- 대법원 2016. 5. 12. 선고 2014다230597 판결 - 1. 사건의 개요: 민청학련 사건 피해자 가족 13명이 국가를 상대로 제기한 손해배상청구 사건 가. 민청학련 사건 1974년 전국민주청년학생연맹 명의로 유신정권에 반대하는 유인물이 배포되자 정부가 학생과 지식인, 종교인 등을 주동자로 지목해 180명을 구속기소하고 8명에게 사형을 선고한 사건. 당시 이 철 전 코레일 사장 등은 불법 연행·체포 및 강제구금됐으며 수사관들로부터 밤샘 수사와 구타, 각종 고문 등 가혹행위를 받고 결국 허위자백해 중형을 선고받음. 나. 소 제기까지의 경과 (1) 국가정보원 산하 과거사건진실규명을통한발전위원회는 2005년 12월 "민청학련 사건은 학생들의 반정부 시위를 '공산주의자들의 배후조종을 받는 인민혁명 시도'라고 왜곡한 뒤 학생운동을 탄압했다"고 공식 발표함. (2) 이 전 사장 등 민청학련 피해자들은 재심을 통해 지난 2010년 10월과 2011년 8월 무죄 및 면소 판결을 받음. (3) 피해자 가족들은 2013년 8월 '국가의 불법행위로 피해를 입었다'며 국가를 상대로 위자료 8억5,000만원을 청구하는 소송을 제기함. 2. 법원의 판단 가. 1심, 항소심, 대법원 모두 피고의 소멸시효 항변을 받아들여 원고들의 청구를 배척함. 대법원은, 원고들이 피고의 소멸시효 항변을 저지할 수 있는 상당한 기간 내에 권리를 행사한 것으로 볼 수 없으므로 피고의 소멸시효 항변이 권리남용에 해당하지 않는다고 본 원심의 판단은 정당하다고 판시한 다음, 상고이유 주장과 같이 소멸시효항변의 권리남용에 관한 법리 등을 오해한 잘못이 없다고 판단하며, 원고들의 상고를 기각함. 나. 함께 선고된 대법원 2016. 5. 12. 선고 2013다204522 판결 '아람회' 사건 피해자 정해숙씨와 가족들이 제기한 손해배상 사건에서, 대법원은 소멸시효가 완성되었다는 피고의 항변을 받아들여, "국가는 정씨의 동생 3명에게 8,229만원씩을 지급하라"고 판결한 원심을 파기하고 원고 패소 취지로 서울고등법원에 환송함. * 아람회 사건: 5·18 광주민주화운동의 진상을 알릴 목적으로 반국가단체를 조직했다며 정씨 등을 처벌한 1980년대 대표적 용공조작 사건. 정씨는 당시 징역 5년을 선고받음. 정씨는 2009년 5월 재심을 통해 무죄 확정 판결을 받았고 2011년 6월 국가를 상대로 손해배상청구 소송을 제기함. 3. 이 판결의 의의 가. 과거사 손해배상청구 사건의 소멸시효를 재심판결확정 후 6개월로 본 기존 대법원 입장의 재확인 판례해설 대상 판결인 대법원 2016. 5. 12. 선고 2014다230697 판결과 같은 날 선고된 2013다204522 판결은, 재심에서 무죄판결을 받은 사건에 대한 손해배상청구권의 소멸시효를 재심확정판결일로부터 6개월이라고 최초로 판단한 대법원 2013. 12. 12. 선고 2013다201844 판결과 궤를 같이 하고 있다. 과거사 손해배상청구 사건의 소멸시효에 대한 대법원의 입장은 다음과 같다. - 국가기관이 수사과정에서 한 위법행위 등으로 수집된 증거 등에 기초하여 공소가 제기되고 유죄판결이 확정되었으나 뒤늦게 재심사유의 존재 사실이 밝혀지고 재심절차에서 무죄판결이 확정된 경우에, 재심무죄판결이 확정될 때까지는 채권자가 국가를 상대로 손해배상청구를 할 것을 기대할 수 없는 사실상의 장애사유가 있다고 볼 것임. 따라서 그 손해배상청구에 대하여 채무자인 국가가 소멸시효 완성을 주장하는 것은 권리남용으로서 허용될 수 없다. - 다만 채권자는 특별한 사정이 없는 한 그러한 장애가 해소된 재심무죄판결 확정일로부터 민법상 시효정지의 경우에 준하는 6개월의 기간 내에 권리를 행사하여야 한다. 이때 그 기간 내에 권리행사가 있었는지는 원칙적으로 손해배상을 청구하는 소를 제기하였는지 여부를 기준으로 판단할 것이다. 다만 재심무죄판결이 확정된 경우에 채권자로서는 민사상 손해배상청구에 앞서, 그보다 간이한 절차라고 할 수 있는 '형사보상 및 명예회복에 관한 법률'(이하 '형사보상법'이라 한다)에 따른 형사보상을 먼저 청구할 수 있다. - 채권자가 재심무죄판결 확정일로부터 6개월 내에 손해배상청구의 소를 제기하지는 아니하였더라도 그 기간 내에 형사보상법에 따른 형사보상청구를 한 경우에는 소멸시효의 항변을 저지할 수 있는 권리행사의 '상당한 기간'은 이를 연장할 특수한 사정이 있다고 할 것이고, 그 때는 형사보상결정 확정일로부터 6개월 내에 손해배상청구의 소를 제기하면 상당한 기간 내에 권리를 행사한 것으로 볼 수 있다. 다만 이 경우에도 그 기간은 권리행사의 사실상의 장애사유가 객관적으로 소멸된 재심무죄판결 확정일로부터 3년을 넘을 수는 없다고 보아야 한다. 나. 입법 미비로 인한 혼란과 그에 대한 입장정리 아직까지도 과거사와 관련한 배상과 보상을 위한 특별법 제정 등 입법이 이루어지지 않고 있는바, 피해자와 가족들은 1990년대부터 국가를 상대로 손해배상청구소송을 제기해왔다. 민법 제766조는 불법행위로 인한 손해배상청구권은 손해나 가해자를 안 날로부터 3년간 행사하지 아니하면 시효로 인하여 소멸한다고 규정하고 있고, 국가재정법 제96조는 국가에 대한 권리로서 금전의 급부를 목적으로 하는 것은 5년간 행사하지 아니하면 시효로 인하여 소멸한다고 규정하고 있는데, 대법원 2013. 12. 12. 선고 2013다201844 판결 전에는 대법원 및 하급심에서 손해배상청구권의 소멸시효를 재심 무죄 확정일로부터 3년으로 보아 국가의 손해배상책임을 인정한 사례가 다수 있었다(대법원 2016. 5. 12. 선고 2013다204522 판결의 1심과 항소심 역시 국가의 소멸시효 항변을 배척하고 배상책임을 인정함). 대법원은 2013. 12. 12. 선고 2013다201844 판결에서 "민법상 시효정지의 경우에 준하는 6개월"의 기간 내에 권리를 행사하여야 한다고 판단하였는데, 이에 대하여 민법 학계에서는 과거사 사건을, 일단 진행한 기간은 그대로 유효하고 다만 일정한 사유(전쟁, 천재지변 등)가 존재하는 때부터 일정기간(6개월) 내에 소멸시효가 완성하지 않도록 하는 "시효정지"에 준하여 보는 것이 적절한지에 대한 의문과 함께("시효중단"은 중단사유가 생기면 그 때까지 진행하였던 소멸시효 기간은 진행하지 않았던 것과 마찬가지로 되고 중단사유가 종료한 때부터 소멸시효가 새로 진행함), 손해배상청구권의 소멸시효는 재심판결확정 후 최소한 3년으로 보는 것이 합리적이고, 법리에 부합한다는 입장이 지배적이다. 대법원 2013. 12. 12. 선고 2013다201844 판결 이후 과거사 손해배상청구권의 소멸시효는 재심판결확정일로부터 6개월인 것으로 정리되었고, 하급심 역시 그에 따라 국가의 손해배상책임 존부를 판단하고 있다. 한편, 위 대법원 판결 이후 6개월 소멸시효로 인해 배상을 받지 못한 피해자들은 헌법재판소에 헌법소원을 제기하여 결과를 기다리고 있다.

과거사 사건 피해에 대한 손해배상청구 소송은 재심 무죄 판결이 확정된 후 6개월 이내에 제기해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 민사3부(주심 박보영 대법관)는 1970년대 '민청학련' 사건으로 옥살이를 한 이철(68) 전 코레일 사장의 부인 김모(64)씨 등 관련 사건 피해자 가족 13명이 국가를 상대로 낸 손해배상청구소송(2014다230597)에서 원고패소 판결한 원심을 12일 확정했다. 재판부는 "과거사 손해배상 사건의 소멸시효는 재심 판결 확정 후 6개월 이내"라며 "김씨 등이 이 기간 내에 손해배상을 청구하지 못한 정당한 사유가 없는 만큼 소멸시효가 지났다고 판결한 원심은 정당하다"고 밝혔다. 민청학련 사건은 지난 1974년 전국민주청년학생연맹 명의로 유신정권에 반대하는 유인물이 배포되자 정부가 학생과 지식인, 종교인 등을 주동자로 지목해 180명을 구속기소하고 8명에게 사형을 선고한 사건이다. 이 전 사장 등은 불법 연행·체포 및 강제구금됐으며 수사관들로부터 밤샘 수사와 구타, 각종 고문 등 가혹행위를 받고 결국 허위자백해 중형을 선고받았다. 이후 국가정보원 산하 과거사건진실규명을통한발전위원회는 2005년 12월 "민청학련 사건은 학생들의 반정부 시위를 '공산주의자들의 배후조종을 받는 인민혁명 시도'라고 왜곡한 뒤 학생운동을 탄압했다"고 공식 발표했다. 이 전 사장 등 민청학련 피해자들은 재심을 통해 지난 2010년 10월과 2011년 8월 무죄 및 면소 판결을 받았다. 피해자 가족들은 이후 2013년 8월 '국가의 불법행위로 피해를 입었다'며 국가를 상대로 위자료 8억5000만원을 청구하는 소송을 냈다. 대법원은 이날 '아람회' 사건 관련 소송에서도 소멸시효가 완성됐다고 주장한 국가의 손을 들어줬다. 같은 재판부는 아람회 사건 피해자 정해숙(82)씨와 가족이 낸 손해배상청구소송(2013다204522)에서 "국가는 정씨의 동생 3명에게 각각 8229만원씩 지급하라"고 판결한 원심을 깨고 원고패소 취지로 사건을 서울고법에 돌려보냈다. 아람회 사건은 5·18 광주민주화운동의 진상을 알릴 목적으로 반국가단체를 조직했다며 정씨 등을 처벌한 1980년대 대표적 용공조작 사건이다. 정씨는 당시 징역 5년을 선고받았다. 정씨는 2009년 5월재심을 통해 무죄 확정 판결을 받았지만 2011년 6월에야 국가를 상대로 피해배상을 요구하는 소송을 냈다.

국가정보원 중앙합동신문센터가 변호인의 접견을 거부한 것은 위법이므로 국가가 이들 변호인들에게 위자료를 지급해야 한다는 판결이 나왔다. 서울중앙지법 민사34단독 허윤 판사는 지난 18일 민주사회를 위한 변호사모임 소속 장경욱(47·사법연수원 29기) 변호사 등 변호사 5명이 "국정원 합신센터가 유우성(35)씨의 여동생 가려씨의 변호인 접견을 불허한 것은 위법"이라며 국가를 상대로 낸 손해배상청구소송(2015가단5060125)에서 "장 변호사 등에게 1000만원을 지급하라"며 원고일부승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "헌법 제12조 4항은 누구든지 체포 또는 구속을 당한 때에는 즉시 변호인의 조력을 받을 권리를 가진다고 규정하고 있고, 형사소송법은 구속된 피의자의 변호인이 되려는 자의 접견교통권을 보장하고 있다"며 "변호인의 접견교통권은 구속된피의자의 인권보장, 방어권 행사를 위해 필수불가결한 제도로 특별히 법령에 의한 경우를 제외하고는 제한할 수 없다"고 밝혔다. 이어 "구속된 피의자와 같은 지위에 있는 유가려씨의 변호인 접견교통권 불허는 유가려씨가 변호인 접견을 원하지 않는다는 형식적 의사를 표시한 적이 있더라도 위법"이라며 "국가는 변호인 접견교통권을 침해 당한 원고들에게 위자료를 지급할 의무가 있다"고 설명했다. 재판부는 또 "국가 기관인 국정원이 변호인 접견교통권을 별다른 근거 없이 자의적인 해석만 갖고 제약해 그 기간 동안 유가려씨로부터 국정원에게 유리한 진술을 받아냈다는 점에서 불법성이 적지 않다"며 "변호사들이 접견교통을 시도한 횟수와 기간, 국정원의 불법을 바로 잡기 위해 기울인 노력의 정도 등을 고려해 위자료 액수를 정했다"고 덧붙였다. 이른바 '서울시 공무원 간첩사건'에 연루된 혐의로 기소됐던 유우성씨의 변호를 맡았던 장 변호사 등은 유씨로부터 동생인 유가려씨가 2012년 10월 입국한 이후 북한이탈주민 임시보호시설인 국정원 중앙합신센터의 독방에 구금돼 있는 사실을 알게 됐다. 장 변호사 등은 2013년 2월 수차례에 걸쳐 유가려씨에 대한 접견을 신청했지만 국정원은 "유가려씨가 변호인 접견을 원치 않는다", "유가려씨는 피의자가 아니기에 변호인 접견 대상이 아니다"라며 모두 거부했다. 이에 장 변호사 등은 "변호인 접견 거부는 위법하다"며 법원에 준항고했고, 법원은 지난해 이들의 주장을 받아들였다. 국정원은 이후 합신센터의 명칭을 '북한이탈주민보호센터'로 바꾸고 언론에 관련 시설을 공개했다. 또 인권침해 오해를 없애겠다면서 조사실을 개방형으로 바꾸기로 했으며, 법률전문가를 '인권보호관'으로 임명하는 제도를 신설했다. 한편 유우성씨는 '서울시 공무원 간첩 사건'에서는 1, 2심 모두 간첩 혐의에 대해 무죄를 선고 받고 대법원의 최종 판단을 기다리고 있다. 유우성씨는 별건 기소된 '불법 대북송금 사건'에서는 국민참여재판으로 진행된 1심에서 벌금 1000만원을 선고 받았다.

2004년 북한을 탈출해 남한으로 돌아오려다 강제 북송된 국군포로 한만택(당시 72세)씨 유족이 국가배상을 받게 됐다. 법원이 국군포로 북송과 관련해 국가의 책임을 물은 첫 판결이다. 서울중앙지법 민사47부(재판장 홍동기 부장판사)는 15일 한씨의 유족 4명이 국가를 상대로 낸 손해배상 청구소송(2014가합528824)에서 "국가는 1억원을 지급하라"며 원고 일부승소 판결했다. 재판부는 "국방부는 한씨가 중국 공안에 체포됐다는 사실을 통보받은 다음에야 외교부와 국가정보원 등에 협조 공문을 보냈다"며 "한씨가 적절한 보호를 받을 수 있도록 제 때 협조를 요청할 의무를 다하지 않았다"고 밝혔다. 또 "외교부가 한씨의 구금장소 등을 통보받고도 국내 송환을 위해 한씨를 방문해 면담하지 않고 북송 사실만 한 씨 유족들에게 알린 것은 잘못"이라며 "6·25 전쟁이라는 국가적 재난에 국가 존립을 지키기 위해 기꺼이 참전했다 포로가 된 사람들을 송환하는 것은 국가의 기본적 책임임데도 공무원들의 과실로 50년 넘는 기간동안 염원했던 한씨의 귀환과 가족 상봉이 무산돼 한씨가 결국 사망에 이르게 됐다"고 설명했다. 한국전쟁에 참전해 포로가 된 한씨는 2004년 12월 두만강을 넘어 중국으로 탈북, 가족을 만나려다가 중국 공안에 체포됐다. 이후 강제 북송돼 평안남도 정치범 수용소에 수감됐고 2009년 사망한 것으로 알려졌다. 유족들은 "외교통상부와 국방부가 탈북계획을 구체적으로 알고난 뒤에도 송환대책을 세우지 않고 무성의한 대처로 일관해 고인이 중국 공안에 체포됐다"며 정부 책임을 묻는 소송을 냈다.

수사기관의 피의자 신문에 참여한 변호인이 피의자에게 진술거부권 행사를 권유한 것은 정당한 변호활동에 해당한다는 대법원 판결이 나왔다. 법원은 국가정보원 수사관들이 '진술거부권 고지가 수사방해에 해당한다'며 변호인을 강제로 끌어낸 것은 위법하다는 변호인의 주장을 받아들여 국가의 손해배상 책임을 인정했다. 대법원 민사2부(주심 김창석 대법관)는 지난달 27일 장경욱(46·사법연수원 29기) 변호사가 국가를 상대로 낸 손해배상 청구소송 상고심(2014다44574)에서 "국가는 장 변호사에게 200만원을 지급하라"며 원고일부승소 판결한 원심을 확정했다. A씨는 2006년 10월 국가보안법 위반 혐의로 체포돼 국가정보원에서 조사를 받던 중 구속영장이 발부된 상태에서 조사가 계속되자 장 변호사를 변호인으로 선임했다. 장 변호사는 같은 해 11월 A씨에 대한 피의자신문에 참여했다. 국정원 수사관들은 대검찰청 예규 형식의 '변호인의 피의자신문 참여 운영지침'을 근거로 장 변호사에게 A씨 뒤편 대각선 1.5m 정도에 위치한 좌석에 앉을 것을 요구했고, 피의자신문 내용을 메모하는 것도 제지했다. 장 변호사는 수사관들과 언쟁 끝에 A씨의 약간 뒤편에 앉을 수 있었고 피의자신문 내용도 메모할 수 있었다. 신문 과정에서 장 변호사는 A씨에게 진술을 거부하라고 조언했고, 수사관들은 장 변호사에게 진술거부권 행사 권유가 수사 방해라며 항의했다. 장 변호사가 진술거부권 권유는 적법한 것이라고 항변하자 수사관은 장 변호사에게 퇴거를 명했다. 장 변호사가 불응하자 수사관들은 장 변호사를 조사실에서 강제로 끌어냈다. 장 변호사는 국가를 상대로 1000만원을 지급하라며 소송을 냈다. 1심은 "피의자신문에 참여한 변호인은 피의자가 조력을 먼저 요청하지 않은 경우에도 그 의사에 반하지 않는 한 스스로의 판단에 따라 능동적으로 수사기관의 신문 방법이나 내용에 대해 적절한 방법으로 제기하거나 피의자에게 진술거부권 행사를 조언할 수 있다"며 "변호인이 수사 방법에 관해 이의를 제기하고 진술거부권 행사를 권유한 행위를 두고 신문을 방해하는 행위라고 평가할 수는 없고, 피의자의 변호인으로서 정당한 직무수행 중에 있던 장 변호사에 대해 조사실 밖으로 끌어낸 국가정보원 수사관들의 행위는 변호사의 직업수행의 자유, 신체의 자유와 인격권을 침해한 위법행위에 해당한다"며 200만원을 지급하라고 판결했다. 항소심은 "변호인의 구속된 피고인 또는 피의자와의 접견교통권은 피고인 또는 피의자 자신이 가지는 변호인과의 접견교통권과는 성질을 달리하는 것으로서 헌법상 보장된 권리라고 할 수 없고 형사소송법 제34조에 의해 비로소 보장되는 권리이지만, 신체구속을 당한 피고인 또는 피의자의 인권보장과 방어권행사를 위해 필수 불가결한 권리"라며 "수사기관의 처분으로 이를 제한할 수 없고 법령에 의해서만 제한이 가능하다"고 설명했다. 이어 "변호인의 피의자신문 참여권은 변호인의 접견교통권의 한 내용을 이루는 권리로서 변호사라는 전문직업인의 양심과 정의, 직업상 윤리적 요소가 가미된 인격체로서의 변호사 개인이 누릴 수 있는 권리"라며 "이는 인격적 법익의 하나로 평가받기 충분하고, 국가정보원 수사관들이 장 변호사를 퇴거시킨 행위 자체로 이미 장 변호사의 피의자신문 참여권과 직업수행의 자유, 신체의 자유, 인격권이 침해되는 결과가 발생했다"고 지적했다.

서울중앙지법 민사13부(재판장 한규현 부장판사)는 14일 민주청년학생총연맹(민청학련) 사건으로 옥살이를 한 고(故) 제정구 전 의원의 부인 등 유족 8명이 국가를 상대로 낸 손해배상 청구소송(2012가합500402)에서 "8억원을 배상하라"며 원고 일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 "수사관들은 제 전 의원의 체포와 구속에 있어 헌법과 형사소송법이 규정하고 있는 적법절차를 지키지 않았고, 변호인의 조력을 받을 수 있는 권리를 수사과정 전반에 걸쳐 침해했다"고 밝혔다. 재판부는 "수사관들은 유신헌법체제의 유지와 공고화를 위한 정치적 의도 하에 민청학련 사건 관련자들이 반국가단체를 구성했다는 허위 사실을 언론에 공표해 제 전 의원과 가족들의 명예를 훼손했다"고 지적했다. 재판부는 "민청학련 사건으로 구속된 이철, 유인태 전 의원 등도 수사기관에서 조사를 받을 당시 중앙정보부 6국 지하 보일러실 등지에서 물고문, 전기고문 등을 당했고, 제 전 의원 만이 이러한 가혹행위를 당하지 않았다고 볼 특별한 근거도 없다"고 덧붙였다. 정부는 소송 과정에서 '국가정보원 산하 과거사건 진실규명을 통한 발전위원회(국정원 과거사위)'의 민청학련 사건 조사 결과가 발표된 2005년으로부터 소멸시효 3년이 지나 국가배상청구권은 시효로 소멸했다고 주장했다. 이에 대해 재판부는 "유족을 보호할 필요성은 매우 큰 반면 소멸시효 완성을 이유로 위자료 채무의 이행을 거절하는 것은 현저히 부당하고 불공평해 권리남용으로서 허용될 수 없다"며 받아들이지 않았다. 서울대 국사학교 4학년생이던 제 전 의원은 이철, 유인태 전 의원 등과 함께 유신헌법 반대, 긴급조치 철폐를 목적으로 만든 모임 때문에 비상보통군법회의에 넘겨져 긴급조치, 국가보안법 위반, 내란예비음모죄로 1974년 징역 15년을 선고받았다. 이후 제 전 의원은 형집행정지로 풀려나 빈민 운동에 투신하다 14, 15대 국회의원을 지내고 1999년 세상을 떠났다. 제 전 의원의 부인은 재심을 청구해 지난해 2월 서울고법에서 무죄 판결을 받았고, 지난 1월 10억원의 국가배상 소송을 냈다.

지난 64년 인민혁명당(인혁당) 사건에서 남파간첩의 누명을 쓰고 인혁당 창당 배후로 지목됐던 고(故) 김상한씨의 유족들에 대해 국가가 28억원을 배상하라는 판결이 나왔다. 서울중앙지법 민사31부(재판장 황적화 부장판사)는 27일 인혁당 발족 배후인 남파간첩으로 지목됐던 김씨의 부인과 자녀 등 유족 7명이 국가를 상대로 낸 손해배상 청구소송(☞2008가합68581)에서 국가가 28억원을 배상하라며 원고일부승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "김씨는 지난 62년 특수임무수행을 목적으로 육군첩보부대에 의해 북파돼 행방불명된 후 미귀자로 처리돼 63년 4월 사망한 것으로 추정됨에도 64년 중앙정보부와 75년 법무부는 김씨가 북한의 남파간첩으로 인혁당을 조직하고 다시 월북했다는 내용의 수사결과를 발표했으며 2008년 2월에서야 국군 정보사령부가 김씨 유족에게 김씨가 북파돼 행방불명된 사실을 통지하고 전사확인서를 교부했다"며 "북파공작임무의 특성상 기밀성을 유지할 필요가 있었다고 하더라도 미귀자로 처리한 63년 4월 이후부터는 유족들에게 이를 통지할 의무가 있는데도 이를 이행하지 않은 것은 명백한 의무위반으로 김씨의 생사를 알지 못해 유족이 고통을 입었음이 명백한 이상 국가는 이들의 정신적 손해를 배상할 의무가 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "국가의 (인혁당 사건) 허위 발표로 인해 간첩으로 지목된 김씨의 유족들이 명예훼손과 같은 인격적 법익 침해와 함께 신분상 불이익과 경제적 궁핍을 겪는 등 고통을 입었던 점도 인정된다"고 설명했다. 하지만, 김씨에 대한 국가의 북파행위 자체에 대해서는 당시 국제적 동서 냉전 상황과 남북간 군사적 긴장상태가 최고조였던 점 등을 들어 위법성을 단정하기는 어렵다고 밝혔다. 또, 국가의 소멸시효 완성 주장에 대해서도 "유족들이 북파사실을 통보받은 2008년 2월부터 개시된다고 보는 것이 상당하고, 설사 그렇지 않다고 하더라도 국가가 소멸시효 완성을 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 반하는 권리남용으로 허용될 수 없다"며 받아들이지 않았다. 지연손해금과 관련해서는 수사 결과가 최초로 발표된 1964년부터 지연손해금을 계산해야 한다는 유족의 주장과 달리 북파사실을 통지해 은폐행위가 종료된 불법행위 종료일인 2008년 2월을 기산일로 삼도록 했다. 부산 동아대 교수로 재직하다 사회대중당 후보로 민의원 선거해 출마하기도 했던 김씨는 지난 61년 반국가단체활동을 했다는 혐의(특수범죄처벌에관한특별법위반)로 지명수배됐다가 육군첩보부대 공작원으로 선발돼 62년 북파됐다. 김씨는 임무수행중 연락이 끊겼고 이듬해 63년 전사한 것으로 처리됐다. 중앙정보부는 63년 한일회담 반대시위가 확산되면서 비상계엄령이 선포되자 다음해인 64년 8월 '북괴로부터 특수사명을 띄고 남하한 김씨가 인혁당을 창당해 학생데모를 배후에서 조종했으며 월북해 북괴 중앙당에 창당결과를 보고했다"며 제1차 인혁당 사건 조사결과를 발표했다. 정부는 이에 따라 관련자로 지목된 57명 중 41명 구속하고 16명을 수배했고 1965년 7명에게 유죄판결이 확정됐다. 하지만, 2005년 '국가정보원 과거사건 진실규명을 통한 발전위원회'는 인혁당이 국가변란을 기도한 반국가단체로 실재했다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 북한의 지령과도 무관하며, 당시 수사과정에서도 구타와 고문 등 인권유린행위가 있었다고 밝혔다. 이에 김씨의 유족들은 지난 2008년 "국가가 정치적 이유로 수배당하던 김씨의 처지를 악용해 북파한 뒤 인혁당을 창당한 간첩으로 날조했으며, 이같은 사실을 46년이 지나도록 은폐했다"며 "국가는 75억원을 배상하라"고 소송을 냈다.

세칭 '총풍'사건에 연루된 당사자들에게 국가가 가혹행위 등에 대한 손해를 배상해야 한다는 판결이 나왔다. 서울고법 민사1부(재판장 유승정 부장판사)는 19일 전 청와대행정관인 장모씨와 오모씨가 "수사과정에서 가혹행위를 당하는 등 안기부가 행한 불법행위로 피해를 입었다"며 국가를 상대로 낸 손해배상 청구소송 항소심(2005나39213)에서 "국가는 장씨에게 7,000만원, 오씨에게 3,000만원의 위자료를 지급하라"고 원고 일부 승소판결을 내렸다. 1심에서는 수사문건 유출로 인한 명예훼손 부분만 인정하고 가혹행위를 받았다는 주장은 받아들이지 않아, 국가는 오씨와 장씨에게 각각 1,000만원과 4,000만원을 배상하라고 판결했다. 재판부는 판결문에서 "안기부 수사관이 장씨등에 대해 가혹행위, 피의사실공표, 명예훼손, 서울지검의 변호인접견교통권 침해 등의 불법행위를 한 사실이 인정되며, 특히 장씨에게는 불법구금을 한 사실까지 인정된다"며 "이로 인해 장씨등이 정신적 고통을 입었을 것임은 명백하므로 국가가 이를 배상해야 할 의무가 있다"고 밝혔다. 장씨 등은 지난 97년 대선 당시 한나라당 이회창 후보의 지지율을 올리기 위해 중국에서 북한 아태평화위원회 박충 참사 등을 만나 판문점에서 무력시위를 요청한 혐의로 국가안전기획부(현 국가정보원)으로부터 수사를 받았으나 법원에서 무죄취지의 판단을 받고 집행유예로 풀려났다. 이에 장씨등은 수사과정에서 불법행위가 있었다며 국가를 상대로 소송을 내 1심에서 원고 일부 승소판결을 받았다.