1. ‘부정한 병역면탈의 방지’와 ‘병역의무의 자진이행에 기여’라는 입법목적을 달성하기 위해서는 병역사항을 신고하게 하고 적정한 방법으로 이를 공개하는 것이 필요하다고 할 수 있고, 질병은 병역처분에 있어 고려되는 본질적 요소이므로 병역공개제도의 실현을 위해 질병명에 대한 신고와 그 적정한 공개 자체는 필요하다 할 수 있다.
그런데 이 사건 법률조항은 사생활 보호의 헌법적 요청을 거의 고려하지 않은 채 인격 또는 사생활의 핵심에 관련되는 질병명과 그렇지 않은 것을 가리지 않고 무차별적으로 공개토록 하고 있어 신고의무자인 공무원의 사생활의 비밀을 심각하게 침해하고 있다.
한편, 우리 현실에 비추어 질병명 공개와 같은 처방을 통한 병역풍토의 쇄신이 필요하다 하더라도 특별한 책임과 희생을 추궁할 수 있는 소수 사회지도층에 국한하여야 할 것인데, 이 사건 법률조항은 공적 관심의 정도가 약한 4급이상의 공무원들까지 대상으로 삼아 모든 질병명을 아무런 예외 없이 공개토록 한 것은 입법목적 실현에 치중한 나머지 사생활 보호의 헌법적 요청을 현저히 무시한 것이고, 이로 인하여 청구인들을 비롯한 해당 공무원들의 헌법 제17조가 보장하는 기본권인 사생활의 비밀과 자유를 침해하는 것이다.
2. 우리 현실에서 병역공개제도의 필요성이 인정되고, 이를 위해 질병명에 대한 신고와 적정한 방법에 의한 공개가 반드시 불필요하다고 단정할 수 없는 이상 이 사건 법률조항에 대하여 단순위헌 결정을 함으로써 4급이상 공무원 모두에 대하여 어떤 질병명도 당장 공개할 수 없는 결과를 초래하는 것은 적절하지 않다. 따라서 입법자가 사생활 제한을 완화하는 조치를 취할 수 있도록 헌법불합치 결정을 선고하되, 입법자의 개선입법이 있을 때까지 계속적용을 명한다.
재판관 이공현의 단순위헌 의견
이 사건 법률조항에 의한 질병명 공개제도는 중대한 공적 이익을 달성하기 위한 불가피한 수단이라고 볼 사정이 없음에도 불구하고 국가가 일방적으로 개인의 사생활의 비밀과 자유의 근본을 심각하게 침해하는 것이어서 위헌이다. 헌법재판소로서는 인간의 존엄성과 인격의 핵심요소를 훼손하여 기본권을 침해하는 이러한 제도에 대하여 단순위헌을 선고하여 법질서에서 제거함으로써 헌법질서를 수호하는 단호한 태도를 취하여야 한다.
재판관 조대현의 일부 위헌 의견
병역의무를 부정하게 감면받은 것으로 밝혀지지 아니한 경우에도 병역의무 감면사유를 구체적인 질병명까지 포함하여 무조건 공개하도록 하는 부분만 헌법에 위반되므로, 그 부분만 한정하여 위헌을 선언하여야 한다.
재판관 이동흡, 재판관 송두환의 적용중지 헌법불합치 의견
계속적용 헌법불합치 결정은 어디까지나 예외적인 것으로서 적용중지 헌법불합치 결정이라는 원칙으로부터 벗어나는 것을 정당화하는 불가피한 예외적 사유가 존재할 경우에만 허용된다 할 것인데, 이 사건의 경우 계속적용을 명할 불가피한 예외적 사유가 없으므로 적용중지를 명하는 헌법불합치 결정을 하여야 한다.