1. 토지초과이득세는 유휴토지 등에 대한 투기적 수요의 억제 등을 위해 도입된 유도적·조정적 조세로서 양도소득세의 한계를 보완하는 조세다. 이러한 입법목적이 정당한 이상 유휴토지의 매각을 촉진하기 위해, 토지 보유기간의 장단에 따라 이미 납부한 세액의 공제율을 달리 하였다 하더라도 이를 자의적 차별이라 할 수 없다. 또한, 세액공제의 비율이나 토지시세 등락 등을 고려하여 토지를 언제 처분할 것인지는 납세자 본인의 선택에 달려 있다는 점 등을 고려하면, 유휴토지를 보유하다가 처분한 자와 유휴토지가 아닌 것을 보유하다가 처분한 자와의 담세력을 불합리하게 차별하였다고도 볼 수 없다.
2. 이 사건 법률조항은 이미 발생한 양도소득세의 부담을 경감시켜 주는 조항으로서 수익적 조항이므로 납세자의 재산권을 바로 침해하는 조항은 아니다. 만약 양도소득세를 부과할 때 이미 납부한 토지초과이득세를 전액 세액공제하여야 한다는 어떤 헌법적 명령이 입법자에게 부여되었다면 이를 준수하지 아니하고 세액공제의 폭을 제한한 이 사건 법률조항이 납세자의 재산권을 제한한다고 볼 소지가 있다 할 것이나, 헌법의 명문이나 해석상 그러한 의무를 도출해 낼 수 없다. 혹시, 세액을 조정하는 장치를 충분히 마련하지 아니하여 납세자에게 과도한 재산상의 부담을 주었다는 점이 넓은 의미에서 재산권의 침해가 아닌가 하는 견해가 있을 수도 있으나, 앞에서 살펴 본 바와 같이 이 사건 법률조항의 입법목적은 정당하고 그 수단도 적정하다고 할 것이다. 법익형량의 면에서 보더라도 토지초과이득이 불로소득이라는 점 등에 비추어 이 사건 법률조항으로 인하여 얻게 되는 공익이 납세자가 잃게 되는 사익에 비하여 크다고 할 것이어서 과잉금지의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없다.
재판관 권 성, 재판관 김경일, 재판관 송인준의 반대의견
이중과세금지원칙은 조세공평주의 및 실질과세원칙의 구체적인 심사와 판단을 돕는 파생원칙으로 봄이 상당하고, 그렇다면 그 헌법적 기초는 헌법 제11조 제1항에서 찾을 수 있다. 이중과세의 정당화 문제는 경제정책적·사회형성적 목적 등에 의하여 합리성이 인정되는가에 따라 판단된다. 그런데, 어떤 특정 토지에 대한 토지초과이득세와 그 토지의 양도에 따른 양도소득세는 이중과세에 해당하고, 유휴토지를 보유하다가 처분한 자나 유휴토지에 속하지 않는 토지를 보유하다가 처분한 자나 그 담세력의 기초는 같은 것이므로, 유휴토지의 처분을 유도하고자 하는 토지초과이득세법의 입법목적을 달성한 연후에도 이미 납부한 토지초과이득세를 양도소득세 부담에서 불충분하게 공제해 주는 것은 이중과세원칙에 반하여 헌법 제11조의 평등권을 침해하는 것이 된다.