32년 간 거주한 주택을 팔고 이사하는 과정에서 일시적으로 1가구 3주택이 된 경우라도, 투기 목적이 없다면 양도소득세 중과세율을 적용해 과세 처분하는 것은 부당하다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 3월 30일 A씨의 유족 B 씨 등이 마포세무서장을 상대로 제기한 양도소득세 부과처분 취소소송(2022구합69513)에서 원고승소 판결했다. A 씨는 1985년 6월 서울 마포구에 2층 주택을 사서 보유하다가 2018년 4월 22억4000만 원에 양도했다. A 씨는 1세대 1주택인 고가주택의 양도에 해당한다고 판단해 9억 원을 초과하는 양도차익에 대해 장기보유특별공제 및 소득세법상 기본세율을 적용한 뒤, 2018년 귀속 양도세로 6470여만 원을 신고·납부했다. A 씨는 양도대금으로 마포구의 아파트를 약 8억 원에 매입해 실거주했고, A 씨의 배우자 B 씨는 경기도 광명시의 아파트를 7억1000만 원에 산 뒤 장기임대주택으로 등록해 소유했다. 이사를 하는 과정에서 A 씨 가정은 1가구 3주택이 된 셈이다. 이에 마포세무서는 A 씨가 서울 마포구 2층 주택을 양도한 것이 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 양도에 해당한다고 판단했다. 세무당국은 9억 원 초과 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 구 소득세법에 따른 중과세율을 적용해 양도소득세 8억1300여만 원을 경정고지했다. 이에 불복한 A 씨는 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 냈다. 이후 A 씨가 사망하게 되면서 배우자 B 씨와 그 자녀들이 소송의 원고가 됐다. 법원은 A 씨의 유족 측 손을 들어줬다. 재판부는 "A 씨는 해당 주택을 취득한 후 약 32년 간 거주하다가 주거 이전 목적으로 양도하고 그 매도대금으로 대체주택을 8억 원에 매수한 뒤 대체주택으로 전입했다"며 "이러한 과정에 거주 이전 목적 이외에 부동산의 투기 목적 등 다른 목적이 있다고 볼 만한 사정이 없다"고 밝혔다. 이어 "일반적으로 장기임대주택의 경우 장기간 임대를 통해 무주택 서민과 중산층의 주거안정에 기여하는 바가 크기 때문에 그 취득 ·보유를 두고 바로 투기 목적이 있었다고 보기 어렵다"며 "종전 주택인 마포구 2층 주택과 장기임대주택인 광명시 아파트를 보유하게 된 A 씨의 세대가 거주예정인 마포구 아파트를 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 3주택을 소유하게 됐더라도, 대체주택을 취득하는 과정 중에 발생한 것이기 때문에 투기 목적이라고 볼 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "마포세무서는 A 씨의 경우 마포구 2층주택을 먼저 양도하고 그 잔금을 받아 대체주택을 취득하는 방식을 통해 일시적으로 3주택자가 되는 것을 회피할 수 있는 방법이 존재했다고 주장한다"며 "하지만 이렇게 주택 취득 방법을 제한하는 것은 장기임대주택 외에는 사실상 실거주하는 종전주택을 양도하고 대체주택을 취득하는 과정에 있는 국민의 거주이전의 자유를 지나치게 제약하는 것으로서 부당하다"고 판시했다.

삼양식품 등에 라면박스와 스프를 공급하는 자회사들이 허위 세금계산서를 작성했다는 이유로 법인세 부과 처분을 받았으나, 법원에선 일부 세금계산서에 대해 허위가 아니라고 판단했다. 서울고법 행정1-1부(심준보·김종호·이승한 부장판사)는 4일 삼양식품과 삼양내츄럴스, 삼양프루웰, 알이알이 성북세무서장, 원주세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 등 취소소송(2021누33601)에서 원고일부승소 판결했다. 삼양내츄럴스와 삼양프루웰, 알이알은 삼양식품 라면박스 등을 공급하는 삼양의 자회사다. 재판부는 알이알 등이 내부거래 세금계산서의 발급·수취 주체라고 볼 수 없다는 내츄럴스와 프루웰 측의 주장을 받아들였다. 재판부는 "구 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급이 있기는 했으나 세금계산서에 기재한 '공급하는 자' 또는 '공급받는 자'가 실제 거래의 당사자와 다른 경우 그 세금계산서상의 '공급하는 자'나 '공급받는 자'를 수범자로 규정한다고 볼 수 없다"며 "자회사들이 실제 자신이 공급하거나 공급받는 재화에 대해 각 자회사 명의를 이용해 세금계산서를 발급·수취했을 뿐, 이를 두고 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급·수취했다고 볼 수 없어 구 부가가치세법상 가공 세금계산서에 해당하지 않는다"고 판단했다. 내츄럴스의 2011~2012사업연도와 프루웰의 2008~2012사업연도 각 법인세 등에 대한 부과제척기간 경과 주장에 대해 재판부는 "일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세는 구 국세기본법(2014.12.23 개정 전) 제26조의2 제1항 제1호의2 나목 소정의 구법인세법 제76조 제9항 제4호에 따른 가산세에는 해당하지 않으므로, 이에 대해선 10년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없어 이들 가산세 부과처분은 모두 5년의 제척기간이 지난 후에 한 것이므로 당연무효"라고 했다. 다만 "증액경정처분은 당초 처분과 증액하는 부분을 포함해 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이어서, 당초 처분은 독립한 존재가치를 상실하고 오직 증액경정처분만 쟁송의 대상에 해당한다"며 "납세의무자로서는 증액한 부분만 아니라, 당초 처분에서 확정한 과세표준과 세액에 대해서도 위법 여부를 다툴 수 있는 것이지만, 제척기간 도과 전에 있었던 당초 처분은 유효한 것이므로 당초 처분에 의해 이미 확정했던 부분에 대해 다시 위법 여부를 다툴 수 없다"고 밝혔다. 앞서 서울지방국세청은 2018년 10월부터 2019년 2월까지 삼양식품과 내츄럴스, 프루웰, 알이알에 대한 법인제세통합조사를 실시했다. 그 결과 △삼양식품이 2011년~2017년 내츄럴스로부터 388억여 원 상당의 라면스프 원료를 공급받았음에도 페이퍼컴퍼니 명의로 발급된 세금계산서를 수수했고, 프루웰로부터는 115억여 원 상당의 포장박스를 공급받았음에도 알이알 명의로 발급된 세금계산서를 수수했으며 △내츄럴스와 프루웰이 그 전 거래 단계에서 다른 거래처로부터 라면스프와 포장박스를 공급받았음에도 알이알 등으로부터 받은 것처럼 세금계산서를 꾸며 수수한 것으로 조사됐다. 이러한 세금계산서를 확인한 서울지방국세청은 관련 과세자료를 관할세무서인 성북세무서와 원주세무서에 통보했다. 성북세무서는 삼양식품이 내츄럴스 등으로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 합계 47억여 원을 증액경정·고지했다. 원주세무서는 알이알 등의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 내츄럴스, 프루웰이 부담해야 한다는 전제로 해당 세금계산서와 관련된 매출세액을 내츄럴스와 프루웰의 매출세액에 가산하는 등으로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 내츄럴스에게는 26억여 원을, 프루웰에는 5억여 원을, 각 증액경정·고지했다. 알이알에 대해선 2억4000여만 원을 고지했다. 이에 불복한 삼양식품 등은 2019년 4월 심판청구를 제기했고, 그 결정이 있기 전인 같은해 5월 소송을 제기했다. 조세심판원은 2020년 6월 이들의 심판청구를 모두 기각했다. 1심은 내츄럴스와 프루웰의 부과제척기간 관련 주장은 받아들이지 않았지만, 세금계산서미발급가산세 관련 주장 등 일부를 받아들여 원고일부승소 판결했다.

행정처분에 불복해 소송을 진행하던 중 처분이 변경된 경우 재소 이익이 다르다면 기존 소송을 취소하고 바뀐 처분의 취소를 구하는 소송을 낼 수 있다는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 노태악 대법관)는 3월 16일 의사인 A 씨 등이 보건복지부 장관을 상대로 낸 과징금 부과처분 취소 소송(2022두58599)에서 각하 판결한 원심을 파기하고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. A 씨 등은 자신이 운영하는 병원에서 약사가 아닌 간호사가 직접 약을 조제한 혐의(약사법 위반)로 40일간의 업무정지 처분을 받았다. A 씨 등은 업무정지 처분을 취소해 달라며 행정소송을 제기했지만 1심에서 패소했다. A 씨 등이 항소했지만 항소심 재판 도중 복지부 장관은 업무정지 처분을 약 4억9700여만 원의 과징금부과 처분으로 직권 변경했다. 이에 A 씨 등은 과징금부과 처분의 취소를 구하는 소송을 냈다. 전소(기존 업무정지 처분 청구 소송)는 취하했고, 복지부 장관도 동의해 업무정지 처분 소송은 소 취하로 종결됐다. A 씨 등은 과징금부과 처분 소송 1심에서도 패소했는데, 2심은 A 씨 등에게 소송 자격 자체가 없다며 각하 결정했다. 앞선 업무정지 처분 소송과 당사자가 동일하고 과징금부과 처분 소송이 업무정지 처분 소송의 소송물을 선결적 법률관계 내지 전제로 하고 있어 재소금지 원칙에 위반돼 부적법하다고 판단한 것이다. '재소금지 원칙'이란 어떤 사건의 최종판결이 있은 뒤에는 다시 소송을 제기할 수 없다는 민사소송법상의 원칙이다. 하지만 대법원의 판단은 달랐다. 대법원은 전소와 이 사건 소의 소송물이 같다고 볼 수 없고, 이 사건 전소의 소송물인 이 사건 업무정지 처분의 위법성이 이 사건 과징금 부과처분의 위법성을 소송물로 하는 이 사건 소와의 관계에서 항상 선결적 법률관계 또는 전제에 있다고 보기도 어렵다고 판단했다. 재판부는 "민사소송법 제267조 제2항은 '본안에 대한 종국판결이 있은 뒤에 소를 취하한 사람은 같은 소를 제기하지 못한다'고 규정하고 있는데, 이 후소가 전소의 소송물을 전제로 하거나 선결적 법률관계에 해당하는 것일 때에는 비록 소송물은 다르지만 위 제도의 취지와 목적에 비추어 전소와 '같은 소'로 보아 판결을 구할 수 없다고 봐야 하고 여기에서 '같은 소'는 반드시 기판력의 범위나 중복제소금지의 경우와 같이 풀이할 것은 아니므로, 재소의 이익이 다른 경우에는 '같은 소'라 할 수 없다"며 "또한 본안에 대한 종국판결이 있은 후 소를 취하한 사람이라 하더라도 민사소송법 제267조 제2항의 취지에 반하지 않고 소를 제기할 필요가 있는 정당한 사정이 있다면 다시 소를 제기할 수 있다"고 판시했다. 이어 "이 사건에서 업무정지 처분과 과징금 부과처분의 기초가 되는 위반행위는 동일하지만 처분의 근거법령이나 요건과 효과는 동일하지 않다"며 "업무정지 처분은 구 국민건강보험법 제98조에 근거한 것이고, 과징금 부과처분은 같은 법 제99조에 근거한 것으로 그 처분기준이나 재량권 일탈·남용 여부에 대한 고려사항이 같지 않다"고 설명했다. 그러면서" 업무정지 처분이 적법하더라도 과징금부과 처분은 위법한 경우가 있을 수 있고, 반대의 경우도 있을 수 있다"며 "결국 A 씨 등에게 업무정지 처분과 별도로 과징금부과 처분 위법성을 소송절차로 다툴 기회를 부여할 필요가 있다"고 했다.

조세당국이 세무조사를 통해 과세처분을 하고, 추후 다시 실시된 조사에서 별 다른 조치를 하지 않았음에도 같은 기간 같은 대상에 대해 재차 중복세무조사를 통해 종합소득세 등 부과처분을 했다면 위법한 처분으로서 취소해야 한다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정1-2부(김종호·이승한·심준보 부장판사)는 7일 변호사인 A 씨가 반포세무서장과 서초세무서장을 상대로 낸 종합소득세 부과처분 등 취소소송(2021누37801)에서 원고일부승소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. A 씨는 공군 비행장 인근 주민들을 원고로 모집해 국가를 상대로 소음 피해로 인한 손해배상을 구하는 집단소송과 한국전력공사의 고압선 경유지 소유자들을 원고로 모집해 한국전력공사를 상대로 선하지(토지위에 고압선이 가설되어 있는 토지) 무단 점유에 따른 부당이득 반환 청구에 대한 집단소송을 수행했다. A 씨는 이들 소송 원고들에게 소송 결과에 따라 승소판결금을 자신의 계좌로 수령한 후, 변호사 보수 명목으로 지급받기로 한 금원을 제외한 나머지 금원을 승소한 원고들에게 지급하는 방식으로 성공보수금을 지급받기로 약정했다. 이에 따라 소음소송 57건과 선하지소송 41건에 대한 승소판결금을 지급받았다. A 씨는 이 승소판결금 중 11%의 비율로 계산한 금액에 해당하는 성공보수금(부가가치세 포함)을 지급받은 것을 전제로 2011년 귀속 종합소득세 및 2011년 제1기 및 제2기 귀속 부가가치세를 신고·납부했다. 그런데 서울남부지검은 2017년 11월 서울지방국세청에 A 씨가 소음소송과 관련해 부가가치세 및 소득세를 포탈했다며 조세범처벌법 위반사범에 대한 고발을 의뢰했다. 이에 서울지방국세청은 2018년 1월 A 씨에 대해 2개월 가량의 기간을 두고 2011 사업연도에 대한 개인통합조사에 착수했다. 서울고검은 2018년 2월 서울지방국세청에 A 씨가 집단소송 관련 부가가치세 및 소득세를 포탈한 혐의가 있다며 추가 고발을 의뢰했다. 그러자 서울지방국세청은 당초 세무조사를 조세범칙조사로 전환했고 조사 결과 △A 씨가 소음소송의 성공보수를 승소판결금의 16.5%로, 선하지소송의 성공보수를 임차료의 33%와 지연손해금으로 약정했음에도 허위로 작성된 약정서 및 입금증 등을 근거로 집단소송에 대한 현금 매출의 신고를 누락하고 △허위세금계산서 수취 등을 통해 가공경비를 계상하는 등 사기 기타 부정한 행위로 2011년 귀속 종합소득세 50억여 원 및 부가가치세 13억여 원을 포탈했다는 혐의로 서울고검에 A 씨를 고발하고 해당 과세자료를 반포세무서와 세초세무서에 통보했다. 두 세무서는 과세자료를 통보받고 집단소송 관련 A 씨의 2011년 귀속 매출신고 누락액을 합계 126억여 원으로 산정해 총 136억여 원의 종합소득세 및 부가가치세를 부과처분했고, 이에 불복한 A 씨는 소송을 제기했다. 앞서 서울지방국세청은 2012년 7월에 A 씨에 대한 개인제세 통합조사(1차 조사)를 실시한 바 있으며, 서초세무서는 선하지소송 성공보수금과 관련해 탈세 제보를 받고 2014년 9월 원고의 부가가치세에 대한 적정신고 여부를 확인하고자 현장확인 조사(2차 조사)를 비롯해 이미 3차례 조사를 실시했다. 그 결과 2012년 7월 조사에 대해서는 매출신고 일부를 누락했다며 2009년~2011년까지의 종합소득세 및 부가가치세에 대한 과세처분이 이뤄졌고, 2014년 9월 조사에 대해서는 A 씨가 수입금액 신고를 누락한 부분이 없다고 판단해 별다른 조치를 하지 않았다. 이후 세 번째 조사가 시작됐을 때 A 씨가 서울지방국세청에 “1·2차 조사와 동일한 세목 및 과세기간에대한 것이어서 중복조사금지원칙에 위반되므로 중단해달라”는 취지로 권리보호요청을 했고, 이것이 받아들여져 조사가 중단됐다. 이번 소송의 원인이 된 조사가 진행되자 A 씨는 재차 같은 취지로 중단해달라며 권리보호요청을 했으나 서울지방국세청 납세자보호위원회에서 기각 의결됐다. 재판부는 "국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있고, 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다"며 “A 씨에 대한 세무조사는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당하지 않고, 중복조사가 허용되는 다른 예외사유에도 해당하지 않아 중복세무조사금지의 원칙을 위반해 위법하다"고 밝혔다. 이어 "2차 조사 결과, A 씨의 수입금액 신고 누락 금액이 없다는 판단을 내렸고, 납세자보호담당관이 작성한 검토서에는 '조사청은 1차 및 2차 세무조사를 통해 A 씨에 대한 강도 높은 세무조사를 실시했음이 명백하다'라고 기재된 부분이 있다"며 "서울지방국세청은 늦어도 제3차 조사에 착수하기 이전엔 이미 상당한 양의 검찰 수사기록을 확보해 검토했음은 물론이고, 검찰 수사기록에 A 씨 직원들의 참고인 진술조서 등 A 씨가 약정서를 위조해 제출한 사실을 뒷받침하는 자료들이 포함돼 있다고 해서 이를 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 '새로 밝혀진 경우'에 해당한다고 볼 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "A 씨에 대해 재조사가 허용되는 예외사유에 해당한다고 볼 경우, 과세관청으로 하여금 최초 세무조사를 부실하게 시행했더라도 이를 통해 확보한 자료에 기재된 내용과 동일한 사실에 관한 일부 자료만이라도 추후 보완된다면 재조사를 몇 번이고 얼마든지 시행할 수 있다는 결론에 이르게 된다"며 "이는 과세관청의 부실한 세무조사를 조장할 우려가 있고 재조사를 금지하는 입법 취지에도 반해 허용할 수 없다"고 판시했다.

<사진=연합뉴스> 네이버가 제2사옥을 신축하며 성남시 분당구청으로부터 부과받은 하수도 원인자부담금 17억여 원에 대한 취소소송을 제기했으나 1심에서 패소했다. 법원은 네이버의 신축 건물이 당초 택지개발사업에서 예정된 층수 제한 및 용적률을 초과하고 그에 따라 대통령령으로 규정된 오수 발생량을 넘었다고 판단했다. 수원지법 행정4부(재판장 공현진 부장판사)는 2월 8일 네이버가 성남시 분당구청장을 상대로 낸 하수도 원인자부담금 부과처분 취소소송(2021구합74380)에서 원고패소 판결했다. 네이버는 이번 판결에 불복해 같은 달 28일 항소했다. 네이버는 2016년 9월 당시 이재명 성남시장으로부터 성남시 분당구 지상에 업무시설 건물 신축 허가를 받고, 6차에 걸친 변경허가 끝에 2021년 8월 제2사옥을 완공했다. 하지만 성남시로부터 징수권한을 위임받은 분당구청은 하수도법 제61조, 같은 법 시행령 제35조, 성남시 하수도사용 조례 제18조 및 제20조에 따라 네이버에 17억5000여만 원의 하수도 원인자부담금을 부과했다. 이에 반발한 네이버는 "제2사옥 건물 부지는 택지개발촉진법에 따라 조성된 용지"라며 "이 건물에 관해 공공하수도 시설의 신설·증설이 요구되는 경우에는 실질적 원인자인 타행위의 사업시행자가 하수도법 제61조 제2항에 따라 하수도 원인자부담금의 부담의무자가 될 뿐이고 타행위로 조성된 용지상 건축주는 별도로 부담의무자가 될 수 없다" 등의 이유로 소송을 냈다. 재판부는 "택지개발촉진법에 따른 택지개발사업은 하수도법 제61조 제2항, 같은 법 시행령 제35조 제2항 제2호 가목에서 정한 '타행위'에 해당하므로 택지개발사업 부지에 건물을 신축할 경우 하수도 원인자부담금은 사업시행자인 한국주택공사가 부담하는 것이 원칙"이라며 "그러나 택지개발사업 준공 이후 24년 7개월 정도 지났고, 택지개발사업 준공 당시 예정했던 용도지구, 층수 제한이 모두 변경됐다"고 밝혔다. 이어 "네이버의 제2사옥은 택지개발사업에서 예정한 층수 제한과 용적률을 훨씬 초과한다"며 "층수가 높아지고 연면적이 증가할수록 오수발생량은 증가할 수밖에 없는데, 제2사옥 건물의 규모와 오수발생량은 택지개발사업에 따른 건물부지 조성 당시 예정된 범위를 훨씬 초과한다"고 판단했다. 그러면서 "제2사옥 신축은 택지개발사업에서 예정된 범위를 초과하는 특별한 사정이 있고, 건축물 신축을 통해 오수를 대통령령으로 정하는 양(10㎥) 이상 증가시켰다. 네이버는 하수도법 제61조 제1항에 따라 건축주로서 원인자부담금을 부담한다"고 판시했다. 재판부는 네이버 측의 △ 위법한 이중부과라는 주장 △ 신뢰보호의 원칙에 반한다는 주장 등에 대해서도 이유 없다고 판단했다.

영업비밀 유출에 따른 합의금을 '지적재산 사용료'로 판단해 용역의 공급대가로서 부가가치세를 부과한 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 지난해 12월 22일 A 사가 역삼세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2021구합60304)에서 원고승소 판결했다. 실리콘제품의 제조, 판매 등을 하는 A 사는 미국에 본점을 두고 있는 B 사의 자회사다. B 사는 그곳에서 15년 간 근무하다가 퇴사한 후 C 사 실리콘영업부 부장으로 영입된 D 씨가 B 사 서버에 저장된 주요 자료 파일들을 임의로 반출하면서 C 사와 실리콘 제품 제조 관련 영업비밀 등 침해 관련 분쟁을 겪게 됐다. 이 과정에서 A 사와 B 사는 C 사에 지적재산 침해 등에 대한 손해배상 등을 요구했고, 수차례 협상 과정을 거쳐 전직 직원 채용 및 영업비밀 등 침해와 관련한 C 사와 임직원의 모든 민·형사상 책임을 면책하고 그 대가로 C 사는 A 사와 B 사에 각 1700만 달러 씩 총 3400만 달러의 합의금을 지급하기로 했다. 이에 따라 C 사는 2015년 4월부터 2017년 12월까지 A 사에게 4회에 걸쳐 해당 금액을 지급했고, 이를 '지급수수료(기술자문료)'로 회계처리한 후 사용료소득으로 15%의 법인세를 원천징수했다. 한편, 서울지방국세청장은 2017년 12월부터 2018년 3월 C 사에 대한 세무조사를 실시했는데 해당 합의금은 지적재산 사용에 따른 사용료에 해당해 지적재산 사용기간에 안분해 손금산입하도록 조정해야 한다는 취지로 C 사의 관할세무서에 통보하면서 역삼세무서에도 부가가치세 매출누락 자료를 통보했다. 이에 따라 역삼세무서는 해당 합의금이 A 사의 사용료 매출 누락임을 전제로 2020년 6월과 8월 A 사에 부가가치세 합계 30억여 원을 부과했다. 이 처분에 불복한 A 사는 같은해 9월 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각결정을 받자 소송을 제기했다. A 사는 "부가가치세법 제4조 제1호는 부가가치세의 과세대상을 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급으로 규정하고, 손해배상금이나 위약금은 재화 또는 용역의 공급대가가 아니어서 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다"며 "해당 합의금은 C 사의 지적재산 침해라는 위법행위에 대한 손해배상금일 뿐, 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없어 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 주장했다. 재판부는 A 사의 주장을 받아들였다. 재판부는 "해당 합의금은 지적재산 침해에 따른 손해배상금의 성격을 가진다고 보는 것이 타당하고 단순히 지적재산에 대한 장래의 사용료에 해당한다고 보기 어렵다"며 "만일 합의서가 '지적재산 사용료'에 관한 것이었다면 그 전문에 당사자 사이의 분쟁 존재 사실과 분쟁에 따른 불확실성 등을 피하기 위한 취지가 기재될 이유가 없다"고 설명했다. 이어 "해당 합의금은 실제 합의 이전에 발생한 영업비밀 등 침해 행위로부터 C 사와 그 임직원을 면책하기 위해 지급된 돈"이라며 "'용역의 공급대가'라는 전제에서 이뤄진 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.

클럽 버닝썬의 운영사가 과세 당국을 상대로 부가가치세 취소소송을 제기했지만 1심에서 패소했다. 재판부는 클럽 영업직인 MD(Merchandiser)들에게 지급된 봉사료 액수를 부가가치세 및 개별소비세의 각 과세표준에 포함한 과세 당국의 처분이 정당하다고 판단했다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 3월 2일 버닝썬엔터테인먼트가 역삼세무서장을 상대로 낸 부가가치세 등 부과처분 취소소송(2021구합56213)에서 원고패소 판결했다. 버닝썬엔터는 2018년 2월~2019년 3월 버닝썬이라는 상호로 클럽 형태 유흥주점을 운영했다. 2019년 3~7월까지 법인통합조사를 실시한 서울지방국세청은 버닝썬엔터가 '종업원의 봉사료'로 보고 부가가치세 및 개별소비세의 각 과세표준에서 제외한 46억여 원을 역삼세무서장에게 과세자료로 통보했다. 버닝썬엔터는 "부가가치세법 제29조, 같은 법 시행령 제61조 제4항 등에서 정한 '종업원의 봉사료' 요건에 부합하므로 부가가치세 및 개별소비세의 각 과세표준에서 제외돼야 한다"며 소송을 냈다. 부가가치세법령 등에 따르면, 사업자가 용역 대가와 함께 종업원(프리랜서 포함)에게 귀속되는 봉사료를 수령한 경우 이를 매출전표 등에 구분 기재하고 해당 종업원에게 지급한 사실이 확인되면 그 봉사료는 부가가치세 과세표준에서 제외하는 것으로 정하고 있다. 재판부는 "MD들은 원고로부터 성과인센티브를 받기로 한 프리랜서이고, 원고가 신용카드전표 등에 별도로 담당 MD팀명과 함께 봉사료 가액을 구분 기재한 뒤 MD팀장에게 지급했다"고 밝혔다. 다만 "구분 기재된 봉사료 항목 금액은 고객의 의사와 상관없이 미리 원고가 결제시스템에 일정 비율을 임의로 설정하고 결제대금 일정액을 일률적으로 봉사료 명목으로 수취한 금액"이라며 "이 경우엔 미리 고객들에게 봉사료가 있음을 안내하고 청구하는 것이 보통인데, 버닝썬에선 MD봉사료나 봉사료율을 고객들에게 안내 또는 고지하지 않고 주류 등 요금만을 제시한 채 결제 받았다"고 설명했다. 이어 "버닝썬의 고객들은 제공받은 유흥음식용역에 대해 일체로서의 대가를 지급한 것으로 보일 뿐 결제대금의 25% 또는 35%를 봉사료로 지급한다는 사실을 인지했거나 이를 담당 MD에게 직접 귀속시킬 의사로 별도 지급했다고 보기는 어렵다"고 판단했다. 또 "원고가 MD들과 맺은 프리랜서 영업직 계약에 따르면, MD는 영업활동 대가로 성과급을 지급받는다"며 "매출액 일부를 봉사료 명목으로 구분 기재하고 MD들에게 상당한 금액을 지급했더라도 그 본질은 고객에게 받아 그대로 전달하는 봉사료가 아니라 원고의 매출을 향상시킨 영업활동에 따른 성과급"이라고 했다. 그러면서 "부가가치세 법령 등에서 규정한 봉사료에 해당하기 위해선 고객이 종업원에게 직접 귀속시킬 의사로 봉사료를 별도 지급해야 한다"며 "이는 봉사료와 실제 용역을 제공한 종업원에게 지급된 돈의 액수와 실질이 같아야 한다는 것인데, 46억여 원은 그 액수와 실질이 전혀 대응되지 않기 때문에 부가가치세 및 개별소비세의 과세표준에 포함되지 않는 '종업원의 봉사료'에 해당하지 않는다"고 판시했다.

공정거래위원회의 과징금 부과를 피하기 위해 서둘러 조합의 청산절차를 마친 조합 이사장의 행위는 민법 제750조에 따른 불법행위에 해당하므로 국가에 손해배상 책임을 져야 한다는 판결이 나왔다. 서울중앙지법 민사96단독 이백규 판사는 2월 22일 국가가 A 급식재료공급업협동조합 이사장인 B 씨를 상대로 낸 손해배상청구소송(2022가단5093918)에서 "B 씨는 국가에 2300여만 원을 지급하라"며 원고일부승소 판결했다. 공정위는 2018년 1월 A 조합이 부당한 경쟁제한행위를 했다며 시정명령과 과징금 4000만 원을 부과했다. 조합이 낸 불복소송에서 법원은 "과징금 부과는 적법하지만 계산이 잘못됐다"며 부과처분 취소 판결을 선고했고, 대법원에서 그대로 확정됐다. 공정위는 2019년 10월 징수했던 과징금 4000만 원을 환급한 뒤 이듬해 3월 재산정한 과징금 3200만 원을 다시 부과했다. 하지만 조합은 이미 조합해산과 B 씨를 청산인으로 선임하는 결의를 한 뒤 해산등기를 마쳤고, 잔여재산이 있을 때는 조합원에게 분배한다는 결의까지 끝마친 상태였다. 조합은 부과처분 고지서를 받은 직후에도 남은 돈 2100여만 원을 조합원 21명에게 100만 원씩 지급하고 조합 잔고가 0원이 되도록 했다. 공정위는 조합에 과징금에 관한 채권신고서를 냈지만, 조합은 2020년 5월 청산등기를 마쳤다. 국가는 "징수하지 못한 과징금 3200만 원 상당의 손해를 배상하라"며 소송을 냈다. 이 판사는 "B 씨는 조합 이사장으로 관련 판결의 내용, 공정위의 1차 처분(과징금 4000만 원)의 액수 산정이 잘못돼 재산정해야 한다는 점을 잘 알고 있었던 것으로 보인다"며 "공정위 담당자는 B 씨에게 과징금이 재산정될 예정임을 설명하고 4000만 원을 환급했는데, 조합은 이를 인식하고도 2020년 12월 총회를 열어 해산을 결의하고 서둘러 청산절차를 밟았다. B 씨는 청산인 직무를 수행하며 채권신고 공고에 관한 규정을 위반해 3회 이상 공고하지 않았다"고 밝혔다. 이어 "조합은 2020년 2월부터 2개월 안에 채권을 신고하도록 공고하고도 4월이 되기 전에 채권자에 대한 변제를 계속했다"며 "B 씨는 공정위에 2차 처분(과징금 3200만 원)에 관한 의견서를 제출할 당시 잔고가 3000여만 원임에도 0원이라고 거짓 진술하고, 과징금 고지서가 도착하자 채권자들에 대한 남은 변제절차를 진행한 뒤 2100여 만원을 조합원들에 분배하는 등 조합 잔고를 0원으로 만들었다"고 판단했다. 그러면서 "채권자 변제를 모두 마치고 진행하는 조합원에 대한 잔여재산분배를 채권신고 기간 안에 해서는 안 된다는 점은 분명하다"며 "B 씨의 행위는 그 경위와 결과, 위법성의 정도, 민법상 과태료 제재가 부과되는 점 등을 고려할 때 국가에 대한 불법행위에 해당한다"고 판시했다. 이 판사는 2020년 2월 채권신고 공고일을 기준으로 한 조합 재산에서 국가의 과징금 채권이 전체 조합채권자의 채권액에서 차지하는 비율 등을 고려해 국가의 손해를 2300여만 원으로 산정했다.

조현준 효성그룹 회장이 계열사 부당 지원에 대한 공정거래위원회의 과징금 처분이 부당하다며 취소소송을 냈지만 대법원에서 최종 패소했다. 대법원 특별2부(주심 조재연 대법관)는 10일 조 회장과 효성그룹 계열사들, 갤럭시아일렉트로닉스(GE)가 공정위를 상대로 낸 과징금 부과처분 등 취소소송(2021두35759)에서 원고패소 판결한 원심을 확정했다. 조 회장 등은 2018년 4월 조 회장이 대주주로 있는 개인 회사 GE의 경영난을 해소하기 위해 효성 계열사를 동원해 부당 지원한 혐의로 공정위로부터 시정명령과 과징금 30억 원을 부과 받았다. 앞서 효성투자개발은 대주단이 GE가 발행한 전환사채(CB)를 인수하기 위해 설립한 특수목적회사(SPC)와 TRS(Total Return Swap) 계약을 맺었다. 당시 TRS 계약은 효성투자개발이 SPC에 투자 금액과 약정이자의 지급을 보장하고 부동산을 담보로 제공하되 CB의 가격변동에 따라 발생할 이익 또는 손실을 SPC로부터 이전받는 내용이었다. 이에 공정위는 효성투자개발이 SPC와 TRS 계약 등을 체결해 GE가 자금 조달을 할 수 있도록 지원한 것으로 판단했다. 하지만 조 회장 측은 "TRS계약은 GE에 상당히 유리한 조건의 거래가 아니고 공정거래 저해성이 인정되지 않는다"며 "공정거래법 제23조의2 제1항의 부당한 이익제공 행위에는 간접거래가 포함되지 않는다"고 주장하며 공정위를 상대로 과징금 부과처분 취소소송을 냈다. 원심인 서울고법은 2021년 1월 "효성투자개발과 SPC간 맺은 TRS계약 등의 거래는 효성투자개발의 GE에 대한 부당한 지원행위 및 조 회장에 대한 부당한 이익제공 행위에 해당한다"며 "조 회장의 부당한 이익제공 행위에 대한 관여도 인정된다"며 공정위의 과징금 등 부과처분이 적법하다고 판단했다. 조 회장 등은 이에 불복해 상고했지만, 대법원도 공정위의 처분이 적법하다고 판단했다. 재판부는 "옛 공정거래법 제23조의2의 규정 내용과 입법 경위, 입법 취지 등을 고려하면, 옛 공정거래법 제23조의2 제1항 제1호에서 금지하는 자금거래를 통한 특수관계인에 대한 이익제공 행위는 자금의 제공 또는 거래방법이 직접적이든 간접적이든 묻지 않아 행위 주체가 행위 객체에게 부당한 이익을 귀속시킬 목적으로 제3자를 매개해 자금거래 행위가 이뤄지고 그로 인해 행위 객체에게 실질적으로 이익이 귀속되는 경우에도 행위 요건을 충족한다"고 밝혔다. 이어 "옛 공정거래법 제23조의2 제1항 제1호에서 금지하는 특수관계인에 대한 부당한 이익제공 행위에 해당하려면, 제1호의 행위에 해당하는지 여부와는 별도로 그 행위를 통해 특수관계인에게 귀속된 이익의 '부당성'이 인정돼야 하는데, '부당성'이란 이익제공 행위를 통해 그 행위 객체가 속한 시장에서 경쟁이 제한되거나 경제력이 집중되는 등으로 공정한 거래를 저해할 우려가 있을 것까지 요구하는 것은 아니고, 행위 주체와 행위 객체 및 특수관계인의 관계, 행위의 목적과 의도, 행위의 경위와 그 당시 행위 객체가 처한 경제적 상황, 거래의 규모, 특수관계인에게 귀속되는 이익의 규모, 이익제공 행위의 기간 등을 종합적으로 고려해 변칙적인 부의 이전 등을 통해 대기업 집단의 특수관계인을 중심으로 경제력 집중이 유지·심화될 우려가 있는지 여부에 따라 판단해야 한다"고 설명했다. 그러면서 "TRS계약을 비롯한 이 사건 거래는 GE, 효성투자개발 사이에 직접적인 자금거래 행위는 없지만, 효성투자개발이 GE에 부당한 이익을 귀속시킬 목적으로 제3자인 SPC와 TRS계약을 체결하고 이로 인해 GE가 SPC를 상대로 상당히 유리한 조건으로 CB를 발행해 자금을 조달함에 따라 특수관계인에게 실질적으로 이익이 귀속돼 옛 공정거래법 제23조의2 제1항 제1호의 상당히 유리한 조건으로 거래하는 행위에 해당하고, 그 행위를 통해 특수관계인에게 귀속된 이익의 '부당성'도 인정된다"고 판시했다. 대법원 관계자는 "옛 공정거래법 제23조의2 제1항의 부당한 이익제공 행위의 성립과 관련해 행위 주체가 행위 객체에게 부당한 이익을 귀속시킬 목적으로 제3자를 매개해 자금거래 행위가 이뤄지고 그로 인해 행위 객체에게 실질적으로 이익이 귀속되는 경우라면 자금의 제공 또는 거래방법이 직접적이든 간접적이든 묻지 않는다는 점을 최초로 명시적으로 설시한 판결"이라고 설명했다.

국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 정상이자율로 선택해 적용한 과세관청의 처분은 자의적인 과세권 행사에 해당해 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 지난달 15일 한국쓰리엠이 영등포세무서장을 상대로 제기한 법인세 등 부과처분 취소소송(2021구합55647)에서 원고일부승소 판결했다. 한국쓰리엠은 2005년 9월 룩셈부르크에 위치한 A사와 '회사간 융자 및 예치 협정'을 체결했다. 이 협정에 따라 한국쓰리엠은 2012년 10월부터 2018년 12월까지 약정이자율 연 1.232%~2.5%로 약 1~3개월 이후 상환받기로 약정하고 A사에 무보증 조건으로 예치했고, 만기를 갱신하면서 추가 예치가 예금 회수가 필요한 경우엔 원금을 증액 또는 감액하면서 해당 약정이자율 상당 이자를 수취하는 금전거래를 했다. 서울지방국세청은 한국쓰리엠에 대해 세무조사를 실시했는데, A사와의 거래를 통해 A사로부터 수취한 이자는 실질적으로 저리의 이율로 국외특수관계인인 A사에게 금전을 대여한 것으로 국세조정에 관한 법률 제5조 제1항 제1호 등에서 규정한 '비교가능 제3자 가격방법'에 따른 정상가격보다 낮다는 전제 하에, 한국쓰리엠과 A사 간의 약정이자율을 부인하고 조사청이 산정한 정상이자율에 따른 이자소득과 한국쓰리엠이 신고한 이자소득 간의 차액을 익금에 산입해야 한다고 관할 세무서장에게 과세자료를 통지했다. 독립기업의 원칙 따른 국제조세조정법 형해화 영등포세무서장은 특수관계가 없는 독립된 기업간 회사채발행 거래를 기초로 정상이자율 산정 및 소득금액 조정을 통해 2018년 한국쓰리엠에 대해 가산세와 법인세 합계 87억여 원을 부과했다. 이에 불복한 한국쓰리엠은 조세심판원에 심판청구를 제기했다. 심판원은 위법한 처분이라고 판단하면서 "해당 거래를 금전대차 거래로 보고 그에 따른 정상이자율(정상가액)을 재조사해, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라"는 취지의 재조사결정을 내렸다. 이에 서울지방국세청은 해당 결정 취지에 따라 재조사를 했고, 가산세와 법인세 합계 19억여 원을 부과했다. 그러자 한국쓰리엠은 "과세당국은 임의로 이자율을 산정·조정한 뒤 이전가격 과세를 해 위법하다"고 주장하면서 소송을 냈다. 재판부는 "국제조세조정법에선 정상가격에 의해서만 과세조정이 허용된다고 규정하고 있고, 국외특수관계인이 아닌 자와 통상적인 거래에서 허용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성·기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려해 계산하도록 해 독립기업의 원칙에 따라 정상가격을 산정하도록 규정하고 있다"며 "그런데 과세관청이 독립기업의 원칙에 따른 정상가격을 산정하기 위한 노력 없이 일률적으로 간주정상이자율 규정을 적용해 과세할 수 있다면, 이는 독립기업의 원칙에 따른 정상가격 산출을 규정한 국제조세조정법을 형해화하는 해석"이라고 밝혔다. 서울행정법원 기업 일부승소 판결 이어 "한국쓰리엠과 A사의 거래는 국제조세조정법 시행령에서 정한 독립기업의 원칙에 따라 산정되는 통상적인 이자율로 인정할 수 있다"며 "그럼에도 국제조세조정법 시행령 개정일인 2017년 2월을 기준으로 이후 거래에 대해 과세관청이 국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 해당 거래의 정상이자율로 선택해 적용할 수 있다고 보는 것은 그 자체로 자의적인 과세권 행사에 해당한다"고 판시했다. 정상가격이란 거주자·내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말하며, 정상이자율은 특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율을 말한다. 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령은 거주자와 국외특수관계인의 국제거래서의 경우, 거래 금액 및 국제금융시장의 실세이자율을 고려해 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 정상이자율로 간주되는 이자율을 신설했다. 구 국세조세조정법 시행규칙에 따라 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 대여하는 경우 등에서는 간주정상이자율을 따르도록 하고 있다.