Ⅰ. 대상판결의 사실관계 및 판결요지 1. 사실관계 소외 주식회사 코오롱티엔에스는 2002. 8. 21. 서울지방법원으로부터 회사정리절차 개시결정을 받았고 원고는 위 정리회사의 관리인으로 선임되었다.(이하 소외 회사, 정리회사 및 관리인을 모두 ‘원고’라 함) 서울지방국세청은 2001년경 원고에 대한 세무조사 결과 장부에 누락된 부외부채를 적발하여 과세자료를 통보하였고 피고 종로세무서장은 이를 근거로 원고에 대하여 2002. 10. 2. 1997년도부터 2001년까지의(2000년도 제외) 각 귀속법인세를 부과하였다. 이에 대하여 원고는 1998년도부터 2001년도까지 당초 법인세 신고 당시 지급이자, 임직원 상여, 기타비용 합계 23,433,179,508원 상당을 장부에 계상하지 않는 한편, 합계 13,700,000,000원 상당의 매출을 과다 계상 하였는바, 위와 같이 비용을 장부에 계상하지 않거나 매출을 과다 계상한 부분에 대하여 이를 해당 사업연도 소득을 계산함에 있어 손금산입 또는 익금불산입 하여야 하므로 이에 해당하는 법인세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하며 법인세부과처분취소의 소를 제기하였다. (원고는 2002. 12. 14. 피고의 2002. 10. 2. 부과처분에 불복하여 심판청구를 하여 국세심판원이 원고의 분식회계 관련부분에 대한 법인세 취소 심판 청구는 받아들이지 않은 채 부외부채가 운영자금으로 사용되었는지 여부를 재조사를 명하는 심판을 하였고 피고는 재조사를 실시하여 1998, 1999, 2001년도 귀속법인세 부과분에 대하여 추가경정처분을 하고 별도로 2000년도 귀속법인세를 부과, 고지하였다. 원고가 이에 대하여 본소를 제기하였는데, 일정한 기간을 과세단위로 하는 세목에 있어서 과세기간을 달리 하는 과세처분은 각기 독립한 별개의 처분이고 따라서 기존에 국세심판을 청구한 바 없는 2000년도 귀속법인세에 대하여 바로 소송을 제기한 것이 국세기본법 제 56조의 필요적 전심절차 규정을 위반하여 부적법하다는 점도 논점이 되었고 대법원은 이에 대하여 원심과 같이 2000년도 귀속법인세 증액경정처분의 기초된 사실관계와 법률상 쟁점에 대하여 이미 다른 사업년도 귀속법인세에 대한 국세심판시 필요한 심리가 마쳐졌다는 이유로 2000년도 귀속법인세 부분에 대한 취소청구도 적법하다고 판시하였으나 이 글에서는 이에 대하여 별도로 논하지 않는다.) 2. 대법원 판결요지 가. 실질과세의 원칙에 비추어 법인세의 과세소득을 계산함에 있어서 구체적인 세법적용이 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준으로 하여야 하는 것이다. 따라서 장부상 누락된 비용과 가공매출을 기초로 한 이 사건 부과처분은 모두 손금산입되거나 익금불산입되어야 할 부분을 제대로 반영하지 아니한 채 산정된 소득을 기준으로 한 것이어서 위법하다. 나. 법인이 분식결산에 터 잡아 법인세를 과다하게 신고·납부한 행위를 민법 제746조가 규정하고 있는 ‘불법의 원인으로 인하여 재산을 급여한 때’에 해당한다고 보기 어렵다. 다. 납세의무자가 자산을 과대계상하거나 부채를 과소 계상하는 등의 방법으로 분식 결산을 하고 이에 따라 과다하게 법인세를 신고, 납부하였다가 그 과다 납부한 세액에 대하여 취소소송을 제기하여 다툰다는 것만으로 신의성실의 원칙에 위반될 정도로 심한 배신행위를 하였다고 할 수 없고, 과세관청이 분식결산에 따른 법인세 신고만을 보고 이를 그대로 믿었다고 하더라도 이를 보호받을 가치가 있는 신뢰라고 할 수도 없다. Ⅱ. 판례의 검토 1. 실질과세의 원칙의 적용여부 조세법상 실질과세의 원칙은 조세법의 해석 및 적용에 있어 자주 원용되지만 실질적으로 조세법의 해석 및 적용에 있어 어떤 구체화원리로 작용하는지는 쉽게 답하기 어렵다. 국세기본법은 이와 관련하여 제14조에서 귀속에 관한 실질주의를 규정하고 있고, 법인세법도 제4조에 같은 내용의 규정을 두고 있다. 위와 같은 실질과세의 원칙을 해석하는데 있어 종래 거래 등을 경제적 관점에서 파악하여 그 경제적 효과에 기초한 과세를 하여야 한다는 경제적 실질설과 과세관계 역시 사법상의 거래관계를 전제로 하는 것인 이상 특별한 규정이 없는 이상 거래에서의 법 형식에 의하지 않고 경제적 관점에서 상정한 법 형식에 따라 과세하는 것은 허용될 수 없다는 법적 실질설이 대립하여 왔다. 그러나 국세기본법 또는 법인세법의 위 규정이 해석과 관련해서는 위와 같은 경제적 실질설과 법적 실질설의 전통적인 논의의 대립과는 차원을 달리하는 것으로서 국세기본법의 규정은 거래형식이나 소득의 귀속을 단순한 명의나 형식이 아닌 법적 실질에 의하여 판단하겠다는 사법상 당연한 원리를 세법적으로 확인한 것에 불과하다는 견해가 유력하다. 동견해에 의하면 실질과세의 원칙이 법의 해석원리인가 아니면 적용원리인가에 관한 논의도 있지만 그보다는 실질과세의 원칙이 법적 실질과 그 외관의 불일치가 있는 경우 그 해석·적용에 관한 문제에서부터 출발하는 것인지 아니면 법적 형식과 경제적 실질이 괴리된 상황에서 어느 정도 경제적 실질을 중시하여 법률을 해석·적용할 것인가의 문제를 그 대상으로 하는 것인가를 구별하는데 있다고 하는데 실질과세의 원칙의 작용에 관한 유용한 틀을 제시한 타당한 견해라고 생각된다. 가공의 매상을 계상하고 비용을 누락하여 분식회계를 하는 행위는 위와 같은 기준에서 본다면 실제 존재하지 않는 회사의 수익을 장부상으로만 허위로 기재하였다는 점에서 장부상의 외관과 법적 실질이 불일치하는 경우라 할 것이다. 있지도 않은 회사의 수익을 장부상으로만 계상하였다고 해서 장부상 회사의 수익을 기준으로 과세할 수 없고 실제의 회사의 수익을 기초로 과세하여야 한다는 것은 세법상의 당연한 기본원리라는 점에서 대법원이 장부상 누락된 비용과 가공매출을 기초로 한 이 사건 부과처분이 실질과세의 원칙에 비추어 위법이라고 판시한 것은 결론적으로는 타당하다고 하겠다. 2. 납세자에 대한 신의성실원칙의 검토 신의성실의 원칙은 공평의 관념에 근거한 일반법원칙이라는 점에서 납세자에 대하여도 신의성실의 원칙의 적용을 부정할 이유는 없다고 판단된다. 국세기본법 제15조가 ‘납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다’고 규정하고 있는 것도 선언적 규정이지만 같은 정신을 반영한 것으로 보인다. 또한 적용긍정설 중 납세자의 배신행위가 선행되고 그 후 관세관청이 신의성실의 원칙에 위반되는 행위를 한 경우에 한하여 납세자에 대한 신의성실의 원칙의 적용을 긍정하는 견해가 상정하는 상황은 과세관청에 대한 신의성실의 원칙의 적용으로 규율하면 될 것이므로 그러한 제한없이 납세자에게 신의성실의 원칙을 적용하는 것이 타당할 것이다. 다만, 조세관계에서 과세관청과 납세자의 지위를 동등하게 볼 수는 없으므로 납세자의 배신행위가 심히 부당한 경우에 한하여 납세자에게도 신의성실의 원칙을 적용해야 할 것이다. 생각건대, 과세관청이 법인의 과세신고만을 전적으로 신뢰하고 세금을 징수하는 것이 아니라는 점, 분식회계의 사회적 폐단과 분식회계를 한 법인에 대한 비난가능성이 인정된다 할지라도 그것만으로 명문의 규정도 없이 분식회계에 따라 과다하게 납부한 세금의 반환을 부정하는 것은 존재하지도 않는 가공의 소득에 대하여 납부한 세금을 우연한 사정에 따라 국가 보유하는 것을 인정하는 것이라는 점 등을 고려하면 법인이 분식회계에 따라 과다한 세액을 신고, 납부하였다가 이를 사후에 반환청구(경정 청구, 취소 심판 및 소송 포함)하는 사정만으로 이를 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수는 없을 것이다. 따라서 대상판결의 논지는 타당하다고 본다. 3. 분식회계에 대한 개정법상 신설조항의 평가 2003. 12. 30. 개정된 법인세법은 분식회계에 따라 초과하여 납부한 법인세에 대하여 법정기한 내에는 경정청구를 인정하지만, 특례규정을 두어 경정일이 속하는 사업연도의 개시일로부터 5년간 각 사업연도마다 납부하여야 할 법인세액에서 순차적으로 공제하도록 하며, 5년이 지나도 돌려 받을 금액이 남아 있는 경우 이를 일시에 지급하도록 하고 있다. 이는 분식회계에 따른 과납세액의 환급을 제한함으로써 분식회계 관행을 억제하려는 한편, 분식회계에 걸쳐 수년간에 걸쳐 과다하게 납부한 다액의 세금을 한꺼번에 환급하여야 함에 따른 재정의 불안정을 고려한 입법으로 보인다. 그렇지만, 분식회계에 따라 과다하게 납부된 세금은 애당초 국가가 보유할 권한이 없었던 금액이고 우연한 사정에 따라 국가가 보유하게 된 것일 뿐이라는 점, 재정의 주체인 국가가 정당한 세액에 초과하여 납부 받은 세액을 환급하면서 재정의 불안정을 원용할 여지는 없다는 점, 분식회계의 사회·경제적 폐단은 후술하는 민·형사상 책임으로 충분히 대처할 수 있다는 점 등을 고려하면 분식회계에 따라 과다하게 납부한 법인세에 대한 감액경정액에 대하여 국가가 이를 일시에 환급하지 않고 5년간에 걸쳐 납부해야 할 법인세에서 공제하고 남는 잔액에 한하여 환급하는 것은 분식회계에 대한 규제필요성을 감안한다 하더라도 일반적인 국세환급금에 비하여 지나친 차별이라 할 것이다. 따라서 감액 경정처분이 있는 경우 감액경정액을 일시에 환급하도록 관련 규정을 개정하는 것이 바람직하다고 생각된다. 다만, 일시에 환급하는 경우 국세환급가산금은 분식회계에 따라 세금을 과다하게 납부한 날부터가 아니라 감액경정처분이 있는 날부터 지급하도록 하는 것이 균형에 맞을 것이다.