한국철도공사는 철도산업발전기본법에 따라 국토해양부장관과 사이에 계약을 체결하였다. 위 계약에 따라 한국철도공사는 2008. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 ①운임감면(노인, 장애인, 국가유공자에 대한 운임감면), ②벽지노선 운영(철도이용수요가 적어 수지 균형을 맞추기 어렵지만 공익을 위하여 적자를 감수하고 운영), ③특별동차 운영(국가의 특수목적을 위하여 운영) 서비스를 제공하고(이를 “공익서비스”라 한다), 국토해양부장관은 위 공익서비스 운영과 관련된 비용 중 2,661억 원(억 단위 이하는 버린다)을 보상금으로 지급하였다. 한국철도공사는 2008년 제2기 부가가치세를 신고하면서(부가가치세는 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다), 공통매입세액(사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 말한다)으로 7,165억 원을 계산한 다음, 위 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액(이를 “매입세액 불공제액”이라 한다)의 계산방식과 관련하여, ‘공통매입세액’에서 ‘면세대상 및 과세대상 사업 공급가액’을 분모로, ‘면세대상 사업 공급가액’을 분자로 한 수를 곱한 금액으로 산정하여 이를 매출세액에서 공제하였다. 그런데, 대전지방국세청장은 한국철도공사를 세무조사하고, “한국도로공사에서 철도이용객에게 제공하는 공익서비스에 대한 비용은 국가가 지급하는 것으로 부가가치세법상 비과세대상에 해당한다. 위 공익서비스와 관련된 사업의 매입세액은 공제될 수 없다. 그럼에도 불구하고, 한국철도공사는 공통매입세액을 안분계산하면서 공익사업과 관련된 보상금을 반영하지 않아 매입세액이 과다하게 공제되었다.”라는 이유로 한국철도공사에 2008년 제2기 부가가치세와 가산세를 합한 57억 원을 경정, 고지하는 처분을 하였다. 이에, 한국철도공사는 위 경정, 고지하는 처분을 다투면서, 첫째, 위 공익서비스 보상금은 재화 또는 용역의 대가로서 거래상대방으로부터 받은 것이 아니기 때문에 부가가치세법에서 정한 공급가액에 해당되지 않고, 위 공익서비스 보상액은 과세표준에서 제외되는 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당한다. 둘째, 위 공익서비스는 과세사업 및 면세사업을 수행하면서 발생한 영업손실 중 일부를 용역제공의 상대방이 아닌 국토해양부장관으로부터 받는 것일 뿐이므로 비과세사업에 해당하지 않는다고 주장하였다. 한국철도공사에서 계산한 방식에 의하면 대전지방국세청에서 계산한 방식에 비하여 공통매입세액 중 매입세액 불공제액이 더 적게 산정되어(매입세액으로 공제되는 금액이 더 많게 된다) 결국 부가가치세 금액이 더 적어진다. 한국철도공사와 대전지방국세청의 견해 차이는 위 공익서비스 보상금의 부가가치세법상의 법적 성질을 어떻게 볼 것인지 여부에 대한 견해대립이다. 이에 대하여, 1심과 2심 재판부는 위 공익서비스는 비과세사업에 해당하고, 위 공익서비스 보상금은 국고보조금 등이 보조금 수혜자를 통하지 않고 사업자에게 재화 또는 용역의 공급의 대가로 지급된 것이므로, 이를 비과세사업의 수입금액으로 보아 공통매입세액을 안분하여 계산한 위 경정, 고지 처분은 적법하다고 판단하였다. 그러나 대법원은 달리 판단하였다. 위 공익서비스 이용자는 감면된 요금을 지급하거나, 실제 비용보다 낮은 대가를 지급하고 이용하고 있으므로 위 공익서비스를 직접 제공받는 자는 국가가 아니라 철도 이용자이다. 국가는 단지 국토해양부장관과 한국철도공사 사이에 체결된 계약에 따라 위 공익서비스에 대한 보상금을 지급할 뿐이다. 위 공익서비스 보상금의 성질을 이렇게 본다면, 위 공익서비스 보상금은 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아니라 한국철도공사의 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설, 운영자금에 해당한다는 것이다. 위와 같이, 위 공익서비스의 보상금을 국고보조금으로 본다면, 종전 대법원 판결(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등, 「사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다.」)에 따라 위 공익서비스 보상금은 부가가치세를 산정할 때 고려될 수 없다고 판단하였다. 임웅찬 변호사 (법무법인 도원)

- 대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두51788 판결 - 1. 사실관계 A공사는 면세사업인 도매시장관리사업과 과세사업인 부동산임대업 등을 겸영하면서 B시장의 시설현대화 사업을 3단계로 나누어 순차적으로 시행하는 계획을 입안하였다. A공사는 2011년에 1단계 사업에 착수하여 2015년경 건물 신축을 완료하였는데, 1단계 사업이 진행되는 중에는 1단계 사업부지에서 영업하던 상인들이 B시장의 2, 3단계 사업부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 함으로써 도매시장관리사업 및 부동산임대업 등을 계속 영위하였다. A공사는 2010년 제2기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세를 신고하면서 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 1단계 사업과 관련한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’)에 대하여 B시장의 사업장에서 발생한 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율(약 43~47%)로 안분하여 불공제대상인 면세사업 관련 매입세액을 계산하였다. 2. 거부처분의 경위 A공사는 이 사건 매입세액에 대하여 1단계 사업만을 기준으로 총예정사용면적 중 면세사업과 관련된 예정사용면적의 비율(약 7%)로 안분하여 불공제대상인 면세사업 관련 매입세액을 계산해야 한다는 이유로 감액경정을 청구하였다. 이에 대하여 과세관청은, 이 사건 매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산하여야 하고 A공사 주장처럼 예정사용사용면적의 비율을 적용하더라도 1~3단계 사업 전체를 기준으로 정해야 한다는 이유로 A공사의 감액경정청구를 거부하였다. 3. 소송의 경과 1심과 원심 모두 “A공사의 2010년 제2기부터 2013년 제1기까지의 매출은 종전 건물에서 발생된 것으로서 이 사건 매입세액과 관련이 없고, 이 사건 매입세액은 모두 1단계 사업에 따른 건물 신축과 관련하여 지출된 것으로서 해당 과세기준 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로, 이 사건 매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어서 1단계 사업에 따른 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율만을 기준으로 산정함이 타당하다”고 판단하였다. 4. 대상판결의 요지 대상판결은 “① A공사가 추진한 B시장 현대화 사업은 농수산물의 초과 반입 및 도?소매 시설의 혼재로 인한 혼잡과 유통비용의 증가를 해소하기 위해 3단계에 걸쳐 주요시설을 재건축하는 내용으로 진행된 점, ② A공사는 그 과정에서 기존 상인들의 영업이 일시에 중단되지 않고 계속 유지될 수 있도록 단계별 순환개발 방식을 택하여, 위 현대화 사업이 진행되는 단계에 맞추어 단일사업장인 B시장 사업장의 부지를 3분하여, 1단계가 진행되는 중에는 1단계 해당 부지에서 영업을 하던 상인들이 B시장 사업장 내의 다른 부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 한 점, ③ 이 사건 사업은 B시장 사업장 내의 시설을 현대화하는 등 기존 사업의 영업여건을 개선하기 위해 추진된 것인 점 등에 비추어 이 사건 과세기간 동안의 1단계 사업은 A공사가 같은 기간에 B시장 사업장 내에서 운영한 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 보기 어려우므로, 이 사건 매입세액은 B시장 사업장에서 발생한 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산함이 타당하다”는 이유로 원심판결을 파기환송하였다. 5. 평석 가. 공통매입세액의 계산에 관한 법리 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 과세사업에 관련된 매입세액만 공제되고 면세사업에 관련된 매입세액은 공제 받을 수 없다(부가가치세법 제38조, 제39조 제1항 제7호). 이 경우 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 매입세액 중 어느 매입세액이 과세사업에 관련되고 어느 매입세액이 면세사업에 관련되는지가 구분되면 실지 귀속에 따라 각각의 매입세액을 계산하나, 이와 달리 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대하여는 별도로 계산하여야 한다. 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하여 계산하는데(부가가치세법 제40조), 원칙적으로 면세사업에 관련된 매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산한다(부가가치세법 시행령 제81조 제1항). 다만, 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율 등을 적용하여 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하되, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공한 경우에 그 예정면적을 구분할 수 있을 때에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산한다(부가가치세법 시행령 제81조 제4항). 나.대상판결의 검토 및 의미 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 건물을 신축하거나 취득하여 과세사업 및 면세사업에 제공하는 경우에 건물 신축 등 사업과 관련하여 공급 받은 재화?용역의 가액에 대한 매입세액 계산방법을 둘러싸고 견해 대립이 있었다. 즉, 첫 번째 견해는 건물 신축 등 사업이 기존 다른 사업과 관련이 있으므로 전체를 하나의 사업으로 파악하여 과세사업과 면세사업의 공급가액이 있는 경우에 해당하는 것으로 보고 부가가치세법 시행령 제81조 제1항을 적용하여 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 계산하여야 한다는 것이고, 두 번째 견해는 건물 신축 등 사업이 기존 다른 사업과 관련이 없으므로 양자를 별개의 사업으로 파악하여 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하는 것으로 보고 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 제3호를 적용하여 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하여야 한다는 것인데, 이러한 견해 대립은 건물 신축 등 사업과 기존 다른 사업 사이의 관계를 어떤 기준으로 설정해야 하는지가 명확하게 확립되지 않은 데서 비롯된 것이다. 종전 판례는 “공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우에 그 부분이 사업 장소와 운영 실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없다면, 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다”고 판시함으로써 ‘공통매입세액이 발생한 사업 부분과 기존 다른 사업 부분 상호 간의 독립성 존재 여부’를 공통매입세액 안분계산 방법의 적용기준, 즉 부가가치세법 시행령 제81조 제1항과 같은 조 제4항 제3호의 적용기준으로 제시하였으나(대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두10714 판결 참조), 두 사업 부분 상호 간의 관계로서 독립성 존재 여부에 대한 판단기준을 구체적으로 제시하지 않아 올바른 공통매입세액 안분계산 방법을 선택하여 적용하는 데에는 한계가 있었다. 이에 대하여 대상판결은 “부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 근거하여 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액을 안분하는 것은 그 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성 있는 경우에 한하고, 그 각 사업 부분이 서로 분리·독립되어 있다면 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 것은 아니다. 이 경우 위 각 사업 부분이 서로 관련된 것인지 여부는 공통매입세액의 발생사유인 재화 등을 공급받은 경위와 목적, 사업운영의 형태, 공통매입세액과 공급가액이 발생한 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성 등 관련 사정을 종합적으로 고려하여 판단할 것이다”고 판시함으로써 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 기존 다른 사업 부분 상호 간의 관련성에 대한 구체적인 판단기준을 명확히 제시하였다. 대상판결은 위와 같은 법리를 토대로 A공사의 B시장 시설현대화 1단계 건물 신축 사업에 대하여는 B시장의 시설현대화 사업의 추진 경위와 목적, B시장의 시설현대화 사업과 기존 사업과의 관계, 과세기간 동안의 1, 2, 3단계 사업부지의 사용현황 및 상호관계 등을 종합적으로 고려하여, “A공사의 1단계 사업은 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업이 아니므로 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하지 않고, 따라서 이 사건 매입세액은 B시장 사업장에서 발생한 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산함이 타당하다”고 판단하였다. 대상판결은 매입세액 불공제 대상에 해당하는 면세사업에 관련된 매입세액은 해당 사업의 실질 및 기존 다른 사업과의 관련성에 중점을 두고 부가가치세법 시행령 제18조 제1항, 제4항이 규정하고 있는 공통매입세액 안분 계산방식을 적용해야 한다는 것으로서 세법의 해석 및 적용상의 공평 원칙에 부합하는 타당한 결론인데, 공통매입세액 안분 계산에 관한 부가가치세법 시행령 제81조 제1항, 제4항의 적용기준을 명확히 제시하였다는 점에서 의미가 있다.

- 대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두205 판결 1. 사건 개요 약국을 운영하는 원고는 약품회사에서 의약품을 구매하면서 카드결제를 하고, 결제대금의 3%에 해당하는 마일리지 또는 캐쉬백 포인트를 제공받았다. 구체적인 거래구조를 보면, 의약품 도매상인 A약품회사는 K은행과 ‘의약품 구매전용카드 발행특약’(이하 ‘이 사건 특약’)을 체결했다. 특약에 따르면, A약품회사가 원고를 K은행에 카드회원으로 추천하면, K은행은 원고에게 카드 연회비와 발급수수료를 면제하고 결제대금에다 A회사가 정한 적립율 3%를 곱해 산정되는 캐쉬백 포인트를 제공했다. B와 C약품회사 의약품을 구매할 때에는 H카드로 결제하면, H카드사가 B와 C회사로부터 가맹점 수수료 3.5%를 받아 그 중 3%를 마일리지 포인트로 원고에게 적립해 주는 방식이었다. 원고는 1억 7천만 원 가량 적립된 마일리지 중 약 1억 1천만 원(‘이 사건 쟁점금액’)에 대해 현금으로 지급받았는데, 과세당국은 종합소득세 신고를 하면서 쟁점금액을 누락하였다는 이유로 과세처분을 하였다. 원고는 이 처분에 불복해 소를 제기해 다퉜다. 2. 판결의 의미 소득세법에 따르면, “사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.”고 하고, 각 호에는 “도매 및 소매업에서 발생하는 소득”을 담고 있다(소득세법 제19조 제1항). 한편, 사업소득금액은 해당 과세기간의 ‘총수입금액’에서 사용된 ‘필요경비’를 공제한 금액으로 한다(같은 조 제2항). 이 대목에서 ‘총수입금액’ 산정이 문제된다. 소득세법 시행령 제51조 제3항은 “총수입금의 계산은 다음 각 호에 따라 계산한다.”고 하면서, 제2호에서 “거래상대방으로부터 받는 장려금 기타 이와 유사한 성질의 금액”은 총수입금액에 산입하고, 마지막 제5호에서는 “제1호, 제1호의2, 제1호의3, 제2호부터 제4호까지 및 제4호의2 외의 사업과 관련된 수입금액으로서 해당 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액”을 총수입금액에 산입한다고 정한다. 이 사건의 경우 마일리지가 장려금 기타 이와 유사한 성질의 금액이라고 하더라도 거래상대방으로부터 받은 것이 아닌데도 총수입금에 산입되는지 의문이 제기된다. 대법원은, 위 시행령 제51조 제3항 제2호는 ‘해당 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액’에 해당하는 경우 중 어느 하나를 구체적으로 정한 것이라는 이유로, 사업자가 거래상대방으로부터 직접 받는 장려금뿐만 아니라 제3자를 통해 간접적으로 받는 수입금액도 그 사업과 관련된 것인 이상 위 소득세법 시행령 제51조 제3항 제2호에서 정한 ‘거래상대방으로부터 받는 장려금 기타 이와 유사한 성질의 금액’으로서 그 사업의 태양에 따른 사업소득에 대한 총수입금액에 해당한다고 판시했다. 이러한 대법원 판시를 들어 신용카드 사용으로 얻는 마일리지를 현금화하면 항상 총수입금액에 산입된다고까지 일반화하기는 어렵다. 이 사건의 경우, 원고가 지급받은 마일리지를 지급한 실질주체는 K은행이나 H카드사가 아닌 A, B, C 약품회사였다는 점이 인정되었기 때문에, 거래상대방으로부터 받는 장려금 성격이 인정되었다. 만일 약품회사가 특약상 결제대금의 3.5%에 달하는 수수료를 지급하지 않았거나 캐쉬백 포인트를 부담하지 않았다면, K은행이나 H카드는 원고에게 마일리지 내지 포인트를 제공하지 않았을 것이다. 3%에 이르는 적립율은 다른 일반 신용카드에서 제공하는 비율에 비해 상당히 높은 적립율인데다, 이 사건 신용카드는 의약품 구매만을 위해 사용되었기 때문에, 원고에게 제공된 마일리지 액수는 의약품 도매상들이 가맹점 수수료 명목으로 부담한 금액과 비례하게 되어 결국 마일리지는 사업과 관련된 수입금액인 장려금의 성격이 인정된 것이다. 대법원은, 제3자를 통해 간접적으로 받는 수입금액도 해당 사업과 관련된 것인 이상 소득세법 시행령에서 정하는 총수입금액에 해당한다고 판시하면서도, 제3자를 통하여 받는 금액을 거래상대방으로부터 받는 것과 동일시할 수 있는 구체적 요건에 대해서는 분명히 판시하지 않은 한계가 있다. 제3자를 통해 받는 장려금 등을 과세대상 사업소득에 산입할 수 있다는 대법원의 입장을 받아들이더라도, 인정요건을 엄격히 해석할 필요가 있을 것이다. 장려금 등을 부담하는 실질적인 주체가 해당 사업 관련 거래상대방일 뿐 아니라 지급방식과 내용도 거래상대방이 정하는 경우로, 제3자는 단지 지급통로로 기능하는 경우에 한하여 총수입금액에 산입될 수 있다고 생각한다.

-대법원 2015. 7. 9. 선고 2013두16975 판결- 원고는 2002년 5월 경기도 하남시 일대 토지를 취득하였다가 1년이 지나지 않은 2002년 8월 최씨에게 팔고 위 토지의 양도가액을 2900여만 원으로 하여 양도소득세 신고를 하였다. 그런데 매수인인 최씨는 2년 뒤인 2004년 7월 위 토지를 다시 다른 사람에게 팔고 위 토지의 취득가액을 6700여만 원으로 하여 양도소득세 신고를 하였다. 피고 세무서장은 최씨가 위 토지의 취득가액으로 신고한 금액과 원고가 양도가액으로 신고한 금액이 다르다는 사실을 확인하고 2011년 6월 원고가 신고한 양도가액 2900여만 원을 부인하고 양도가액으로 6700여만 원을 적용하여 양도소득세를 다시 산정한 후 원고에게 3500여만 원을 추가로 부과하였다. 이에 반발한 원고는 과세처분의 효력을 다투며 소송을 냈다. 1심은 피고 산하 직원이 현지 부동산중개업소를 방문하여 2002년 당시의 시세를 조사한 결과 그 시세와 최씨가 신고한 취득가액이 유사한 점, 원고와 최씨가 이 사건에서 문제된 위 토지와 함께 거래한 부근 토지의 매매대금이 최씨가 신고한 취득가액과 유사한 점 등을 감안할 때 원고와 최씨 사이의 거래가액이 6700여만 원이라고 판단하여 원고 패소 판결을 하였다. 2심은 1심과 달리 원고와 최씨 사이의 거래가액이 2900여만 원이라고 판단하여 피고의 처분에 양도가액을 잘못 인정한 하자가 있다고 보았으나, 다른 한편으로 그 하자가 중대하고 객관적으로 명백하여 처분을 무효로 할 정도는 아니라고 보아 결국 원고 패소 판결을 하였다. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호는 원칙적으로 국세부과의 제척기간을 5년으로 규정하고, '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우'에는 제척기간을 10년으로 연장하고 있다(제1호). 대법원은 이 사건에서 피고의 과세처분은 제척기간 5년이 도과된 후에 이루어진 과세처분으로서 무효이고, 특별히 제척기간을 연장할 만한 사유도 없다고 하여, 원고 패소를 선고한 원심판결을 파기하였다. 이 사건에서 원고의 양도가액 신고가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 '사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈'한 경우에 해당하는지 여부가 문제된다. 대법원은 위 조항의 의미와 관련하여 "구 국세기본법 제26조의2 제1항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 '사기 기타 부정한 행위'라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다"는 입장을 견지하고 있다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결, 2013. 10. 11. 선고 2013두10519 판결 등). 대법원은 이 사건에서 원고로부터 토지를 매수한 자가 취득가액을 신고할 때 과거 원고가 신고한 양도가액보다 높은 금액으로 신고를 했다는 사정만으로는 '납세자가 사기 기타 부정행위로써 국세를 포탈'하려 한 것으로 볼 수 없다고 판단한 것으로 보인다. 여기에는 매수인의 취득가액 신고에 불구하고 당초에 있었던 원고의 양도가액 신고가 허위라고 볼 증거가 없다는 점이 고려된 때문으로 생각된다. 이는 제척기간 연장에 관한 위 국세기본법 조항의 해석과 관련하여 명시적으로 입장을 표명한 것은 아니지만 기존 판례의 입장을 확인한 것이라고 할 수 있다. 위 조항의 입법취지 및 위 조항이 납세자의 권리 또는 의무에 불이익을 주는 내용으로 '사기 기타 부정한 행위'의 해석에 있어 문언상 의미를 벗어나 부당하게 확대해석되어서는 안 되고 엄격하게 해석되어야 하는 점에 비추어 볼 때 타당한 판단이라고 하겠다.

주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 당해 법률의 시행령에 규정된 산식 및 동일한과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 2중으로 부과하지 않고자 하는 종합부동산세법령의 취지에 따라서 계산되어야 하고, 법령의 근거 없이 이에 반하여 규정된 시행규칙상 산식에 따라 산정하는 것은 적법하다고 볼 수 없다 -대법원 2015. 6. 23. 선고 2102두2986판결- 동일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 2중으로 부과하지 않기 위하여 종합부동산세법과 시행령 등에 규정된 시행령 계산법에 따라서 공제되는 재산세액의 범위를 산정하여야 함에도 불구하고, 국세청은 종합부동산세법 시행규칙상에 공정시장가액 비율을 적용하는 방식의 시행규칙 계산법을 따로 만들어 적용하는 방식으로 시행령 등 관련 법령이 규정하고 있는 것 보다 공제되는 재산세액의 범위를 축소하였는데, 이러한 재산세액 산정에 근거한 조세부과처분은 비록 시행규칙에 규정된 산식에 따른 것이라고 하더라도 적법하다고 볼 수 없다는 취지의 판결이 선고되었다. 이 사건에서 종합부동산세법 시행령에 규정된 재산세액 공제 계산방법에 의하면 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액과 같은 부분에 대한 종합부동산세액의 계산에 있어서 서로 중첩되는 부분을 산정하여 공제하여야 하고, 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다는 점 등을 종합하면, '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 하고, 2009년의 경우 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같았으므로 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 한다. 그런데 국세청은 이에 반하여 주택 등 종합부동산세액에서 공제할 각각의 재산세액을 구 종합부동산세법 시행규칙에서 정한 '(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식으로 산정하였다. 이에 대법원은 2005. 1. 5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있고, 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였으며, 이에 따라 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액에 관한 계산방법을 규정하였는데, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없는 한 시행령에 규정된 공제되는 재산세액의 계산방법이 일부 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소?변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다고 보고 있다. 대법원은 법령에서 행정처분의 요건 중 일부 사항을 부령으로 정할 것을 위임한 데 따라 시행규칙 등 부령에서 이를 정한 경우에 그 부령의 규정은 국민에 대해서도 구속력이 있는 법규명령에 해당한다고 할 것이지만, 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 하고, 따라서 어떤 행정처분이 그와 같이 법규성이 없는 시행규칙 등의 규정에 위배된다고 하더라도 그 이유만으로 처분이 위법하게 되는 것은 아니라 할 것이지만, 반대로 어떤 행정처분이 그 규칙 등에서 정한 요건에 부합한다고 하여 반드시 그 처분이 적법한 것이라고 할 수도 없으며, 이 경우 처분의 적법 여부는 그러한 규칙 등에서 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 9. 12. 선고 2011두10584 판결, 대법원 1992. 3. 31. 선고 91누4928판결 등 참조)고 판시하고 있다. 이러한 대법원의 입장은 법인세 부과처분이 근거를 둔 시행령의 규정이 모법인 법인세법의 규정 보다 납세자에게 불리한 방향으로 과세대상을 확장하거나 위임의 근거가 없는 경우에는 조세법률주의에 위반하여 무효라고 판단하는 입장과 일관되어 있다고 보인다(대법원 2012. 11. 22. 선고 2010두17564 전원합의체 판결). 결론적으로 이 판결은 조세부과처분이라는 이 사건 행정처분이 비록 이 사건 시행규칙의 규정에 따라서 이루어졌다고 하더라도, 그것이 납세자에게 불리한 방향으로 과세대상을 확장하거나 공제범위를 축소하는 등 조세부과처분의 실질적 결과가 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법규성이 있는 시행령 등 상위 법령의 규정에 위반되는 경우에는 조세법률주의 원칙에 따라서 이를 위법한 처분으로 보아야 한다는 것을 다시 확인하였다는 점에서 의미가 있다고 생각된다.