1) 처분사유의 위법 주장에 관하여 가) 이 사건 처분의 위법 여부 (1) 이 사건 신청지가 특구 밖에 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 특구 내에서 RPF 연료를 사용할 수 없다는 법제처의 법령해석은 이 사건 건축허가를 취소할 만한 정당한 사유가 될 수 없다. (2) 다른 공익상 필요가 없는 한 인근 주민들의 민원이 많다는 사정만으로는 이미 발한 이 사건 건축허가를 취소 또는 철회할 수 없다고 할 것인데, 아래 ‘(3)’항에서 보는 바와 같이 이 사건 건축허가를 취소할 만큼 특별히 공익상 필요를 인정할 만한 사정이 인정되지 아니한다. (3) 피고는 이 사건 발전소 설치로 주변 주택가와 특구 지역에 환경피해가 예상된다는 사유를 이 사건 처분을 하게 된 근거사유의 하나로 들고 있으나, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2의 각 기재에 의하면, 이 사건 발전소를 가동하기 위해서는 대기배출시설을 설치하여야 하고 이 사건 발전소에서는 먼지, CO, SO₂, NO₂, HCI, 매연, 다이옥신 등 오염물질이 배출되는데 대기배출시설을 설치하는 경우 그 배출되는 농도가 배출허용기준 이하인 사실을 인정할 수 있으며, 그 외 이 사건 발전소의 가동으로 인한 대기질의 오염정도와 인근 주민이나 특구 관계자들이 입게 될 피해의 정도를 특정할 수 있는 증거가 없다. (4) 그런데 갑 제4호증의 1 내지 13, 갑 제11호증의 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 재생에너지를 생산·공급하기 위해 2011년 6월 22일 설립되었고, 2011년 6월 27일 이 사건 발전소의 부지 등 관련 부동산을 43억 3000만 원에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하였으며, 이 사건 건축허가처분을 받은 후 위 부동산에 관한 소유권이전등기를 마친 사실이 인정된다. 그러므로 이 사건 건축허가 처분을 신뢰하고 위 부동산의 소유권을 취득한 원고로서는 이 사건 건축허가 처분이 취소되면 위 부동산을 당초 목적한 대로 사용하지 못하는 불이익을 입게 될 것이고, 위 부동산의 취득목적, 취득가액 등을 고려하여 볼 때 위와 같은 원고의 불이익이 작다고 보기는 어렵다. (5) 따라서 이 사건 발전소에서 배출될 오염물질의 농도가 배출허용기준 이하로 인정되고, 이 사건 발전소의 가동으로 인한 환경피해의 정도가 구체적으로 확인되지 아니하여 이 사건 건축허가를 취소할 만한 공익상의 필요가 어느 정도인지 확인할 수 없는 이상, 이 사건 건축허가를 신뢰한 원고가 이 사건 처분으로 입게 될 불이익을 정당화할 만큼 중대한 공익상의 필요가 있다고 보기 어려워, 피고의 이 사건 처분은 재량권을 일탈·남용하여 위법하다.

구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 법’이라 한다) 제59조의2 제3항과 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정된 구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 법’이라 한다) 제99조 제3항은 모두 양도가액에서 공제될 취득가액에 관하여 정의하거나 이를 대통령령에 위임하는 규정을 두고 있지 않아, 위 취득가액을 정의하고 있는 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 시행령’이라 한다) 제124조의2 제2항과 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부 개정된 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 시행령’이라 한다) 제140조 제2항은 해석규정이라 할 수 있는데, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 조세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추, 확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의의 원칙에 위반되는 점, 한편 개정 전 시행령 제124조의2 제2항에서 개정 전 법 제59조의2 제3항의 취득가액에 포함되는 금액의 하나로 규정하고 있는 ‘건설자금에 충당한 금액의 이자’와 관련하여 기본적으로 재고자산과 사업용 고정자산을 구별할 특별한 이유가 없음을 전제로 재고자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자도 양도가액에서 공제될 취득가액에 포함되는 것으로 보고 있고, 특별부가세에 있어서 재고자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 취득가액에 포함하여 양도가액에서 공제하는 것이 입법취지에도 부합하는 점, 개정 전·후 법에서 특별부가세와 관련하여 재고자산과 사업용 고정자산을 구별하는 규정을 두고 있지 않은데다가, 특별부가세에 있어서 양도가액에서 공제하는 취득가액에 관한 개정 전·후 법의 규정이 동일하고, 개정 후 시행령 제140조 제2항에서 취득가액에 포함되는 금액으로 ‘건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액’이 삭제되었으나, 그와 동시에 같은 항이 취득가액의 계산방식으로 준용하는 제72조 제2항 제2호 및 제4항 제2호에서 ‘건설자금에 충당한 차입금의 이자’와 ‘자본적 지출액’이 추가됨으로써 결국 특별부가세 과세표준 계산에 있어서 양도가액에서 공제하는 취득가액 중 위 두 가지 부분에 관하여는 개정 전·후 시행령의 규정이 실질적으로 동일한 점 등을 종합하여 보면, 개정 후 시행령 제140조 제2항 제1호에서 정하는 취득가액에는 사업용 고정자산뿐만 아니라 재고자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자도 포함된다고 할 것이다.

법인세법 제40조 제2항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 본문은 ‘상품 등 외의 자산의 양도로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날로 한다’고 규정하고 있는 점과 세무회계상 타인 발행의 주식인수는 투자자산의 매입에 해당하고, 이러한 투자자산의 손익의 귀속시기는 그 자산을 양도하고 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도인 점에 비추어, 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목 소정의 실권주 고가인수의 경우에도 취득가액 중 부인 대상인 시가초과액은 그 주식을 인수한 날이 속하는 사업연도의 법인의 과세표준에는 아무런 영향을 미치지 못하고, 다만 그 주식을 양도하고 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도에 귀속되어 동액 상당의 과세표준을 증액시키게 된다고 봄이 상당하다.