의약품을 할인해서 팔면서 원래 금액대로 세금계산서를 발행했다면 나중에 할인해준 실제가격으로 수정한 세금계산서를 발행했더라도 위법하다는 판결이 나왔다. 법에서 정한 수정 사유에 해당하지 않는 이상 거래의 실질과 부합한다고 해도 구 조세범처벌법이 금지한 '사기 기타 부정한 행위로 조세를 포탈한 행위'에 해당한다는 취지다. 서울고법 형사7부(재판장 윤성원 부장판사)는 지난달 21일 2억여원의 부가가치세를 포탈한 혐의(조세범처벌법 위반)로 기소된 한국아벡스제약 대표이사 이모씨에 대한 항소심(2012노1516)에서 무죄판결한 1심을 파기하고 징역 6월에 집행유예 1년을 선고했다. 재판부는 판결문에서 "이씨는 거래처에 의약품을 25~65% 할인한 금액으로 공급하면서 세금계산서에는 정상 단가에 공급한 것처럼 기재하고 할인해 준 금액은 별도로 외상채권으로 장부에 기재했다"며 "그후 이씨는 납부해야 할 부가가치세를 줄이기 위해 '단가차액'이란 명목으로 외상채권을 감액한 수정세금계산서를 발행했다"고 밝혔다. 재판부는 "하지만 이씨가 다시 발행한 수정세금계산서는 부가가치세법에 정해진 수정세금계산서 발급사유에 해당하지 않는다"며 "이씨가 부가가치세를 포탈할 의도가 있었음이 분명하고 부가가치세 확정신고 때 수정세금계산서를 기초로 그만큼 매출액을 감소시킴으로써 과세표준과 세액에 관한 허위신고를 한 것"이라고 설명했다. 재판부는 "1심은 수정세금계산서가 약품 단가를 할인해 공급한 거래의 실질과 부합하므로 구 조세범 처벌법의 '사기 기타 부정한 행위'에 해당하지 않다고 판단해 무죄판결했다"며 "하지만 이같은 행위는 허위신고를 한 데 그친 것이 아니라 법에서 정한 사유에 해당하지 않는 수정세금계산서를 발행해 조세징수를 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위로 '사기 기타 부정한 행위'에 해당한다"고 지적했다.

세무서가 조세심판원의 재조사 결정에 따라 과세 경정 처분을 하면서 처음에 민원인에게 부과된 세금보다 더 높은 세금을 부과하는 것은 국세기본법상 불이익변경금지 원칙 위반으로 위법하다는 항소심 첫 판결이 나왔다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난달 26일 정모씨가 용인세무서장 등을 상대로 낸 부가가치세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누21616)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 "피고의 종합소득세 369만원 증액처분을 취소한다"며 원고일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "국세기본법 제79조2항은 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 해 불이익변경금지 원칙을 규정하고 있다"며 "재조사결정은 처분청의 후속 처분에 따라 내용이 보완됨으로써 효력이 발생하므로, 불리한 결정인지 여부는 심판청구를 한 처분과 재조사결정의 후속 처분에 따른 처분을 비교해 판단하는 것이 타당하다"고 밝혔다. 재판부는 "용인세무서장은 2010년 1월 2001~2003년 귀속 종합소득세 부과처분을 했다가 조세심판원의 재조사결정 후 같은 해 11월 당초 처분에서 증액하는 처분을 했다"며 "증액 부분은 국세기본법 제79조2항에서 정한 불이익변경금지 원칙에 위배돼 무효"라고 지적했다. 약국운영자인 정씨는 2010년 1월 매출을 누락했다는 이유로 용인세무서로부터 종합소득세 3억1000여만원, 동작세무서로부터는 부가가치세 1억8200여만원의 부과처분을 받자, 같은 해 7월 조세심판원에 심판청구를 내 재조사 결정을 받았다. 재조사 후 동작세무서는 부가가치세를 일부 감액했지만, 용인세무서는 오히려 종합소득세를 일부 증액하는 경정처분을 하자 정씨는 12월 소송을 냈으나 1심에서 패소했다.

부동산 매수인이 계약금만 지급한 상태에서 부동산을 양도한 것을 미등기 전매로 보고 양도세를 중과한 것은 부당하다는 대법원 판결이 나왔다. 소득세법 제104조3항은 부동산 투기를 막기 위해 부동산을 취득한 뒤 등기를 하지 않고 양도하는 행위에 대해 양도소득 과세표준의 70%의 중과세율을 적용하도록 규정하고 있다. 대법원 행정1부(주심 김창석 대법관)는 지난달 27일 윤모(56)씨가 부천세무서를 상대로 낸 양도소득세 및 주민세 부과처분 취소소송 상고심(2010두23408)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "소득세법상 토지 양도는 등기를 마친 소유권 뿐만 아니라 매수 후 그 대금의 거의 전부를 지급한 사실상의 소유권 양도도 포함하는 것이나, 토지의 매수인이 계약금만 지급한 정도로는 그 토지에 대한 사실상의 소유권을 취득했다고 할 수 없고 이 상태에서 다시 타인에게 양도한 것은 매수인의 권리나 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것에 불과하다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "소득세법상 중과세되는 미등기 양도자산은 '그 자산 취득에 관한 등기를 하지 않고 양도하는 것'을 말한다고 돼 있어 토지에 대한 계약금만 지급한 상태에서 그 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도하는 경우에는 매매 당사자간에 대금완급 전이라도 소유권이전등기를 먼저 넘겨주기로 특약을 하는 등 특별한 사정이 없는 한 그 자산의 취득에 관한 등기 자체가 원칙적으로 불가능한 것이므로 이를 양도했다고 해서 소득세법상 미등기 양도자산에 해당한다고 볼 수 없으므로 중과세율이 아닌 통상의 양도소득세율을 적용해야 한다"고 설명했다. 재판부는 "윤씨가 토지에 관한 권리를 양도한 것이 조세회피 목적이나 전매이득 취득 등 투기 목적이 있었다고 볼 수 없고 분양계약 체결 후 사실상의 소유권 내지 처분권을 확보하지 않은 상태에서 이를 다시 양도했다고 해서 윤씨에게 책임을 추궁하는 것은 가혹하다고 볼 수 있으므로 양도소득세 중과세율이 적용되는 미등기 양도자산에서 제외된다고 판단한 원심은 정당하다"고 덧붙였다. 대한주택공사로부터 경기도 부천시 토지 1만 1만3420㎡를 임차해 자동차 운전면허학원을 운영하던 윤씨는 차임을 연체해 소송을 당했고, 윤씨가 부지를 35억여원에 매입하는 조정이 성립됐다. 2001년 6월 3억5000여만원의 계약금을 건넨 상태에서 윤씨는 토지와 건물, 운전면허학원의 운영과 관련된 권리를 합쳐 50억원에 김모씨 등 2명에게 매도했다. 부천세무서는 2007년 6월 미등기 양도자산에 관한 중과세율을 적용해 양도소득세 16억여원을 부과하자 윤씨는 소송을 냈다. 1심은 윤씨가 조세를 포탈할 목적으로 등기를 하지 않은 자산을 양도했다고 보고 원고패소 판결했으나, 2심은 "윤씨가 투기목적 없이 분양대금을 납부할만한 처지가 못돼 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도했다"며 원고승소 판결했다. 윤성식 대법원 공보관은 "전속적 매수 지위가 확정된 아파트 분양권자와는 달리 일반 부동산 매매에서는 매도인이 계약금의 배액을 상환하는 방식으로 언제든지 매매계약을 해제할 수 있으므로 매수인이 이를 양도한 것은 소유권 양도라고 볼 수 없다는 법리에 따른 판결"이라고 설명했다.

'삼성가(家) 상속 분쟁' 재판에서 특검 기록의 해석을 놓고 공방이 벌어졌다. 서울중앙지법 민사32부(재판장 서창원 부장판사)는 26일 이건희(70) 삼성전자 회장을 상대로 형 이맹희(81) 전 제일비료 회장과 누나 이숙희(77)씨 등이 낸 주식인도 소송(2012가합503883 등)의 다섯 번째 변론을 열었다. 화우는 특검기록에 포함된 삼성 측의 상고이유서와 이학수 전 삼성그룹 부회장의 진술을 근거로 공격에 나섰고, 이 회장 측은 전체 맥락을 무시한 채 일부만 인용해 왜곡한 것이라며 반박했다. 재판부는 선대 회장 사망 당시의 차명주식의 이후 거래 흐름을 쟁점으로 제시했다. ◇"대상재산 법리 삼성도 인정" vs "조세포탈에 대한 주장"= 이맹희씨 등을 대리하는 법무법인 화우는 특검기록을 인용하며 "삼성 측은 차명주식의 관리원칙은 차명재산의 현상(現狀) 유지이며, 차명주식 거래의 실질은 차명주식의 명의인 변경에 불과하다는 점을 스스로 인정했다"고 주장했다. 이 건희 회장이 실명전환한 삼성생명과 삼성전자 차명주식이 이병철 선대 회장 타계 당시 상속받은 주식과 동일하다는 화우의 주장과 일치한다는 것이다. 이어 화우는 대상재산(代償財産)의 법리에 따라 소송의 대상은 현재 이 회장이 보유한 주식이라고 주장했다. 대상재산의 법리란 상속개시로부터 상속재산분할까지 사이에 상속재산의 매각·멸실 등에 의해 받은 금전 기타 물건을 대상재산, 즉 상속재산과 동일시해 분할의 대상으로 보는 것을 말한다. 이에 대해 이 회장 측은 "특검 수사에서 조세포탈이 쟁점이기 때문에 양도차익이 목적이 아니라는 점을 강조한 것에 불과하다"고 반박했다. 또 "당시 진술은 차명주식의 경제적 원천이 상속재산에서 비롯됐다는 취지"라며 "차명주식이 상속개시 당시의 상속재산과 동일한지는 법적 판단의 문제"라고 설명했다. 대상재산 법리에 대해서는 "상속재산 분할에 적용되는 대상재산 법리는 상속회복청구에 적용되지 않는다"며 "우리 민법에는 이에 대한 명시적 규정도 없다"고 지적했다. 이에 대해 재판부는 이 회장 측에 "차명주식과 상속재산의 경제적 원천의 동일성을 인정하는 취지인지 궁금하다"고 질문했고, 이 회장 측 변호인은 "화우 측 주장을 전제로 한 발언으로, 주된 부분이 비롯됐다는 의미로 모든 재산의 경제적 원천이 상속재산이라는 것은 아니다"라고 답했다. ◇에버랜드 삼성생명 주식 실소유자 논란= 양측은 이학수 전 삼성그룹 부회장의 특검 진술을 놓고도 신경전을 벌였다. 화우는 "이 전 부회장이 에버랜드가 1998년 차명주주들로부터 매수한 삼성생명 주식 340여만주의 실제 소유자가 이 회장이라고 진술했다"며 "에버랜드가 보유 중인 삼성생명 주식 역시 법정상속분에 따라 반환해야 한다"고 주장했다. 화우는 주당 시가 70만원의 1.28%인 9000원에 대규모로 명의를 변경한 것은 실명전환을 위한 가장매매라고 지적했다. 화우는 에버랜드의 삼성생명 주식도 쟁점화 해 순환출자의 핵심고리인 삼성에버랜드를 공격하려는 전략으로 해석된다. 이에 대해 이 회장 측은 "실무를 담당한 김인주 전 삼성그룹 전략기획실 사장은 특검 수사에서 법인의 차명은 있을 수 없으며 삼성생명 주식 매입에 필요한 돈은 에버랜드가 지급했다고 진술했다"며 "이 전 부회장도 이후 진술에서 명의신탁이 아니라고 바로잡았다"고 반박했다. ◇재판부, "주식 거래 내역 연속성이 쟁점"= 재판부는 화우에 대해 1986년과 1987년의 주주명부에 대한 예탁결제원 사실조회 신청서를 제출하도록 했다. 재판부는 "선대 회장이 사망한 1987년의 주식현황에 대한 사실관계를 파악하는 것이 목적"이라며 "앞으로의 증거조사도 당시의 차명주식이 현재까지 어떻게 흐름이 이어지는지가 쟁점"이라고 설명했다. 화우는 이 회장이 실명전환한 삼성생명과 삼성전자 차명주식이 상속재산이라고 주장하며 특검기록을 통해 과거로 거슬러 올라가는 방식으로 선대회장의 차명주식과의 연계성을 입증하려고 했으나, 특검기록으로는 해명이 되지 않은 상황이다. 이 회장 측도 상속회복청구권의 제척기간이 지났다고 주장하고 있지만, 역시 어느 재산이 대상이 되는지 설명하지 못하고 있다. 재판부는 "현실적으로 추적이 가능한지는 의문이 든다"며 "특히 삼성전자 부분이 확인이 안 되니 추가적 입증방법을 강구해 보라"고 요구했다. 재판부의 요구는 앞으로 증거조사 신청을 하려면 주식 거래의 흐름이 끊기는 부분을 구체적으로 특정하라는 취지로 해석된다. 다음 기일은 다음달 31일 4시 서초동 법원종합청사 466호 대법정에서 열린다. 앞서 이맹희씨는 2월 12일 법무법인 화우를 대리인으로 해 이 회장과 삼성 에버랜드를 상대로 주식인도소송을 냈고, 27일 이숙희씨가 소송에 합류했다. 3월 28일에는 차남 이창희씨의 둘째 아들인 고(故) 이재찬씨의 부인 최선희씨와 두 아들이 추가로 소송을 냈다. 삼성가 상속 소송의 전체 소가는 이맹희씨 7000여억원, 이숙희씨 1900여억원, 최선희씨 측 1000여억원 등 1조원이 넘는다.

서울행정법원 행정4부(이인형 부장판사)는 (주)풀무원홀딩스가 "수입 유기농 콩에 부과된 378억여원의 관세를 취소해달라"며 서울세관장을 상대로 낸 관세부과처분 취소소송(2011구합26664)에서 원고승소 판결했다고 20일 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "유기농 콩 구매계약서 및 풀무원 측의 구매절차에 의할 때 풀무원 측의 제조공장에서 수입 콩을 인수하는 시점이 물품 소유권 변동이 이뤄지는 시점으로 보이는 점, 국내 지정장소에 물건이 입고될 때까지 J무역업체 등이 물품관리에 대해 책임을 부담하고 있는 점 등을 볼 때 수입 이전 단계의 법률상 소유권자는 J사가 분명하다"고 밝혔다. 관세법 제19조1항은 특정 물품을 수입 신고한 경우 그 물품을 수입한 화주를 납세 의무자로 규정하고 있는데 무역업체인 J사로 판단한 것이다. 재판부는 풀무원 측이 J사가 관세를 낮은 가격에 신고토록 지시하거나 공모했다는 서울세관의 주장에 대해 "풀무원 측이 실제 산지가격을 정확히 파악하기 어렵고, 설령 J사로부터 산지가격을 제공받았다고 하더라도 이는 J사가 풀무원 측에 제시한 구매기준가격이 높지 않다고 설명하는 근거자료의 성격에 불과하다"며 받아들이지 않았다. 풀무원홀딩스는 2001∼2009년 중국농산물 수입전문 무역업체 J사와 H사로부터 중국에서 생산되는 유기농 콩을 공급받아 '풀무원 유기농 두부'를 제조해 국내에서 판매했다. 2010년 서울세관은 풀무원이 중국산 유기농 콩을 수입하면서 콩의 수입가격을 통관지 세관에 낮게 신고하는 방법으로 관세를 포탈했다며 378억원의 관세를 부과했다. 풀무원 측은 이에 대해 조세심판원에 심판청구를 제기했지만 기각하자 지난해 8월 소송을 냈다.

국세 납세 고지서 발송일 후에 설정된 피담보채권에 우선해 국세를 징수할 수 있도록 한 법률은 합헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 지난달 23일 아파트 전세권자 배모씨가 국세기본법 제35조1항에 대해 낸 헌법소원사건(☞2011헌바97)에서 재판관 전원일치 의견으로 합헌결정을 내렸다. 헌재는 "조세채권과 피담보채권과의 우열을 가리는 기준시점을 납세고지서 발송일보다 이후의 시점으로 한다면 납세의무자의 허위 담보권 설정 등을 통해 국세징수가 불가능 또는 곤란해질 우려가 있다"며 "허위채권에 기한 담보권 설정으로 조세채무를 회피하는 악용사례를 방지하기 위해서도 납세의무 확정일 이후인 납세고지서 발송일 이후에는 조세채권을 우선적으로 보호하는 것이 필요하다"고 밝혔다. 헌재는 "담보권을 체결하려고 하는 자는 상대방인 납세의무자에게 납세증명서 등을 발급받아줄 것을 요청하거나 납세의무자로부터 증명발급 위임을 받아 상대방의 조세채무의 존부와 범위를 확인할 수 있으므로 담보권자의 예측가능성은 어느 정도 보장되고 있다"고 덧붙였다. 배씨는 2007년 9월 충남 태안읍의 전모씨의 소유 아파트에 전세권 설정등기를 마치고 거주해왔다. 전씨는 앞서 2005년 사업소득세와 종합소득세 등 신고를 누락했고, 충남 세무서는 세액을 고쳐 2007년 2월부터 6월까지 전씨에게 고지했다. 이후 전씨의 아파트에 근저당권을 가지고 있던 농협이 경매 신청을 하자 경매법원은 국가 조세채권의 법정기일이 전세권설정등기일보다 앞서는 것으로 배당표를 작성, 배씨를 배당에서 제외했다. 전씨는 배당이의의 소를 냈으나 1심에서 패소하자 항소하면서 지난해 5월 헌법소원을 제기했다.

간이과세자가 일반과세자로 전환하면서 재고품 등의 자산을 직전의 과세기간 확정신고기간에 신고하지 않았더라도 재고매입세액 공제를 해줘야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 재고매입세액 공제란 간이과세자는 물품을 구입할 때 낸 부가가치세 10% 중 일부만 공제를 받기 때문에 일반 과세자로 전환되는 경우에 보유하고 있는 재고품이나 감가상각자산에 대해 기왕에 공제받지 못했던 부분을 추가로 공제해주는 제도다. 대법원 민사3부(주심 민일영 대법관)는 최근 여성용품 판매업자 민모(38)씨가 강서세무서를 상대로 낸 부가가치세 환급거부처분 취소소송 상고심(☞2010두2845)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "부가가치세법 시행령은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우 변경되는 날 현재의 재고품 및 감가상각자산을 변경되는 날의 직전 과세기간 확정신고 기한 내에 관할세무서장에게 신고해야 하고, 관할세무서장은 재고매입세액으로 공제할 수 있는 재고금액을 조사·승인하고 1월 이내에 사업자에게 공제될 재고매입세액을 통지해야 한다고 규정하고 있다"며 "규정의 문언 내용과 형식, 재고매입세액 공제제도의 취지 등을 종합해보면 간이과세자에서 일반과세자로 변경되는 사업자가 부가가치세법 시행령에서 정하는 기한 내에 일반 과세 전환 시의 재고품과 감가상각 자산을 신고하지 않았다고 해서 재고매입세액이 공제되지 않는다고 할 수는 없다"고 밝혔다. 강서구 화곡동에서 일반과세자에 비해 낮은 부가가치세율을 적용받는 간이과세자로 여성용품 판매업을 하던 민씨는 2008년부터 일반과세자로 전환했다. 민씨는 2008년 4월 제1기분 부가가치세 확정신고를 하면서 재고매입세액 1700여만원을 포함한 2300여만원의 부가가치세 환급신청을 했으나, 강서세무서가 "민씨가 부가가치세법 시행령에서 정한 재고품 등을 과세기간 확정 신고기한인 2008년 1월 25일까지 신고를 하지 않았다"며 재고매입세액을 인정하지 않자 소송을 냈다. 1심은 "시행령이 재고매입세액 공제를 위한 필요조건이 아니라 조세액을 조속히 확정하기 위한 절차규정에 불과하다"며 원고승소 판결했으나, 2심은 "사업자의 재고품은 수시로 증감·변동되는 것이어서 간이과세자가 일반과세자로 전환되는 경우에 이를 신속히 조사·확정하지 않으면 그 진실성을 담보할 수 없어 시행령이 이를 방지하기 위한 규정을 둔 것"이라며 원고패소 판결했다.

회사에 재산을 증여해 특수관계자인 자손들이 소유한 주식의 주가가 올랐다면 포괄증여에 해당해 증여세 부과가 가능하다는 법원의 첫 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 조일영 부장판사)는 최근 지모씨가 "조부(祖父)가 회사에 부동산을 증여해 회사 주식의 주가가 상승했다는 이유로 증여세를 부과한 것은 위법하다"며 강남세무서장을 상대로 낸 증여세등부과처분 취소소송(2012구합4722)에서 이같이 판단했다. 하지만 재판부는 회사가 법인세를 납부한 부분을 고려하지 않고 증여세를 산정한 것은 형평에 반해 위법하다며 증여세 1억4400여만원의 부과처분 전부를 취소했다. 이에 따라 과세관청은 증여세를 다시 산정해 부과해야 한다. 재판부는 판결문에서 "구 상속세 및 증여세법(상증세법)은 증여의 개념에 관한 정의 규정이 없이 민법상 증여의 개념을 차용했는데, 2003년 12월 상증세법을 개정해 변칙 증여에 대처하기 위해 민법상 증여와 다른 세법 고유의 포괄적인 증여개념을 도입했다"며 "지씨의 조부가 회사에 부동산을 증여하는 방법을 통해 지씨의 주식 지분 비율의 범위 내에서 부동산 증여 이후 회사 주식가치를 증가시켰다고 볼 수 있으므로 상증세법 제2조3항의 증여에 해당한다"고 밝혔다. 재판부는 "다양한 형태를 통한 재산의 무상이전이나 재산가치 증가분에 대해 증여세를 과세하기 위해 상증세법이 완전포괄주의에 의한 증여개념을 도입하게 된 점 등에 비춰보면 증여세의 과세는 가능하다"고 설명했다. 다만, 재판부는 "세무당국이 증여에 대해 상증세법 제42조1항 제3호를 적용해 지씨의 회사가 부동산을 증여받은 거래 행위에 대해 회사가 법인세를 부담했음에도 회사의 주주인 지씨에게 회사가 부동산을 증여받음으로써 증가한 주식가치 상당액에 대해 증여세를 부과한 것은 과세 형평에 반한다"고 지적했다. 지씨는 2006년 2월 자신이 주식을 갖고 있는 회사에 할아버지가 부동산을 증여한 이후 자산수증이익 부분에 대해 2006년 사업연도 법인세를 신고·납부했다. 하지만 과세당국은 2011년 지씨의 회사가 부동산을 증여받아 지씨가 보유한 회사 주식의 가치가 증가했다며 이 증가분도 증여받은 것으로 보고 증여세를 부과했다. 지씨는 같은 해 9월 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각당하자 "주식가치 상승은 부동산 증여에 따른 부수적 효과에 불과할 뿐 증여사실이 없다"며 지난 2월 소송을 냈다. 행정법원 관계자는 "이번 판결은 회사에 대한 증여로 인해 증여자와 특수관계에 있는 자손들이 보유하고 있는 주식의 가격이 상승한 것도 포괄증여 개념에 해당한다고 법원이 처음으로 판단한 것"이라며 "포괄증여에 해당해 증여세 과세가 가능하지만, 증여재산 가액 계산 시 증여 전후 주식가액 차액을 기준으로 해서는 안 되고 회사가 증여를 받아 법인세를 냈다면 그러한 사정도 고려해야 한다는 의미"라고 설명했다. 이어 "판결의 취지에 따르면 앞으로 회사를 통한 재산의 편법증여와 경영권 승계 등을 제어하는 효과도 발생할 것으로 예상한다"고 말했다.

구 조세감면규제법 부칙 제23조가 유효한지를 두고 헌법재판소와 대법원이 갈등을 빚고 있는 가운데 헌재가 다시 대법원 판결이 잘못됐다는 점을 인정하는 결정을 내려 파장이 커지고 있다. 헌재는 지난달 26일 (주)KSS해운과 (주)교보생명이 기업이 상장을 취소하면 그동안 받은 세제혜택을 반환하게 하는 근거조항인 구 조세감면규제법 부칙 등에 대해 낸 헌법소원사건(2009헌바35, 2009헌바82)에서 재판관 전원일치 의견으로 한정위헌 결정을 내렸다. 헌재는 지난 5월 GS칼텍스가 낸 헌법소원사건(2009헌바123)에서 이 법조항에 대해 처음으로 한정위헌 결정을 내렸다. 헌재는 결정문에서 "구 조세감면규제법 부칙조항에 대해서는 이미 전면개정법의 시행에도 불구하고 구법 부칙이 실효되지 않는 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반된다고 선고한 바가 있어 이번 사건에서도 같은 취지로 위헌임을 확인한다"며 "법률이 전부 개정된 경우에는 종전의 본칙은 물론 부칙규정도 모두 소멸하는 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효된다"고 밝혔다. 이어 "구 조세감면규제법 부칙조항은 법인세의 과세요건을 설정하는 근거조항이므로 조세법률주의 원칙상 엄격한 해석이 요구된다"며 "부칙조항이 실효되지 않는 것으로 해석하는 것은 헌법상 권력분립의 원칙과 조세법률주의의 원칙에 위배된다"고 설명했다. 2004년 교보생명과 KSS해운은 주식 상장을 전제로 법인세를 신고했으나 주식상장을 하지 못해 과세당국으로부터 구 조세감면규제법 부칙을 근거로 747억여원과 52억여원의 법인세를 부과받아 각각 소송과 헌법소원을 냈다. GS칼텍스가 부과받은 세금은 707억여원이다. 이로써 구 조세감면규제법 부칙조항 효력 유무에 따라 환급 여부가 결정될 세액은 총 1500억여원에 이르게 됐다. 지난해 4월 KSS해운이 낸 법인세 취소소송에서 대법원은 "부칙조항이 유효하지 않은 것으로 본다면 상장 기한 내에 상장을 하지 않거나 자산재평가를 취소한 법인을 그렇지 않은 법인에 비해 합리적 이유 없이 우대하는 결과에 이른다"며 과세당국의 손을 들어줬다. 교보생명의 대법원 상고심은 아직 선고가 나지 않았다. 앞서 GS칼텍스사는 헌재의 한정위헌결정이 내려지자 지난달 22일 서울고법에 법인세 등 707억원을 돌려달라는 재심을 청구했다(2012재누110). 하지만 대법원은 헌재의 한정위헌 결정은 위헌이나 헌법불합치 결정과는 달리 기속력을 인정하지 않는 입장이어서 법원이 재심을 받아들일지는 불투명하다. 만약 재심청구가 기각되고 GS칼텍스가 법원 판결을 취소해달라며 재판소원을 내면 대법원과 헌재가 정면 충돌하는 상황이 발생할 수도 있다. 지난달 11일 김능환 대법관은 퇴임식에서 "헌법재판소법은 법원의 재판을 헌법소원 대상에서 명시적으로 제외하고 있다"며 헌재 결정을 비판했다.

토지매수인이 매매계약을 해제해 매도인에게 위약금이 귀속되는 경우 위약금과 관련해 법정 다툼이 있더라도 위약금에 대한 종합소득세 부과기준 시점은 매매계약이 해제된 때로 봐야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 조일영 부장판사)는 19일 배모씨가 "매매계약이 해제된 때로부터 제척기간 5년이 지났으므로 8억3600여만원의 종합소득세 부과는 위법하다"며 용산세무서장을 상대로 낸 종합소득세부과처분 취소소송(2012구합379)에서 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "위약금은 매매계약 해제일인 1998년 6월에 배씨에게 지급됐다고 봐야 하므로 위약금의 수입시기는 구 소득세법 시행령 제50조1항 제3호에 따라 지급받은 날로 봐야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "기타소득인 위약금 수입에 대한 종합소득세 부과제척기간은 수입시기인 1998년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고기한인 1999년 5월 31일의 다음 날부터 5년이 지난 2004년 5월 31일에 만료됐다"며 "따라서 위약금 관련 조정 성립일인 2007년 9월 27일을 수입시기로 보고 제척기간 5년이 지나지 않았다고 판단해 지난해 4월에 한 종합소득세 부과처분은 무효"라고 설명했다. 재판부는 "매수인인 A사가 배씨를 상대로 계약금 반환을 구하는 관련 소송을 제기해 항소심 진행 중 계약금 20억원 가운데 일부를 반환하는 내용의 조정이 성립됐다고 해도, 이는 위약금 약정 및 매매계약의 해제에 따라 위약금이 배씨에게 귀속된 상태에서 그 후 발생한 다툼에 불과하다"고 지적했다. 배씨는 1997년 9월 A사에게 인천 중구의 잡종지 167,174㎡를 202억여원에 매도하는 계약을 체결하고 계약금으로 20억원을 받았다. A사가 계약을 위반하면 계약금 20억원은 위약금으로 배씨에게 귀속하기로 했다. 그러나 A사가 매매잔금을 지급하지 않자 배씨는 수차례 재촉을 하다가 1998년 6월 매매계약을 해제했다. A사는 계약금을 돌려달라고 소송을 내 1심에서 패소했으나, 2007년 9월 항소심에서 배씨가 3억원을 반환하는 것으로 조정이 이뤄졌다. 그러자 용산세무서는 20억원 가운데 3억원을 뺀 나머지 17억원이 2007년 귀속 기타소득에 해당한다며 종합소득세 8억3600여만원을 부과했다. 배씨는 조세심판원에 심판청구를 냈으나 기각당하자 지난 1월 소송을 냈다.