공유수면법 제32조 제1항은 매립면허를 받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 '공유수면매립 관련 권리자'의 손실을 보상하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제30조 제1항, 제31조 제1호는 '공유수면매립 관련 권리자'란 매립예정지 공유수면 및 매립으로 피해가 예상되는 매립예정지 인근의 구역에 관하여 권리를 가진 자로서 제8조에 따라 점용·사용허가를 받거나 제10조에 따라 공유수면의 점용·사용 협의 또는 승인을 받은 자를 의미한다고 규정하고 있다. 한편 항만법은 항만공사의 시행으로 직접 수용·사용되는 토지·물건 또는 권리에 대한 보상에 관하여는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용하도록 하는 한편(제77조), 그 밖의 항만공사의 시행으로 발생한 손실의 보상에 관하여는 항만법 제82조, 제80조에 따라 당사자 사이의 협의 및 재결 등의 절차에 의할 것을 규정하고 있다. 이 사건과 같이 공유수면 매립을 수반하는 항만공사로 인한 손실의 보상에 관하여 공유수면법과 항만법의 관련 규정 중 어느 것을 적용할 것인지가 문제되는데, 항만법 규정의 취지·목적, 항만법과 공유수면법의 규정 형식 및 내용과 아울러 공유수면법상 공유수면 매립사업은 그 사업의 주체 및 목적에 별다른 제한이 없으므로, 행정주체 등에 의한 공익사업은 물론 사경제주체에 의한 사익사업 등을 위하여도 시행될 수 있는 점, 공유수면법에는 매립사업 자체를 토지보상법상 ‘공익사업’으로 의제하는 규정이 없어서 공유수면 매립사업에 따라 공용수용이 이루어지지 아니하므로, 공유수면법상 손실보상은 이미 존재하는 공유수면 점용·사용권 등이 그대로 유지됨을 전제로 하는 것으로 보이는 점, 반면에 항만법에 의한 항만공사는 ‘공익사업’으로만 시행되므로, 항만법상 공용수용에 따라 기존의 공유수면 점용·사용관계가 더 이상 유지될 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 공유수면 매립을 수반하는 항만공사로 인하여 어업권자 등이 입은 손실의 보상에 관하여는 항만법의 관련 규정 및 토지보상법이 적용 내지 준용될 뿐 공유수면법은 적용되지 않는다(대법원 2014. 4. 24. 선고 2013두23607 판결 참조). 한편, 항만법 제9조 제1항 본문은 항만시설(항만구역 밖에 설치하려는 제2조제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설로서 장래에 해양수산부장관이 항만시설로 지정·고시할 예정인 시설을 포함한다)의 신설·개축·유지·보수·준설 등에 관한 공사는 해양수산부장관이 시행한다고 규정하고 있고, 같은 법 제92조 제1항은 이 법에 따른 해양수산부장관의 권한은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 일부를 항만공사에 위탁할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 제82조는 제9조에 따른 항만공사의 시행으로 손실을 입은 자가 있는 경우에는 그 항만공사의 시행자가 그 손실을 보상하거나 그 손실을 방지하기 위한 시설을 설치하여야 하고(제1항), 제1항에 따른 손실의 보상에 관하여는 제80조 제2항부터 제6항까지의 규정을 준용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제80조는 해양수산부 장관이 한 행위나 처분 등으로 발생한 손실에 대하여는 국가가 정당한 보상을 하여야 하고(제1항), 제1항에 따라 손실을 보상하려는 경우에는 그 손실을 입은 자와 협의하여야 하며(제2항), 해양수산부장관은 제2항에 따른 협의가 성립되지 아니하는 경우에는 스스로 결정한 금액을 손실을 입은 자에게 지급하여야 하고(제3항), 사업시행자 또는 손실을 받은 자는 제2항에 따른 협의가 성립되지 아니하는 경우에는 관할 토지수용위원회에 재결을 신청할 수 있다(제5항)고 규정하고 있으며, 같은 법 제77조 제3항은 제1항에 따른 수용 또는 사용에 관하여 이 법에서 특별히 규정한 사항 외에는 토지보상법을 준용한다고 규정하고 있고, 토지보상법 제34조, 제50조, 제83조 내지 제85조에는 재결, 재결사항, 재결에 대한 이의의 신청, 이의신청에 대한 재결, 행정소송의 제기 절차를 규정하고 있는바, 위 규정 내용 및 입법 취지 등을 종합하면, 항만공사로 인하여 손실을 입은 자가 사업시행자로부터 손실보상을 받기 위해서는 항만법 제82조 제2항, 제80조 제5항, 토지보상법 제34조 제50조에 규정된 재결절차를 거친 다음 그 재결에 대하여 불복할 때 비로소 토지보상법 제83조 내지 제85조에 따라 권리구제를 받을 수 있을 뿐이며, 특별할 사정이 없는 한 이러한 재결절차를 거치지 않은 채 곧바로 사업시행자를 상대로 손실보상을 청구하는 것은 허용되지 않는다. 이 사건에서, 원고가 이 사건 소를 제기하기에 앞서 이 사건 사업에 따른 해수취수시설의 손실보상금에 관하여 항만법에서 정한 재결절차를 거치지 않았음은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원고의 이 사건 청구는 부적법하다. 이에 대하여 원고는, 공유수면법상 재결을 직접 신청하거나 매립면허취득자인 피고를 상대로 재결을 신청할 것을 청구할 권리가 없으므로 재결절차를 거치지 않고 이 사건 소송을 제기할 수 있는 특별한 사정이 있다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 항만법 제82조, 제80조 제5항에 따라 항만공사의 시행으로 손실을 입은 자는 협의가 성립되지 아니하는 경우에는 관할토지수용위원회에 재결을 신청할 수 있으므로, 위 주장은 이유 없다.