2021누70341 부가가치세부과처분취소 [제8-1행정부 2022. 9. 23. 선고] <조세> □ 사안 개요 - 원고는 A회사에 대한 납품대가로 A로부터 이 사건 제1어음(지급기일 2016. 4. 30.)과 이 사건 제2어음(지급기일 2015. 6. 30.)을 발행받았는데, 이 사건 제1, 2어음은 해당 지급기일에 각 부도처리 되었음 - 원고는 2015. 12. 8. A측에 어음금액의 40% 상당액을 지급받고 나머지 금액은 포기하는 내용의 채권부존재 확인서를 작성해 주었음 - 원고는 2016년 제1기 부가가치세 확정신고 시 변제받지 못한 나머지 60% 상당액(이 사건 제1, 2잔존 채권) 중 부가가치세 상당액에 대하여 대손세액 공제를 받고자 ‘대손세액공제신고서’를 제출하였음 - 피고는 원고의 대손세액 공제를 부인하고 원고에게 2016년 제1기 부가가치세를 경정·고지하였음(이 사건 처분). 이에 원고가 그 취소를 구한 사건 □ 쟁점 및 판단 - 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8. 2. 대통령령 제27433호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항, 구 법인세법 시행령(2016. 11. 29. 대통령령 제27619호로 개정되기 전의 것) 제19조의2 제1항에서 대손세액 공제 대상 채권을 한정적으로 규정한 것인지(적극) - 채권부존재 확인서를 통한 포기로 인하여 이 사건 제1, 2잔존 채권이 구 부가가치세법상 대손세액 공제 대상 채권에 해당하지 않게 되는지 [= 대손세액 공제제도를 규정하고 있는 구 부가가치세법 제45조의 입법 취지 등에 비추어, 이 사건 제1잔존 채권은 채권부존재 확인서 작성 당시 이미 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제9호에서 정한‘부도발생일부터 6개월 이상 지난 어음상의 채권’에 해당하여 여전히 대손세액 공제 대상 채권에 해당하나, 이 사건 제2잔존 채권은‘부도발생일부터 6개월 이상 지난’, 즉 대손이 확정된 날에 이르기 전에 포기하였으므로 이에 해당하지 않음] - 이 사건 제1잔존 채권에 대한 대손세액 공제 해당 과세기간 [= 법인세법상의 대손금과 부가가치세법상의 대손세액 공제가 그 제도와 목적을 달리하는 점 등에 비추어, 이 사건 제1잔존 채권에 대한 대손이 확정된 날은 이 사건 제1어음채권이 ‘부도발생일부터 6개월 이상 지난’ 시점인 2015. 11. 1.이므로, 대손세액 공제 과세기간은 구 법인세법 시행령 제19조의2에 따른 손금으로 계상한 날이 속하는 사업연도인 2016년이 아니라, 구 부가가치세법 제45조 제1항에 따른 그 대손이 확정된 날이 속하는 2015년 제2기 부가가치세 과세기간임] (원고패)

구 소득세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제134조 제1항의 입법취지는 종합소득 과세표준 확정신고기한이 경과한 후에 소득처분에 의하여 소득금액에 변동이 발생한 경우에는 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제70조 등에서 정한 원래의 종합소득 과세표준 확정신고기한 내에 그 변동된 소득금액에 대한 과세표준 및 세액을 신고·납부하는 것이 불가능하므로 그 과세표준 및 세액의 확정신고 및 납부기한을 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 유예하여 주려는 데 있는 점, 따라서 위 규정에 의한 추가신고 자진납부기한도 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 소정의 ‘법정신고기한’의 의미에 포함된다고 볼 수 있는 점, 그리고 구 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 감액경정청구제도의 취지 등을 종합하여 보면, 종합소득 과세표준 확정신고기한이 경과한 후에 소득처분에 의하여 소득금액에 변동이 발생하여 구 소득세법 시행령 제134조 제1항에 따라 과세표준 및 세액을 추가신고·자진납부한 경우 그에 대한 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 소정의 경정청구기간은 구 소득세법 시행령 제134조 제1항에서 정하는 추가신고·자진납부의 기한 다음날부터 기산된다고 볼 것이다.

양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정되는 점, 양도소득세과세표준 예정신고(이하 ‘예정신고’라 한다)를 이행한 경우에도 소득세법 제110조 제4항 단서, 소득세법 시행령 제173조 제4항 제1호 내지 제3호에 해당하는 때에는 반드시 양도소득세과세표준 확정신고(이하 ‘확정신고’라 한다)를 하여야 하는 점, 그 밖에 예정신고납부의 예납적 성격, 예정신고 및 자진납부의 불이행에 대하여 가산세가 부과되지 않는 점 등을 종합하여 보면 납세자가 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우에는 그 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸한다고 보아야 하고, 이에 따라 예정신고를 기초로 이루어진 징수처분 역시 효력을 상실한다고 보아야 한다.