헌재는 2013. 1. 23. 개정된 해당 사립학교법 조항들에 대하여, 등록금심의위원회의 심사·의결에 이사회에 대한 구속력이나 최종결정권을 부여하지 아니하고, 사립대학 운영과 재정의 투명성과 건전성을 제고하고, 대학평의원회와 별개로 등록금심의위원회가 학교의 예·결산 내역의 적정성을 심사할 필요성이 인정되며, 등록금심의위원회 구성과 운영이 학교 자율에 맡겨져 있는 점 등을 들어, 사학 운영의 자유를 침해하지 않는다고 하였다.
공인회계사에 의한 외부감사 제도는, 특히 중소규모의 대학들이 인력과 예산의 한계상 내부감사의 독립성·전문성의 취약성을 보완하고, 외부감사 비용은 학교의 규모에 비례하여 소요될 것인 점 등에 비추어, 합헌이라고 보았다.
이 사건에서, 사학 운영의 자유가 기본권인 것에 걸맞게, 헌재가 종전보다(헌재 2013. 11. 28. 2007헌마1189 등) 강화된 심사기준(과잉금지원칙)을 채택한 것으로 보이는데, 이는 타당하다.
등록금심사위원회를 대학평의원회와 별도로 두어, 예산 및 결산이라는 이사회 고유 업무에 '심사·의결' 권한까지 부여하면서 개입할 필요가 있는지, 사학 운영에 발목을 잡는 것이 아닌지 좀 더 엄밀히 볼 필요가 있다. 등록금심사위원회가 없어도 정부의 정원감축이나 재정·제재조치를 감수하고 등록금을 쉽게 인상할 수 없는 것이 사학의 실정일 것이다. 따라서 달성하려는 공익은 추상적이고 효과가 불분명한 반면, 사학 운영에 지장을 주는 정도가 크다고 보인다.
대학법인은 이미 법령에 따라 공인회계사 자격이 있는 감사를 두어야 하고, 빈번하게 교육부 행정감사가 제도화되어 있으므로, 별도 비용으로 독립된 공인회계사의 감사보고서까지 필요할 것인지 의문이다. 특히 소규모 대학에게 이는 적지 않은 비용부담으로 작용할 것인데, 그에 걸 맞는 제도적 필요성이 재단되어야 한다.
모든 규제는 항상 나름의 정당화 사유를 지니고 있으며, 헌재의 역할은 그것을 헌법의 기본권 보장정신에 따라 옥석을 가려내는 것이므로, 좀 더 적극적으로 위헌심사를 하는 것이 바람직하다.