과세당국의 독촉에도 납세의무를 이행하지 않는 외국법인에 맞서 국가는 국세징수권 소멸시효를 중단시키기 위한 조세채권 존재 확인소송을 제기할 수 있다는 대법원 판결이 나왔다. 조세채권의 시효 소멸이 임박한 상황이라면 예외적으로 민법상 소멸시효 중단사유인 '청구'를 활용해 시효를 중단시킬 수 있다는 취지다. 대법원 특별3부(주심 민유숙 대법관)는 국가가 일본 부동산업체인 쇼오난씨사이드를 상대로 낸 조세채권 존재 확인소송에서(2017두41771) 최근 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 용인세무서는 2011년 3월 쇼오난씨사이드에 2006년 136억여원, 2007년 86억여원 등 총 223억여원의 법인세를 납부하라고 고지했지만, 쇼오난씨사이드는 이를 납부하지 않았다. 쇼오난씨사이드는 일본 소재 외국법인으로 한국에 재산이 없다. 용인세무서는 2011년 4월 독촉장을 발송한 데 이어 2014년 12월에는 일본 사업장을 방문하고 그 해 12월 31일을 납부 최고기한으로 지정한 납부최고서도 발송했지만 쇼오난씨사이드는 요지부동이었다. 용인세무서는 이후 납세고지 기준 5년의 소멸시효기간 만료가 다가오자 시효중단을 위해 조세채권 존재 확인을 구하는 소송을 제기했다. 재판에서는 용인세무서가 쇼오난씨사이드를 상대로 낸 소송이 국세징수권 소멸시효 중단사유에 해당하는지 여부가 쟁점이 됐다. 국세기본법은 '국세징수권의 소멸시효에 관하여 국세기본법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 따른다'고 규정하면서, 국세징수권 소멸시효 중단사유로 △납세고지 △독촉 또는 납부최고 △교부청구 △압류 등을 규정하고 있다. 대법원, ‘법인세 체불’ 日업체상대소송 국가 승소 확정 재판부는 "국세기본법은 민법에 따른 국세징수권 소멸시효 중단사유의 준용을 배제한다는 규정을 두지 않고 있을 뿐만 아니라 조세채권도 민사상 채권과 비교할 때 그 성질상 민법에 정한 소멸시효 중단사유를 적용할 수 있다"고 밝혔다. 이어 "따라서 국세기본법이 정한 △납세고지 △독촉 또는 납부최고 △교부청구 △압류만이 국세징수권의 소멸시효 중단사유가 된다고 볼 수는 없다"면서 "민법 제168조 1호가 소멸시효의 중단사유로 규정하고 있는 '청구'도 국세징수권의 소멸시효 중단사유가 될 수 있다"고 설명했다. 그러면서 "용산세무서는 쇼오난씨사이드에 법인세를 부과·고지했지만 재산이 국내에 없어 압류 등 관련 조치를 취하지 못했다"며 "법인세와 가산금을 징수하지 못하고 소멸시효 완성이 임박했으므로 소멸시효 중단을 위한 소송은 예외적으로 소의 이익이 있다"고 판시했다. 앞서 1,2심도 "국가는 조세채권이 징수되지 않고 있는 상태로 납세고지 기준 5년의 소멸시효기간의 만료가 다가오자 소멸시효의 중단을 위해 부득이 소송을 제기한 것"이라며 "조세채권의 존재 확인을 구하는 소송을 제기할 특별한 사정이 있다"며 국가의 손을 들어줬다.

자국에서 법인세 납세의무를 부담하지 않는 독일 법인이 우리나라에서 배당소득을 얻었다면, 한·독 조세조약에 따라 15% 제한세율이 적용된다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 독일계 부동산 임대회사인 A사가 서울 남대문세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2016두841)에서 원고일부승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 독일 투자펀드사인 B사는 2003년 투자 목적으로 독일 상법에 따라 독일 유한회사인 C사와 D사를 설립했다. 두 회사는 우리나라에 A사를 설립해 발행 주식 전부를 보유했다. A사는 2006년부터 2008년까지 우리나라 부동산을 매수한 후 임대수익과 양도차익 등으로 번 소득을 C, D사에 배당금으로 지급했다. A사는 이 과정에서 배당소득에 대한 세금으로 '대한민국과 독일연방공화국간의 소득과 자본에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약(한독 조세조약)'에 따라 제한세율 5%를 적용해 84억여원을 과세당국에 납부했다. 하지만 과세당국은 B사가 한독 조세조약의 제한세율 혜택을 적용받기 위해 C사와 D사를 설립했다고 판단했다. 이에 최종 수익자는 모회사인 B사이고, 이 같은 행위는 한독 조세조약이 정한 제한세율 적용 배제 사유에 해당한다고 판단해 제한세율 적용을 배제한 채 우리나라 법인세법에 따라 25%의 세율을 적용해 A사에 법인세 269억여원을 부과했다. 이에 반발한 A사는 소송을 냈다. 대법원, “한·독 조세조약상 ‘법인’으로 볼 수 없어 5% 제한세율 적용 못해” 1,2심은 "배당소득은 C사와 D사의 소득이므로 A사가 한·독 조세조약에 따라 5% 제한세율을 적용해 원천징수한 것은 적법하다"며 A사의 손을 들어줬다. 그러나 대법원은 이 같은 원심 판결을 파기환송했다(2013두7704). 대법원은 "C·D사의 설립경위와 목적, 인적·물적 조직과 사업활동 내역, B사와 C·D사의 소득에 대한 지배·관리 등을 보면 C·D사는 A사의 발행주식이나 배당소득을 지배·관리할 능력이 없고, B사가 실질적으로 이를 지배·관리했다"며 "이는 오로지 조세를 회피할 목적에서 비롯된 것으로 볼 수 있으므로, 배당소득의 실질귀속자는 B사"라고 밝혔다. 이어 "독일 상법에 따라 설립된 B사는 독일 법인세법에 따른 법인세 납부의무가 없고, 영업세법에 따른 영업세 납세의무만 있을 뿐"이라며 "외국법인인 B사가 독일에서 포괄적인 납세의무를 부담하지 않는 이상 한·독 조세조약상 '법인'으로 볼 수 없고, 따라서 배당소득에 대해 조약에 따른 5% 제한세율을 적용 받을 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "B사의 구성원은 독일인, 오스트리아인 및 룩셈부르크인으로 이루어져 있는데, 구성원들이 독일에서 부담하는 납세 범위에서만 한·독 조세조약상 '거주자'로서 15%의 제한세율을 적용받을 수 있다"며 원고일부승소 취지로 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 한독 조세조약 제10조는 배당소득 제한세율을 규정하며 법인인 경우 배당총액의 5%를, 그 밖에 모든 경우에는 배당총액의 15%를 초과할 수 없다고 규정하고 있다. 파기환송후 항소심을 맡은 서울고법은 대법원의 판결 취지에 따라 A사에 제한세율 15% 세율을 적용해 130억여원을 부과해야 한다고 판결했다. 대법원도 이를 받아들여 판결을 확정했다.

기업이 납세의무를 이행하지 못할 경우 해당 법인의 과점주주에게 부여되는 2차 납세의무를 과점주주의 과점주주에게까지 부과할 수는 없다는 대법원 첫 판결이 나왔다. 국세기본법 제39조 1항은 '법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당해도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 법인의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 법인 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 권리를 실질적으로 행사하는 자들(과점주주)은 그 부족한 금액에 대해 제2차 납세의무를 진다'고 규정하고 있다. 대법원 특별1부(주심 김선수 대법관)는 재향군인회(소송대리인 법무법인 광장·평산)가 서울 남대문세무서장을 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송(2018두36110)에서 최근 원고승소 판결한 원심을 확정했다. A사는 B사 주식을 취득하기 위해 재향군인회에서 130억원을 빌린 뒤 회사 주식에 근질권을 설정했다. A사는 또 주식 매수 잔금을 치르기 위해 하나은행으로부터 900억원을 융자받았다. 이렇게 B사 주식의 82%를 취득한 A사는 B사 소유의 부동산을 하나은행에 담보로 제공하는 부동산신탁계약을 체결했다. 그런데 A사는 만기일이 되도록 재향군인회와 하나은행에서 빌린 돈을 갚지 못했다. 이에 재향군인회는 근질권을 행사해 A사가 담보로 제공한 주식 전부를 취득했다. 하나은행은 A사가 담보로 제공한 B사 소유 부동산을 C사에 처분했다. 이후 남대문세무서는 B사가 부동산 소유권을 이전하면서 양도차익이 생겼다는 이유로 B사에 법인세 110억원을 부과했다. 그런데 B사가 법인세를 납부하지 않자, B사의 과점주주인 A사에 지분비율에 해당하는 법인세 93억여원을 부과했다. 그러나 A사도 법인세를 내지 않자, 세무서는 A사의 과점주주인 재향군인회에 법인세 83억여원을 부과했고 이에 반발한 재향군인회는 소송을 냈다. 1,2심은 재향군인회의 손을 들어줬다. 1,2심 재판부는 "국세기본법 제39조 1항은 법인에게 부과되거나 법인이 납부할 국세 등을 납부하지 못하는 경우 법인의 과점주주가 그 부족한 금액에 대해 제2차 납세의무를 진다고 규정하고 있다"며 "이 같은 2차 납세의무는 납세의무자에 대한 과점주주까지만 적용되고, 1차 과점주주에 대한 과점주주에까지 확대해 부과할 수는 없다"고 밝혔다. 이어 "국세기본법은 과점주주를 법인에 대한 2차 납세의무자로 정하고 있을 뿐 과점주주의 과점주주를 2차 납세의무자로 정하고 있지는 않다"며 "국세기본법에서 과점주주의 과점주주를 2차 납세의무자로 정하고 있지 않음에도 과점주주의 과점주주가 2차 납세의무를 지는 과점주주에 해당한다고 보는 것은 지나치게 확장해석한 것"이라고 설명했다. 그러면서 "세무서 측은 '조세징수 회피라는 2차 납세의무의 입법취지를 고려하면 단계적 2차 납세의무는 정당한 것'이라고 주장하지만, 조세를 회피하기 위해 최종 과점주주가 지배구조 내 여러 단계인 체납법인들을 통해 2차 납세의무를 면탈하는 등의 문제는 사안에 따라 실질과세원칙 등으로 해결해야 할 것"이라며 "세무서 측의 주장과 같이 무제한으로 단계적 2차 납세의무를 인정한다면 조세법률주의 및 헌법상 자기책임 원칙에 반할뿐만 아니라 부과제척기간을 규정한 취지를 몰각시킬 우려가 있어 제한적으로 해석하는 것이 타당하다"고 판시했다. 대법원 역시 원심 판단이 옳다고 봐 세무서의 상고를 기각하고 판결을 확정했다.

주주명부에 과점주주에 해당하는 주식을 취득한 것으로 기재돼 있더라도, 주식에 대한 실질적인 권리를 행사하지 않았다면 간주취득세를 납부할 의무가 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 원모씨가 용인시를 상대로 낸 지방세부과(예정)처분 취소소송(2015두3591)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 재판부는 "구 지방세법 제105조 6항은 과점주주의 간주취득세에 관해 '법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다'고 규정하고 있는데, 과점주주란 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자의 소유주식의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 말한다"고 설명했다. 이어 "과점주주는 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 있게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 다르지 않다고 보아 이 같은 조항을 둔 것"이라며 "그러나 이미법인이 취득세를 부담했는데 과점주주에게 다시 동일한 과세물건을 대상으로 간주취득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당할 수 있기 때문에, 모든 과점주주에게 간주취득세를 부과해서는 안 되고 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 사실상 지배할 수 있는 과점주주에게만 간주취득세를 부과하는 것으로 제한적으로 해석해야 한다. 따라서 주주명부에 과점주주에 해당하는 주식을 취득한 것으로 기재되었다고 하더라도 그 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배할 수 없었던 경우에는 간주취득세를 낼 의무를 지지 않는다"고 밝혔다. 주주명부에 50%넘는 주식 취득한 것으로 기재돼 있어도 실질 권리행사 않았다면 간주취득세 의무 없다 이어 "원씨가 주식을 양수해 명의개서 한 것은 주주권을 행사할 의사가 없었는데도 STX건설의 요청으로 일시적으로 주주명부상 주식을 취득한 것으로 해두었다가 STX건설에 곧바로 그 명의를 이전하기 위한 것으로 볼 수 있고, 실제로 원고는 자신의 이름으로 명의개서를 한 날부터 6일이 지나 곧바로 주식 전부를 STX건설에 양도했다"며 "이러한 점을 볼 때 원씨가 주식을 취득해 그 주식의 비율만큼 회사의 운영에 대한 지배권이 실질적으로 증가함으로써 간주취득세를 부담하는 과점주주가 되었다고 보기 어렵다"고 판시했다. 용인시에 아파트를 건축하려던 A사는 은행대출에 대한 이자를 지급하지 못하는 등 경영난을 겪게되자 대출금 채무를 연대보증한 STX건설에 사업부지와 경영권을 양도하기로 했다. STX건설은 사업권 양도·양수과정에서 우발채무가 발생할 것을 우려해 A사의 주식을 50% 보유하고 있던 원씨에게 나머지 50%의 주식을 양수해 단독명의로 100% 주주로 등재한 다음 다시 STX건설에 양도해 줄 것을 요청했다. 원씨는 STX건설의 요구대로 100%주주로 등재한 다음 6일후인 2009년 12월 자신의 지분을 포함한 회사주식 전부를STX건설에 양도했다. 용인시는 2012년 9월 원씨에게 과점주주가 됐다는 이유로 취득세 등 5억 3298만원을 부과하는 처분을 했고 원씨는 불복해 소송을 냈다. 1심은 일정 비율 이상의 주식을 보유한 주주의 지위에 있으면 과점주주로 봐야 한다"며 원고패소 판결했다. 반면 2심은 "회사의 운영에 대한 지배권이 실질적으로 증가함으로써 간주취득세를 부담하는 과점주주가 되었다고 보기 어렵다"며 1심을 취소하고 원씨의 손을 들어줬다.

과점주주(주식 과반을 보유한 특수이해관계인 집단)가 워크아웃 절차를 이어가기 위해 주식을 매수한 후 주채권은행에 주식 처분권을 맡겼다면 실제 기업지배권이 늘었다고 보기 어려우므로 주식 취득세를 부과해서는 안된다는 대법원 판결이 나왔다. 지방세법은 과점주주가 주식을 취득할 경우 기업재산에 대한 지배권이 더욱 증가하는 것으로 간주해 주식 증가분만큼의 취득세를 부과하도록 하고 있는데, 이번 판결은 그러한 기업지배권 강화가 목적이 아닌 경우에는 과점주주가 주식을 매수하더라도 취득세를 부과할 수 없다는 점을 분명히 했다. 대법원 특별1부(주심 권순일 대법관)는 삼영테크놀로지 서태식 대표의 부인 오모씨가 경기도 용인시 수지구청장을 상대로 낸 취득세 부과처분 취소소송(2018두44753)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "구 지방세법 제7조 5항 본문이 법인의 과점주주에 대하여 그 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하는 것은 과점주주가 되면 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 서게 돼 실질적으로 그 재산을 직접 취득하는 것과 다를 바 없으므로 그 과점주주에게 담세력이 있다고 보기 때문"이라며 "따라서 간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 주주명부상의 주주 명의가 아니라 그 주식에 관해 의결권 등을 통해 주주권을 실질적으로 행사해 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 판단해야 한다"고 밝혔다. 이어 "이같은 법리는 구 지방세법 시행령 제11조 2항 본문에 따라 과점주주가 해당 법인의 주식을 취득해 그가 가진 주식의 비율이 증가한 만큼 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부를 판단할 때에도 마찬가지로 적용된다"면서 "오씨 등이 채권금융기관협의회에 주식 처분권을 위임하고 경영권 포기각서를 제출해 회사가 채권금융기관들의 공동관리하에 들어갔다는 점을 종합해보면 오씨의 주식 증가분만큼 오씨의 회사 운영에 대한 지배권이 실질적으로 증가했다고 보기 어렵다"고 설명했다. 그러면서 "원심이 주식의 취득시점을 기준으로 그 취득분만큼 지배력이 증가되었다면서 이후 오씨 등이 주식포기각서 등을 제출한 사정은 이미 성립한 납세의무에 영향을 미칠 수 없다고 판단한 것은 옳지 않다"고 판시했다. 삼영테크놀로지는 재정난에 빠지자 2010년 11월 기업구조조정법상 '채권금융기관협의회에 의한 공동관리'에 해당하는 이른바 '워크아웃'을 신청했다. 이후 채권금융기관협의회는 2011년 3월 회사에 주식 무상감자를 요구했다. 투자자들이 이를 거부하자 오씨는 유진투자증권 등 투자자들이 보유한 주식 118만여주를 사들였다. 투자자들의 반발로 워크아웃 절차가 중단되는 것을 우려한 임시적 조치에 불과했기 때문에, 오씨는 주식매수 후 곧바로 주채권은행인 산업은행에 주식 포기각서와 주식 처분 위임장 등을 작성해 건넸다. 그런데 수지구청은 "오씨의 주식매수로 서 대표와 오씨, 오씨의 어머니 등 과점주주가 보유한 주식이 555만여주로 늘고, 지분율도 59.9%에서 76.2%로 증가했다"며 취득세 5억925만원을 부과했다. 오씨는 이에 반발해 소송을 냈다. 1심은 "주식 포기각서, 주식 처분 위임장 등의 작성·교부로 오씨를 포함한 과점주주가 주주권을 실질적으로 행사해 회사의 운영을 지배하는 지위에 있었다고 보기 어렵다"며 원고승소 판결했다. 반면 2심은 "과점주주가 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는지는 원칙적으로 주식 취득 시점을 기준으로 판단해야 하므로, 나중에 주식을 포기하더라도 이미 성립한 납세의무에는 영향을 미치지 않는다"면서 1심을 뒤집고 원고패소 판결했다.

아파트 값이 분양가 미만으로 떨어지면 하락분을 돌려준다는 이른바 '원금 보전' 특약에 따라 분양대금 일부를 돌려받았더라도 이미 낸 취득세를 돌려받을 수는 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 노정희 대법관)는 부산 A아파트 주민 435명이 부산진구청장을 상대로 낸 취득세 경정거부처분 취소소송(2015두57345)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 재판부는 "부동산 취득세는 취득행위라는 과세요건 사실이 존재함으로써 당연히 발생한다"며 "일단 적법하게 취득한 이상 나중에 계약이 합의해제되거나 소급해 실효됐더라도 이미 성립한 조세채권의 행사에 아무런 영향을 줄 수 없다"고 밝혔다. 이어 "매매계약에 따른 소유권이전등기를 마친 이후 매매계약에서 정한 조건이 사후에 성취돼 대금감액이 이뤄졌더라도 당초의 취득가액을 기준으로 한 적법한 취득행위가 존재하는 이상 취득행위 당시의 과세표준을 기준으로 성립한 조세채권에는 영향을 줄 수 없다"고 설명했다. A아파트 주민들은 2011년 11월 시공사와 분양계약을 맺으면서 '분양대금의 10%를 2년간 납부유예하고 아파트 시세가 분양가 미만으로 하락하면 원금을 보전해준다'는 내용의 특약을 별도로 체결했다. 이후 2013년 6월 아파트 시세가 6.225∼10% 하락하자, 시공사는 시세 하락분을 납부유예된 잔금에서 상계처리했다. 이에 주민들은 분양가격이 낮춰진 만큼 이미 낸 취득세도 환급해달라며 구청을 상대로 소송을 냈다. 앞서 1,2심도 "A아파트 주민들이 처음 신고한 가액을 취득세의 과세표준인 취득 당시의 가액으로 볼 수 있을 뿐"이라며 "소유권 취득 후 2년이 지난 시점의 감정가격을 취득 당시의 가액으로 볼 수 없다"며 구청의 손을 들어줬다.

부동산매매법인이 취득 후 보유만 하고 있던 부동산을 업무사용 유예기간인 5년이 지나 팔았더라도 일반 법인과 달리 5년간의 대출이자는 법인세 부과대상에서 제외하는 과세특례가 적용된다는 판결이 나왔다. 일반 법인이 부동산을 업무에 사용하지 않고 5년이 지난 뒤 부동산을 팔면 부동산을 취득한 날로 소급돼 법인세가 다시 부과되지만, 부동산매매법인은 부동산 매매가 본래 업무이기 때문에 법인세법 시행규칙이 규정하고 있는 '부동산을 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우'에 해당하지 않는다는 취지다. 법인세법 시행규칙은 '부동산을 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우'에는 부동산 취득일부터 양도일까지 기간 전부의 대출이자에 대해 과세를 하지만, 유예기간이 지난 뒤 업무용으로 사용한 부동산의 경우는 유예기간이 끝나고 업무용으로 사용하기까지 걸린 기간의 대출이자에 대해서만 과세를 한다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 부동산 개발·공급 등 부동산매매업을 하는 ㈜부영(소송대리인 법무법인 화우·율촌·태평양·양헌)이 서울남대문세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2014두44342)에서 최근 원고패소 판결한 원심을 취소하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "법인세법령은 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우 일반 법인과 달리 부동산을 매매하는 것 자체가 법인의 업무에 해당한다는 특성을 고려해 여러 특례규정을 두고 있다"며 "따라서 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산매매용 토지를 양도하는 것 자체를 법인의 업무에 직접 사용한 것으로 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "결국 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용 부동산을 취득한 다음 유예기간이 지난 후 물적분할 등을 통해 양도한 경우는 법인세법 시행규칙 제26조 9항 단서의 '업무에 사용하지 않고 양도하는 경우'에 해당하지 않는다"며 "이 단서에 따라 부동산 취득일부터 양도일까지의 기간 전부가 아니라, 본문에 따라 유예기간이 지난 다음날부터 양도를 통해 직접 사용하기 전까지의 기간만이 업무와 관련이 없는 기간에 해당한다"고 판시했다. 부영은 1997~2004년 서울 강서구 등촌동의 토지 193만여㎡를 보유하다 2009년 지주회사 전환을 하면서 설립한 부영주택에 이 토지를 이전했다. 부영은 이 과정에서 부동산 취득일로부터 5년이 경과하기 전에는 과세특례가 적용되고, 유예기간 5년 이후부터 부영주택에 이전하기 전까지는 비업무용 부동산으로 과세특례가 적용되지 않는 것으로 2009년 사업연도 법인세를 계산해 남대문세무서에 신고했다. 법인세법령은 비업무용 부동산 등 자산을 취득·관리하면서 생기는 차입금 지급이자 등의 비용은 당해 사업연도의 소득금액 계산에서 손금에 산입하지 않도록 해 법인세 부과대상에 포함시키고 있다. 다만 업무에 사용하려고 하는 준비기간 등을 고려해 비업무용 부동산이라고 하더라도 추후 업무용으로 사용하는 부동산은 5년의 유예기간 내에는 세제 혜택을 주고 있다. 그러나 유예기간 중이나 후에 업무용 부동산으로 사용하지 않으면서 처분하는 경우에는 부동산을 취득한 때부터 세제혜택을 소급해 적용하지 않는 조항을 두고 있다. 반면 유예기간이 지난 후 업무용으로 사용할 경우에는 5년의 세제혜택을 인정하고, 이후 기간은 세제혜택은 주지 않는 방식을 취하고 있다. 남대문세무서는 2012년 "부영이 토지를 고유업무에 사용하지 않고 보유하다가 유예기간이 지나 양도했다"며 "유예기간을 적용하지 않고 토지 취득일부터 양도일까지의 기간 전체를 과세대상으로 봐야 한다"며 법인세 173억여원을 부과했다. 이에 부영은 "일반법인과 달리 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이라 재고자산인 부동산을 양도하는 것은 업무에 직접 사용한 것"이라며 소송을 냈다. 1심은 부영의 손을 들어줬다. 그러나 2심은 "법인세법 시행규칙 단서에서 양도의 개념에 '부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 양도하는 경우'를 명시적으로 제외하고 있지 않다"며 "부영이 토지를 취득한 때로부터 물적분할일까지의 기간을 업무와 관련이 없는 보유 기간으로 본 세무서의 처분은 적법하다"며 부영에 패소 판결을 내렸다. 김용택(41·사법연수원 36기) 화우 변호사는 "부동산매매법인의 5년 과세특례의 인정범위를 명확하게 정리함으로써 법인이 주택공급을 위한 주택 매입에 적극적으로 나설 수 있는 토대를 마련해 준 판결"이라고 말했다.

부동산 매수인이 취득세 신고를 했으나 이후 잔금미납으로 매매계약이 해제됐다면 국가는 징수한 취득세를 반환해야 한다는 판결이 나왔다. 대전지법 민사2부(재판장 김용덕 부장판사)는 서모씨(소송대리인 김재한 변호사)가 경기도를 상대로 낸 부당이득금 반환소송(2017나115369)에서 최근 1심과 같이 원고 승소판결했다. 재판부는 "취득세는 부동산을 취득한 자에게 부과하고 부동산 취득은 등기뿐 아니라 '사실상 취득'한 경우도 포함한다"며 "'사실상 취득'은 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다"고 설명했다. 이어 "서씨는 아파트 두 채의 매매대금 17억원 중 계약금 2000만원만 납부했는데, 이는 사회통념상 '매매대금이 거의 전부' 지급된 것으로 볼 수 없으므로 서씨가 아파트를 '사실상 취득'해 과세요건을 충족했다고 보기 어렵다"고 말했다. 그러면서 "(조세채무를 확정시키는)서씨의 신고행위에 외관상 명백한 하자는 없지만 과세요건이 없음에도 신고된 것이므로 중대한 하자가 있다"면서 "서씨에게 '중대한 하자가 있는 이 사건 각 신고행위로 인한 과세'라는 불이익을 그대로 감수시키는 것은 서씨의 권익구제 차원에서 현저하게 부당하므로 이 신고행위는 당연무효라고 함이 타당하다"고 판시했다. 서씨는 2011년 11월 분양대행사와 경기도 용인시 수지구 신봉동에 있는 A아파트 101호, 102호를 각 8억 5000만원에 매수하는 계약을 체결하고 아파트 두 채의 계약금으로 2000만원을 납입했다. 이듬해 2월에는 수지구청에 취득세 2550만원과 교육세 255만원을 납부하겠다는 신고서를 제출했다. 하지만 같은해 4월 서씨의 잔금 납부 지체로 매매계약이 해제됐다. 서씨는 다시 부동산거래계약 해제 등의 신고서를 구청에 제출하고 확인서를 교부받았다. 그러나 경기도는 2014년 8월 돌연 서씨에게 체납처분을 통보했다. 취득세와 같은 신고납세(조세의 부과·징수를 납세의무자의 자진신고 ·납부에 의존하는 제도)는 신고행위로 인해 납세의무가 구체적으로 확정되므로 서씨의 신고에 중대·명백한 하자가 있어 당연무효가 아니라면 지자체가 조세채권을 가진다고 판단한 것이다. 경기도는 매매계약상 잔금지급일인 2012년 2월에 서씨가 부동산을 취득한 것으로 의제하고 취득세와 교육세, 가산금까지 합쳐 총 4100만원을 추심해 징수했다. 서씨는 "계약금만 지급한 채 등기는 물론 '사실상의 취득' 조차 없었는데 경기도가 취득세 처분을 내린 것은 부당하다"고 주장하며 지난해 7월 "취득세 4100만원을 돌려달라"며 대전지법 논산지원에 소송을 내 승소했었다(2017가단 21506).

부동산 매수인이 3자간 등기명의신탁 약정에 따라 명의수탁자 명의로 등기했다가 이후 자신의 명의로 등기를 마친 경우 명의신탁자의 취득세 납부의무는 잔금지급일에 성립하고 등기일에 새로운 취득세 납세의무가 성립하지 않는다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 대법원 전원합의체(주심 조희대 대법관)는 22일 A주식회사가 경기도 용인시 처인구청을 상대로 낸 취득세 등 부과처분 취소소송(2014두43110)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 "구 지방세법 제105조 2항은 부동산의 취득에 있어서는 민법에 의한 등기를 이행하지 않은 경우라도 '사실상 취득'한 때에는 이를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다"면서 "매수인이 부동산 매매계약을 체결하고 소유권이전등기에 앞서 매매대금을 모두 지급한 경우 사실상의 잔금지급일에 구 지방세법 제105조 2항에서 규정한 '사실상 취득'에 따른 취득세 납세의무가 성립한 것이므로, 이후 매수인이 그 부동산에 관해 소유권이전등기를 마치더라도 잔금지급일에 성립한 취득세 납세의무와 별도로 등기일에 새로운 취득세 납세의무가 성립하는 것은 아니다"라고 밝혔다. 판결문 보기 대법원은 이같은 법리가 3자간 등기명의신탁 사건에도 마찬가지로 적용된다고 판단했다. 재판부는 "3자간 등기명의신탁에서 명의신탁자의 매수인 지위는 일반 매매계약에서 매수인의 지위와 근본적으로 다르지 않으므로, 명의수탁자 명의의 소유권이전등기를 이유로 이미 성립한 명의신탁자의 취득세 납세의무가 소급해 소멸한다고 볼 수 없다"고 밝혔다. 그러면서 "이후 명의신탁자가 자신의 명의로 등기를 마친 것은 잔금지급일에 사실상 취득한 부동산에 대해 소유권 취득의 형식적 요건을 추가로 갖춘 것에 불과하다"고 설명했다. 이에 대해 고영한·김신·이기택·김재형·조재연 대법관은 "3자간 등기명의신탁의 명의신탁자에게는 구 지방세법 제105조 2항이 적용될 수 없다"며 "취득세의 유통세로서의 성격과 3자간 등기명의신탁에서 명의수탁자의 지위 등을 고려하면 3자간 등기명의신탁에서는 명의수탁자와 명의신탁자 명의로 등기를 할 때 각 등기 명의자에게 취득세 납세의무가 성립하다고 봐야 한다"는 반대의견을 냈다. 대법원 관계자는 "명의신탁약정을 기초로 부동산 등기가 마쳐지는 경우 누구에게, 언제 취득세 납세의무가 성립하는지와 관련해 납세자와 과세관청 사이에 분쟁이 계속돼 왔다"며 "이번 판결은 3자간 등기명의신탁에서 명의신탁자의 취득세 납세의무도 일반 매수인과 마찬가지로 잔금지급일에 성립한다고 다시 한번 확인함으로써 이를 둘러싼 분쟁을 해결하고 취득세 법률관계를 명확하게 하는 데 도움이 될 것으로 보인다"고 설명했다. A사는 2006년 12월 B사로부터 용인시에 있는 토지를 매수하면서 매매대금을 모두 지급하고, 3자간 명의신탁약정에 따라 2007년 12월 직원인 C씨 명의로 소유권이전등기를 마친 후 C씨 명의로 취득세와 등록세를 납부했다. 처인구청은 2011년 11월 A사가 실제 취득자라는 이유로 A사에 취득세를 부과했고 A사는 이에 따라 취득세를 냈다. A사는 2012년 5월 A사 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 후 구청에 취득세 등 1700여만원을 신고하고 납부했다. A사는 2012년 10월 취득세 등을 이중으로 납부했다는 이유로 마지막으로 납부한 금액의 환급을 요구했지만 구청이 거부하자 소송을 냈다. 1,2심은 "A사가 이미 토지를 사실상 취득한 후에 형식적 요건을 추가로 갖춘 것에 불과해 새로운 취득에 해당하지 않으므로, 구청의 거부처분은 위법하다"며 원고승소 판결했다. 이번 전원합의체 판결문은 대법원 홈페이지(http://www.scourt.go.kr/sjudge/1521699697140_152137.pdf)에서도 전문을 확인할 수 있다.

법인이 납세의무를 이행하지 못할 경우 법인의 과점주주에게 부여되는 2차 납세의무를 과점주주의 과점주주에게까지 부과할 수는 없다는 첫 판결이 나왔다. 국세기본법 제39조 1항은 '법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당해도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 법인의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 법인 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 권리를 실질적으로 행사하는 자들(과점주주)은 그 부족한 금액에 대해 제2차 납세의무를 진다'고 규정하고 있다. 서울고법 행정11부(재판장 배기열 부장판사)는 대한민국재향군인회(소송대리인 법무법인 광장)가 남대문세무서장을 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송(2017누64578)에서 1심과 마찬가지로 최근 원고승소 판결했다. 재판부는 "국세기본법은 제39조 1항은 법인에게 부과되거나 법인이 납부할 국세 등을 납부하지 못하는 경우 법인의 과점주주가 그 부족한 금액에 대해 제2차 납세의무를 진다고 규정하고 있다"며 "이 같은 2차 납세의무는 납세의무자에 대한 과점주주까지만 적용되고 1차 과점주주에 대한 과점주주에까지 확대해 부과할 수는 없다"고 밝혔다. 이어 "국세기본법은 과점주주를 법인에 대한 2차 납세의무자로 정하고 있을 뿐 과점주주의 과점주주를 2차 납세의무자로 정하고 있지는 않다"며 "국세기본법에서 과점주주의 과점주주를 2차 납세의무자로 정하고 있지 않음에도 과점주주의 과점주주가 2차 납세의무를 지는 과점주주에 해당한다고 보는 것은 지나치게 확장해석한 것"이라고 설명했다. 재판부는 또 "세무서 측은 '조세징수 회피라는 제2차 납세의무의 입법취지를 고려하면 단계적 2차 납세의무는 정당한 것'이라고 주장하지만, 조세를 회피하기 위해 최종 과점주주가 지배구조 내 여러 단계인 체납법인들을 통해 2차 납세의무를 면탈하는 등의 문제는 사안에 따라 실질과세원칙 등으로 해결해야 할 것"이라며 "세무서 측의 주장과 같이 무제한으로 단계적 2차 납세의무를 인정할 경우 조세법률주의 및 헌법상 자기책임 원칙에 반할뿐만 아니라 부과제척기간을 규정한 취지를 몰각시킬 우려가 있어 제한적으로 해석하는 것이 타당하다"고 판시했다. A사는 B사의 주식을 취득하기 위해 재향군인회에 130억원을 빌린 뒤 회사 주식에 근질권을 설정해줬다. 또 주식 매수 잔금을 치르기 위해 하나은행으로부터 900억원을 대출받았다. B사의 주식 82%를 취득한 A사는 B사 소유의 부동산을 하나은행에 담보로 제공하는 부동산신탁계약을 체결했다. 그런데 A사는 만기일이 되도록 재향군인회와 하나은행에 돈을 갚지 못했다. 재향군인회는 근질권을 행사해 A사의 주식 전부를 취득하고, 하나은행은 A사가 제공한 B사 소유 부동산을 C사에 처분했다. 남대문세무서는 B사가 부동산 소유권을 이전하면서 양도차익이 생겼다는 이유로 B사에 법인세 110억원을 부과했다. 그런데 B사가 법인세를 납부하지 않자, B사의 과점주주인 A사에 지분비율에 해당하는 법인세 93억여원을 부과했다. 그러나 A사도 법인세를 내지 않자, 세무서는 A사의 과점주주인 재향군인회에 법인세 83억여원을 부과했고 이에 반발한 재향군인회는 소송을 냈다.