주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 당해 법률의 시행령에 규정된 산식 및 동일한과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 2중으로 부과하지 않고자 하는 종합부동산세법령의 취지에 따라서 계산되어야 하고, 법령의 근거 없이 이에 반하여 규정된 시행규칙상 산식에 따라 산정하는 것은 적법하다고 볼 수 없다 -대법원 2015. 6. 23. 선고 2102두2986판결- 동일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 2중으로 부과하지 않기 위하여 종합부동산세법과 시행령 등에 규정된 시행령 계산법에 따라서 공제되는 재산세액의 범위를 산정하여야 함에도 불구하고, 국세청은 종합부동산세법 시행규칙상에 공정시장가액 비율을 적용하는 방식의 시행규칙 계산법을 따로 만들어 적용하는 방식으로 시행령 등 관련 법령이 규정하고 있는 것 보다 공제되는 재산세액의 범위를 축소하였는데, 이러한 재산세액 산정에 근거한 조세부과처분은 비록 시행규칙에 규정된 산식에 따른 것이라고 하더라도 적법하다고 볼 수 없다는 취지의 판결이 선고되었다. 이 사건에서 종합부동산세법 시행령에 규정된 재산세액 공제 계산방법에 의하면 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액과 같은 부분에 대한 종합부동산세액의 계산에 있어서 서로 중첩되는 부분을 산정하여 공제하여야 하고, 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다는 점 등을 종합하면, '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 하고, 2009년의 경우 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같았으므로 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 한다. 그런데 국세청은 이에 반하여 주택 등 종합부동산세액에서 공제할 각각의 재산세액을 구 종합부동산세법 시행규칙에서 정한 '(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식으로 산정하였다. 이에 대법원은 2005. 1. 5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있고, 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였으며, 이에 따라 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액에 관한 계산방법을 규정하였는데, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없는 한 시행령에 규정된 공제되는 재산세액의 계산방법이 일부 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소?변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다고 보고 있다. 대법원은 법령에서 행정처분의 요건 중 일부 사항을 부령으로 정할 것을 위임한 데 따라 시행규칙 등 부령에서 이를 정한 경우에 그 부령의 규정은 국민에 대해서도 구속력이 있는 법규명령에 해당한다고 할 것이지만, 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 하고, 따라서 어떤 행정처분이 그와 같이 법규성이 없는 시행규칙 등의 규정에 위배된다고 하더라도 그 이유만으로 처분이 위법하게 되는 것은 아니라 할 것이지만, 반대로 어떤 행정처분이 그 규칙 등에서 정한 요건에 부합한다고 하여 반드시 그 처분이 적법한 것이라고 할 수도 없으며, 이 경우 처분의 적법 여부는 그러한 규칙 등에서 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 9. 12. 선고 2011두10584 판결, 대법원 1992. 3. 31. 선고 91누4928판결 등 참조)고 판시하고 있다. 이러한 대법원의 입장은 법인세 부과처분이 근거를 둔 시행령의 규정이 모법인 법인세법의 규정 보다 납세자에게 불리한 방향으로 과세대상을 확장하거나 위임의 근거가 없는 경우에는 조세법률주의에 위반하여 무효라고 판단하는 입장과 일관되어 있다고 보인다(대법원 2012. 11. 22. 선고 2010두17564 전원합의체 판결). 결론적으로 이 판결은 조세부과처분이라는 이 사건 행정처분이 비록 이 사건 시행규칙의 규정에 따라서 이루어졌다고 하더라도, 그것이 납세자에게 불리한 방향으로 과세대상을 확장하거나 공제범위를 축소하는 등 조세부과처분의 실질적 결과가 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법규성이 있는 시행령 등 상위 법령의 규정에 위반되는 경우에는 조세법률주의 원칙에 따라서 이를 위법한 처분으로 보아야 한다는 것을 다시 확인하였다는 점에서 의미가 있다고 생각된다.