회사가 납부할 수 없는 세금에 대해 과점주주를 2차 납세의무자로 지정할 수 있도록 한 구 지방세법 관련조항은 위헌이라는 헌재 결정이 나왔다. 헌법재판소 전원재판부(주심 민형기 재판관)는 지난달 28일 서울행정법원이 과점주주라는 이유만으로 회사의 토지 취득세 2차 납세의무자로 지정할 수 있는 구 지방세법 제22조 제2호 중 주주에 관한 부분은 위헌성이 있다며 낸 위헌법률심판제청 사건(2006헌가14)에서 재판관 8대1 의견으로 위헌 결정을 내렸다. 재판부는 결정문에서 “구 국세기본법 제39조 제1항 제2호 다목 중 ‘주주’에 관한 부분은 과점주주 중 ‘가목 및 나목에 규정하는 자와 생계를 함께 하는 자’ 즉 ‘주식을 가장 많이 소유하거나 법인의 경영을 사실상 지배하는 자와 생계를 함께 하는 자’는 소유하는 주식이 몇 주(株)인지도 묻지 않고 제2차 납세의무를 지우는 것” 이라며 “다목은 과점주주 자신이 법인의 경영을 사실상 지배하거나 당해 법인의 발행 주식총액의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자에 해당하는지 여부에 관계없이 과점주주 중 주식을 가장 많이 소유한 자와 서로 도와서 일상생활비를 공통으로 부담한다는 이유만으로 책임의 범위와 한도조차 뚜렷하게 설정하지 아니한 채 법인의 체납세액 전부에 대하여 일률적으로 제2차 납세의무를 지우는 것으로 과점주주들 간에 불합리한 차별을 하여 조세평등주의에 위반되고 과점주주의 재산권을 침해한다”고 밝혔다. 그러나 조대현 재판관은 “이 사건 법률조항이 비상장법인의 과점주주 중에서 최대주주나 경영지배자와 생계를 함께 하는 과점주주에 대해 제2차 납세의무를 부과하고 있는 것은 합리적인 근거 없이 납세의무를 확장하였다고 보기 어렵고, 납세의무 형성에 관한 입법형성권의 한계를 벗어난 것이라고 볼 수 없다”며 반대의견을 냈다.

법인의 설립시 이미 과점주주인 사람이 다른 주주로부터 추가로 주식을 취득한 경우, 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 주식을 모두 취득한 것으로 보아 이미 소유하고 있던 주식에 대해서 다시 취득세를 부과토록 한 구 지방세법시행령 제78조제1항은 무효라는 대법원 판결이 선고됐다. 대법원 전원합의체(주심 柳志潭 대법관)는 16일 박근영씨가 부산진구청장을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 청구소송 상고심(98두11731)에서 이같이 판시, 박씨의 상고를 받아들여 원심을 파기하고 사건을 부산고법으로 되돌려 보냈다. 재판부는 판결문에서 "구 지방세법시행령 제78조제1항은 법인의 설립 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 자가 주주로부터 법인의 주식을 취득하는 경우에는 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식을 모두 취득한 것으로 보아 법 제111조제4항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정함으로써 법인의 설립 등으로 인한 과점주주로서 그가 이미 소유하고 있던 주식분에 대하여도 사후에 소급하여 취득세를 부과하는 셈이 되어 지방세법 규정보다 취득세 과세대상의 범위를 확장하고 있다"고 밝혔다. 재판부는 "이와 같이 지방세법시행령에서 과세대상을 확장하는 것은 위 지방세법 규정과 부합하지 아니할 뿐만 아니라 그 확장의 위임규정도 지방세법에서 찾아볼 수 없다"며 "과세대상 물건의 취득으로 간주되는 주식의 취득과 같은 과세요건에 관한 법규의 제정까지도 포괄적으로 대통령령에 위임한 규정이라고 볼 수 없어 위 지방세법시행령 제78조제1항은 무효라고 할 것"이라고 밝혔다. 구 지방세법 제105조제6항 본문은 법인의 주식을 주주로부터 취득함으로써 제22조제2호의 규정에 의한 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다라고 규정함을로써 간주취득이 인정되는 경우를 주주로부터의 주식취득에 의하여 과점주주가 된 때로 한정하고 있다.