지니는 고도의 공익성 등에 비추어 볼 때, 통합조항이 입법재량권의 범위를 현저히 일탈한 것이라고는 할 수 없다.