국가 로펌인 정부법무공단이 기업이 낸 500억원대 세금 환급 소송에서 승소해 주목을 끌고 있다. 정부법무공단(이사장 김필규)은 로또 1기 사업자인 ㈜코리아로터리서비스(KLS)가 천안세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2011두12856)에서 정부 측인 세무서를 대리해 상고심 재판에 나섰다. 서울 서초구에 본사를 두고 있던 KLS는 2003년 회사를 천안시로 이전했는데, 자신들이 구(舊) 조세특례제한법상 지방이전기업에 해당해 법인세 감면 대상에 해당함에도 불구하고 국가가 2003~2007년까지 5년간 503억여원의 법인세를 부과한 것은 부당하다는 소송을 내 1, 2심에서 승소한 상태였다. 구 조세특례제한법은 일정 업종에 해당하는 기업이 수도권 과밀억제권역 외의 지방으로 본사를 이전하면 10년간 법인세 감면 혜택을 주도록 했다. 공단은 상고심에서 KLS가 지방이전을 해도 법인세 감면 혜택을 받을 수 없는 '복권발행업'에 해당한다는 점을 적극 주장했다. KLS는 1심 때부터 "국민은행이 복권발행업자이며, 우리는 국민은행의 복권발행업무를 기술적으로 지원한 것에 불과하다"고 주장해왔다. 하지만 공단은 KLS가 로또 발매시스템 구축에서부터 마케팅 지원까지 전 과정을 전담해 사실상 복권발행업을 대행했다는 주장을 펼쳤다. 특히 KLS가 5년간 국민은행에서 로또 발행 수수료로만 1조 3737억원을 벌어 들였는데 수수료 지급방식이 복권 매출액에 따라 일정 비율을 받는 방식을 취해 사실상 로또 판매업까지 한 것이라고 강조했다. 공단은 또 구 조세특례제한법상 법인세 감면규정이 수도권 집중 완화와 실질적인 지방 경제 활성화를 위해 만들어진 것인데, KLS는 전직원이 10여명에 불과해 이같은 입법 목적에도 맞지 않는다고 지적했다. 공단의 소송 전략은 맞아 떨어졌다. 대법원 행정2부(주심 김용덕 대법관)는 최근 KLS의 손을 들어줬던 원심을 깨고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세 감면 제외 업종인 '복권발행업'에는 복권사업자가 자기의 계정과 책임 하에 복권을 발행하는 산업활동뿐만 아니라 복권사업자와 계약에 의해 복권발행의 전반적인 업무를 대행하는 산업활동도 포함된다"고 밝혔다. 재판부는 "KLS가 단순히 복권 발매시스템의 구축과 유지관리용역 제공에 그친 것이 아니라, 단말기 제작 및 유지보수, 마케팅 지원, 판매유통망 관리 등 온라인 복권 발행사업의 전반적인 운영 용역을 제공했을 뿐만 아니라 용역 대가 역시 복권 매출액에 연동해 받았다"면서 "KLS가 복권 발행의 전반적인 업무를 대행했다고 볼 수 있어 조세감면대상에서 제외되는 '복권발행업'에 해당한다"고 판단했다. 사건을 담당한 손호철(44·사법연수원 35기) 변호사는 "법인세 감면 대상 업종을 판단할 때는 사업 내용의 실질과 근거 조항의 입법취지를 고려해야 한다는 것이 판결의 취지"라며 "이번 대법원 판결이 공평·실질 과세 등 조세 정의를 실현하는 데 크게 기여할 것으로 기대한다"고 말했다. 2008년 2월 출범한 공단은 각종 국가·행정소송과 헌법소송에서 정부측을 대리해 무려 80％에 육박하는 승소율을 보이고 있다. 특히 지난 2011년에는 금지금(金地金) 사건을 맡아 승소해 무려 3조원의 부가가치세 부당 환급을 막아냈다. 공공기관 법률자문과 정부 발주 연구용역 과제도 수행해 법치행정이 뿌리내리는 데도 기여하고 있다.

서울행정법원 행정6부(재판장 함상훈 부장판사)는 17일 박문덕 하이트진로그룹 회장의 장남 태영(34)씨와 차남 재홍(30)씨가 "300억원대 증여세를 취소해 달라"며 반포세무서를 상대로 낸 증여세부과처분취소소송(2011구합42543)에서 "증여세 부과는 적법하다"며 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "박 회장이 하이트맥주 주식회사의 지분을 9.8% 소유하고 있는 하이스코트의 지분을 태영씨 등이 소유하고 있는 삼진이엔지에 100% 넘기면서 이들이 하이트진로그룹의 차순위 주주로 지위를 누릴 수 있게 됐다"며 "박 회장은 태영씨 등과 특수관계에 있는 사람으로, 주식 증여로 삼진이엔지의 주식가치를 증가시켰기 때문에 상속세 및 증여세법 제2조3항의 '증여'에 해당한다"고 밝혔다. 태영씨 등은 재판과정에서 주식의 증여로 법인세를 납부했기 때문에 증여세를 부과하는 것은 이중과세라고 주장했지만, 기각당했다. 재판부는 "법인세는 하이스코트 지분을 평가한 가액에 이뤄진 것이고, 태영씨 등에게 부과된 증여세는 주식 증여로 삼진이엔지의 자산가치 증가분에 하이스코트의 경영권 프리미엄을 가산한 금액에 대해 이뤄졌기 때문에 이중과세가 아니다"라고 설명했다. 박 회장은 2008년 자신이 보유하고 있던 하이스코트 주식 전부를 태영, 재홍씨가 지분 73%와 27%를 나눠 가진 삼진이엔지에 무상 증여했다. 반포세무서는 "박 회장의 증여로 삼진이엔지의 주식 가치가 상승했으므로 증여한 것과 같다"며 태영씨에게 240억여원, 재홍씨에게 80억여원의 증여세를 부과했다. 태영씨 등은 "법인에 대한 증여로 주주에게 증여세를 부과하는 것은 법인이 법인세를 내지 않을 때로 제한되는데, 이미 법인세 307억원을 냈으므로 주주에게 다시 증여세를 부과하는 것은 위법하다"며 지난해 12월 소송을 냈다.

공정위가 보험이율을 담합한 삼성생명에게 과징금을 부과하면서 자진 신고 감경만 하고 자진 시정 감경을 하지 않은 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정7부(재판장 조용호 부장판사)는 14일 삼성생명보험이 공정거래위원회를 상대로 낸 473억여원의 과징금 납부명령 취소소송(2012누2483)에서 "자진시정 감경을 하지 않은 것은 재량권을 일탈·남용해 위법하다"며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "공정위는 부당한 공동행위에 대해 과징금 고시에 따라 과징금을 산정·부과해 왔고, 자진 시정 및 자진 신고를 하면 별다른 사정이 없는 한 자진 시정 감경을 한 후에 자진 신고 감경을 해 왔다"며 "자진 신고 감경을 했다는 이유로 자진 시정 감경을 하지 않은 것은 행정의 자기구속의 법리를 위반한 것"이라고 밝혔다. 재판부는 "삼성생명이 자진 신고 무렵 자진 시정을 한 것이 아니라 자진 신고를 하기 3년 7개월 전에 자진 시정을 한 것에 비춰 볼 때 자진 신고 감경을 했다는 이유로 자진 시정 감경을 하지 않을 특별한 사정이 있다고 보기 어렵다"고 지적했다. 재판부는 "삼성생명에 대해 다른 사업자들과 마찬가지로 자진 시정을 이유로 의무적 조정과징금의 20%를 감경하면 과징금이 약 94억원이 감경될 것으로 예상돼 금액이 적지 않다"며 "공동행위에 가담한 다른 사업자들에 대해서는 자진시정 감경을 했음에도 삼성생명에 대해서는 자진 시정 감경을 하지 않을 합리적인 이유가 없어 평등원칙에도 위배된다"고 설명했다. 공정위는 지난해 12월 삼성생명에 대해 대한생명, 교보생명 등 15개 생명보험사와 공동으로 보험에 적용되는 이율을 합의했다는 이유 등으로 시정명령과 함께 과징금 1578억여원을 부과하고, 조사 직후 두 번째 자진신고자라는 이유로 473억여원으로 감경했다. 그러자 삼성생명은 자진 시정 감경을 하지 않은 것은 부당하다며 1월 소송을 냈다.

아들이 대표로 있는 1인 회사의 결손금을 막아주기 위해 아버지가 그 법인에게 금전을 무상으로 빌려줬다면 이는 증여행위로 의제돼 증여세 부과대상이 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정12부(재판장 장상균 부장판사)는 A씨가 서울 역삼세무서장을 상대로 제기한 증여세부과처분취소 소송(2010구합26704)에서 지난 3일 원고 일부승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "'구 상속세 및 증여세법' 제41조의 증여의제 규정은 결손법인 등의 주주 또는 출자자와 특수관계에 있는 자가 당해 법인에 재산이나 용역을 무상으로 제공하는 경우 당해 법인이 얻은 경제적 이익에 따른 주식가치 상승분을 주주 등이 증여받은 것으로 봐 증여세를 과세하도록 함으로써 변칙적인 증여행위를 방지하기 위해 마련된 것"이라며 "이와 같은 법령의 개정연혁, 규정 내용, 입법취지에 따르면 금전의 무상대부는 구 상속세 및 증여세법 제41조가 증여세 과세대상거래로 규정하는 '재산을 무상제공하는 거래'에 포함된다"고 판단했다. A씨가 주식 100%를 소유하고 있는 C주식회사에 2003년부터 2004년까지 자본액의 감소(결손금)가 발생하자 A씨의 아버지 B씨는 C주식회사에 약 40여 억 원을 무상으로 빌려줬다. 이에 역삼세무서는 이같은 무상금전대부가 '구 상속세 및 증여세법'상의 과세대상거래에 해당한다며 무상금전대부로 이익을 얻은 A씨에게 증여세 1억8,000여 만원을 부과했다. 이후 A씨는 "무상금전대부는 증여세의 과세대상에 해당하지 않는다"며 국세청에 불복심사청구를 했지만 80여만원 정도 줄어드는데 그치자 소송을 냈다.

자산 대부분이 부동산인 국내법인을 매각한 외국법인은 투자비율과 상관없이 국내원천소득으로 법인세를 내야 한다는 판결이 나왔다. 법인세법령은 과세요건으로 자산비율만을 요구하나 소득세법령은 자산비율 요건 외에 주식소유비율 요건 50% 및 주식양도비율 요건 50%를 요구하고 있다. 서울행정법원 행정4부(재판장 이경구 부장판사)는 지난달 29일 허드코 파트너스 코리아 엘티디(버뮤다)사가 “투자비율이 2%에 불과해 주식소유비율과 주식양도비율을 갖추지 못했으므로 양도소득세 부과는 부당하다”며 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2007구합37285)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “종전의 법령규정으로는 소득세법령에 규정된 자산비율 요건, 주식소유비율 요건, 주식양도비율 요건을 모두 갖추지 못한 경우 외국법인의 출자지분 양도소득에 대해 법인세를 과세할 수 없었다”며 “2003년12월 개정된 구 법인세법 제93조7호와 2000년 개정된 구 법인세법시행령의 취지는 자산비율 요건만 충족하면 법인세를 과세할 수 있도록 하기 위한 것”이라고 밝혔다. 재판부는 이어 “법인세법시행령 제132조10항은 외국법인의 국내원천소득으로 인정되는 출자지분 양도소득요건으로 소득세법 제94조 및 동 시행령 제158조에 규정된 요건 중 자산비율 요건만 남겨두고 주식소유비율 요건과 주식양도비율 요건을 배제한 규정으로 해석된다”고 덧붙였다. 재판부는 또 “외국법인인 허드코사는 비록 스타타워에 대한 투자지분이 2%에 불과하다고 할지라도 부동산이 자산총액의 대부분인 스타타워의 주식을 양도함으로써 법인세법 제93조7호에 규정된 소득을 얻었으므로 과세처분은 적법하다”고 설명했다. 허드코사 등 3개사로 구성된 론스타펀드Ⅲ는 한국 부동산 투자목적으로 벨기에 법인인 스타홀딩스 에스에이(SH)를 설립했다. SH사는 (주)스타타워를 인수한 다음 이를 통해 강남구 역삼동의 스타타워빌딩을 매수했다가 2004년12월 (주)스타타워 주식 전부를 매각해 2,450억여원의 양도차익을 얻었다. SH사는 대한민국과 벨기에 사이에 맺어진 이중과세방지조약에 따라 2005년1월 비과세·면세신청을 했으나 역삼세무서는 12월 SH사를 조세회피 목적의 도관회사(conduit company)로 봐 론스타펀드Ⅲ의 각 구성회사에 지분비율별로 양도소득세를 부과했다. 지분비율이 2%인 허드코사는 양도소득세 16억여원이 부과되자 2007년10월 소송을 냈다.

전두환 전 대통령의 차남 재용(45)씨가 외조부로부터 받은 국민주택채권은 사실상 전 전 대통령으로부터 증여된 것이라는 법원의 판단이 나왔다. 앞서 세금 포탈과 관련한 형사재판에서는 재용씨가 받은 국민주택채권 중 일부 출처가 불분명하다고 봤으나 이번 행정재판에서는 모두 전 전대통령으로부터 나온 '비자금'이라고 판단한 것이다. 서울행정법원 행정11부(재판장 김용찬 부장판사)는 9일 재용씨가 "증여세부과처분을 취소해 달라"며 서울 서대문세무서장을 상대로 낸 소송(2006구합34739)에서 "2000년도 귀속분에 대한 증여세 80억원 가운데 77억원을 납부하라"며 사실상 원고패소 판결을 내렸다. 세무당국은 2000년12월 재용씨가 외조부 이규동씨로부터 받은 액면가 167억500만원(시가 120억원) 상당의 국민주택채권 중 65억여원은 전 전 대통령에게, 54억여원은 이씨로부터 각각 증여된 것으로 보고 총 80억원의 증여세를 부과했다. 이날 재판부는 세무당국이 이씨에게 증여된 것으로 본 부분도 모두 전 전 대통령으로부터 증여된 것으로 판단했다. 그러나 누진세율 적용으로 본세가 많아진 반면 세대생략 가산액이 인정되지 않아 총세액은 3억원 정도 줄어들게 된 것이다. 재판부는 '결혼축의금 20억원을 외조부에게 맡겼더니 200억원으로 늘어났고 이를 채권형태로 돌려받았다'는 재용씨의 주장에 대해 "결혼축의금 조성 및 증식경위, 내역에 대한 객관적인 증거자료가 하나도 없는 데다 일반 거래관념상 20억원이 13년만에 200억원으로 증식했다고 납득하기 어렵다"며 일축했다. 이어 "과세관청이 납세자의 협력없이 과세자료를 찾아내기가 매우 어렵기 때문에 형사소송에서 요구되는 정도의 입증을 요구할 수는 없다"면서 출처가 불분명한 채권도 모두 아버지인 전 전 대통령의 비자금이라고 판단했다. 앞서 재용씨는 세금을 포탈한 혐의로 기소돼 2004년 항소심에서 징역2년6월에 집유3년, 벌금 60억원을 선고받았으나 대법원이 '일부채권의 출처가 불분명하다'며 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 파기환송심 재판부는 지난해 채권의 출처가 전 전 대통령으로 밝혀진 부분에 한해서만 조세포탈혐의를 인정하고 징역2년6월에 집유3년, 벌금 28억원을 선고했으나 나머지 이규동씨로부터 받은 채권에 대해서는 '출처가 입증되지 않았다'며 무죄로 판단했었다.

''금지금(金地金·순도 99.5%이상 금괴)'에 대한 면세혜택을 이용해 세금을 포탈하도록 묵인한 외국과 국내기업에 대해 부가가치세를 부과한 과세관청의 처분은 정당하다는 법원 판결이 잇따라 나왔다. 지난해 지금에 대한 면세제도를 악용해 수천억대의 조세를 포탈한 기업들을 적발한 '금지금'사건과 밀접한 사건으로 직접적인 범행에 가담하지 않았더라도 그 사실을 알고 있었던 판매업체들에게도 그 책임을 물은 판결로 그 의미가 크다. 서울고법 특별10부(재판장 김종백 부장판사)는 12일 국제 금시장의 30%를 유통하는 호주계 대형 금유통업체인 맥쿼리인터내셔널리미티드가 남대문세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소 청구소송 항소심(2006누509)에서 원고승소 판결한 1심을 취소하고 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "원고 스스로도 인정하고 있듯이 지금은 가격변동이 심하기 때문에 그 거래에 있어서 청약에서 계약의 이행까지 소요되는 시간이 단기간이므로 지금거래를 하는 합리적인 사업자라면 구매확인서 상 구매일로부터 수개월이 경과한 후 동일한 지금을 그대로 수출한다는 것은 경험칙에 반해 별도의 주의를 기울이지 않더라도 구매자가 영세율 제도를 악용해 조세면탈의 목적으로 지금을 구입한다는 사실을 알 수 있었다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "비록 원고가 영세율 제도를 이용해 부가가치세를 포탈하기로 매수인들과 공모했다고 볼 수 는 없더라도 적어도 매수인들이 부실한 구매확인서를 이용해 영세율 제도를 악용하려는 사정을 알면서도 부가가치세 징수를 하지 아니한 사실을 넉넉히 추인할 수 있다"며 "각 거래가 부가가치세법 상 영세율 적용대상에 해당되지 않음을 전제로 이뤄진 이 사건 처분은 적법하다"고 밝혔다. 재판부는 또 "영세율의 적용은 국제간의 재화 또는 용역의 거래에 있어 이중과세를 방지하기 위한 것으로 소비지 과세원칙에 따라 수출 또는 수출과 동일시 할 수 있는 경우에만 인정하고자 하는 취지로 구매확인서라는 형식적 요건과 함께 재화가 실제로 수출되거나 예정되어 있어야 한다"며 "판매자가 구매자와 공모해 허위의 구매확인서를 이용 재화를 공급하거나 또는 공모가 없었더라도 구매확인서를 이용해 조세를 포탈하려는 구매자의 의도를 판매자가 알면서도 이를 묵인해 영세율의 적용 요청에 응하는 것은 부가가치세의 징수질허를 해하는 행위에 행한다"고 설명했다. 맥쿼리인터내셔널은 국내 금 수출업체들에 팔던 금이 영세율이 적용되는 거래에 해당한다고 보고 구매업체들로부터 부가가치세 상당액을 받지 않고 거래에 따른 부가가치세도 과세관청에 신고.납부하지 않다 남대문세무서가 맥쿼리 측의 금 판매는 영세율 적용대상이 아니라며 80여억원의 부가가치세 부과 처분을 내리자 소송을 내 1심에서 승소했었다. 한편 이에 앞서 10일 서울고법 특별5부(재판장 조용호 부장판사)도 국내업체의 같은 사건에서 원고승소판결을 내린 1심을 취소하고 원고패소 판결을 내렸다.

외국계 기업이 해외에서 담합행위를 한 경우 담합행위 대상에 국내시장이 포함되고 그 영향이 국내 시장에 미쳤다면 우리나라 공정거래위원회가 공정거래법에 따라 제재를 가할 수 있다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 손지열 대법관)는 9일 시장 담합행위로 43억9,600만원의 과징금이 부과된 일본 흑연전극봉 제조업체 쇼와덴코(昭和電工)가 공정위를 상대로 낸 시정명령등무효확인소송(☞2004두11275)에서 "공정위의 시정명령은 정당하다"고 판결한 원심을 확정했다고 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "공정거래법은 부당한 공동행위의 주체인 사업자를 규정하며 내국사업자로 한정하지 않고 있다"며 "외국사업자가 외국에서 다른 사업자와 공동으로 경쟁을 제한하는 합의를 했더라도 그 합의의 대상에 국내시장이 포함되어 있어 그 영향이 국내시장에 미쳤다면 그 영향의 한도 내에서 공정거래법이 적용된다"고 밝혔다. 재판부는 또 "행정절차법에 따르면 외국에 거주 또는 체류하는 자에 대한 우편송달도 문서송달의 방법으로 적정한 이상 국내에 주소·거소·영업소를 두지 않은 외국사업자인 원고에 대한 피고의 '의견제출요구 및 전원회의 개최 통지서' 등의 우편송달은 적법한 문서송달"이 라며 원고의 '부적법한 송달'이라는 주장을 배척했다. 재판부는 이어 "공정위가 담합 업체들 가운데 5개 회사에 대해서는 조사에 협조했다는 이유로 과징금 부과율을 매출액의 0.5∼1%로 낮춰줬으면서 조사협조 정도가 비슷한 원고 회사만 3%의 과징금을 부과한 것은 형평에 맞지 않는다"며 "43억9,600만원의 과징금은 취소돼야 한다"는 원심의 지적을 인용했다. 전기로에서 고철을 녹이거나 제련할 때 강한 열을 발생시키는데 사용되는 흑연전극봉은 쇼와덴코 등 일본의 4개사를 포함한 6개 회사가 전세계 공급량의 약 80%를 차지하고 있으며 우리나라의 경우 수요의 90% 이상을 수입하고 있다. 공정위는 주요 생산업체인 이들 6개 업체가 92년부터 97년까지 담합해 가격을 높였다는 이유로 2002년 4월 시정명령을 내리고 과징금을 부과했다.

대주주가 주식을 팔 때 먼저 취득한 주식을 양도한 것으로 간주, 양도소득세를 부과하는 것은 위법이라는 법원판결이 처음으로 나왔다. 이번 판결은 대주주가 주식을 팔 때 실제와는 달리 과세관청이 관행적으로 적용해온 양도세 부과방법에 제동을 건 것으로 법원에 계류중인 같은 종류의 사건에 영향을 끼칠 것으로 보인다. 현재 대주주가 주식을 양도할때 위탁받은 증권사는 제일 마지막에 매수한 주식부터 먼저 파는 '후입선출법'을 사용하고 있지만 세무서는 먼저 산 주식부터 양도하는 '선입선출법'으로 간주, 양도소득세를 계산해 부과하고 있다. 서울행정법원 제1단독 조성권 판사는 엔씨소프트 대주주 이모씨가 마포세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송(☞2005구단3434)에서 "고객의 이익을 고려한 증권사의 후입선출법에 의한 양도주식의 방식을 과세관청도 존중해야 한다"며 최근 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "장기보유주식의 배당소득에 대한 과세상의 혜택이 부여되는 구 조세감면규제법 제81조의3이 시행됨에 따라 소유주식이 장기보유주식인지를 구분해야 할 필요성이 생겨 대신증권을 포함한 모든 증권회사들은 고객계좌의 잔고주식을 취득일자별로 구분·관리하게 되었고 구 조감법시행령 제80조7항에 따라 그중 일부가 양도되는 경우 후입선출법에 따라 계좌상 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 관리하는 방식으로 회계처리하는 것이 관행으로 자리잡았다"며 "1998년1월1일 이후 현재까지 업무처리의 기준으로 채택돼 관행화되어온 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식은 구 조감법시행령 제80조7항 및 고객의 이익을 고려한 것으로서 공정·타당하므로 기업회계의 존중을 규정한 국세기본법 제20조의 취지에 비춰 과세관청은 이를 존중해야 할 것"이라고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고가 주식관리를 위탁한 대신증권은 다른 증권회사들과 마찬가지로 고객의 장기보유주식 확인을 위해 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식을 업무처리 기준으로 채택해 운영해왔고 원고는 이에 대해 아무런 이의를 제기하지 않은 점, 증권회사들이 고객계좌의 잔고주식을 취득일자별로 관리하고 있는 이상 수회에 걸쳐 취득한 같은 종목의 주식중 일부를 양도한 경우라도 양도된 주식을 그 취득일자에 의해 특정할 수 있는 점, 양도주식은 그 취득당시의 취득가액이 서로 다를 것이어서 적어도 양도소득세 산정을 위한 양도차익 계산에 있어서는 주식을 취득일자별로 특정해, 구분·관리하는 것이 의미가 있다는 점 등을 고려하면, 원고가 양도한 주식이 그 취득일자를 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수도 없다"며 "원고가 양도한 주식의 취득시기가 분명하지 않다는 이유로 소득세법시행령 제162조5항에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도했다고 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다"고 덧붙였다. 이씨는 지난99년 엔씨소프트의 주식 11만4천5백48주를 가지고 있었으며 이씨의 남편도 같은 회사 주식 10만3천5백98주를 가지고 있어 총 소유주식이 엔씨소프트의 총발행주식 4백50만주의 3%를 초과해 대주주가 됐다. 이씨는 엔씨소프트가 2000년7월 코스닥시장에 등록되자 같은해 8월부터 12월까지 대신증권에 개설된 위탁자계좌를 통해 엔씨소프트 주식 2만4천8백주를 새롭게 매수했다가 다시 5만5천5백8주를 양도한후 양도가액을 54억6천7백8만여원으로, 취득가액을 대신증권 위탁계좌원장에 기재된 주식의 입고일과 매수일을 기준으로 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 후입선출법으로 계산한 20억9천4백88만여원으로 해 양도소득세 3억1백22만7천여원을 신고·납부했으나 마포세무서가 "양도주식의 취득시기가 확인되지 않고 취득시기가 분명하지 않다"는 이유로 선입선출법으로 재계산, 지난해 6월 2000년도 귀속 양도소득세를 3억4천55만여원으로 경정·고지하자 소송을 냈었다.

상장주식의 양도로 인해 소득을 얻은 사람중 대주주에게만 양도소득세를 부과토록한 소득세법의 규정은 헌법상 평등의 원칙이나 조세평등주의 원칙에 위반되지 않는다는 법원판결이 나왔다. 서울행정법원 제2단독 金炳秀 판사는 삼성전자 주식 8천4백80주를 지난 2001년 17억3천3백58만5천원에 양도해 양도세를 부과받은 이모씨(51)가 "대주주만 양도소득세를 내는 것은 부당하다"며 강남세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송(2005구단5898)에서 "세무서의 처분은 정당하다"며 14일 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "법률조항에 의해 상장주식의 양도로 인한 소득을 얻은 자중 대주주에 대해서만 양도소득세를 부과한 결과를 가져온다 하더라도 이는 합리적인 이유가 있는 차별로서 헌법상 평등의 원칙이나 조세평등주의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 또 "과세대상 여부가 문제된 본인이 소유한 주식만이 아니라 그 특수관계자가 소유한 주식까지 합산해 일정수준 이상의 보유비율(3%) 또는 시가총액(1백억원)에 이른 경우 본인과 그 특수관계자들 모두 대주주로 보고 양도소득세의 과세대상으로 규정한 구 소득세법시행령 제157조4항은 특정회사의 주식을 분산해 보유한 특수관계자들은 주권의 행사나 주식의 거래에 있어 쉽게 담합해 회사를 지배하거나 주식시장의 가격형성에 영향력을 미칠 수 있다는 점에서 그 주식이 1인에게 집중된 경우와 같은 결과를 초래한다"며 "특수관계자들이 그들 소유의 주식을 합산한 결과 일정수준 이상의 보유비율 또는 시가총액에 이르게 된 경우 세법상 1인의 소유주식이 일정수준 이상의 보유비율 또는 시가총액에 이르게 되는 경우와 달리 취급할 이유가 없으며, 이들 모두를 대주주로 보아 양도소득세의 과세대상으로 삼더라도 자본시장의 위축이라는 부정적인 영향이 적고, 비정상적으로 형성된 투기적인 자본이익에 대해 보다 엄격한 과세를 할 필요가 있다"고 설명했다. 이씨는 지난 2001년 자신이 가지고 있던 삼성전자 주식 8천4백80주를 17억3천3백58만여원에 양도했는데, 강남세무서가 이씨와 가족들이 가지고 있는 주식이 모두 1백억원을 넘어 대주주에 해당한다며 양도소득세 3억2천1백76만여원을 부과하자 소송을 냈었다.