관련 규정의 문언 내용과 입법취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법에 제120조 제5항 제8호를 신설할 당시에는 구 간접투자자산 운용업법(이하 ‘구 간접투자법’)에 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 도입되지 아니하였던 점 등을 종합하면, 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제120조 제6항 제8호도 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.

다국적기업이 특정국가에 설립한 회사가 거래의 당사자일 경우, 그 회사는 도관회사에 불과하고 그 소득의 실질적인 귀속 주체는 모기업인 다국적 기업이라고 하기 위해서는, 그 회사가 소재한 국가가 해외원천소득에 대해 저율과세 또는 비과세하는 등 그 국가에 조세피난처적 요소가 있다는 점만으로는 부족하고, 그 회사가 오로지 조약편승을 통한 조세회피의 목적으로 미리 설계한 투자구조 및 지배구조에 따라 형식적으로 만들어졌다는 사정이 인정돼야 한다. 이 사건에서 원고가 임차한 사무실의 규모는 20㎡에 불과하고, 한두 명 정도의 직원들만이 고용됐으며, 원고는 설립 이후 F의 주식을 취득하고 양도한 이외에 다른 사업활동을 한 것으로 보이지 않는다. F주식에 대한 투자자금 조달자는 C였던 것으로 보이고, F에 대한 투자결정 및 F주주총회에서의 의결권 행사는 사실상 C에 의해 이루어진 것으로 볼 수 있는 점, F는 원고에게 배당금을 지급하면서 한·네덜란드 조세조약에 따라 10%의 법인세를 원천징수해 납부했고, 이 법인세율은 대한민국과 UAE 간의 조세조약에 따른 세율보다 높은데, C로서는 주식양도소득에 대한 조세 회피를 목적으로 하지 않고서야 상대적으로 높은 배당소득세를 부담하면서까지 원고를 네덜란드에 설립하는 투자구조를 취할 합리적인 이유가 설명되지 않는다. 원고는 원고 설립 초기에 모회사인 C가 투자 및 의사결정에 관여했다고 해도 이는 모자회사 관계에서는 당연한 것으로써 주식 취득 당시의 사정이 아닌 이사건 주식양도가 이뤄진 2010년 8월 12일을 기준으로 원고가 도관회사에 해당하는지 여부를 판단해야 한다는 취지로 주장한다. 원고의 설립 목적이나 활동 내역, C나 F사이의 지위 또는 관계에서 원고가 설립될 당시부터 이 사건 주식양도가 이뤄진 시점까지 사이에 실질적인 변화가 있었다고 보기 어려운 점 등을 종합해 보면, 원고는 C가 F에 대한 주식의 취득 및 양도와 관련해 오로지 대한민국의 조세를 회피하기 위해 만들어진 하나의 형식으로서 도관회사에 불과하고, 이 사건 주식의 양도로 인한 소득의 실질적인 귀속주체인 양도인은 C라 봄이 타당하다. 원고가 차별이라고 주장하며 비교 대상으로 들고 있는 특수목적법인들은 이들이 수행하는 독자적인 사업상 기능 및 역할을 고려해 국내 법률에 따라 정책적으로 그 특수목적이 인정된 법인들로, 자산유동화에 관한 법률상 유동화전문회사에 자산유동화업무를 전업으로 하는 외국법인이 포함되는 점, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률상 투자회사나 기업구조조정 투자회사법상 기업구조조정투자회사의 발기인이나 주주의 국적을 제한하고 있지 않은 점 등으로 볼 때, 특수목적법인들에 대한 세제상의 혜택을 주는 것은 법인들의 국적과는 무관하다. 즉, 네덜란드 거주자인 원고가 실질과세의 원칙을 적용받은 것은 국적에 따른 차별의 결과가 아니라 실질과세원칙의 무차별적 적용에 따른 것이며, 영위하는 사업의 내용이나 형태상 원고와 국내 특수목적법인들이 ‘동일한 사정’하에 있다고 볼 수도 없으므로 이 사건 처분이 한·네덜란드 조세조약상 무차별원칙에 반해 위법하다고 볼 수 없다. 원고는 도관회사에 불과하고, 실질과세원칙에 따라 한·네덜란드 조세조약의 적용을 받지 않는 C가 이 사건 주식양도소득에 대하여 실질적 귀속자로서 양도인에 해당하므로 한·네덜란드 조세조약에 따른 과세 면제가 될 수 없다 할 것이며, 이러한 결과가 한·네덜란드 조세조약상 무차별원칙에 위반된다고 볼 수도 없는 바, 원고의 법인세경정을 거부한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

세법상 가산세는 과세권의 행사나 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위해 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로, 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는다. 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013년 5월 23일 선고2013두1829, 대법원 2002년 3월 29일 선고 99두1861 판결 등 참조). 오리엔탈정공과 동방은 비용을 30%, 70%의 비율로 부담해 이 사건 선박을 건조하고, 그 이후 오리엔탈정공은 이 사건 선박의 운영에 관한 권한을 동방에게 일괄 위임하되, 영업상 수익을 높일 수 있는 물량이나 거래선을 확보할 경우 동방에 의견을 제시할 수 있고, 이 사건 선박의 운항으로 인한 영업이익 및 영업손실은 오리엔탈정공과 동방이 위와 같은 비율로 부담하기로 했다. 따라서 오리엔탈정공과 동방은 이 사건 선박에 관해 30%, 70%의 비율로 수익과 손실을 부담하는 공동사업자의 지위에 있었던 것으로 보인다. 오리엔탈 정공은 2009년 12월 29일 동방과 사이에서 오리엔탈정공의 위 공동투자 및 운영계약서상 모든 권한을 원고에게 양도하기로 약정했고, 이 사건 거래는 오리엔탈정공이 이 사건 선박 사업에 대한 출자지분을 원고에게 양도한 것으로 보인다. 부가가치세법상 출자지분을 타인에게 양도하는 경우는 재화의 공급에 해당하지 않는다고 명시적으로 규정하고 있었던 점, 과세기준자문은 지방국세청장, 세무서장 등이 국세의 부과·징수과정에서 납세자와 이견이 있거나 단독으로 판단하기 곤란한 세법해석 사항을 대상으로 하는 것이므로, 피고가 과세기준자문을 신청한 사실만으로 이 사건 거래가 재화의 양도인지 출자지분의 양도에 해당하는지 해석이 불분명했다고 보기 어려운 점, 오리엔탈정공이 과세관청에 신고 납부한 부가가치세는 경정청구 제도를 통해 돌려받을 수 있고, 이 사건에서 실제로 돌려받았으므로, 과세관청의 부가가치세 상당 부당이득의 반환문제는 이 사건 가산세의 당부에 아무런 영향을 미칠 수 없는 점을 종합할 때, 원고가 부가가치세 상당을 매입세액으로 공제해 2010년 제2기 부가가치세를 신고한 것은 이 사건 거래를 부가가치세 과세대상으로 잘못 판단한데 기인한 것으로, 부가가치세 과세대상에 관한 법령의 부지나 오해가 있었던 것에 불과할 뿐, 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

부동산에 관한 물권을 명의신탁약정에 따라 명의수탁자의 명의로 등기한 명의신탁자에 대해서는 부동산 가액의 100분의 30에 해당하는 금액의 범위에서 과징금을 부과하되(부동산실명법 제3조 제1항, 제5조 제1항), 다만 조세를 포탈하거나 법령에 의한 제한을 회피할 목적이 아닌 경우에는 100분의 50을 감경할 수 있다(같은 법 시행령 제3조의2 단서). 재량행위에 대한 사법심사는 행정청의 재량에 대한 공익판단의 여지를 감안해 원칙적으로 재량권의 일탈이나 남용이 있는지 여부만을 대상으로 하고, 재량권의 일탈·남용 여부에 대한 심사는 사실오인, 비례·평등의 위반 등을 그 판단 대상으로 한다(대법원 2005년 7월 14일 선고 2004두6181 판결 등 참조). 원고는 D사 대주주의 아버지이자 D사의 투자자로서 직원의 숙소를 신축할 목적으로 이 사건 토지를 명의신탁의 방법으로 구입했고, 원고는 2012년 12월 이 사건 토지에 대한 농지취득자격증명을 발급받은 사실을 인정할 수 있다. D사는 원고나 G의 명의를 이용해 토지를 구입한 것이 아니라 원고가 자신의 자금으로 이 사건 토지를 구입한 이상 명의신탁자는 원고이고 과징금 부과처분의 감경사유 존재 여부는 원고를 기준으로 살펴봐야 할 것이고, 원고가 농지취득자격증명을 받은 점에 비춰 보면, 적어도 원고는 농지법에 의한 제한을 회피할 목적으로 이 사건 토지를 G에게 명의신탁한 것은 아니라고 봄이 상당하다. 결국 피고는 명의신탁자인 원고를 기준으로 조세포탈 목적이나 다른 법령에 의한 제한 회피 목적이 있었는지 여부를 살펴 과징금 감경 여부를 판단하여야 할 것임에도 이 사건 과징금을 산정함에 있어서 명의신탁자가 아닌 D에게 농지법에 의한 제한을 회피할 목적이 있음을 이유로 과징금 감경사유가 존재하지 않는다고 판단하고, 명의신탁자인 원고에게 부동산실명법 시행령 제3조의2 본문에 의해 산정된 과징금 전액을 부과했으므로, 이 사건 처분은 사실을 오인한 것으로 재량권을 일탈·남용해 위법하다.

1. 부동산 매매계약을 체결한 매수인이 대금을 청산하지 아니한 상태에서 매매계약상 권리의무 내지 매수인의 지위를 제3자에게 양도하고 그 매매계약 관계에서 탈퇴하는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도하는 것에 불과하여 매매당사자 간에 잔금의 완납 전이라도 소유권이전등기를 먼저 넘겨주기로 특약을 하는 등 특별한 사정이 없는 한 그 취득에 관한 등기 자체가 원칙적으로 불가능하므로 이를 양도하더라도 구 소득세법 제104조 제1항 제3호 소정의 미등기 양도자산에 관한 중과세율을 적용할 수 없을 것이나(대법원 2012. 9. 27. 선고 2010두23408 판결 등 참조), 부동산 매매계약을 체결한 매수인이 대금을 청산하지 아니한 상태라고 하더라도 그 매매계약상 권리의무관계 내지 매수인의 지위를 그대로 유지하면서 제3자와 다시 그 부동산에 관한 매매계약을 체결한 경우에는 매수인의 명의로 부동산을 취득하여 양도하기로 하는 것이므로 이는 부동산의 양도에 해당하고, 그 후 매수인이 매도인에게 잔금을 완납하면 그 취득에 관한 등기가 가능하므로 매수인이 그 명의의 소유권이전등기를 하지 아니한 채 곧바로 제3자에게 소유권이전등기를 마쳐 주었다면 이에 대하여는 구 소득세법 제104조 제1항 제3호 소정의 미등기 양도자산에 관한 중과세율을 적용하여야 할 것이다. 2. 구 국세기본법(2003. 12. 30. 법률 제7008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호의 입법취지는 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 단순미신고와 달리 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 더욱 어려워 부과권의 행사를 기대하기가 매우 곤란하므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 부동산을 매수하여 전매한 자가 미등기전매로 인한 이익을 얻고자 매도인과 최종 매수인 사이에 직접 매매계약을 체결한 것처럼 매매계약서를 작성하는 데에 가담하고, 나아가 소유권이전등기도 매도인으로부터 최종 매수인 앞으로 직접 마치도록 하는 한편 자신의 명의로는 양도소득세 예정신고나 확정신고를 하지 아니한 채 그 신고기한을 도과시키는 등의 행위를 하는 것은 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위로서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다. ☞ 원고가 매도인에게 대금을 청산하지 않은 상태에서 이 사건 토지를 전매하였으나 원고가 기존의 매매계약상 권리의무관계 내지 매수인의 지위를 그대로 유지하고 있었던 이상 이는 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도가 아니라 부동산의 양도에 해당하고, 원고가 제3자로부터 잔금을 지급받아 매도인에게 잔금을 완납하였음에도 원고 명의의 소유권이전등기를 하지 아니한 채 곧바로 제3자에게 소유권이전등기를 마쳐 주었으므로 이에 대하여는 구 소득세법 제104조 제1항 제3호 소정의 미등기 양도자산에 관한 중과세율을 적용하여야 한다고 보아, 이와 다른 판단을 한 원심을 파기한 사례

죄형법정주의의 원칙상 형벌법규의 해석은 엄격하여야 하고, 명문의 형벌법규의 의미를 피고인에게 불리한 방향으로 지나치게 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용될 수 없다. 이에 비추어 다음의 이유로 기업구매전용카드에 의한 거래를 여신전문금융업법 제70조 제2항 제2호가 규정한 ‘신용카드에 의한 거래’에 해당한다고 보기는 어렵다. 가. 기업구매전용카드는 여신전문금융업법 제2조 제3호가 규정한 ‘신용카드’처럼 실물 형태의 ‘증표’가 발행되는 것이 아니라 단지 구매기업이 이용할 수 있는 카드번호만이 부여될 뿐이며, 그 거래방법도 구매기업이 판매기업에게 기업구매전용카드를 ‘제시’할 것이 요구되지 않고, 구매기업이 카드회사에 인터넷 등을 통하여 구매 사실을 통보하면 카드회사가 판매기업에게 물품대금을 지급하여 결제가 이루어지게 하는 온라인거래의 수단을 지칭하는 데 지나지 않는다. 나. 구매기업은 카드회사와 가맹점가입계약을 체결한 모든 판매기업과 거래를 할 수 있는 것은 아니고 구매기업이 지정한 특정한 판매기업과 사이에서만 기업구매전용카드를 이용한 거래를 할 수 있을 뿐이므로, 판매기업을 일반 신용카드거래에 있어서의 가맹점과 동일하게 보기는 어렵다. 다. 기업구매전용카드는 어음제도의 문제점을 개선하기 위한 어음대체결제수단으로 도입된 것으로서, 일반 소비자들을 대상으로 발급되는 신용카드의 회원과 달리 구매기업은 카드회사에 별도의 담보나 보증을 제공하여야 하는 경우도 있는 등 거래구조가 다르고, 기업구매전용카드로 거래를 가장하여 자금을 융통함으로써 신용거래 질서를 해할 우려가 있다고 하는 등의 이유만으로 형벌법규를 확장해석하거나 유추적용할 충분한 근거가 된다고는 할 수 없다. 라. 한편 조세특례제한법 제7조의2 제3항 제5호에서는 ‘기업구매전용카드’란 “구매기업이 구매대금을 지급하기 위하여 여신전문금융업법에 따른 신용카드업자로부터 발급받는 신용카드 또는 직불카드로서 일반적인 신용카드 가맹점에서는 사용할 수 없고, 구매기업·판매기업 및 신용카드업자 간의 계약에 의하여 해당 판매기업에 대한 구매대금의 지급만을 목적으로 발급하는 것을 말한다”고 규정하여, 기업구매전용카드도 마치 여신전문금융업법에 따른 ‘신용카드 또는 직불카드’의 일종인 듯이 규정하고 있다. 그러나 다른 한편 여신전문금융업법 시행령(2010. 5. 4. 대통령령 제22151호로 일부 개정되기 전의 것) 제6조의5 제2항 제1호는 신용카드업자가 신용카드회원에 대한 자금의 융통으로 인하여 발생한 채권의 평균잔액이 일정한 한도를 초과하지 않도록 제한하면서도 그 제한금액에서 “조세특례제한법 제7조의2 제3항 제5호에 따른 기업구매전용카드로 물품을 구입하거나 용역을 제공받는 등으로 인하여 발생한 채권은 제외한다”고 규정하고 있다. 이는 기업구매전용카드는 여신전문금융업법상으로도 일반 신용카드나 직불카드와는 달리 취급되어야 한다는 것을 전제한 것으로 볼 수 있다. ☞ 기업구매전용카드가 여신전문금융업법에서 규정한 신용카드에 해당함을 전제로 이를 이용하여 물품의 판매 또는 용역의 제공을 가장하여 거래하는 방법으로 자금을 융통하여 줌으로써 위 법 제70조 제2항 제2호 ‘가’목을 위반하였다는 내용으로 기소된 사안에서, 기업구매전용카드에 의한 거래를 여신전문금융업법 제 70조 제2항 제2호가 규정한 ‘신용카드에 의한 거래’에 해당한다고 보기는 어렵다는 이유로 무죄를 선고한 원심을 수긍한 사안

취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착해 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종이다. 취득자가 재화를 사용·수익, 처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착해 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부에 관계없이 사실상 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이다. 구 지방세법 제105조 제2항은 취득세의 과세객체가 되는 부동산 취득에 관해 민법 기타 관계 법령에 의한 등기·등록 등을 이행하지 않은 경우라도 사실상 취득한 때에는 이를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다. 여기서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못했으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다고 할 것이고, 그 사실상의 취득자가 3자간 등기명의신탁 약정에 의해 수탁자 명의로 소유권이전등기를 경료하고 자신의 명의로는 소유권이전등기를 경료하지 않았다고 해서 달리 볼 것은 아니다(대법원 2007년 5월 11일 선고 2005두13360 판결 등 참조). 취득세와 농어촌특별세는 신고납세 방식의 조세로써 이러한 유형의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정해 신고하는 행위에 의해 구체적으로 조세채무가 확정되고 그 납부행위는 신고에 의해 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이므로, 원고가 A명의로 취득세와 농어촌특별세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)를 신고하고 이를 사실상 납부하였다고 하더라도 이는 A의 취득세 등 납세의무를 이행한 것에 불과하므로 이로써 원고의 이 사건 각 토지에 대한 취득세 등 납세의무가 소멸했다고 할 수 없다. 또 구 지방세법 제105조 제1항에서 규정하는 ‘부동산의 취득’이란 소유권 이전의 형식에 의한 부동산 취득의 모든 경우를 포함하는 것으로 명의신탁이나 명의신탁 해지로 인한 소유권이전등기를 마친 경우에도 여기에 해당되는 바, A의 취득세 등 납세의무와 명의신탁자인 원고의 취득세 등 납세의무는 구 지방세법 제105조 제1항과 같은 조 제2항에 따라 그 납세의무의 성립요건과 납세의무자를 달리하는 것이고 명의수탁자에 대한 취득세 부과와 명의신탁자에 대한 취득세 부과를 이중과세로 보고 이를 배제하는 명시적 규정도 발견할 수 없는 이상, A에 대한 취득세 등이 납부됐다고 하더라도 이 사건 처분이 이중과세라고 해석할 것도 아니다. 따라서 이 부분에 대한 원고의 주장은 이유 없다. 원고와 A 사이의 명의신탁은 이른바 3자간 등기명의신탁으로 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제4조 제2항 본문에 따라 무효이고, 실제 매수인인 원고는 이 사건 각 토지에 관해 매매계약을 체결하고 매도인에게 매매대금을 지급함으로써 이 사건 각 토지를 사실상 취득했다고 할 것이다. 따라서 설령 원고의 주장처럼 피고 소속 담당 공무원이 원고에게 농지법상 영농법인이 아니면 농지를 취득할 수 없다고 안내해 A명의로 등기했다고 하더라도 실제 매수인인 원고로서는 이 사건 각 토지에 관해 취득세와 농어촌특별세를 납부의무를 면할 수 없다고 봄이 타당하다.

과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 오직 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되는 점(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결, 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결 등 참조), 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 증액경정처분의 위법 여부는 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고 당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과한 점(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조), 경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단으로서 납세의무자로 하여금 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써, 과세관청의 증액경정사유에 대하여는 항고소송으로써 각각 다투게 하는 것은 납세의무자의 권익보호나 소송경제에도 부합하지 않는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다고 할 것이다. 이와 달리 신고납세방식의 조세인 부가가치세에 관하여 매출액 등이 과다신고된 경우라도 납세의무자가 이를 다투기 위해서는 그 부분에 관하여 감액경정청구절차를 밟아야 하고 과세관청의 부과처분에 대한 취소소송에서는 과다신고사유를 주장할 수 없다는 취지로 판시한 대법원 2005. 11. 10. 선고 2004두9197 판결의 견해는 이와 저촉되는 범위에서 변경하기로 한다.

부가가치세법령이 환급세액의 정의 규정, 그 지급시기와 산출방법에 관한 구체적인 규정과 함께 부가가치세 납세의무를 부담하는 사업자(이하 ‘납세의무자’라 한다)에 대한 국가의 환급세액 지급의무를 규정한 이유는, 입법자가 과세 및 징수의 편의를 도모하고 중복과세를 방지하는 등의 조세 정책적 목적을 달성하기 위한 입법적 결단을 통하여, 최종 소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제·환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종 소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 하는 전단계세액공제 제도를 채택한 결과, 어느 과세기간에 거래징수된 세액이 거래징수를 한 세액보다 많은 경우에는 그 납세의무자가 창출한 부가가치에 상응하는 세액보다 많은 세액이 거래징수되게 되므로 이를 조정하기 위한 과세기술상, 조세 정책적인 요청에 따라 특별히 인정한 것이라고 할 수 있다. 따라서 이와 같은 부가가치세법령의 내용, 형식 및 입법취지 등에 비추어 보면, 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부받았는지 여부와 관계없이 부가가치세법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 것으로서, 그 법적 성질은 정의와 공평의 관념에서 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의하여 그 존부나 범위가 구체적으로 확정되고 조세 정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봄이 타당하다. 그렇다면 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무에 대응하는 국가에 대한 납세의무자의 부가가치세 환급세액 지급청구는 민사소송이 아니라 행정소송법 제3조 제2호에 규정된 당사자소송의 절차에 따라야 한다. 그럼에도 이와 달리 부가가치세 환급세액의 지급청구가 행정소송이 아닌 민사소송의 대상이라고 한 대법원 1996. 4. 12. 선고 94다34005 판결, 대법원 1996. 9. 6. 선고 95다4063 판결, 대법원 1997. 10. 10. 선고 97다26432 판결, 대법원 2001. 10. 26. 선고 2000두7520 판결 등과 국세환급금의 환급에 관한 국세기본법 제51조 제1항의 해석과 관련하여 개별 세법에서 정한 환급세액의 반환도 일률적으로 부당이득반환이라고 함으로써 결과적으로 부가가치세 환급세액의 반환도 부당이득반환이라고 본 대법원 1987. 9. 8. 선고 85누565 판결, 대법원 1988. 11. 8. 선고 87누479 판결 등을 비롯한 같은 취지의 판결들은 이 판결의 견해에 배치되는 범위 내에서 이를 모두 변경하기로 한다. ☞ 다수의견에 대하여, 본래 부당이득으로서 국가가 이를 즉시 반환하는 것이 정의와 공평에 합당한 부가가치세 환급세액에 관하여 부가가치세법령에 요건과 절차, 지급시기 등이 규정되어 있고 그 지급의무에 공법적인 의무로서의 성질이 있다는 이유로, 그 환급세액 지급청구를 반드시 행정소송법상 당사자소송으로 하여야 한다고 볼 것은 아니고, 우리나라의 사법체계나 소송실무의 관점에서는 민사소송과 당사자소송의 구별 실익이 그다지 크지 않으며, 수십 년 동안 축적된 대법원 판례를 통하여 일반 국민에게 부가가치세 환급세액의 지급청구는 민사소송의 대상이라는 인식이 확고하게 자리 잡았다고 보일 뿐만 아니라 그와 같은 실무관행도 확립된 상황이므로, 다수의견과 같이 구태여 부가가치세 환급세액 지급청구에 관해서만 판례를 변경하면서까지 이를 당사자소송의 대상으로 보는 것은 국민의 권리구제수단 선택이나 소송실무상 혼란만 일으킬 우려가 있다는 측면에서 바람직하지 않다는 대법관 박보영의 반대의견이 있음

취득세 등은 신고납세방식의 조세로써 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하고 신고하는 행위에 의해 납세의무가 구체적으로 확정되는 것이므로, 납세의무자의 신고행위에 중대하고 명백한 하자가 있지 않다면 원칙적으로 당연무효로 되지는 않는다. 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백해 당연무효에 해당하는지 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악해 합리적으로 판단하여야 한다. 한편 행정처분의 당연무효를 주장해 그 무효확인을 구하는 행정소송에있어서는 원고에게 그 행정처분이 무효인 사유를 주장·증명할 책임이 있다. 원고는 2011년 10월 4일께 이 사건 소를 제기하기까지 과세관청등에 이 사건 부과처분의 하자를 이유로 한 불복청구를 하지 아니한 점 등에 비춰보면 원고가 구체적으로 이 사건 부동산을 매수한다는 점을 알지 못하였다고 하더라도 자신의 명의로 부동산에 관한 소유권이전등기를 마칠 것이라는 사정은 알고 있었다고 보이는바, 원고가 묵시적이나마 부동산의 실체 취득자가 자신의 명의를 사용하는 것에 동의하였다고 봄이 타당하다. 원고가 이 사건 부동산을 원고의 명의로 취득하는 것을 몰랐다고 하더라도 그와 같은 사정은 피고가 이 사건 부과처분을 할 당시 전혀 알 수 없는 사정이어서 이런 사유가 중대, 명백한 하자에 해당한다고 할 수 없으므로 원고가 주장하는 하자가 있다고 할지라도 그 위법을 이유로 이 사건 부과처분이 무효라고 볼 수는 없다.