부가가치세 환급세액의 지급을 구하는 소송은 민사소송이 아닌 행정소송으로 제기해야 한다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 과다책정된 부가가치세와 실제 납입해야 할 세액의 차액을 돌려달라는 청구권의 성질은 민법상 부당이득 반환청구권이 아니라 공법상 권리이므로 행정소송법상 법률관계를 확정하는 '당사자 소송'에 의해야 한다는 취지다. 대법원 전원합의체(주심 신영철 대법관)는 21일 세금을 환급받을 수 있는 채권을 양수한 (주)아시아신탁이 "부가가치세 환급금 13억 9100여만원을 지급하라"며 국가를 상대로 낸 양수금 청구소송 상고심(☞ 2011다95564)에서 사건을 의정부지법 행정부로 이송한 원심을 확정했다. 이번 판결로 개별 세법에서 정한 환급세액의 반환도 일률적으로 부당이득반환이라고 본 기존의 대법원 판결(87누479)은 변경됐다. 재판부는 판결문에서 "납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부받았는지 여부와 관계 없이 부가가치세법령의 규정에 의해 직접 발생하는 것으로, 그 법적 성질은 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의해 그 존재여부와 범위가 구체적으로 확정되고 조세정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "국가에 대한 납세의무자의 부가가치세 환급세액 지급청구는 민사소송이 아니라 행정소송법 제3조2호에 규정된 당사자소송의 절차에 따라야 한다"고 덧붙였다. 그러나 박보영 대법관은 "소송실무의 관점에서 민사소송과 당사자소송의 구별실익이 그다지 크지 않다"며 "수십년 동안 축적된 대법원 판례를 통해 일반 국민에게 부가가치세 환급세액의 지급청구는 민사소송의 대상이라는 인식이라는 확고하고 실무관행도 확립된 상황이므로 구태여 부가가치세 환급세액지급청구에 관해서만 판례를 변경하면서까지 이를 당사자소송의 대상으로 보는 것은 소송실무만 혼란만 일으킬 우려가 있다는 측면에서 바람직하지 않다"는 반대의견을 냈다. 아시아신탁은 2009년 3월 A건설회사로부터 13억 9100여만원의 부가가치세 환급금채권을 양수받았다. 아시아신탁은 A사를 대리해 파주세무서에 채권양도 통지한 뒤 양수금 지급을 청구했으나 세무서가 지급을 거부하자 소송을 냈다. 1심을 맡은 의정부지법 민사부는 원고일부승소 판결했으나, 2심인 서울고법은 "부가가치세법상의 환급세액은 조세법적인 원리가 그대로 적용되므로 환급세액 반환청구소송은 전문법원인 행정법원에서 공법상 당사자 소송을 통해 심리·판단해야 한다"며 1심판결을 취소하고 의정부지법 행정부로 사건을 이송하는 판결을 내렸다. 소순무 법무법인 율촌 변호사는 "이번 판결로 부가가치세 환급세액을 지급하라는 소송의 당사자들은 행정법원이 설치된 지방법원 본원을 찾아가야 하는 불편을 감수해야 하지만, 전문적인 행정법원에서 재판을 받게 됐다"고 말했다.

변호사 개인계좌로 입금된 수임료를 법무법인 매출로 보고 법인세를 부과한 것은 정당하다는 판결이 나왔다. 대부분의 법무법인은 변호사들이 각자 수임한 사건과 해결한 건수에 따라 급여를 지급하는 독립채산제로 운영되고 있다. 개인사무실보다 법인형태로 사무실을 운영하는 것은 필요경비공제 등 세금 혜택을 더 많이 받을 수 있기 때문이다. 이번 판결은 세금 혜택을 받기 위해 독립채산제 형식으로 운영되는 법무법인은 변호사 개인이 고의로 누락한 수임료도 일단 법인세 매출에 합산해 세금을 내고 이후 변호사 개인에게 구상해야 한다는 취지다. ◇변호사가 누락한 수임료도 법무법인 수입에 합산해 세금 산정= A법무법인은 소속 변호사들이 독립된 사무실에서 각자의 사무장을 두고 사건을 수임해 처리하는 독립채산제 형태의 법무법인이다. 문제는 이 법인이 사건 수임료를 관리하는데 법인 명의의 계좌를 사용한 것이 아니라 변호사 개인계좌를 사용하면서 벌어졌다. 소속 변호사던 B씨가 2009~2010년 본인이 수임한 사건과 수임료 6870만원을 받은 사실을 제대로 알리지 않고 법무법인을 나가 개인사무실을 차린 것이다. 이를 몰랐던 A법무법인은 B변호사의 수임료를 누락해 법인세와 부가가치세를 신고했지만, 수임료 누락 사실을 안 세무서는 B변호사가 누락한 수임료를 법인의 수입금액으로 가산해 법인세 760여만원과 부가가치세 830여만원을 내라고 고지했다. A법인은 누락된 수임료는 B변호사 개인계좌로 입금된 개인 소득이고, 법무법인은 이 사실을 몰랐다며 조세심판원에 심판청구를 했지만 받아들여지지 않자 지난해 1월 소송을 냈다. 서울행정법원 행정11부(재판장 문준필 부장판사)는 지난 8일 A법무법인이 서초세무서를 상대로 낸 부가가치세 등 부과처분 취소소송(2012구합35191)에서 원고패소 판결했다. 법무법인은 소속 변호사의 수임료 누락을 알았는지와 상관없이 법인세와 부가세를 내야 하는 것이다. 재판부는 판결문에서 "A법무법인은 독립채산제로 운영하며 소속 변호사의 개인계좌에 입금된 수임료를 합산해 수입금액을 산정하고 법인세와 부가세를 신고했다"며 "따라서 소속 변호사로 근무하면서 급여를 받은 B변호사의 계좌에 입금된 수임료는 법무법인의 매출로 봄이 상당하다"고 밝혔다. 재판부는 "부가가치세와 법인세를 부과할 때 납세자의 고의나 과실은 고려하지 않으므로 법무법인의 수입금액에 가산해 세금을 부과한 것은 적법하다"고 덧붙였다. ◇세금 낸 법무법인은 변호사에게 구상하거나 환급받아야= 서초동의 한 변호사는 "독립채산제 법무법인에서 소속 변호사가 법무법인을 나갈 때는 보통 세금 문제를 다 정산하고 나간다"고 말했다. 하지만 뒤늦은 세무조사 등으로 현재 일하지 않고 있는 변호사가 받은 수임료에 대해 법인에 세금이 부과되는 경우도 있다. 그는 "이럴 때는 법무법인이 변호사에게 구상하거나 법인자금을 횡령한 부분에 대해 손해배상을 청구하는 방법이 있다"고 설명했다. 이런 방법으로도 법무법인과 변호사 간에 세금 문제가 원활하게 해결되지 않으면 법무법인은 일단 부과된 세금을 내고 변호사의 소득금액 누락에 관해 대손금 처리를 하면 된다. 손금 비용으로 처리해 다음 사업연도에 법인세를 환급받는 것이다. 서울지역의 한 판사는 "요즘 과세당국이 법원 판결을 통해 변호사의 사건수임 사실을 확인하는 방법으로 세금 탈루사실을 살펴보고 있어 세금 신고를 제대로 하지 않는 변호사들은 주의해야 한다"고 말했다.

토지를 샀으나 이전등기를 하지 않은 매수인이 전 주인을 상대로 소유권이전등기소송을 냈다가 조정을 통해 합의금을 받는 조건으로 토지를 전 주인에게 되팔았다면 유상으로 이전한 것이므로 양도소득세를 내야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정3단독 문보경 판사는 지난달 20일 토지 소유권이전 소송을 냈다가 임의조정에 합의한 이모씨가 서초세무서를 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2012구단4534)에서 원고승소 판결했다. 문 판사는 판결문에서 "양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도·교환 등으로 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다"며 "이씨는 합의금을 받고 토지를 유상으로 이전했다고 보는 것이 상당하므로 이는 소득세법상 양도에 해당한다"고 밝혔다. 그러나 문 판사는 이씨가 미등기 상태로 토지를 양도했다는 이유로 중과세율을 적용받은 부분에 대해서는 "이씨에게 자산의 미등기양도를 통한 조세회피 목적이나 전매이득취득 등 투기목적이 없는 것으로 인정되므로 중과세해선 안 된다"고 덧붙였다. 1985년 남양주시의 땅을 산 이씨는 소유권 이전등기를 하지 않은 채로 점유하고 있다가 자신의 땅에 박물관 건립사업이 시작되자 보상금을 받으려고 했다. 토지보상금은 등기명의자에게만 줄 수 있다는 답변을 들은 이씨는 등기명의자인 전 소유자 정모씨를 상대로 점유취득시효를 주장하며 소유권 이전등기소송을 냈다. 이씨와 정씨는 소유권을 이전받지 않는 대신 합의금 1억8200만원을 받기로 하는 내용의 임의조정에 합의했으며 이씨는 양도소득세 3800여만원을 냈다. 하지만 서초세무서는 이씨가 투기목적으로 토지를 등기하지 않은 상태에서 양도했다며 중과세율을 적용해 양도소득세와 가산세 9000여만원을 부과하자 이씨는 "임의조정 합의금은 양도소득세 대상이 아니고, 맞다고 하더라도 투기 목적이 없었으므로 중과세 대상이 아니다"라며 지난해 2월 소송을 냈다.

국가 로펌인 정부법무공단이 기업이 낸 500억원대 세금 환급 소송에서 승소해 주목을 끌고 있다. 정부법무공단(이사장 김필규)은 로또 1기 사업자인 ㈜코리아로터리서비스(KLS)가 천안세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2011두12856)에서 정부 측인 세무서를 대리해 상고심 재판에 나섰다. 서울 서초구에 본사를 두고 있던 KLS는 2003년 회사를 천안시로 이전했는데, 자신들이 구(舊) 조세특례제한법상 지방이전기업에 해당해 법인세 감면 대상에 해당함에도 불구하고 국가가 2003~2007년까지 5년간 503억여원의 법인세를 부과한 것은 부당하다는 소송을 내 1, 2심에서 승소한 상태였다. 구 조세특례제한법은 일정 업종에 해당하는 기업이 수도권 과밀억제권역 외의 지방으로 본사를 이전하면 10년간 법인세 감면 혜택을 주도록 했다. 공단은 상고심에서 KLS가 지방이전을 해도 법인세 감면 혜택을 받을 수 없는 '복권발행업'에 해당한다는 점을 적극 주장했다. KLS는 1심 때부터 "국민은행이 복권발행업자이며, 우리는 국민은행의 복권발행업무를 기술적으로 지원한 것에 불과하다"고 주장해왔다. 하지만 공단은 KLS가 로또 발매시스템 구축에서부터 마케팅 지원까지 전 과정을 전담해 사실상 복권발행업을 대행했다는 주장을 펼쳤다. 특히 KLS가 5년간 국민은행에서 로또 발행 수수료로만 1조 3737억원을 벌어 들였는데 수수료 지급방식이 복권 매출액에 따라 일정 비율을 받는 방식을 취해 사실상 로또 판매업까지 한 것이라고 강조했다. 공단은 또 구 조세특례제한법상 법인세 감면규정이 수도권 집중 완화와 실질적인 지방 경제 활성화를 위해 만들어진 것인데, KLS는 전직원이 10여명에 불과해 이같은 입법 목적에도 맞지 않는다고 지적했다. 공단의 소송 전략은 맞아 떨어졌다. 대법원 행정2부(주심 김용덕 대법관)는 최근 KLS의 손을 들어줬던 원심을 깨고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세 감면 제외 업종인 '복권발행업'에는 복권사업자가 자기의 계정과 책임 하에 복권을 발행하는 산업활동뿐만 아니라 복권사업자와 계약에 의해 복권발행의 전반적인 업무를 대행하는 산업활동도 포함된다"고 밝혔다. 재판부는 "KLS가 단순히 복권 발매시스템의 구축과 유지관리용역 제공에 그친 것이 아니라, 단말기 제작 및 유지보수, 마케팅 지원, 판매유통망 관리 등 온라인 복권 발행사업의 전반적인 운영 용역을 제공했을 뿐만 아니라 용역 대가 역시 복권 매출액에 연동해 받았다"면서 "KLS가 복권 발행의 전반적인 업무를 대행했다고 볼 수 있어 조세감면대상에서 제외되는 '복권발행업'에 해당한다"고 판단했다. 사건을 담당한 손호철(44·사법연수원 35기) 변호사는 "법인세 감면 대상 업종을 판단할 때는 사업 내용의 실질과 근거 조항의 입법취지를 고려해야 한다는 것이 판결의 취지"라며 "이번 대법원 판결이 공평·실질 과세 등 조세 정의를 실현하는 데 크게 기여할 것으로 기대한다"고 말했다. 2008년 2월 출범한 공단은 각종 국가·행정소송과 헌법소송에서 정부측을 대리해 무려 80％에 육박하는 승소율을 보이고 있다. 특히 지난 2011년에는 금지금(金地金) 사건을 맡아 승소해 무려 3조원의 부가가치세 부당 환급을 막아냈다. 공공기관 법률자문과 정부 발주 연구용역 과제도 수행해 법치행정이 뿌리내리는 데도 기여하고 있다.

인터넷 오픈마켓 운영자가 상품 구매자에게 지급한 할인쿠폰 금액만큼 상품 판매자의 오픈마켓 이용료를 공제했다면 부가가치세를 부과해서는 안된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 함상훈 부장판사)는 지난달 25일 G마켓을 운영하는 이베이코리아가 "쿠폰으로 할인판매한 금액은 부가가치세 대상이 아니다"며 역삼세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2011구합20390 등)에서 "부가가치세 184억4200여만원을 취소하라"며 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 에누리액은 재화 또는 용역의 공급 당시 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액"이라며 "이베이가 시행하는 쿠폰할인으로 판매회원이 상품판매 가격을 인하한 만큼 G마켓 서비스 이용료를 공제한 것은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 에누리액에 해당한다"고 밝혔다. 역삼세무서는 이베이가 할인금액 상당의 판매대금 일부를 구매회원을 대신해 판매회원에게 지급해 준 것이라고 주장했지만, 재판부는 "쿠폰할인은 판매 증진을 통한 수익 증대라는 이베이와 판매회원의 공통 이해관계를 연결고리로 해 상품가격 할인이 이뤄지면 같은 금액만큼 서비스 이용료의 할인이 이뤄지는 것"이라며 받아들이지 않았다. 이베이는 2003년부터 쿠폰 지급 등 각종 할인제도를 시행하면서 구매회원에게 물품 가격을 할인해 주고, 판매회원에게는 서비스 이용료에서 쿠폰 할인액만큼을 공제해줬다. 하지만 감사원은 2010년 "쿠폰할인은 이베이가 매출증대를 위해 부담하는 판매촉진비 성격이지 에누리액은 아니다"라며 역삼세무서에 감사결과를 통보했고, 역삼세무서는 639억8200여만원의 부가가치세를 부과했다. 이베이는 조세심판원에 심판을 청구해 455억3900여만원의 부가가치세를 취소한다는 처분을 받았지만, 나머지 부가세처분도 취소해 달라며 2011년 6월 소송을 냈다.

어린이집이 지방자치단체 보조금을 받을 때 신고한 정원보다 많은 수의 어린이를 맡아 보육했다면 보조금을 부정수령한 것으로 봐야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 적극적인 부정행위가 있어야 형사처벌이 가능한 조세범 등과는 달리 보조금 부정 수령행위는 신고사항을 누락한 소극적 행위만으로도 행정제재가 가능하다는 취지다. 이번 판결을 근거로 국가나 지자체는 각종 보조금 수령에 따른 의무를 제대로 이행하지 않는 자를 대상으로 보조금 환수 등의 행정제재를 가할 수 있을 것으로 보인다. 대법원 행정1부(주심 김창석 대법관)는 지난달 27일 어린이집 원장 석모씨가 경남 사천시를 상대로 낸 보육시설장 자격정지등처분 취소소송 상고심(2011두30182)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 부산고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "'부정한 방법으로 보조금을 교부받은 때'란 보조금 교부에 관한 의사결정에 영향을 미칠 수 있는 적극적·소극적 행위를 모두 포함하는 것으로, 조세범 처벌이나 퇴직연금 반환 등에서 문제되는 행위처럼 받드시 적극적인 부정행위가 있어야만 하는 것은 아니다"라고 밝혔다. 이어 "석씨는 정원 외 유아 12명을 몰래 위탁받아 보육하면서 결과적으로 보육교사들에게 배치기준을 초과해 보육하게 했고, 사천시는 배치기준에 따른 적정한 보육이 이뤄지는 것을 전제로 보조금을 지급했다고 할 것이므로 석씨는 정상적인 절차에 의해서는 보조금을 지급받을 수 없음에도 불구하고 이같은 부정행위를 해 보조금 교부에 관한 사천시의 의사결정에 영향을 미쳤으므로 자격정지 등 처분은 모두 정당하다"고 설명했다. 사천시는 2009년 10월 정부지원 보육시설 감사를 통해 석씨가 운영하는 어린이집이 정원 외 12명의 유아를 위탁 보육한 사실을 확인하고 보육시설장 자격정지 45일, 보조금 9600만원 환수, 1년간 정원 20% 감축 등의 처분을 내렸다. 석씨는 경남행정심판위원회에 행정심판을 청구해 보조금 환수액을 3800여만원으로 낮춘다는 재결을 받아냈다. 석씨는 "인건비 보조금 전액을 교사 급여로 사용했고 그동안 경고나 시정명령을 받지 않았다"며 보육시설장 자격정지 처분과 보조금 환수처분 등을 취소해달라는 소송을 냈다. 1심은 원고패소판결했으나, 2심은 "'부정한 방법으로 보조금을 지급받은 때'는 적극적인 방법으로 받을 수 없는 급여를 받은 경우를 말하고, 신고의무 등을 소극적으로 게을리한 것은 이에 해당하지 않는다"며 원고승소 판결했다.

1심 판결의 부동산 취득가액이 항소심 강제조정에서 그대로 인정됐다면, 강제조정의 내용을 지방세법상 '판결문에 의해 취득가격이 입증'되는 경우로 봐야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정4부(재판장 이인형 부장판사)는 지난달 12일 부동산 매수인 윤모씨가 "1심과 동일하게 부동산 취득가액을 7억여원으로 인정한 항소심 강제조정을 인정하지 않고, 시가표준액 11억여원에 따라 세금을 부과한 것은 위법하다"며 서울시 강남구청장을 상대로 낸 취득세 부과처분 취소소송(2012구합21949)에서 "취득세 등 2790만원의 부과처분을 취소한다"며 원고승소 판결을 내렸다. 구 지방세법 제111조 1항과 2항은 취득세의 과세표준을 취득자가 신고한 취득당시의 가액으로 하고, 신고가액이 시가표준액에 미달할 때 시가표준액을 과세표준으로 규정하고 있다. 다만, 같은조 5항은 판결문에 의해 취득가격이 입증되면 신고가액이 시가표준액에 미달하더라도 판결에 따르도록 규정하고 있다. 여기에는 화해·포기·인낙·의제자백에 의한 것은 제외되며, 조정은 화해와 같은 효력을 가지기 때문에 문제가 됐다. 재판부는 판결문에서 "구 지방세법 제111조5항이 판결문에 의해 취득가격이 입증되는 경우 취득세 과세표준을 사실상의 취득가격에 의하도록 규정하고 있는 취지는, 사실상의 취득가격을 용이하게 확인할 수 있고 명백하게 드러나 있어 조작의 염려가 없다는 데 있다"고 밝혔다. 재판부는 "강제조정의 내용은 1심 판결과 동일한 부동산 매매대금을 인정하고 있어 항소심 재판부의 판단은 1심 재판부와 동일한 것으로 해석할 수 있다"며 "이에 대해 당사자들의 조작 가능성이 반영된 것이라고 볼 수 없다"고 설명했다. 이어 "항소심에서 사건의 종국 형식이 조정에 갈음하는 결정이라고 해 동일한 취득가액을 인정한 1심 판결 선고 후 사건이 확정됐을 경우와 다르게 판단하는 것은 불합리하다"며 "민사소송에 의해 확정된 판결문에는 1심 판결이 선고된 후 항소심에서 부동산 취득가액에 대해 1심 판결과 동일한 내용을 반영한 조정에 갈음하는 결정이 확정된 경우 1심 판결이 포함되는 것으로 해석하는 것이 지방세법의 취지에 부합한다"고 덧붙였다. 법원 관계자는 "윤씨의 소유권이전등기청구소송의 항소심 강제조정 내용은 1심 판결과 부동산 매매대금의 변제방법만 달리하고 취득가액은 동일하다"며 "항소심 강제조정은 비록 판결은 아니지만, 1심에서 당사자들이 다툰 사안이고 취득가액도 1심과 같기 때문에 일반적인 당사자 사이의 화해와 달리 판결문에 준하는 것으로 볼 수 있다는 취지의 판결"이라고 설명했다. 서울시 청담동의 연립주택을 7억여원에 매수한 윤씨는 매도인이 소유권이전등기절차를 이행하지 않자 2005년 4월 소유권이전등기소송을 내 승소했다. 매도인은 판결에 불복해 항소했으나 2008년 7월 항소심에서도 1심 판결과 같은 내용의 강제조정이 성립됐다. 이어 윤씨는 2008년 9월 연립주택 취득가액 7억여원을 과세표준으로 해 취득세 등 3300여만원을 신고했으나 강남구청은 "윤씨의 연립주택 취득은 판결문에 의해 취득가액이 입증되는 취득에 해당하지 않는다"며 2011년 11월 시가표준액 11억여원에서 윤씨가 신고한 7억여원의 차액 3억9000여만원에 대한 취득세 등 2790만원을 부과했다. 윤씨는 지난 1월 조세심판원에 심판을 청구했으나 기각되자 지난 7월 소송을 냈다.

인터넷 오픈마켓은 상품중개업자가 아니라 부가통신업자이므로 농어촌특별세를 낼 필요가 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정4부(재판장 이인형 부장판사)는 지난 19일 인터넷 오픈마켓인 G마켓을 운영하는 이베이코리아가 역삼세무서장을 상대로 낸 농어촌특별세 부과처분 취소소송(2012구합18059)에서 "G마켓은 농어촌특별세 부과 대상이 아닌 부가통신업자"라며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "조세특례제한법 제6조에 의하면 부가통신업을 영위하는 기업은 세액의 100분의 50이 감면되고, 상품중개업을 영위하는 기업에 대해서는 세액감면이 인정되지 않는다"며 "G마켓은 인터넷 사이트에서 수행되는 전자적 기능에 의해 상품거래가 이뤄지도록 하는 설비와 관련된 기술을 보유해 사업을 영위하는 부가통신업체에 해당한다"고 밝혔다. 재판부는 "상품중개업은 판매자와 구매자를 발굴하고 이들에게 거래조건을 제시하는 등 상품매매계약이 체결되도록 하는 행위"라며 "G마켓은 회원들의 상품정보·대금결제·배송정보의 입력 및 검색 등의 전자적 기능을 이용해 정보검색망 이용을 판매회원과 구매회원에게 제공하는 부가통신업 사업을 한 것"이라고 설명했다. 이어 "G마켓을 법인세 감면대상이 아닌 상품중개업으로 전제하고 법인세 감액분에 대한 농어촌특별세를 부과한 처분은 위법하다"고 지적했다. 이베이코리아는 조세특례제한법에 따라 법인세 100분의 50이 감면되는 부가통신업이라는 이유로 2005~2008년 사업연도까지 법인세를 감면받았다. 역삼세무서는 2010년 1월 이베이코리아가 법인세 감면대상이 아닌 상품중개업에 해당한다며 170억여원의 법인세를 부과했으나, 이베이코리아는 2010년 4월 조세심판원에 심판을 청구해 법인세 22억여원을 감액받았다. 역삼세무서는 2011년 8월 "G마켓은 상품중개업에 해당하므로 법인세 감액에 따른 농어촌특별세를 납부해야 한다"며 농어촌특별세 5억6000여만원을 부과했다. 이베이코리아는 농어촌특별세 부과에 불복해 2011년 10월 조세심판원에 심판을 청구했으나 기각되자 지난 6월 소송을 냈다.

세무서가 조세심판원의 재조사 결정에 따라 과세 경정 처분을 하면서 처음에 민원인에게 부과된 세금보다 더 높은 세금을 부과하는 것은 국세기본법상 불이익변경금지 원칙 위반으로 위법하다는 항소심 첫 판결이 나왔다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난달 26일 정모씨가 용인세무서장 등을 상대로 낸 부가가치세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누21616)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 "피고의 종합소득세 369만원 증액처분을 취소한다"며 원고일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "국세기본법 제79조2항은 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 해 불이익변경금지 원칙을 규정하고 있다"며 "재조사결정은 처분청의 후속 처분에 따라 내용이 보완됨으로써 효력이 발생하므로, 불리한 결정인지 여부는 심판청구를 한 처분과 재조사결정의 후속 처분에 따른 처분을 비교해 판단하는 것이 타당하다"고 밝혔다. 재판부는 "용인세무서장은 2010년 1월 2001~2003년 귀속 종합소득세 부과처분을 했다가 조세심판원의 재조사결정 후 같은 해 11월 당초 처분에서 증액하는 처분을 했다"며 "증액 부분은 국세기본법 제79조2항에서 정한 불이익변경금지 원칙에 위배돼 무효"라고 지적했다. 약국운영자인 정씨는 2010년 1월 매출을 누락했다는 이유로 용인세무서로부터 종합소득세 3억1000여만원, 동작세무서로부터는 부가가치세 1억8200여만원의 부과처분을 받자, 같은 해 7월 조세심판원에 심판청구를 내 재조사 결정을 받았다. 재조사 후 동작세무서는 부가가치세를 일부 감액했지만, 용인세무서는 오히려 종합소득세를 일부 증액하는 경정처분을 하자 정씨는 12월 소송을 냈으나 1심에서 패소했다.

부동산 매수인이 계약금만 지급한 상태에서 부동산을 양도한 것을 미등기 전매로 보고 양도세를 중과한 것은 부당하다는 대법원 판결이 나왔다. 소득세법 제104조3항은 부동산 투기를 막기 위해 부동산을 취득한 뒤 등기를 하지 않고 양도하는 행위에 대해 양도소득 과세표준의 70%의 중과세율을 적용하도록 규정하고 있다. 대법원 행정1부(주심 김창석 대법관)는 지난달 27일 윤모(56)씨가 부천세무서를 상대로 낸 양도소득세 및 주민세 부과처분 취소소송 상고심(2010두23408)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "소득세법상 토지 양도는 등기를 마친 소유권 뿐만 아니라 매수 후 그 대금의 거의 전부를 지급한 사실상의 소유권 양도도 포함하는 것이나, 토지의 매수인이 계약금만 지급한 정도로는 그 토지에 대한 사실상의 소유권을 취득했다고 할 수 없고 이 상태에서 다시 타인에게 양도한 것은 매수인의 권리나 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것에 불과하다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "소득세법상 중과세되는 미등기 양도자산은 '그 자산 취득에 관한 등기를 하지 않고 양도하는 것'을 말한다고 돼 있어 토지에 대한 계약금만 지급한 상태에서 그 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도하는 경우에는 매매 당사자간에 대금완급 전이라도 소유권이전등기를 먼저 넘겨주기로 특약을 하는 등 특별한 사정이 없는 한 그 자산의 취득에 관한 등기 자체가 원칙적으로 불가능한 것이므로 이를 양도했다고 해서 소득세법상 미등기 양도자산에 해당한다고 볼 수 없으므로 중과세율이 아닌 통상의 양도소득세율을 적용해야 한다"고 설명했다. 재판부는 "윤씨가 토지에 관한 권리를 양도한 것이 조세회피 목적이나 전매이득 취득 등 투기 목적이 있었다고 볼 수 없고 분양계약 체결 후 사실상의 소유권 내지 처분권을 확보하지 않은 상태에서 이를 다시 양도했다고 해서 윤씨에게 책임을 추궁하는 것은 가혹하다고 볼 수 있으므로 양도소득세 중과세율이 적용되는 미등기 양도자산에서 제외된다고 판단한 원심은 정당하다"고 덧붙였다. 대한주택공사로부터 경기도 부천시 토지 1만 1만3420㎡를 임차해 자동차 운전면허학원을 운영하던 윤씨는 차임을 연체해 소송을 당했고, 윤씨가 부지를 35억여원에 매입하는 조정이 성립됐다. 2001년 6월 3억5000여만원의 계약금을 건넨 상태에서 윤씨는 토지와 건물, 운전면허학원의 운영과 관련된 권리를 합쳐 50억원에 김모씨 등 2명에게 매도했다. 부천세무서는 2007년 6월 미등기 양도자산에 관한 중과세율을 적용해 양도소득세 16억여원을 부과하자 윤씨는 소송을 냈다. 1심은 윤씨가 조세를 포탈할 목적으로 등기를 하지 않은 자산을 양도했다고 보고 원고패소 판결했으나, 2심은 "윤씨가 투기목적 없이 분양대금을 납부할만한 처지가 못돼 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도했다"며 원고승소 판결했다. 윤성식 대법원 공보관은 "전속적 매수 지위가 확정된 아파트 분양권자와는 달리 일반 부동산 매매에서는 매도인이 계약금의 배액을 상환하는 방식으로 언제든지 매매계약을 해제할 수 있으므로 매수인이 이를 양도한 것은 소유권 양도라고 볼 수 없다는 법리에 따른 판결"이라고 설명했다.