가습기 살균제 제조사인 옥시래킷벤키저에 유리하게 실험보고서를 써주는 대가로 금품을 받은 혐의로 기소된 호서대 식품영양학과 교수 유모(61)씨에게 1심에서 실형이 선고됐다. 서울중앙지법 형사32부(재판장 남성민 부장판사)는 14일 배임수재 등의 혐의로 기소된 유씨에게 징역 1년4개월과 추징금 2400만원을 선고했다(2016고합616). 재판부는 "유씨의 행위는 호서대에서 제공되는 연구의 공정성, 객관성, 적정성과 그에 대한 사회 일반의 신뢰를 크게 훼손했다"며 "더구나 유씨가 옥시 측에 유리한 의견을 기재한 최종보고서가 옥시 측 주장을 뒷받침하는 근거로 이용되면서 가습기 살균제의 피해 원인 규명에 혼란을 가져왔을뿐만 아니라 피해자들에 대한 적정한 보상절차가 지연되는 원인이 되기도 했다"고 밝혔다. 유씨는 2011년 말 옥시 측으로부터 자신들에게 유리한 방향으로 실험과 연구를 해달라는 부탁을 받고 그 대가로 2011년 10월부터 2012년 9월까지 매달 200만원씩 총 2400만원을 자문료 명목으로 받은 혐의로 구속기소됐다. 유씨는 또 실제 연구에 참여하지 않은 사람들을 참여 연구원으로 허위 등록해 인건비를 청구하거나, 연구와 상관없는 기자재를 구입하는 방식으로 연구비 6800여만원을 받아 가로챈 혐의도 받고 있다. 유 교수와 같은 혐의로 기소된 서울대 조모 교수에게는 지난달 1심에서 징역 2년이 선고됐다.

대법원 민사1부(주심 이기택 대법관)는 24일 우희종(58) 서울대 수의학과 교수가 "'광우병 촛불 그 후 2년' 기사로 명예를 훼손당했다"며 조선일보를 상대로 낸 손해배상청구소송(2013다34013)에서 원고일부승소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울중앙지법으로 돌려보냈다. 재판부는 "신문 기사가 개인의 명예를 훼손하는 경우에 해당하더라도 그 목적이 오직 공공의 이익을 위한 것일 때에는 그것을 진실이라고 믿을만한 상당한 이유가 있으면 위법성이 없다"며 "사회적 의미를 가진 사건의 경우 언론 자유에 대한 제한이 완화되어야 한다"고 밝혔다. 조선일보는 2010년 5월 '광우병 촛불 그 후 2년'이라는 기사를 보도했다. 이 기사에는 '우 교수의 광우병 위험 제기가 그가 세운 회사의 이익과 연관 있다는 비판도 나오고 있다', '우 교수는 지난 2000년 광우병 진단 검사 시약을 제조 판매하는 자리타 바이오텍을 설립하고 대표이사를 맡았다'는 등의 내용이 담겨 있다. 이에 우 교수는 "조선일보의 허위보도로 명예를 훼손당했다"며 소송을 냈다. 조선일보는 "당시 의료계 일부에서 광우병의 진단 및 치료제 개발을 사업 목적으로 하는 자리타바이오텍의 설립자인 우 교수가 광우병에 대한 연구비 투자의 필요성을 강조하기 위해 위험성을 부풀리고 있다는 비판이 있어 이를 소개했을 뿐"이라며 맞섰다. 1,2심은 "해당 기사의 일부 내용이 허위로 인정되고 이는 우 교수의 사회적 평가를 저하시키는 명예훼손에 해당한다"며 "2000만원을 배상하라"고 판결했다.

국립대가 등록금 기성회비의 일부를 행정 직원들에게 수당으로 지급하던 관행을 중단한 것은 정당하다는 판결이 나왔다. 서울중앙지법 민사42부(재판장 마용주 부장판사)는 지난 7일 강모씨 등 서울과학기술대학교 행정·전산주사 등으로 근무하는 직원 143명이 학교와 국가를 상대로 낸 수당 등 청구소송(2013가합557641)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "직원들이 기성회로부터 연구비 명목으로 수당을 별도로 지급받아 왔지만 제공하는 노무와 직접적인 관련이 없어 이를 임금으로 보기는 어렵다"며 "교직원의 복지와 교육여건 개선이라는 정책적 판단에 따라 은혜적으로 지급해 온 성격의 금원에 불과해 기성회 내부에서 수당을 지급하지 않기로 결정한 이상 직원들이 수당 지급을 요구할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 "또 최근 대학생들의 등록금 문제가 사회문제화되면서 등록금 중 가장 큰 비율을 차직하고 있던 기성회비의 징수 자체는 물론, 기성회비의 사용처 등에 대한 문제제기가 이어졌다"며 "일부 국립대학 학생들이 기성회비 반환소송에서 승소하는 등 사회적 분위기를 감안해 학교가 수당 지급을 중단한 이상 합리적인 정책적 판단에 근거했다고 보인다"고 설명했다. 서울 노원구 공릉동에 있는 서울과기대는 지난해 9월부터 교원이 아닌 행정 직원들에게 연구비 명목의 수당을 지급하지 않기로 했다. 강씨 등 매달 연구비 명목으로 50~80만원 가량의 수당을 받아온 이들은 "임금을 보전하기 위한 수당이었다"며 지급 중단에 따른 손해를 배상하라고 소송을 냈다.

서울대학교가 '줄기세포 논문조작' 사건에 연루된 황우석 박사를 수의대 교수직에서 파면한 것은 정당했다는 취지의 대법원 판결이 나왔다. 황 박사가 줄기세포 논문조작 사실을 숨기고 지원금을 받아내거나 연구비를 횡령했다는 혐의에 대해서도 유죄를 확정했다. 대법원 특별1부(주심 고영한 대법관)는 27일 황 박사가 서울대 총장을 상대로 낸 파면처분취소소송의 상고심(☞2011두29540)에서 파면 처분을 취소하라고 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "국립대에서 학생지도와 연구를 수행하는 교수이자 과학자에게는 강한 성실성과 진실성, 도덕성, 윤리성이 요구된다"며 "특히 인간 난자를 이용한 배아줄기세포 연구는 생명윤리 및 안전 확보를 위해 연구 절차를 엄격히 통제하고 논문 작성에서 과학적 진실성을 추구할 필요성이 더 크다"고 밝혔다. 재판부는 또 "과학논문은 데이터의 진실성을 외부에서 검증하기가 쉽지 않아 다른 과학자들은 논문에 실린 데이터를 사실로 전제하고 후속연구를 진행하는데 그 데이터 자체가 조작된 경우에는 후속 연구가 무산되는 등 과학계 전체가 큰 피해를 입게 된다"며 "엄중한 책임을 묻지 않을 수 없다"고 설명했다. 황 박사는 2004∼2005년 사이언스지에 발표한 줄기세포 관련 논문이 조작된 것으로 드러나 2006년 4월 파면처분을 받았다. 황 박사는 같은 해 11월 파면처분 취소소송을 내 1심에서 패소했다. 하지만 항소심 재판부는 "논문 조작 경위나 실체가 충분히 밝혀지지 않은 채 징계가 내려졌고, 동물복제 연구 등에서 탁월한 업적을 남긴 점을 고려할 때 파면은 지나치다"며 황 박사의 손을 들어줬다. 한편 대법원 형사2부(주심 이상훈 대법관)는 이날 황 박사가 줄기세포 논문 조작 사실을 숨기고 환자 맞춤형 줄기세포의 상용화 가능성을 과장해 기업과 금융기관에서 20억원의 연구비를 타내고 정부지원 연구비를 빼돌렸다는 혐의와 관련해 업무상 횡령과 생명윤리법 위반 부분에 대해서는 유죄로, 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 사기 부분에 대해서는 무죄로 판단해 징역 1년6월에 집행유예 2년을 선고한 원심을 확정했다(2011도48).

탈모치료제로 유명한 '프로페시아'의 제약사에 대해 공정거래위원회가 불법 리베이트 제공을 이유로 30억원대의 과징금을 부과한 것은 정당하다는 대법원 판결이 나왔다. 제약사가 의사들에게 제품에 대한 정보를 제공하는 수준이 아니라 실질적인 이익을 제공했다면 공정거래법 위반으로 봐야 한다는 취지다. 대법원 특별3부(주심 박보영 대법관)는 14일 탈모 치료제 프로페시아 제조사인 다국적 제약사 한국엠에스디(MSD)가 "과징금 부과를 포함한 공정거래위원회의 시정명령을 취소해 달라"며 공정위를 상대로 낸 시정명령등 취소소송(2011두16667)에서 원고패소판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "'독점규제 및 공정거래에 관한 법률'의 위임을 받은 같은 법 시행령은 정상적인 거래관행에 비춰 부당하거나 과대한 이익을 제공 또는 제공할 제의를 해 경쟁사업자의 고객을 자기와 거래하도록 유인하는 행위를 부당한 이익에 의한 고객유인으로 규정하고 있다"고 밝혔다. 재판부는 "의약품 판매에서 정보제공활동과 설득활동은 필수불가결하다고 할 수 있으나, 의사가 의약품을 선택하는 데에 그 품질과 가격의 우위에 근거하지 않고 제약업체가 제공하는 부적절한 이익의 크기에 영향을 받게 된다면 소비자의 이익은 현저하게 침해될 수 밖에 없고 의약품시장에서의 건전한 경쟁도 기대할 수 없게 된다"고 설명했다. 재판부는 "한국엠에스디가 의약품 판매를 촉진하기 위해 병·의원이나 의사들에게 자문료와 강연료, 임상시험과 연구비지원프로그램, 의사초청강연을 통한 강연료, 의학서적 간행물 등을 제공한 것은 모두 의약품 판매촉진을 도모하거나 의약품 처방의 대가로 정상적인 거래관행에 비춰 부당한 이익을 제공한 행위라고 판단한 원심은 정당하다"고 덧붙였다. 공정위는 지난 2009년 한국MSD가 의사들에게 자문료와 강연료를 지급하거나 연구비와 회식비 등을 지원하는 방식으로 리베이트를 제공했다며 과징금 35억6000만원을 부과했다. 한국MSD는 소송을 냈지만 1심을 맡은 서울고법은 2011년 원고패소 판결했다.

황우석 박사 연구를 오랫동안 후원해 온 50대 여성이 황 박사에게 빌려준 연구 지원금 19억여원을 갚으라고 소송을 냈지만 패소했다. 서울남부지법 민사12부(재판장 김종원 부장판사)는 30일 A협동조합과 이 조합의 이사장 김모(51·여)씨가 황 박사(대리인 법무법인 동인)를 상대로 낸 대여금 청구소송(2012가합9806)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "A협동조합을 포함해 김씨와 황 박사 사이에는 통상적인 대여 약정에 존재하는 차용증이나 이자에 관한 약정을 찾아볼 수 없을 뿐만 아니라 김씨가 변제기일이라고 주장하는 2008년부터 3년이 지나도록 황 박사를 상대로 대여금의 반환을 청구한 적도 없다"고 밝혔다. 이어 "김씨는 황 박사를 지지하는 인터넷 카페 '황우석 광장'의 운영을 맡았고 황 박사 지지모임의 행사비를 부담하기도 했으며, 황 박사의 줄기세포 관련 연구를 지원하고 특허 수호 활동을 해 오던 스님 이모씨를 통해 정기적으로 황 박사에게 연구비 명목으로 일정액을 후원하는 등 적극적으로 황 박사를 위해 활동해왔다"면서 "특히 김씨가 빌려줬다고 주장하는 돈은 황 박사의 계좌가 아니라 이씨 명의의 계좌로 입금된 뒤 이씨를 통해 황 박사에게 전달돼 황 박사가 이 돈을 다시 김씨에게 갚아야 할 거라고 생각하기는 어려웠을 것"이라고 설명했다. 2006년부터 '황우석 특허수호 시민연대모임' 회원으로 활동해 온 김씨는 "황 박사가 연구비 부족으로 어려움을 겪고 있다면서 돈을 빌려주면 체세포 줄기세포 연구에 성공하는 대로 갚겠다고 해 2008~2009년까지 19억1400만원을 빌려줬는데 아직까지 돌려받지 못했다"면서 지난해 5월 소송을 냈다.

공립 초등·중학교에서 학교운영지원비를 걷을 수 있도록 한 초중등교육법은 위헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. 그동안 초등학교에서는 운영지원비를 징수하지 않고 있었지만, 중학교에서는 서울과 인천 등 일부 지역에서 학교운영지원비를 징수해왔다. 이번 결정에 따라 교원연구비 등의 비용을 충당하기 위한 목적으로 학생 1인당 20만원선에서 징수되던 학교운영지원비는 없어지게 될 전망이다. 헌재는 23일 공립중학교 재학생 학부모 박모씨 등 98명이 초중등교육법 제30조2항 등에 대해 낸 헌법소원사건(☞2010헌바220)에서 재판관 7(위헌):1(합헌) 의견으로 위헌 결정을 내렸다. 헌재는 결정문에서 "공립중학교의 학교운영지원비는 교사의 인건비 일부와 학교회계직원의 인건비 일부 등 의무교육 과정의 인적기반을 유지하기 위한 비용을 충당하는 데 사용되고 있다"며 "학교운영지원비가 학교회계 세입상 입학금, 수업료와 같은 항에 속해있음에도 학교운영지원비만 학생과 학부모의 부담으로 남아있다는 점, 조성이나 징수의 자율성이 완전히 보장되지 않는다는 점을 참작할 때 헌법 제31조3항에 규정된 의무교육의 무상원칙에 어긋난다"고 밝혔다. 반면 이동흡 재판관은 "학교운영지원비를 의무교육의 실질적인 균등보장을 위해 필수불가결한 비용으로 보기 어렵기 때문에 학부모로부터 이를 징수한다 하더라도 헌법상 의무교육의 무상원칙에 반하는 것으로 볼 수 없다"는 반대의견을 냈다. 하지만 헌재는 사립중학교 재학생 학부모 20명이 낸 동일한 청구는 "세입 조항이 국·공립중학교에만 적용될 뿐 사립중학교에서 징수하는 학교운영지원비에는 적용되지 않으므로 재판의 전제성을 갖추지 못해 부적법하다"며 각하했다. 2009년 박씨 등 중학교 학부모 111명은 학교운영지원비 징수가 의무교육 무상원칙에 반한다며 서울중앙지법에 부당이득금 반환을 청구하는 소송을 냈다가 패소했다. 박씨 등은 항소심 진행 도중 초중등교육법에 대해 위헌법률심판제청을 신청했으나 기각되자 지난해 헌법소원을 냈다. 2010년 5월 항소심 역시 원고패소 판결을 내리자 박씨 등은 대법원에 상고한 상태다. 이번 헌재 결정으로 학교운영지원비 징수의 근거법률이 없어짐에 따라 사건의 결론은 대법원에서 바뀌게 될 전망이다. 헌법재판소법상 법률에 대한 위헌결정의 소급효는 형사법규에만 적용되므로 소송이 진행중이 아닌 학부모들은 새로 소송을 진행하더라도 돈을 돌려받을 수는 없다.

서울고법 형사3부(이성호 부장판사)는 16일 줄기세포 논문을 조작해 연구비를 타내고 사기 및 횡령한 혐의 등으로 기소된 황우석 박사에 대한 항소심(2009노3100) 선고공판에서 1심보다 형을 감경해 징역 1년6개월에 집행유예 2년을 선고했다. 재판부는 논문 조작에 일정 부분 관여하고 정부 지원 연구비 관련 사기, 난자의 불법 이용 등의 혐의에 대해 원심과 마찬가지로 유죄로 판단했다. 그러나 연구비 횡령 혐의에 대한 원심의 유죄 판단은 파기(횡령 혐의 일부 무죄)했으며, 논문 조작으로 SK와 농협에서 20억원의 연구비를 받아 낸 특정경제범죄가중처벌법상 사기 혐의에 대해선 검사의 항소를 기각했다. 재판부는 판결문에서 "과학적 연구를 위한 목적이라 해도 법적 테두리를 벗어나서 인간 난자를 이용한 데다, 서류 조작으로 인한 사기 등 죄질이 중하다"고 밝혔다. 재판부는 하지만 "난자 이용 시 법적 자문을 구하고 사기·횡령한 금전을 개인적 치부나 사적인 용도가 아닌 연구와 관련된 일에 사용했으며, 탁월한 연구 업적을 남기는 등 참작 사유가 있어 잘못이 작지 않지만 실형을 선고할 정도는 아니다"고 덧붙였다. 황 박사는 2004~2005년 사이언스지에 조작된 줄기세포 논문을 발표한 이후 환자맞춤형 줄기세포 실용화 가능성을 과장해 농협과 SK에서 20억원의 연구비를 받아 내고 정부 지원 연구비 등을 빼돌린 혐의 등으로 2006년 5월 불구속 기소됐다. 3년4개월 만인 지난해 10월26일 1심 재판부는 황 박사에 대해 징역 2년에 집행유예 3년을 선고했었다. 한편 황 박사는 한때 생명과학 선진국 도약의 발판을 마련한 국가적 영웅으로 대접받았으나 사이언스지에 발표된 줄기세포 논문이 조작된 것으로 밝혀지면서 과학계는 물론, 전 국민을 충격에 빠트렸었다.

줄기세포 실용화 가능성을 부풀려 연구비를 타낸 혐의 등으로 기소된 황우석 박사에 대해 집행유예가 선고됐다. 서울중앙지법 형사26부(재판장 배기열 부장판사)는 26일 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기) 등의 혐의로 기소된 황 박사에 대한 1심 선고공판에서 징역2년에 집행유예 3년을 선고했다(2006고합463). 재판부는 논문조작은 일부 인정했으나 SK(주)와 농협으로부터 후원금을 받은 부분에 대해서는 사기죄의 기망행위에는 해당하지 않는다고 봐 무죄를 선고하고, 업무상횡령 및 생명윤리법위반 등을 유죄로 인정했다. <표참조> 재판부는 판결문에서 "논문조작 및 이에 대한 불고지 내지 묵비가 사기죄의 기망행위로 평가되기 위해서는 그 연구비 지원의 동기 및 구체적인 목적 등을 고려해 논문조작행위가 있었음을 알았다면 실제의 연구성과가 사실이라고 하더라도 연구비 지원을 하지 않았을 것이 명백한 경우여야 하고, 나아가 편취의 범의가 있는지, 상대방의 착오와 연구비 지급행위 사이에 인과관계가 있는지 등에 관해서도 더욱 신중히 판단해 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "2004년 논문의 연구성과가 전체적으로 허위라고 보기는 어려운 점, 2005년 논문의 환자맞춤형 줄기세포주가 실제로 12개나 수립됐다고 믿었던 점, SK는 각 논문의 줄기세포주가 수립됐다는 사실 자체를 믿고 연구비를 후원한 것으로 보이는데, 실제 피고인의 인식과 같이 환자맞춤형 줄기세포주가 12개나 수립되었지만 논문의 실험데이터가 일부 조작된 경우 연구비를 후원하지 않았을 것임이 명백하다고는 단정할 수 없는 점 등을 종합하면 논문 데이터 조작 및 그에 대한 불고지 내지 묵비가 사기죄의 기망행위에 해당한다거나 황 박사에게 SK를 기망해 연구비를 편취한다는 범의가 있었다고 보기는 어렵다"고 무죄 이유를 설명했다. 재판부는 아울러 농협중앙회 연구비 지원과 관련해서도 "황 박사에게 연구지원금을 편취한다는 사기의 범의나 불법영득의 의사가 있었다고 단정하기 어렵다"면서 무죄를 인정했다. 하지만 재판부는 업무상횡령 혐의에 대해서는 "황 박사가 신산업전략연구원으로부터 재료비 명목으로 지급받은 연구비 중 5억9,000여만원을 사적 용도에 사용할 목적으로 차명계좌에 은닉하거나 실제 사적 용도로 임의 사용한 것으로 인정할 수 있다"며 유죄를 인정했다. 또 정부지원 연구비와 민간지원 연구비를 편취한 혐의(사기)와 난자 제공 대가로 불임시술비를 지원한 혐의(생명윤리법 위반)도 역시 유죄가 인정됐다. 재판부는 다만 "황 박사가 과학자로서 오랫동안 동물복제 연구 등에 정열을 쏟아 이미 그 분야에서만도 탁월한 업적을 남겨 과학발전에 크게 공헌한 것으로 인정된다"며 "이 사건으로 과학계에 엄청난 물의를 일으키고 국민에게 큰 충격을 준 점에 대해 깊이 반성하고 있고 이미 징계처분 절차에서 파면처분을 받아 서울대 교수직을 상실한 점을 고려했다"며 집행유예를 선고한 이유를 설명했다. 한편 재판부는 '사이언스지'에 허위논문을 발표한 부분은 형법상 '속인주의'의 원칙상 업무방해죄가 될 소지가 있으나 검찰이 공소를 제기하지 않아 따로 판단하지 않았다고 지적, 검찰의 공소제기와 관련해 논란이 일 전망이다. 재판부는 황 박사 외에 수정란 줄기세포를 섞어심기한 혐의(업무방해)로 기소된 김선종 전 연구원에게 징역2년에 집행유예 3년을 선고했다. 또 정부지원금을 빼돌린 혐의(사기)로 기소된 이병천 서울대 교수와 강성근 전 서울대 교수에게는 각각 벌금 3,000만원과 벌금 1,000만원을, 미즈메디 연구비를 편취한 혐의(사기)로 기소된 윤현수 한양대 교수에게는 벌금 700만원을 각각 선고했다. 난자 제공 대가로 불임시술비를 지원한 혐의(생명윤리법 위반)로 기소된 장상식 한나산부인과 원장에게는 징역4월의 선고유예 판결이 내려졌다. 황 박사는 '사이언스'지에 조작된 줄기세포 논문을 발표해 환자맞춤형 줄기세포 실용화 가능성을 과장해 농협과 SK로부터 20억원의 연구비를 받아내고 여성의 난자를 불법 매매한 혐의 등으로 지난 2006년5월 불구속 기소됐다. 황 박사에 대한 형사재판은 첨단 생명공학 분야가 심리 대상이 된 탓에 2006년 6월20일 첫 공판이 시작된 이래 3년4개월 동안 모두 43차례의 공판이 진행되는 기나긴 법정공방을 거쳤다. 이 과정에서 재판부가 두 번이나 교체됐다. 이번 재판은 2만여 쪽에 달하는 검찰의 수사기록, 사이언스에 대한 사실 조회와 금융거래 내역 등 780여개의 증거물, 60명에 대한 증인신문 등 방대한 재판기록으로도 화제에 올랐다.

줄기세포 논문조작 혐의로 불구속기소된 황우석 박사에게 징역 4년이 구형됐다. 지난 2006년6월20일 공판이 개시된 이래 재판부가 2번이나 바뀌는 우여곡절 끝에 43차례 공판 끝에 결심이 이뤄진 것이다. 선고는 10월19일 오후2시에 내려질 예정이다. 서울중앙지법 형사26부(재판장 배기열 부장판사) 심리로 열린 24일 결심공판(2006고합463)에서 검찰은 "한 연구자의 올바르지 못한 연구태도와 과욕에 의해 실험자료와 논문을 조작한 것이 이번 사건의 진상"이라며 "국내 과학계의 이미지를 실추시키고 조작된 연구결과로 연구팀이 각종 혜택을 받았으며 난치병 치료제 개발 가능성을 왜곡하는 등 죄질이 중하다"고 밝혔다. 검찰은 이어 "황 박사팀의 줄기세포연구에 기대가 컸던 만큼 국민적 실망도 컸다"며 "피고인만이 줄기세포를 연구할 수 있는 것은 아니며 이번 사건이 학계의 연구부정을 일소할 수 있는 시금석이 돼야 한다"고 지적했다. 검찰은 이병천 서울대 교수와 강선근 전 서울대 수의대 교수에게는 각각 징역 1년6월을, 윤현수 한양대 교수에는 징역 1년을 구형했다. 김선종 전 연구원은 징역 3년, 장상식 한나산부인과 원장은 징역 10월에 집행유예 2년이 각각 구형됐다. 한편 황 박사는 최후진술을 통해 "기회를 주신다면 이탈했던 과학자로서의 본분을 바로 세워 남은 열정으로 꿈을 실현하기 위해 노력할 것"이라고 말했다. 황 박사는 2004∼2005년 사이언스지에 조작된 줄기세포논문을 발표한 이후 환자맞춤형 줄기세포 실용화 가능성을 과장해 농협과 SK로부터 20억원의 연구비를 받아내고 정부지원 연구비 등을 빼돌린 혐의(특정경제범죄가중처벌법상 사기, 업무상 횡령)와 난자 불법매매 혐의(생명윤리법 위반)로 2006년5월 불구속기소됐다. 황 박사 재판은 생명과학분야가 심리대상인 탓에 60명에 달하는 증인신문과 2만여쪽에 달하는 수사기록, 780여개에 달하는 증거물 등으로 3년 넘는 기간동안 재판이 진행됐다.