- 대법원 2017. 4. 20. 선고 2015두45700 전원합의체 판결- Ⅰ. 들어가며 대법원은 2017. 4. 20. 선고한 2015두45700 전원합의체 판결로 세 번의 과오를 바로 잡았다. 첫째, 대법원 2009. 3. 19. 선고 2006두19653 판결에서 이미 무효라고 판단한 부분을 여전히 남겨둔 대통령령의 잘못을 바로 잡았다. 둘째, 위법한 시행령에 근거해 조세를 부과해 온 과세당국의 그릇된 처분을 취소했다. 셋째, 합헌적 해석을 외면하고 법률과 시행령을 형식적으로 해석한 원심판결을 파기했다. 뒤늦게나마 조세법률주의를 구현한 판결로 의미가 크다. Ⅱ. 첫 번째 과오, 위헌인 대통령령 구 상속세 및 증여세법(이하, ‘상증세법’) 제41조는 특정법인이 재산을 무상제공 받아 최대주주 등이 ‘이익을 얻은 경우’에 증여세를 부과하는 기준이 되는 ‘이익의 계산’ 방법을 대통령령, 즉 시행령에 위임하고 있었다. 같은 법 시행령 제31조 제6항은 최대주주 등이 이익을 얻었는지 따지지 않고 특정법인이 얻은 이익을 ‘주주 등이 얻은 이익’으로 간주해 증여세 납세의무를 부담하도록 정했다. 최대주주 등은 실제 이익을 얻은 바 없더라도 증여세 납부의무를 부담하게 되는 문제가 생겼다. 대법원은 위 시행령은 모법의 규정 취지에 반할 뿐 아니라 위임범위를 벗어나 무효라고 판시했다(대법원 2009. 3. 19. 선고 2006두19693 전원합의체 판결). 무효가 된 시행령은 이상한 방식으로 살아남았다. 2010. 1. 1. 모법의 ‘이익’이라는 문언이 ‘대통령령으로 정하는 이익’으로 개정됐다. 이제 ‘이익’을 대통령령으로 정할 수 있게 되었다는 이유로 최대주주 등이 실제로 이익을 얻었는지와 무관하게 여전히 증여세를 부과할 수 있는 시행령 규정이 존속하게 되었다. 대법원 판결의 취지에 따라 시행령을 개정하지 않고 오히려 법률을 개정해 무효인 시행령을 유지시키려 한 시도는 위헌적인 공권력 행사였다. Ⅲ. 두 번째 과오, 과세당국의 위법한 처분 2010. 1. 1. 상증세법 개정 이후에도, 납세의무자가 아무런 이익을 얻지 못했다면 증여세를 부과할 수 없고, 개정 법률 조항에서도 다르지 않다. 개정 법률이 부과하는 증여세 조항 역시 특정법인에 대한 재산의 무상제공으로 주주가 이익을 얻었음을 전제로 하는 규정으로 보아야 한다. ‘대통령령으로 정하는 이익’의 의미는 어디까지나 이익이 있을 때 그 이익의 계산방법을 대통령령으로 정할 수 있다는 의미다. 이익이 없는데도 이익이 있다고 대통령령으로 간주할 수 있다는 뜻은 아니다. 그렇기 때문에 결손법인에서 주주가 보유한 주식의 가액이 증가하지 않은 경우라면, 증여된 이익 자체가 없으므로 여전히 증여세를 부과할 수 없다. 과세당국으로서는 주주가 실제로 이익을 얻었는지를 조사해 이익을 얻은 때에 한해 과세처분을 했어야 했다. 그럼에도 과세당국은 2010. 1. 1. 상증세법 개정을 이유로 시행령 조항의 효력이 유지된다면서, 아무런 이익을 얻지 않은 결손법인 주주들에게도 수억 원 혹은 수십억 원의 과세처분을 했다. 실질 이익을 얻지 않은 주주들은 증여세를 납부해야 한다는 인식이 없는 경우가 많았다. 세무조사 결과 과세처분이 내려지는 사례가 빈번했다. 과세당국이 과오를 반복해 빚어진 위법한 납세처분이 끊이지 않았다. Ⅳ. 세 번째 과오, 하급심의 위헌적 해석 위법한 과세처분에 대해 하급심 법원도 제동을 걸지 못했다. 서울행정법원 2016. 4. 7. 선고 2015구합74586판결과 같이 시행령 조항을 무효로 판단하고 과세처분을 취소한 판결이 있었으나, 항소심에서 취소되었다(서울고등법원 2016. 9. 22. 선고 2016누44362판결). 이 사건 원심인 서울고등법원 2015. 5. 19. 선고 2014누68715 판결처럼 과세처분이 적법하다고 보는 판결례만 쌓여갔다. 하급심 판결들은, 개정된 모법의 문언을 보면 주주가 얻은 이익을 계산하는 일뿐만 아니라 어떤 때 주주가 이익을 얻었다고 볼 것인지도 대통령령에 전부 위임하는 취지라고 판시했다. 모법에 ‘대통령령으로 정하는 이익’이라는 위임의 근거가 새로 마련됨으로써 시행령은 더 이상 무효가 아니라는 입장을 취했다. 어떤 경우에 주주가 이익을 얻었다고 할 것인지에 대해서까지 시행령에서 정할 수 있다는 의미는, 주주가 실제 이익을 얻는 바 없더라도 이익을 얻었다고 간주하여 증여세를 부과할 수 있다는 뜻으로까지 확대됐다. 서울고등법원은, 모법에서 ‘대통령령으로 정하는 이익’이라고 한 취지는, 특정법인에 재산을 무상제공하는 것과 같은 거래를 통해 최대주주가 실제로 이익을 얻었는지 여부와 관계없이 시행령에서 규정한 이익을 얻었고 이를 증여받은 것으로 간주한다는 의제규정으로 보아야 한다는 점을 분명히 했다(서울고등법원 2016. 9. 22. 선고 2016누44362판결 등). 이익이 전혀 없는데도 이익이 있다고 취급해 과세할 수 있다는 놀라운 해석이다. 물론 개정 법률 조항의 취지 자체는 이해할 만하다. 결손금이 있는 특정법인의 주주 등과 특수관계에 있는 자가 특정법인에 재산을 증여하는 등 일정한 거래를 함으로써 특정법인은 그 증여가액을 결손금으로 상쇄하여 증여가액에 대한 법인세를 부담하지 않도록 하면서도 특정법인의 주주 등에게는 이익을 얻게 하는 변칙증여에 대해 증여세를 과세하기 위해 마련되었다는 목적의 정당성은 인정될 것이다. 그렇다고 하더라도, 특정법인에 대한 재산의 무상제공 등으로 주주가 증여재산에 해당하는 실제 이익 얻은 경우에 과세할 수 있다는 기본 전제까지 무너뜨릴 수는 없다. 여기서 재산의 무상 제공 등의 상대방이 특정법인인 이상 주주 등이 얻을 수 있는 ‘이익’은 특정법인 주식 등의 가액 증가분 외에 다른 이익을 상정하기 어렵다. 비록 ‘대통령령으로 정하는’이라는 문구가 추가되었더라도 모법의 의미는 특정법인의 주주 가 이익을 얻었음을 전제로 하여 그 이익, 즉 ‘주주 등이 보유한 특정법인 주식 등의 가액증가분’의 정당한 계산방법에 관한 사항만을 대통령령에 위임한 규정이라고 보아야 한다. 원심과 같이 시행령 조항을 기계적으로 해석하면, 거래 전후 1주당 순자산가치가 모두 부수(-)로 산정돼 소유한 주식 가치가 상승하였다고 보기 어려운 경우에도 이익을 얻었다고 간주된다. 증여가액 또는 채무면제액 등 거래로 인한 가액을 주식수로 나눈 금액이 곧바로 과세표준이 되는 증여재산가액이 된다. 이처럼 법인이 얻은 이익을 주주 각자의 지분비율만큼 주주가 받은 이익으로 의제하는 것은 법인과 주주가 준별되는 우리 법체계와 모순된다. 법인이 얻은 이익과 주주의 지분가치 상승분을 동일시할 수 없다는 점에서도 부당하다. 결국 이 사건 과세처분의 근거가 된 시행령 조항은, 모법에서 위임한 범위를 넘어서서 증여세 과세요건을 창설한 셈이다. 조세법률주의를 규정한 헌법 제38조, 제59조 및 위임입법의 한계를 정한 헌법 제75조에도 반한다. 주주 등이 실질적인 이익을 얻지 못하였음을 증명한 경우에도 이익이 의제되어 증여세 과세가 가능하다는 점에서는 헌법 제23조에서 보장하고 있는 재산권을 침해한다고도 볼 수 있다. 그럼에도 하급심 법원에서 위헌인 시행령의 효력을 인정하는 판단이 거듭된 일은 퍽 아쉬운 대목이다. Ⅴ. 나오며 이 사건에는 과오가 하나 더 숨어있다. ‘대통령령으로 정하는’이라는 문구를 모법에 추가함으로써 시행령의 위헌성을 가려보려고 했던 입법자의 잘못이다. 헌법재판소는, 특수관계에 있는 자로부터 현저히 저렴한 대가로써 “대통령령이 정하는 이익”을 받은 자에 대하여 그 이익에 상당하는 금액을 증여받았다고 의제한 구 상속세법 제34조의4는 조세법률주의에 위반되고 위임입법의 한계마저 일탈했다고 판시했다(헌법재판소 1998. 4. 30. 선고 95헌바55결정). 법률에서 단지 ‘대통령령이 정하는 이익을 받은 자’로만 규정하고 구체적인 내용은 대통령령에 위임해 버리면, 납세의무자인 일반 국민으로서는 과연 어떤 행위로 인한 어떤 이익에 대해 증여세가 부과될 것인지를 법률만 보아서는 합리적으로 예측할 수 없게 된다고 지적했다. 증여세의 과세대상 내지 과세물건을 법률로 특정하였다고 보기 어렵게 된다. 조세법률주의를 정한 헌법 제59조 위반이다. 납세의무의 본질적 내용을 하위법령에 포괄위임하고 있으므로 위임입법의 한계를 정한 헌법 제75조에도 어긋난다. 이 사건에서도 입법자가 만일 헌법재판소의 결정을 고려해 모법을 개정했다면, 단지 ‘대통령령으로 정하는’이라는 문구만 추가함으로써 무효로 판단된 시행령을 유지하려 하지 않았을 것이다. 과세당국 혹은 하급심 법원에서 과세의 근거가 되는 모법 조항을 합헌적으로 해석하지 않은 잘못을 탓하기에 앞서, 입법자가 법률을 개정할 때에 실제 이익이 있는 경우 과세가 된다는 조세법의 내재적 한계를 법률에 분명히 못 박지 않은 과오가 애초에 있었다. 입법자부터 과세당국, 하급심 법원에 이르기까지 거듭되는 잘못 속에 납세처분을 받은 이들의 고통만 깊어가고 있었다. 늦게나마 조세법률주의 원칙이 확인되어 다행이다.

명의신탁 등 타인의 명의를 빌려 법률행위를 하는 경제활동은 다양한 목적과 형태로 우리나라에서 오랜 관행으로 인정되어 왔다. 대법원도 종중 재산문제로 인정된 일제 강점기의 명의신탁이론을 해방이후에도 그대로 인정하여 왔다. 그럼에도 불구하고 타인의 명의를 빌려 법률행위를 하는 게 왜 문제가 될까? 조세포탈이나 조세회피 및 각종 공법적 규제의 회피수단, 강제집행면탈 등 탈법적 수단으로 사용되기 때문이다. 그래서 이에 대한 규제책으로 금융실명제를 도입하여 예금명의자를 예금주로 보고 있고, '부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률'을 제정하여 부동산명의신탁의 효력을 전면 부인하고 있다. 어느 경우든 명의자를 소유자로 보겠다는 것이다. 그렇다면 주식명의신탁의 경우도 동일한 논리여야 할 것이다. 그런 점에서 명의신탁 효력이 무효라는 2011. 9. 22. 선고된 대전고등법원 판결이 주목을 받았다. 이에 대해 과연 대법원이 어떻게 판단할 지 기대되었다. 최근 2015. 3. 10. 대법원 판결이 선고되었다(2011두26046 판결). 그러나 기대와는 달리 명의신탁의 효력이 무효라는 원심의 판단에 대한 아무런 언급 없이 단지 실질과세원칙만을 강조하여 명의를 빌린 자가 주주라는 결론을 내렸다. 주주 여부는 그 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 판단한다는 것뿐이었다. 대법원의 고민이 느껴진다. 현재 우리나라는 종교계뿐만 아니라 다양한 경제주체들이 차명부동산과 차명주식을 보유하고 있는 실정이다. 그러니 대법원 입장에선 상당히 신중할 수밖에 없었을 것으로 보인다. 이 사건의 경우 갑이 회사를 설립하면서 주식 100% 중 95%는 자신이 보유하고 나머지 5%는 친구에게 양도하면서 친구와는 자신의 의사에 따라 의결권을 행사하고, 요청이 있으면 즉시 주식을 반환한다는 '주식명의신탁약정'을 체결해 놨다. 갑은 그 후 5년 내에 친구로부터 다시 양도 받아 주식 100%를 보유하게 되었는데 이에 대하여 과세관청은 갑의 주식 소유비율이 이전보다 5% 증가되었으므로 그에게 간주취득세를 부과하였다. 그러자 갑은 회사 설립시부터 자신의 소유였던 주식을 반환 받은 것에 불과하므로 새롭게 취득한 것이 아니라고 주장하였다. 이에 대하여 원심은 과세관청의 손을 들어주었다. 그 근거는 현행법상 명의신탁을 유효로 볼 근거법령은 어디에서도 찾아볼 수 없고, 오히려 민법 제103조의 사회질서에 반하는 법률행위로서 무효이거나 민법 제108조의 통정허위표시로서 무효이거나, 민법 제186조 물권변동에 관한 형식주의를 취하는 현행 물권법체계에서도 허용될 수 없으므로 주식명의신탁은 무효라는 점을 전제로 한 후 상법상 주식인수의 요식성 및 외관주의 이념, 민법상 의사표시에 관한 표시주의 원칙, 자기책임의 원칙을 근거로 하여 명의자를 주주로 봐야 한다고 판단하였다. 원심은 오히려 명의자를 주주로 보는 것이 주식명의신탁을 악용한 탈세·탈법행위를 방지하고 주식인수거래의 정상화, 투명화를 도모하기 위해서라도 절실히 요구된다고 하였다. 오히려 대법원이 명의신탁을 유효로 보기 때문에 악용을 방지하고자 여러 대책들이 강구되고 그게 또 문제가 되는 현실을 볼 때 원심판결이 주는 메시지가 더 크다고 생각한다. 상속세및증여세법상의 명의신탁 증여의제 규정이 그 예이다. 명의신탁을 통해 조세회피를 하면 수탁자에게 과징금이 아니라 증여세라는 세금을 과세하여 이를 막겠다는 발상으로 입법이 되었다. 그러나 세정현실에선 오히려 경제적 약자에 대한 가혹한 세금폭탄으로 변질이 되어 그 위헌성이 계속 주장되고 있다. 예를 들면, 갑은 첫 직장으로 들어간 회사의 사장 을에게 증권계좌를 만들어 주었는데, 을은 갑의 증권계좌로 주식을 취득하고 양도하는 주가조작을 하였다. 이 경우 소득의 실질은 누가 봐도 을에게 있고 갑에게 이익이 없음에도, 세법은 이익이 을에게서 갑으로 증여된 것으로 보아 경제적 약자인 갑에게 수억 원의 증여세를 과세하는 게 다반사다. 경제적 약자에게 수억 원의 세금을 부과해 봐도 그들은 세금부담능력이 애당초 없는 사람들이다 보니 징수실익도 없음에도 불구하고 그들을 이용하는 사람보다 이용당하는 사람들의 고통만 가중되기도 한다. 실질이 없는데도 과세하는 것은 실질과세원칙에 반하는 것이라고 의문을 제기해도 명의신탁 증여의제 규정에서는 예외를 인정한 것이라고 한다. 그런데도 소유의 실질은 변함없이 신탁자에게 있다는 게 판례다. 한마디로 실질과세원칙은 법리의 일관성 보다는 형식과 실질이 분리하여 조세회피하는 경우를 원천적으로 막아 세수확보를 하겠다는 게 입법취지다. 그렇다면 더더욱 명의신탁을 무효로 봐야 하지 않을까 싶다. 무효라면 명의자가 자기 소유라는 주장을 할 수 없기 때문에 함부로 명의신탁을 악용할 수 없을 것이다. 세정현실에선 실질과세원칙이 '일반조항으로 도피'처럼 구체적인 개별세법의 근거를 제시하지 않아도 이 원칙만을 내세워 만병통치약처럼 남용하는 경우가 적지 않다. 과세관청은 거의 대부분 돈의 흐름만을 추적하여 실질을 판정하고 있지만 과연 실질의 개념에 대해 진지하게 고민한 사람이 얼마나 있을까 의문이다. 갑이 자기 돈으로 취득한 재산을 임대하고 양도한 경우 그 대금을 추적한 결과 대부분의 돈이 갑을 거쳐 을에게 흘러가고 그 중 일부가 배우자 병에게 흘러들어간 사실이 확인된 경우 실무에선 을에게 실질과세원칙을 적용하는 방법은 간단하다. 돈의 대부분이 을에게 귀속되었다고 보면 된다. 갑이 취득하고 임대하고 양도한 법률행위에 대해서는 을이 갑에게 명의신탁한 것으로 보인다고 하면 된다. 그래서 실질과세원칙상 을이 납세의무자가 된다고 하는 식이다. 과세가 참 쉽다. 조세법률주의가 정착되기 이전에는 과세하기 위해선 경제적 실질만으로 판단할 수밖에 없었지만 과연 21세기가 지나는 지금도 그와 같은 전근대적 상황인지 의문을 제기하고 싶다. 조세법률주의가 확립된 이제는 대법원도 명의신탁의 효력이 유효인지 무효인지 여부와 실질과세원칙의 실질의 개념이 과연 법적 실질인지 경제적 실질인지 여부를 구분하여 확실히 판단해주는 게 시급하다고 본다. 실질과세원칙은 도깨비 방망이다.

-대법원 2015. 7. 9. 선고 2013두16975 판결- 원고는 2002년 5월 경기도 하남시 일대 토지를 취득하였다가 1년이 지나지 않은 2002년 8월 최씨에게 팔고 위 토지의 양도가액을 2900여만 원으로 하여 양도소득세 신고를 하였다. 그런데 매수인인 최씨는 2년 뒤인 2004년 7월 위 토지를 다시 다른 사람에게 팔고 위 토지의 취득가액을 6700여만 원으로 하여 양도소득세 신고를 하였다. 피고 세무서장은 최씨가 위 토지의 취득가액으로 신고한 금액과 원고가 양도가액으로 신고한 금액이 다르다는 사실을 확인하고 2011년 6월 원고가 신고한 양도가액 2900여만 원을 부인하고 양도가액으로 6700여만 원을 적용하여 양도소득세를 다시 산정한 후 원고에게 3500여만 원을 추가로 부과하였다. 이에 반발한 원고는 과세처분의 효력을 다투며 소송을 냈다. 1심은 피고 산하 직원이 현지 부동산중개업소를 방문하여 2002년 당시의 시세를 조사한 결과 그 시세와 최씨가 신고한 취득가액이 유사한 점, 원고와 최씨가 이 사건에서 문제된 위 토지와 함께 거래한 부근 토지의 매매대금이 최씨가 신고한 취득가액과 유사한 점 등을 감안할 때 원고와 최씨 사이의 거래가액이 6700여만 원이라고 판단하여 원고 패소 판결을 하였다. 2심은 1심과 달리 원고와 최씨 사이의 거래가액이 2900여만 원이라고 판단하여 피고의 처분에 양도가액을 잘못 인정한 하자가 있다고 보았으나, 다른 한편으로 그 하자가 중대하고 객관적으로 명백하여 처분을 무효로 할 정도는 아니라고 보아 결국 원고 패소 판결을 하였다. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호는 원칙적으로 국세부과의 제척기간을 5년으로 규정하고, '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우'에는 제척기간을 10년으로 연장하고 있다(제1호). 대법원은 이 사건에서 피고의 과세처분은 제척기간 5년이 도과된 후에 이루어진 과세처분으로서 무효이고, 특별히 제척기간을 연장할 만한 사유도 없다고 하여, 원고 패소를 선고한 원심판결을 파기하였다. 이 사건에서 원고의 양도가액 신고가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 '사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈'한 경우에 해당하는지 여부가 문제된다. 대법원은 위 조항의 의미와 관련하여 "구 국세기본법 제26조의2 제1항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 '사기 기타 부정한 행위'라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다"는 입장을 견지하고 있다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결, 2013. 10. 11. 선고 2013두10519 판결 등). 대법원은 이 사건에서 원고로부터 토지를 매수한 자가 취득가액을 신고할 때 과거 원고가 신고한 양도가액보다 높은 금액으로 신고를 했다는 사정만으로는 '납세자가 사기 기타 부정행위로써 국세를 포탈'하려 한 것으로 볼 수 없다고 판단한 것으로 보인다. 여기에는 매수인의 취득가액 신고에 불구하고 당초에 있었던 원고의 양도가액 신고가 허위라고 볼 증거가 없다는 점이 고려된 때문으로 생각된다. 이는 제척기간 연장에 관한 위 국세기본법 조항의 해석과 관련하여 명시적으로 입장을 표명한 것은 아니지만 기존 판례의 입장을 확인한 것이라고 할 수 있다. 위 조항의 입법취지 및 위 조항이 납세자의 권리 또는 의무에 불이익을 주는 내용으로 '사기 기타 부정한 행위'의 해석에 있어 문언상 의미를 벗어나 부당하게 확대해석되어서는 안 되고 엄격하게 해석되어야 하는 점에 비추어 볼 때 타당한 판단이라고 하겠다.

주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 당해 법률의 시행령에 규정된 산식 및 동일한과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 2중으로 부과하지 않고자 하는 종합부동산세법령의 취지에 따라서 계산되어야 하고, 법령의 근거 없이 이에 반하여 규정된 시행규칙상 산식에 따라 산정하는 것은 적법하다고 볼 수 없다 -대법원 2015. 6. 23. 선고 2102두2986판결- 동일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 2중으로 부과하지 않기 위하여 종합부동산세법과 시행령 등에 규정된 시행령 계산법에 따라서 공제되는 재산세액의 범위를 산정하여야 함에도 불구하고, 국세청은 종합부동산세법 시행규칙상에 공정시장가액 비율을 적용하는 방식의 시행규칙 계산법을 따로 만들어 적용하는 방식으로 시행령 등 관련 법령이 규정하고 있는 것 보다 공제되는 재산세액의 범위를 축소하였는데, 이러한 재산세액 산정에 근거한 조세부과처분은 비록 시행규칙에 규정된 산식에 따른 것이라고 하더라도 적법하다고 볼 수 없다는 취지의 판결이 선고되었다. 이 사건에서 종합부동산세법 시행령에 규정된 재산세액 공제 계산방법에 의하면 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액과 같은 부분에 대한 종합부동산세액의 계산에 있어서 서로 중첩되는 부분을 산정하여 공제하여야 하고, 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다는 점 등을 종합하면, '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 하고, 2009년의 경우 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같았으므로 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 한다. 그런데 국세청은 이에 반하여 주택 등 종합부동산세액에서 공제할 각각의 재산세액을 구 종합부동산세법 시행규칙에서 정한 '(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식으로 산정하였다. 이에 대법원은 2005. 1. 5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있고, 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였으며, 이에 따라 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액에 관한 계산방법을 규정하였는데, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없는 한 시행령에 규정된 공제되는 재산세액의 계산방법이 일부 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소?변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다고 보고 있다. 대법원은 법령에서 행정처분의 요건 중 일부 사항을 부령으로 정할 것을 위임한 데 따라 시행규칙 등 부령에서 이를 정한 경우에 그 부령의 규정은 국민에 대해서도 구속력이 있는 법규명령에 해당한다고 할 것이지만, 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 하고, 따라서 어떤 행정처분이 그와 같이 법규성이 없는 시행규칙 등의 규정에 위배된다고 하더라도 그 이유만으로 처분이 위법하게 되는 것은 아니라 할 것이지만, 반대로 어떤 행정처분이 그 규칙 등에서 정한 요건에 부합한다고 하여 반드시 그 처분이 적법한 것이라고 할 수도 없으며, 이 경우 처분의 적법 여부는 그러한 규칙 등에서 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 9. 12. 선고 2011두10584 판결, 대법원 1992. 3. 31. 선고 91누4928판결 등 참조)고 판시하고 있다. 이러한 대법원의 입장은 법인세 부과처분이 근거를 둔 시행령의 규정이 모법인 법인세법의 규정 보다 납세자에게 불리한 방향으로 과세대상을 확장하거나 위임의 근거가 없는 경우에는 조세법률주의에 위반하여 무효라고 판단하는 입장과 일관되어 있다고 보인다(대법원 2012. 11. 22. 선고 2010두17564 전원합의체 판결). 결론적으로 이 판결은 조세부과처분이라는 이 사건 행정처분이 비록 이 사건 시행규칙의 규정에 따라서 이루어졌다고 하더라도, 그것이 납세자에게 불리한 방향으로 과세대상을 확장하거나 공제범위를 축소하는 등 조세부과처분의 실질적 결과가 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법규성이 있는 시행령 등 상위 법령의 규정에 위반되는 경우에는 조세법률주의 원칙에 따라서 이를 위법한 처분으로 보아야 한다는 것을 다시 확인하였다는 점에서 의미가 있다고 생각된다.