◇구 상증세법 시행령이 2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정되면서 명의신탁 증여 의제의 경우가 최대주주 할증평가 예외사유로 추가되었는바, 위 시행령 시행 전에 명의신탁 주식의 가액을 평가한 경우 최대주주 할증평가 규정이 적용되는지 여부(적극)◇ 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 전후를 불문하고 ‘구 상증세법’이라고 한다) 제63조 제3항은 주식 가액의 보충적 평가방법에 관한 제1항 제1호 및 제2항의 규정을 적용할 때 대통령령이 정하는 최대주주 및 그와 특수관계에 있는 주주(이하 ‘최대주주 등’이라고 한다)의 주식에 대하여는 위 규정에 의하여 평가한 주식의 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10)을 가산하고, 최대주주 등이 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15)을 가산하도록 규정하고 있다. 이러한 최대주주 할증평가는 지배주주가 소유하는 주식은 경영권과 관계가 있고 소액주주가 소유하는 주식에 비하여 양도성 등에 차이가 있어 거래현실상 일반적으로 그 가치가 높게 평가되는 점을 반영하자는 것이지, 현실적으로 경영권 이전의 결과가 발생하는지에 따라 그 주식의 평가가 달라진다는 취지를 규정한 것이 아니다(대법원 2003. 2. 11. 선고 2001두8292 판결 참조). 또한, 구 상증세법 제63조 제3항은 당초에는 최대주주 할증평가 예외사유를 규정하고 있지 않았는데, 1999. 12. 28. 법률 제6048호로 개정되면서 비로소 그 예외사유를 신설하여 ‘평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 있는 법인의 주식’을 할증평가 대상에서 제외하도록 하였다. 그 후 2002. 12. 18. 법률 제6780호로 다시 개정되면서 그 위임에 따른 구 상속세 및 증여세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17828호로 개정된 것, 이하 개정 전후를 불문하고 ‘구 상증세법 시행령’이라고 한다) 제53조 제5항을 두어 예외사유를 확대하였고, 다만 그 부칙 제6조에서 위 제53조 제5항을 위 시행령 시행 후 최초로 증여세를 결정하는 분부터 적용하도록 하였다. 한편 구 상증세법 시행령이 2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정되면서 ‘주식 등의 실제 소유자와 명의자가 다른 경우로서 법 제45조의2에 따라 해당 주식 등을 명의자가 실제 소유자로부터 증여받은 것으로 보는 경우’, 즉 명의신탁재산 증여 의제의 경우가 최대주주 할증평가 예외사유로 추가되었으나(제53조 제6항 제8호), 그 부칙 제7조에서 위 개정 규정을 위 시행령 시행 이후 평가하는 분부터 적용하도록 하고 있다. 이러한 최대주주 할증평가 관련 규정의 입법취지와 체계 및 개정 연혁 등을 종합적으로 고려하면, 명의신탁재산 증여 의제의 경우 그 제재로서의 성격을 감안하더라도 2016. 2. 5. 개정된 구 상증세법 시행령의 시행 전에 해당 주식의 가액을 평가하였다면, 그전의 법령에 따라 최대주주 할증가액이 가산된다고 보아야 한다. ☞원고들이 회사의 최대주주로부터 주식을 명의신탁 받았다는 이유로 이를 증여받은 것으로 의제하는 한편 최대주주 할증평가 규정에 따라 위 주식을 평가하여 원고들에게 증여세를 부과한 사건에서, 명의신탁재산 증여 의제의 경우를 최대주주 할증평가 예외사유로 추가한 2016. 2. 5. 개정 상증세법 시행령의 시행 전에 위 주식의 가액을 평가한 이상, 그전의 법령에 따라 최대주주 할증가액이 가산된다고 보아야 한다는 이유로 원고들의 상고를 기각한 사례

◇1. 부당행위계산의 유형 중 금전 대여와 자산 제공의 구별 기준, 2. 법인이 주주인 임원에게 거주용 주택을 무상 또는 유상으로 사용하도록 한 것에 대해 비업무용 부동산에 관한 규정을 적용할 수 있는지 여부(소극)◇ 1. 부당행위계산의 유형으로서 금전 대여에 해당하는지 또는 자산·용역 제공에 해당하는지는 그 거래의 내용이나 형식, 당사자의 의사, 계약체결의 경위, 거래대금의 실질적·경제적 대가관계, 거래의 경과 등 거래의 형식과 실질을 종합적으로 고려하여 거래관념과 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다. 2. 관계법령의 체계와 문언, 개정 연혁과 취지에 의하면, 법인의 사택에 대해서는 일정한 경우에 업무무관지출에 관한 법인세법 제27조 제2호가 적용될 수 있을 따름이고, 비업무용 부동산에 관한 법인세법 제27조 제1호가 적용될 수 없음이 분명하다(대법원 2017. 8. 29. 선고 2014두43301 판결 참조). ☞ ① 원고 법인이 자신의 자금으로 이 사건 부동산을 취득한 다음 특수관계인에게 무상 또는 저가로 제공하여 거주하도록 한 것으로 보아야 하므로, 이러한 부동산 제공에 대하여 법인세법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항에 따라 시가와의 차액 등을 계산하여 익금에 산입하는 것은 별론으로 하고, 원고 법인이 위 특수관계인에게 실질적으로 이 사건 부동산 취득자금을 대여하였다고 보아 그에 따른 인정이자를 익금에 산입할 수는 없으며, ② 원고 법인이 주주인 임원에게 거주용 주택을 무상 또는 유상으로 사용하도록 한 것은 사택 제공에 해당하여 업무무관지출 규정이 적용되는 것은 별론으로 하고, 비업무용 부동산에 관한 규정이 적용될 수는 없다고 판단하여, 파기환송한 사례

◇1. 법인이 특수관계인에게 업무와 무관하게 가지급금을 제공한 후 대손사유가 발생하거나 그 매도에 따른 채권의 처분손실이 발생하기 전에 특수관계가 소멸한 경우에도 구 법인세법 제34조 제3항 제2호 및 동 시행령 제61조 제5항에 따라 채권의 처분손실을 손금에 산입할 수 없는지(소극), 2. 원고가 전환사채를 액면가액보다 낮은 가액으로 양도함으로써 수익이 발생하였다고 볼 수 없는 경우에도, 구 법인세법 제113조 제1, 2항에 따라 원고가 위 사채를 보유한 기간 동안 이자소득을 얻은 것으로 의제하여 익금에 산입해야 하고, 나아가 그에 대한 원천징수의무를 인정할 수 있는지(적극)◇ 1. 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제34조 제3항 제2호 등의 입법취지는 법인이 특수관계자에게 제공한 업무무관 가지급금에 대손사유가 발생하여 채권 회수가 불가능하게 된 경우에는, 그 대손금을 손금불산입함으로써 특수관계자에 대한 비정상적인 자금대여관계를 유지하는 것을 제한하고, 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있다. 또한 구 법인세법 시행령 제61조 제5항도 같은 취지에서 업무무관 가지급금에 해당하는 채권을 타인에게 매도하여 발생한 처분손실을 손금불산입하도록 규정하고 있다. 그런데 법인이 특수관계자에게 제공한 업무무관 가지급금에 대손사유가 발생하기 전 또는 그 채권의 매도에 따른 처분손실이 발생하기 전에 특수관계가 이미 소멸하였다면, 이는 더 이상 비정상적으로 자금을 대여하는 것으로 볼 수 없으므로, 업무무관 가지급금에 대한 세법적 규제를 가할 필요성도 함께 소멸되었다고 할 수밖에 없다. 이러한 점을 고려하면, 구 법인세법 시행령 제61조 제5항 및 구 법인세법 제34조 제3항 제2호 등에 따라 채권의 처분손실을 손금에 산입할 수 없는 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금인지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 채권을 처분할 당시를 기준으로 판단하여야 한다. 2. 원천징수제도는 소득의 발생원천에서 원칙적으로 그 지급시점에 원천징수를 함으로써 과세편의와 세수확보를 기하기 위해 마련된 제도이므로, 이러한 원천징수제도의 특성상 원천징수대상이 되는 소득금액은 명확하게 특정될 필요가 있다. 이에 따라 앞서 본 관련 규정에서는 채권을 취득하여 보유한 기간에 발생한 소득으로서 채권 등의 이자에 대한 원천징수대상이 되는 소득을 ‘채권의 액면가액 × 보유기간 × 적용이자율’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)에 의해 획일적으로 계산하도록 규정함으로써 보유기간별 이자상당액의 총액에 대한 원천징수의 실효성을 확보하고 있다. 이러한 사정을 고려하면, 구 법인세법 제73조 제8항에 따라 원천징수의무를 부담하는 법인은 채권이 타인에게 매도되는 시점에 이 사건 산식에 따라 계산한 금액을 채권의 보유기간 이자상당액에 대한 원천징수대상금액으로 보아 원천징수를 할 의무가 있다고 봄이 타당하고, 이는 해당 채권이 매도되는 과정에서 채권의 처분손실이 발생하였다고 하여 달리 볼 수 없다.

◇외국법인 간 합병에 따라 100% 자회사인 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인의 발행주식이 합병법인에 이전하는 경우 법인세 과세대상인 주식의 양도에 해당하는지 여부◇ 내국법인의 경우에 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제1항, 제4항, 제16조 제1항 제5호, 제2항, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제122조 제1항, 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 구 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 피합병법인이 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 사실상 양도차익이 산출되지 않도록 하여 합병법인이 해당 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있다. 그렇지만 외국법인의 경우에는 구 법인세법 제93조 제10호 가목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐 외국법인 사이의 합병에 따른 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니하다. 그리고 외국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유도 없다. 따라서 외국법인 사이의 합병에 따른 내국법인 발행주식의 이전은 양도차익이 실현되는 자산의 양도로서 구 법인세법 제93조 제10호 가목의 ‘주식의 양도’에 해당한다고 보아야 하며(대법원 2013. 11. 28. 선고 2010두7208 판결 참조), 이와 같이 보는 이상 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니며 또한 위 경우에 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에게 교부되지 아니하였다 하더라도 마찬가지이다. ☞완전 자회사인 외국법인이 모회사인 외국법인에 흡수합병되면서 합병 당시 피합병법인이 보유한 내국법인 발행 주식이 합병법인으로 이전되자, 내국법인 발행 주식의 양도에 해당한다는 이유로 법인세 징수처분을 한 사안에서, 이러한 주식의 이전은 구 법인세법 제93조 제10호 가목에서 정한 ‘주식의 양도’에 해당하고, 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니며, 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에게 교부되지 아니하였다고 하더라도 마찬가지로 보아야 한다고 판단한 사례

◇대표이사의 보수를 상여금으로 보아 구 법인세법 시행령 제43조에 의하여 손금불산입할 수 있는지 여부(적극)◇ 1. 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적?계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 2. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다. ☞대부업을 영위하는 법인의 1인 주주이자 대표이사에게 지급된 보수(연 36억 원)가 ① 위 보수금 차감 전 법인의 전체 영업이익 대비 약 38%에서 95%에 이르는 점, ② 다른 임원 보수의 50배에 달하고, 동종업체 중 보수금 상위 3개 업체의 대표이사 평균 연봉과도 현격한 격차를 보이는 점, ③ 최초로 영업이익이 발생한 사업연도부터 갑자기 10배가 인상된 점, ④ 주주에게 공식적으로 배당금을 지급한 사실이 없는 점, ⑤ 법인 내부 문건에서 법인세를 절약하기 위하여 대표이사의 급여를 높인다는 취지의 내용이 기재되어 있는 등 대표이사의 보수를 전액 법인세의 손금으로 인정받아 법인세 부담을 줄이려는 주관적 의도가 뚜렷해 보이는 점 등을 이유로, 위 보수는 대표이사의 직무집행에 대한 정상적 대가라기보다는 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 보수의 형식을 취한 것으로서 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입 대상이라고 본 사례

◇피합병법인이 합병 시까지 대손금으로 계상하지 않은 회수불능채권의 손금 귀속시기◇ 법인세법 시행령 제19조의2 제4항은 ‘제3항 제2호에도 불구하고 법인이 다른 법인과 합병하는 경우로서 제1항 제8호의 규정에 해당하는 대손금을 합병등기일이 속하는 사업연도까지 손금으로 계상하지 아니한 경우 그 대손금은 해당 법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 한다’고 규정하고 있다. 이는 합병 시까지 피합병법인이 대손금으로 계상하지 않은 회수불능채권의 손금 귀속시기를 세무회계상 인식 여부와 관계없이 일률적으로 정함으로써 법인세법 제44조에 정하고 있는 합병에 따른 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 방식과 일치시키기 위한 것이다. 그러므로 합병 당시 채무자의 사업폐지 등으로 피합병법인의 채권 전부를 회수할 수 없다는 사실이 이미 객관적으로 확정되었음에도 그 회수불능채권을 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 계상하지 않았더라도 그 대손금은 법인세법 시행령 제19조의2 제4항에 의하여 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 하여야 하고, 이러한 회수불능채권을 피합병법인이 대손금 처리를 하지 않은 데에 고의 또는 중대한 과실이 없다고 하여 달리 볼 것은 아니다. ☞피합병법인이 합병 시까지 대손금으로 계상하지 않은 회수불능채권의 금액을 합병법인인 원고가 대손금으로 손금산입할 수 있는지 문제된 사안에서, 위 채권의 회수불능 사실이 합병 당시 이미 객관적으로 확정되었으므로 그 대손금은 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제8호 및 제4항에 따라 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 산입하여야 한다고 판단하여 상고기각한 사례.

파기환송 1. 부당행위계산의 유형으로서 금전 대여에 해당하는지 또는 자산·용역 제공에 해당하는지는 그 거래의 내용이나 형식, 당사자의 의사, 계약체결의 경위, 거래대금의 실질적·경제적 대가관계, 거래의 경과 등 거래의 형식과 실질을 종합적으로 고려하여 거래관념과 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다. 2. 관계법령의 체계와 문언, 개정 연혁과 취지에 의하면, 법인의 사택에 대해서는 일정한 경우에 업무무관지출에 관한 위 구 법인세법 제27조 제2호가 적용될 수 있을 따름이고, 비업무용 부동산에 관한 구 법인세법 제27조 제1호 및 제28조 제1항 제4호 가목이 적용될 수 없음이 분명하다. 3. 관련 규정들에서 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산의 특례를 두고 있는 취지, 해운소득의 범위에 관하여 각 호에서 세가지 유형으로 구분하여 정하고 있는 조세특례제한법 시행령 제104조의7 제2항의 문언과 체계, 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합적으로 고려하면, 선박의 취득 등과 관련된 활동으로 발생한 것으로서 해운소득에 포함되는 소득은 선박의 취득 등과 직접적인 관련이 있는 소득에 한정된다고 할 것이다. ☞① 원고 법인이 그 소유의 부동산을 특수관계인에게 무상 또는 저가로 제공한 것으로 봄이 타당하므로 구 법인세법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항에 따라 시가와의 차액 등을 계산하여 익금에 산입하는 것은 별론으로 하고, 부동산 취득자금을 대여하였다고 보아 그에 따른 인정이자를 익금에 산입할 수는 없으며, ② 원고 법인이 주주인 임원에게 거주용 주택을 무상 또는 유상으로 사용하도록 한 것은 사택 제공에 해당하여 업무무관지출 규정이 적용되는 것은 별론으로, 비업무용 부동산에 관한 규정이 적용될 수는 없고, ③ 원고 법인이 선박을 매각하면서 그 피담보채무인 대출채무를 그대로 유지하기로 하여 질권설정자산을 은행에 교체 담보로 제공한 것은 선박의 취득을 위한 것이라고 보기 어려우므로, 질권설정자산에서 발생한 이자소득은 선박의 취득과 직접적인 관련성이 없어 해운소득에 해당하지 않는다고 본 사례.

가) 법인세법 제116조 제2항은 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 구입하는 경우의 지출증빙을 거래의 상대방과 ‘공급가액’이 확인되는 신용카드 매출전표, 세금계산서 및 계산서(이하 ‘정규지출증빙서류’라 한다)로 제한하고 있다. 그리고 정규지출증빙서류를 수취하지 아니한 경우 법인세법 제76조 제5항에 의해 가산세가 부과된다. 즉, 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급함에 있어서는 정규지출증빙서류를 수취하여 5년간 보관하여야 하고, 정규지출증빙서류를 수취하지 아니한 경우 거래자체를 부인하여 지출금액을 손금으로 인정하지 않는 것이 아니라 기타의 객관적인 서류에 의해 경비지출이 인정되는 경우 손금산입은 허용하되 미수취금액에 대해 일정률의 가산세를 부과하도록 한 것이다. 이는 법인의 경비지출내용의 투명성을 제고함과 아울러 그 거래상대방인 사업자의 과세표준 양성화를 유도하기 위한 것으로서 근거과세를 구현하기 위한 법적 장치이다. 그 중에서도 특히 거래상대방인 사업자의 과세표준 양성화를 유도하는 데에 그 초점이 모아져 있다 할 것인바, 법인의 경비지출내용의 투명성 제고라는 목적은 법인세법 제116조 제1항에 의해서도 충분히 달성할 수 있기 때문이다. 결국, 법인세법 제76조 제5항은 법인이 재화 또는 용역을 구입할 때마다 거래상대방과 ‘공급가액’이 확인되는 정규지출증빙서류를 수취하도록 함으로써 종국적으로는 그 거래상대방 사업자의 ‘과세표준(매출액)’이 노출되도록 유도하는 효과를 주로 기대하고 있는 것이다. 이러한 가산세는 그 형식이 세금이기는 하나 그 실질적 성격은 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재라 할 것인데, 의무위반에 대한 책임의 추궁에 있어서는 의무위반의 정도와 부과되는 제재 사이에 적정한 비례관계가 유지되어야 하므로, 조세의 형식으로 부과되는 금전적 제재인 가산세 역시 의무위반의 정도에 비례하는 결과를 이끌어내는 그러한 비율에 의하여 산출되어야 하고, 그렇지 못한 경우에는 비례의 원칙에 어긋나서 재산권에 대한 침해가 된다(헌법재판소 2005. 11. 24. 선고 2004헌가7 전원재판부 결정 참조). 나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 법인세법 제76조 제5항은 세금계산서 등 지출증빙서류의 기재사항 중에서 부가가가치세를 제외한 공급가액을 기준으로 하여 가산세를 계산하도록 규정하고 있다고 해석되므로, 이와 다르게 이 사건 세금계산서상의 부가가치세를 포함한 공급대가를 기준으로 가산세를 적용한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. ① 법인세법의 관심은 법인세의 과세표준을 정확히 파악하여 그에 합당한 세액을 정하고 이를 부과하는 것에 있으므로, 법인세법 제76조 제5항에서 가산세를 규정하여 법인으로 하여금 다른 사업자로부터 수취한 세금계산서 등 지출증빙서류를 보관하도록 한 것도 위 서류 중에 법인세의 과세표준을 드러내는 내용이 있음을 염두에 둔 제재조치라고 보아야 한다. 그런데 법인세법 제13조, 제14조, 제18조, 제21조 등 제반 규정을 종합하여 보면, 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 익금 총액에서 손금 총액을 공제한 소득금액을 기본으로 하고 있고, 부가가치세의 매출세액과 매입세액은 익금 또는 손금에 산입되지 아니하므로, 부가가치세는 법인세의 과세표준에서 제외되어 세액 산정에 아무런 영향을 미치지 않는다. 그렇다면 세금계산서에 기재된 사항 중에서 공급가액만이 법인세의 과세표준을 결정하는 요소에 해당하고 부가가치세는 이와 관련이 없으므로, 법인세법 제76조 제5항에서 정한 가산세는 세금계산서상 공급가액을 기준으로 한다고 해석하는 것이 법인세의 과세표준 양성화를 목적으로 하는 위 조항의 입법취지에 부합한다. ② 법인세의 과세표준 양성화라는 목적을 달성하기 위하여서는, 법인세의 과세표준 양성화를 방해하는 행위에 대하여 그 과세표준을 기준으로 하여 일정 비율로 계산한 가산세를 부과하는 것으로 충분하다고 보이는바, 법인이 사실과 다르게 받은 세금계산서 등 지출증빙서류 중에서 법인세의 과세표준을 이루는 공급가액과 그렇지 아니한 부가가치세를 구분하는 것이 어렵지 않음에도, 위 서류에 위 두 금액이 일괄하여 기재되어 있다는 이유로 법인세법 제76조 제5항에서 말하는 ‘사실과 다르게 받은 금액’을 공급가액과 부가가치세를 모두 합한 액수로 해석하여 이를 기준으로 가산세를 부과하는 것은 법인세의 과세표준과 관련이 없는 부가가치세 부분에 대하여도 가산세를 부과하는 결과가 되므로 침해의 최소성을 충족하지 못하여 비례의 원칙에 반한다. ③ 피고는 법인세법 제76조 제5항에서 말하는 ‘사실과 다르게 받은 금액’을 공급가액에 부가가치세를 합한 공급대가로 해석하는 근거로 같은 법 시행령 제158조 제2항 제1호에서 ‘공급받은 재화 또는 용역의 건당 거래금액(부가가치세를 포함한다)이 3만 원이하인 경우’에 지출증빙서류의 수취 및 보관의무를 면제하고 있는 것을 들고 있으나, 위 조항은 같은 법 제116조 제2항의 위임에 따라 지출증빙서류의 수취 및 보관 원칙의 예외를 규정하고 있을 뿐이어서, 위와 같은 원칙이 적용된다는 전제 하에 가산세의 액수를 정하는 같은 법 제76조 제5항의 내용과는 직접적인 관련이 없을 뿐 아니라, 하위법인 시행령의 내용을 근거로 조세 관련 법률의 문언을 수범자에게 불리한 방향으로 해석하는 것은 조세법률주의에 반할 여지가 크므로, 위 조항이 같은 법 제76조 제5항의 해석 근거가 된다고 할 수 없다.

구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제45조의2는 명의신탁재산의 증여의제에 관하여 제1항 본문에서 ‘권리의 이전이나 그 행사에 등기 등을 요하는 재산(토지와 건물을 제외한다)에 있어서 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조의 규정에도 불구하고 그 명의자로 등기 등을 한 날에 그 재산의 가액을 명의자가 실제 소유자로부터 증여받은 것으로 본다’고 규정하고, 제3항(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 주주명부 또는 사원명부가 작성되지 아니한 경우에는 법인세법 제109조 제1항 및 제119조의 규정에 의하여 납세지 관할 세무서장에게 제출한 주주 등에 관한 서류 및 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정한다.”라고 규정하고 있다. 이 사건 법률조항은 주식등변동상황명세서 등에 주식 등의 소유자 명의를 실제 소유자와 다르게 기재하여 조세를 회피하려고 하였더라도 주주명부나 사원명부 그 자체가 없어 명의개서가 이루어지지 아니한 경우에는 상증세법 제45조의2 제1항 본문을 적용할 수 없었던 문제점을 보완하여 그러한 경우에도 증여세를 과세하려는 것이다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두11099 판결 참조). 그런데 이 사건 법률조항은 납세지 관할 세무서장에게 제출한 주식등변동상황명세서 등에 의하여 명의개서 여부를 판정한다고 규정하고 있을 뿐 구체적으로 어떤 일자를 주식등변동상황명세서 등에 따른 증여의제일로 볼 것인지에 대하여 규정하고 있지 않다. 한편 과세관청이 주식등변동상황명세서 등을 과세자료로 활용할 수 있다고 하더라도 이는 과세목적상 협력의무 이행의 일환으로 사업연도 중 주식 등의 변동 상황을 기록하는 문서에 불과한 것이어서, 주주권 행사 등의 기초가 되는 주주명부와는 본질적으로 차이가 있다. 또한 주식등변동상황명세서에는 주주명부의 명의개서일과 같이 당해 회사가 주식양도사실을 확인한 일자가 별도로 나타나 있지도 않다. 따라서 이러한 주식등변동상황명세서 등에 비록 주식의 양도일이나 취득일이 기재되어 있다고 하더라도, 바로 그 시점에 다수의 주주와 관련된 법률관계를 처리할 목적에서 마련된 주주명부에 명의개서가 이루어진 것과 동등한 효력을 부여할 수는 없다. 다만 주식등변동상황명세서 등이 제출되면 그때 비로소 주식 등의 변동상황이 회사를 비롯한 외부에 명백하게 공표되어 명의신탁으로 인한 증여의제 여부가 판정될 수 있는 것이므로, 그와 같이 실제소유자와 명의자가 다른 주식의 변동사실이 외부에 분명하게 표시되었다고 볼 수 있는 위 명세서 등의 제출일을 증여세 목적에 따른 증여의제일로 보아야 한다. ☞ 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정하여 명의신탁증여의제 규정을 적용하는 경우 증여의제일은 주식등변동상황명세서 등에 기재된 주식의 양도일 또는 취득일이 아니라 주식등변동상황명세서의 제출일로 보아야 한다는 원심의 판단을 수긍한 사례

(1) 법인세법 제40조 제1항은 "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다"고 규정하고 있는데, 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이 확정되었다고 할 수 없으며, 여기서 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되었는지는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상·사실상의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 참조). (2) 살피건대, 원고의 주장과 같이 민법 제247조 제1항에 따르면 취득시효로 인한 소유권취득의 효과는 점유 개시시로 소급하고, 취득시효기간이 완성되면 그때부터 점유자는 해당 부동산을 점유·사용할 수 있으며, 시효취득한 부동산의 대상청구권 발생일은 취득시효기간이 완성된 날이기는 하다. 그러나, ① 민법 제245조 제1항에 따르면 20년간 소유의 의사로 평온·공연하게 부동산을 점유하는 자는 등기함으로써 그 소유권을 취득한다고 규정하고 있으므로, 취득시효 완성자는 점유취득시효기간이 완성되었다고 하더라도 등기청구권을 취득할 뿐 그 소유권을 확정적으로 취득하는 것은 아닌 점, ② 점유취득시효 완성으로 인한 등기청구권은 취득시효 완성자가 그 부동산에 대한 점유를 상실한 때로부터 10년간 이를 행사하지 않으면 소멸시효가 완성되는 점(대법원 1996. 3. 8. 선고 T6 판결 등 참조), ③ 부동산에 관한 취득시효 완성 후 등기명의인이 부동산을 제3자에게 처분하더라도 원칙적으로 불법행위가 성립하지 아니하며(대법원 2006. 5. 12. 선고 2005다75910 판결 등 참조), 원칙적으로 채무불이행 책임 등도 물을 수 없는 점(대법원 1995. 7. 11. 선고 94다4509 판결 등 참조), ④ 취득시효 완성 후 아직 소유권이전등기를 하기 전에 제3자가 소유명의자로부터 부동산을 양수하여 등기를 한 경우에는 취득시효 완성자가 그 제3자를 상대로 취득시효를 주장할 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, 취득시효가 완성되더라도 그 소유권이전등기를 하기 전이나 적어도 시효기간 만료 당시의 등기명의인에 대하여 소유권이전등기청구소송을 제기하여 승소하기 전에는 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 보기는 어렵다. (3) 원고는 취득시효에 관한 취득세 및 양도소득세에 대한 대법원 판결도 취득시기를 ‘취득시효 완성일’로 보고 있고, 법인세의 익금 산입 시점 역시 그와 달리 볼 이유가 없다고 주장한다. 살피건대 먼저, 취득세에 관하여 대법원은 2004. 11. 25. 선고 2003두13342 판결에서 점유취득시효가 완성된 부동산의 취득시기를 재판 확정시가 아닌 점유취득시효 완성시로 판단하였는데, 이는 취득세의 경우 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이라는 점, 지방세법 제7조 제2항에서 "부동산 등의 취득은 민법 등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다"라고 규정하고 있는 점 등에 비추어 점유취득시효가 완성된 경우를 유상승계취득에 있어 잔금이 청산된 경우와 동일하게 보아 내린 결론이다. 다음으로, 1998년 12월 31일 대통령령 제15969호로 소득세법 시행령 제162조 제1항 제6호가 신설되기 이전에 양도소득세와 관련하여 대법원은 1997. 5. 7. 선고 96누525 판결에서 시효취득한 토지에 대한 소득세법상의 자산 취득시기를 취득시효 완성시로 보았는데, 이는 당시 시행 중이던 소득세법 제27조 및 같은 법 시행령 제53조 제1항에서 자산의 양도차익 계산시 그 취득시기 및 양도시기에 관하여 대금을 청산한 날 등으로 규정하는 등 사실상 소유권을 취득한 시점을 기준으로 한다는 점 등에 비추어 시효가 완성된 점유자의 지위를 대금을 청산한 매수인의 지위와 유사하다고 보아 내린 결론으로 판단된다. 그러나 법인세의 익금 귀속시기에 관하여는 앞서 본 바와 같이 법인세법 제40조 제1항에서 "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다"라고 규정하여 권리확정주의를 명시하면서, 같은 법 시행령 제68조 등에서 상품 등의 자산의 양도나 용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도만 명시적으로 정하고 있을 뿐, 이 사건과 같은 부동산의 취득과 관련하여서는 그 귀속시기에 관하여 법인세법 시행규칙 제36조에 따라 ‘익금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’라는 규정만이 일반적으로 적용될 뿐이다. 따라서 이 사건 각 부동산의 시효취득의 경우에는 앞서 본 바와 같이 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되어야 한다는 권리확정주의에 관한 법리가 적용되어야 할 뿐, 취득세나 양도소득세에 관한 위 대법원 판례의 법리를 그대로 적용할 것은 아니다. (4) 또한, 취득시효 완성일을 손익의 귀속시점으로 해석할 경우, 이 사건과 같이 특수관계자로부터 자산을 소유의 의사로 점유하고 사용·수익하는 경우에는 과세당국으로서는 기업이 취득시효 완성으로 익금을 얻게 되었는지 여부를 전혀 알 수 없게 되고, 법인세 부과제척기간의 도과 이후 기업이 등기명의인을 상대로 소유권이전 등기청구 소송을 제기하여 이전받는 경우에는 과세가 불가능해짐으로써 특수관계자간 시효취득을 통한 부의 무상이전을 막을 수 없게 되는 불합리를 피할 수 없다. (5) 따라서 이 사건 각 부동산이 원고에게 귀속된 시기는 점유취득시효 완성을 원인으로 한 소유권이전등기 판결이 확정된 때인 2010년 9월 28일로 보아야 할 것이므로, 이와 달리 이 사건 각 부동산에 관한 원고의 점유취득시효 완성일을 귀속시기로 보아야 한다는 전제에 선 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.