세무당국이 매출장부를 제대로 기록했으나 매출총액과 일치하지 않은 세금계산서를 발행한 주류도매업자에게 주세법상 '기장의무 위반'으로 영업정지 처분을 내린 것은 위법하다는 법원의 첫 판결이 나왔다. 광주고법 제주부(재판장 정갑주 제주지법원장)는 제주지역 주류도매업자가 제주세무서장을 상대로 제기한 주류판매업정지처분 취소소송 항소심(2006누332) 선고공판에서 원고 승소판결 했다고 21일 밝혔다. 세무당국은 그동안 매출총액의 10%미만에 해당하는 매출세금계산서를 발행하지 않은 주류업체에 주세법상 '기장의무'를 위반한 것으로 보고 영업정지 처분을 관행적으로 해왔다. 재판부는 판결문에서 "주세법 등 세법이 정한 '기장의무'는 납세자가 일정한 사항을 사실대로 장부에 기재하는 것" 이라며 "매출총액의 10%미만에 해당되는 세금계산서를 발행·교부하지 않은 주류도매업자에게 기장의무 위반을 이유로 영업정지 처분을 한 것은 위법한 처분" 이라고 밝혔다. 재판부는 또 "조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 등 대부분 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하며 확장 또는 유추해석해서는 안 된다"며 "주세법이 규정한 '기장의무를 고의로 위반한 때'는 판매에 관한 사항을 전혀 기재하지 않거나 실제와 달리 허위·과장·축소 기장한 경우로 해석함이 상당하고 매출세금계산서를 발행·교부하지 않아 장부와 세금계산서가 일치하지 않는 것을 가지고 곧바로 기장의무를 고의로 위반했다고 보기는 어렵다“고 판시했다. 원고는 2004년 4월부터 종합주류도매업 면허를 받아 제주일원에 주류를 판매해 왔는데 부가가치세 과세기간 중 총 매출액의 9.15%에 해당하는 세금계산서를 발급하지 않아 '기장의무 고의 위반(주세법 제15조 제1항 제3호)'으로 지난해 6월 3개월간 영업정지 처분을 받게 되자 이에 불복, 소송을 제기했다.

세무당국이 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료 없이 동일한 과세기간 동안의 동일한 세목에 대해 실시한 중복세무조사는 위법하므로 납세자는 세금을 낼 필요가 없다는 대법원 판결이 나왔다. 현행 국세기본법 제81조의3은 △조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 △거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 △2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 △부동산투기 등 경제질서 교란을 통한 탈세자에 대한 일제조사 등의 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해서는 다시 세무조사를 할 수 없도록 규정하고 있다. 하지만 이 규정이 훈시규정에 불과한 것으로 볼 것인지, 아니면 강행규정으로 볼 것인지에 대해서는 학계나 실무계에서 조차 명확한 입장표명이 없어 그동안 혼선을 빚어왔다. 따라서 이번 대법원 판결은 이 규정을 단순한 훈시규정이 아니라, 과세관청을 실질적으로 구속하는 강행규정이라는 점을 명확히 했다는 점에서 큰 의미가 있다. 이에 따라 과세당국은 앞으로 이 규정을 위반한 중복세무조사에 의해 취득한 과세자료로는 과세처분을 할 수 없게 됐다. 반면 납세자 입장에서는 과세관청의 부당한 중복세무조사에 대해 소송으로 대항할 수 있는 길이 열리게 돼 유사한 소송이 잇따를 전망이다. 대법원 특별3부(주심 박재윤 대법관)는 지난 2일 중복세무조사 등으로 1억5,784만여원의 부가가치세 부과처분을 받은 부동산임대업자 김모(68)씨가 남인천세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소소송 상고심(☞2004두12070)에서 "중복세무조사로 인한 과세처분은 위법하므로 2,700여만원을 제외한 나머지 부분을 취소한다"며 사실상 원고승소 판결을 내린 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "이 사건 과세처분은 피고가 98년 11월께 한 세무조사와 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 중복해 실시한 서울지방국세청장의 위법한 중복조사에 기초해 이뤄진 것이므로 위법하다"고 밝혔다. 원고 대리인인 법무법인 율촌의 소순무 변호사는 "이번 대법원 판결은 과세관청의 무분별한 세무조사 관행에 제동을 건 것"이라며 "대법원이 과세처분의 절차적 통제를 통해 납세자의 권리구제에 앞장서겠다는 확고한 의지를 표명한 것으로 평가된다"고 말했다.

공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성한 세금계산서에 의해 매입세액을 공제받기 위해서는 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 이번 판결은 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 경과된 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성된 세금계산서에 의한 매입세액의 공제는 허용되지 않는다는 것이어서 무자료 매입을 통한 탈세방지에는 크게 기여할 것으로 보이나 납세자들은 매입세액을 제대로 공제받지 못할 수도 있는 만큼 부가세 납부와 관련해 각별한 주의가 요망된다. 대법원 전원합의체(주심 裵淇源 대법관)는 서울 강남구에서 주유소를 경영하는 승모씨(66)가 삼성세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소청구소송 상고심(☞2002두5771)에서 이같이 판시, 18일 원고승소판결을 내린 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "부가가치세법 관련 조항의 해석상 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다르더라도 그 세금계산서의 기재대로 거래사실이 확인된다면 그 거래사실에 대한 매입세액은 공제돼야 하지만, 부가가치세의 특성과 세금계산서의 기능에 비춰 그 매입세액의 공제는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 봐야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급해 작성했다 하더라도 부가가치세법 제17조2항 제1호의2 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제돼서는 안된다"며 "이와 달리 세금계산서가 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성교부됐다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의해 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세액의 매입세액은 공제돼야 한다고 판시한 대법원 ☞85누398, ☞87누964, 2000두581, ☞2000두8097 판결은 변경하기로 한다"고 덧붙였다. 이에 대해 姜信旭, 李康國, 朴在允 대법관은 별개의견을 통해 "다른 기재사항에 의해 거래사실이 확인되고 그 거래에 다른 부가가치세의 거래징수도 정상적으로 이뤄졌으나 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인해 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 경우에는 예외적으로 매입세액의 공제는 허용돼야 한다"고 밝혔다. 승씨는 지난 98년 세금계산서를 발행하지 않고 다른 주유소들과 석유류에 대한 소비대차거래를 하며 부가세 신고 때에도 이를 누락했다가 99년4월 실시된 세무조사 과정에서 98년 제1~2기에 10억8천여만원의 매출액을 누락한 사실이 드러나자 비로소 다른 주유소들로부터 작성일을 거래일자로 해 소급작성된 매입세금계산서를 교부받아 삼성세무서에 부가가치세 경정청구를 했으나 삼성세무서가 매입세액을 공제하지 않고 매출누락분에 대한 매출세액에다 가산세를 더해 1억2천3백여만원의 부가세를 부과하자 소송을 내 1,2심에서 승소했었다.

특가법 제8조1항의 '연간 포탈세액 등'은 각 세목의 과세기간 등에 관계없이 포탈 등 '범칙행위의 성립시기'를 기준으로 삼아 '각 연도별(1월1일부터 12월31일까지)'로 포탈한 또는 부정 환급받은 모든 세액을 합산한 금액이라는 대법원 판결이 선고됐다. 대법원전원합의체(주심 申性澤 대법관)는 20일 특가법위반(조세) 혐의로 기소된 고진업씨(48·약품유통업)등 2명에 대한 상고심(99도3822)에서 고씨등의 상고를 인용, 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 되돌려 보냈다. 이번 판결로 특정범죄가중처벌법 제8조제1항의 연간 포탈세액 등의 의미에 대해 '과세기간'에 따라 각 세액을 합산하는 것이라던 대법원판결(82도938, 83도362, 90도308) 등으로 그간 엇갈려오던 판례가 통일됐다. 재판부는 판결문에서 "특가법 제8조제1항에서 말하는 '연간 포탈세액 등'은 각 세목의 과세기간 등에 관계없이 포탈 등 '범칙행위의 성립시기'를 기준으로 삼아야 한다"며 "여기서 '연간'이란 각 세목의 과세기간 등에 관계없이 '각 연도별(1월1일부터 12월31일까지)'로 포탈한 또는 부정 환급받은 모든 세액을 합산한 금액을 의미한다"고 밝혔다. 재판부는 또 "연간이라는 용어를 사용하면서 그 기산시점을 특정하지 아니한 경우에는 역법상의 한 해인 1월1일부터 12월31일까지의 1년간으로 이해하는 것이 일반적"이라며 "연간의 의미를 각 연도별 1월1일부터 12월31일까지의 1년간"이라고 밝혔다. 하지만 '연간'의 해석과 관련, 池昌權·李林洙·徐晟·趙武濟·柳志潭 대법관 등은 반대의견을 통해 "특가법 제8조제1항의 '연간'은 기소된 최초의 포탈 등 범칙행위의 성립시기인 어느 해의 '특정 시점으로부터 1년의 기간'을 뜻하는 것이라고 해석해야 한다"고 밝혔다. 특정범죄가중처벌등에관한법률 제8조제1항제1호는 '포탈하거나 환급받은 세액 또는 징수하지 아니하거나 납부하지 아니한 세액(이하 '포탈세액 등'이라 한다)이 연간 5억원 이상인 때에는 무기 또는 5년 이상의 징역에 처한다'고 규정하고, 제2호에서는 '포탈세액 등이 연간 2억원 이상 5억원 미만인 때에는 3년 이상의 유기징역에 처한다'고 규정하고 있다.