1세대 1주택 보유자가 해외이주로 주택을 양도할 때 받는 비과세 혜택의 기산점은 취업비자 발급 시가 아니라 영주권 취득 시로 봐야 한다는 판결이 나왔다. 소득세법은 1세대 1주택 보유자가 해외이주로 출국 후 2년 이내에 주택을 양도하면 보유기간이나 거주기간에 제한 없이 양도세를 비과세하고 있다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난 9일 정모씨가 "해외이주 후 2년 내에 주택을 양도해 양도소득세 비과세 대상에 해당한다"며 송파세무서장을 상대로 낸 양도소득세 경정청구 거부처분 취소소송 항소심(2012누22227)에서 "양도소득세 1억5000여만원 부과처분을 취소한다"며 원고승소 판결했다. 송파세무서는 정씨가 취업비자를 발급받아 출국한 2004년 10월께 해외이주법상 '무연고이주'를 했으므로, 이로부터 2년이 넘은 2011년 1월에 한 아파트 양도는 비과세 대상이 아니라고 주장했다. 하지만 재판부는 "정씨가 2004년 취업비자를 발급받아 미국 회사에 취업했지만, 취업비자는 미국에 2년 6개월가량 머물 수 있는 '전문인 단기 취업비자'"라며 "취업비자 만료일이 2007년이고, 취업비자를 발급받았다는 사실만으로는 정씨가 외국에 정주할 의사로 무연고이주를 했다고 볼 수 없다"고 설명했다. 재판부는 또 "정씨가 2010년 미국 영주권을 취득해 현지이주한 것으로 봐야 한다"며 "미국 영주권을 취득한 후 7개월이 지난 시점에서 아파트를 양도했기 때문에 양도소득세 비과세 대상에 해당한다"고 덧붙였다. 2001년 유학을 위해 미국으로 출국한 정씨는 2004년 취업비자를 받아 미국 회사에서 근무하던 중 2010년 6월 미국 영주권을 취득했다.

부동산 매수인이 계약금만 지급한 상태에서 부동산을 양도한 것을 미등기 전매로 보고 양도세를 중과한 것은 부당하다는 대법원 판결이 나왔다. 소득세법 제104조3항은 부동산 투기를 막기 위해 부동산을 취득한 뒤 등기를 하지 않고 양도하는 행위에 대해 양도소득 과세표준의 70%의 중과세율을 적용하도록 규정하고 있다. 대법원 행정1부(주심 김창석 대법관)는 지난달 27일 윤모(56)씨가 부천세무서를 상대로 낸 양도소득세 및 주민세 부과처분 취소소송 상고심(2010두23408)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "소득세법상 토지 양도는 등기를 마친 소유권 뿐만 아니라 매수 후 그 대금의 거의 전부를 지급한 사실상의 소유권 양도도 포함하는 것이나, 토지의 매수인이 계약금만 지급한 정도로는 그 토지에 대한 사실상의 소유권을 취득했다고 할 수 없고 이 상태에서 다시 타인에게 양도한 것은 매수인의 권리나 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것에 불과하다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "소득세법상 중과세되는 미등기 양도자산은 '그 자산 취득에 관한 등기를 하지 않고 양도하는 것'을 말한다고 돼 있어 토지에 대한 계약금만 지급한 상태에서 그 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도하는 경우에는 매매 당사자간에 대금완급 전이라도 소유권이전등기를 먼저 넘겨주기로 특약을 하는 등 특별한 사정이 없는 한 그 자산의 취득에 관한 등기 자체가 원칙적으로 불가능한 것이므로 이를 양도했다고 해서 소득세법상 미등기 양도자산에 해당한다고 볼 수 없으므로 중과세율이 아닌 통상의 양도소득세율을 적용해야 한다"고 설명했다. 재판부는 "윤씨가 토지에 관한 권리를 양도한 것이 조세회피 목적이나 전매이득 취득 등 투기 목적이 있었다고 볼 수 없고 분양계약 체결 후 사실상의 소유권 내지 처분권을 확보하지 않은 상태에서 이를 다시 양도했다고 해서 윤씨에게 책임을 추궁하는 것은 가혹하다고 볼 수 있으므로 양도소득세 중과세율이 적용되는 미등기 양도자산에서 제외된다고 판단한 원심은 정당하다"고 덧붙였다. 대한주택공사로부터 경기도 부천시 토지 1만 1만3420㎡를 임차해 자동차 운전면허학원을 운영하던 윤씨는 차임을 연체해 소송을 당했고, 윤씨가 부지를 35억여원에 매입하는 조정이 성립됐다. 2001년 6월 3억5000여만원의 계약금을 건넨 상태에서 윤씨는 토지와 건물, 운전면허학원의 운영과 관련된 권리를 합쳐 50억원에 김모씨 등 2명에게 매도했다. 부천세무서는 2007년 6월 미등기 양도자산에 관한 중과세율을 적용해 양도소득세 16억여원을 부과하자 윤씨는 소송을 냈다. 1심은 윤씨가 조세를 포탈할 목적으로 등기를 하지 않은 자산을 양도했다고 보고 원고패소 판결했으나, 2심은 "윤씨가 투기목적 없이 분양대금을 납부할만한 처지가 못돼 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도했다"며 원고승소 판결했다. 윤성식 대법원 공보관은 "전속적 매수 지위가 확정된 아파트 분양권자와는 달리 일반 부동산 매매에서는 매도인이 계약금의 배액을 상환하는 방식으로 언제든지 매매계약을 해제할 수 있으므로 매수인이 이를 양도한 것은 소유권 양도라고 볼 수 없다는 법리에 따른 판결"이라고 설명했다.

임야 주인이 임야 소재지에 실제로 거주했다면 주민등록을 하지 않았더라도 양도했을 때 중과세해서는 안 된다는 판결이 나왔다. 소득세법 제104조의3 제1항은 '임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야'라고만 하고 있으나, 시행령 제168조의9 제2항은 주민등록까지 요건으로 규정하고 있다. 서울행정법원 행정1단독 최호식 판사는 지난 13일 토지소유자 이모씨가 서울 성북세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분 취소소송(2011구단18369)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "비사업용 토지의 양도에 관해 중과하는 취지가 일정 기간 토지를 사업에 제공하지 않은 채 양도하는 경우 양도소득세를 중과해 그 토지를 목적에 맞게 이용하도록 하기 위한 것으로 보인다"며 "소득세법 제104조의3 제1항2호 규정은 '임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야'라고 규정하고 있을 뿐, 임야 소재지에 주민등록이 돼 있을 것과 사실상 거주할 것 두 가지 모두를 요구하지 않는다"고 밝혔다. 경기도 파주시 문산읍에 임야를 소유하고 있던 이씨는 2008년 4월 토지를 양도했고, 2010년 3월 사업용 토지 기준으로 일반세율 36%를 적용해 2008년 귀속 양도소득세 5780만여원을 납부했다. 하지만 성북세무서는 같은 해 9월 이씨가 "임야 소재지에 실제 거주했더라도 주민등록이 서울로 돼 있다"며 중과세율 60%를 적용해 양도소득세 1억2380만여원을 내라고 고지했다. 그러자 이씨는 "1972년부터 실제로 임야 소재지인 파주시에 살고 있으며 주민등록을 서울로 옮긴 것은 손녀의 학교 전학 문제로 아파트를 임차한 후 확정일자를 받기 위해 편의상 이전해 놓은 것인데 양도한 임야를 비사업용 토지로 규정해 양도세를 산정한 것은 위법하다"며 지난해 7월 소송을 냈다.

세무서가 '근무상의 형편'을 내세워 집을 팔고 이사한 사람에게 옛집에서도 종전의 직장과 새 직장간의 출퇴근 시간에 차이가 없다며 양도세를 부과한 것은 잘못이라는 판결이 나왔다. 소득세법은 1년 이상 거주한 주택을 취학, 근무상의 형편 등의 사유로 양도하는 경우 1세대1주택의 비과세에 해당한다고 규정하고 있으나 어느 정도의 거리차를 두고 주거 이전해야 근무상의 형편으로 볼 수 있는지에 대해서는 기준이 없다. 서울고법 행정1부(재판장 김창석 부장판사)는 최근 A(41)씨가 서울 반포세무서를 상대로 낸 양도소득세부과처분취소소송 항소심(☞2011누20392)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "직장의 변경이나 전근 등 근무 형편을 이유로 주택을 양도하고 주거를 이전하는 경우, 주거의 이전이 근무상의 형편에 의한 것이라고 도저히 인정할 수 없는 특별한 사정이 있는 경우가 아니라면 1년 이상 거주한 주택을 양도하고 이전한 경우에도 보유 및 거주기간의 제한을 받지 않고 비과세 대상에 해당한다"고 밝혔다. 이어 "종래의 주거지와 변경된 직장과의 거리가 주거를 이전하지 않으면 출퇴근을 하는 것이 현저히 곤란하거나 감내하기 어려운 정도의 상당한 거리여서 새로운 주거지로 이전할 수밖에 없는 경우에만 비과세 대상이 된다고 할 수 없다"며 "종래 거주하던 시·군과 다른 시·군으로 이전하는 경우에는 일응 비과세 규정을 충족하는 것으로 봐야 한다"고 설명했다. 다만, 재판부는 "두 거주지가 행정상의 구역에 차이가 있을 뿐 이전거리가 매우 가까워 사회 통념상 근무상 형편으로 인한 것이라고 도저히 인정할 수 없는 경우에 비과세혜택을 부여할 수는 없다"며 "이는 직장의 변경이나 전근 등 근무상의 형편으로 인해 주거를 이전하게 됐다는 주거이전 사유의 요건을 충족하지 못했기 때문"이라고 덧붙였다. 구 소득세법 제154조1항은 1세대1주택의 양도소득세 비과세 요건으로 해당 주택을 3년 이상 보유하고 그 보유 기간 중 2년 이상 거주해야 한다고 규정하고 있지만, 같은 항 제3호에서는 근무상의 형편으로 양도하는 경우에는 1년 이상 거주했다면 양도소득세를 비과세 하도록 규정하고 있다. 인천지검 검사로 근무하던 A씨는 2008년 서울 강남구의 법무법인에 근무하게 되자 거주하던 고양시 아파트를 팔고 서초구로 이사했지만, 양도소득세 신고는 하지 않았다. 반포세무서는 A씨가 원 주거지에서 종전 직장과 새 직장까지의 거리 및 소요시간이 차이가 없어 근무상의 형편으로 부득이하게 주거를 이전한 경우가 아니라고 판단해 2010년 6월 A씨에게 양도소득세 8700여만원을 부과했다. A씨는 2010년 12월 소송을 내 1심에서 승소했다.

결혼으로 인해 일시적으로 3주택 이상을 보유하게 된 가구에 양도소득세를 60% 중과세하는 것은 헌법에 위반된다는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 24일 최모씨가 1세대가 3주택 이상을 보유하는 경우 양도소득세율을 과세표준의 60%의 고율로 정하고 있는 소득세법 제104조1항 제2호의3에 대해 낸 헌법소원심판사건(☞2009헌바146)에서 재판관 7(헌법불합치):1(합헌)의 의견으로 "혼인과 가족제도의 보호를 규정한 헌법 제36조1항에 위반된다"고 결정했다. 다만, 법공백 사태를 우려해 내년 6월 30일까지는 법조항을 계속 적용하도록 하는 잠정적용 형식의 헌법불합치 결정을 내렸다. 헌재는 "혼인으로 세대를 합침으로써 새로이 1세대 3주택 이상에 해당하게 되는 자를 고려하는 등의 완화규정을 두지 아니한 채 1세대 3주택 이상에 해당한다는 이유만으로 주택 양도소득세를 중과세하도록 하는 것은 과잉금지원칙에 반해 헌법 제36조1항이 정하고 있는 혼인의 자유를 침해하고 혼인에 따른 차별금지원칙에 위배된다"고 밝혔다. 하지만 헌재는 "소득세법 조항에 대해 단순위헌결정을 해 효력을 상실시키면 중과세에 합리적인 이유가 있다고 볼 수 있는 경우에 대해서까지 중과세의 근거 규정이 사라지게 된다"며 "현재 시행중인 소득세법 조항에 대해서는 헌법불합치 결정을 하고 2013년 6월 30일까지 입법자가 위헌성을 제거한 새로운 입법을 할 때까지 잠정적용을 명한다"고 설명했다. 헌재는 법원에 계류중인 당해사건에서는 구 소득세법 조항의 적용을 중지시켰다. 이번 결정으로 인해 현행 소득세법 조항이 잠정적용되므로 1세대 3주택 보유자에 대해서는 여전히 60%의 양도소득세율이 적용된다. 다만, 부부가 결혼해 1세대가 되면서 3주택이 된 경우는 상당한 기간 내에 보유주택 수를 줄이는 경우 중과세를 부과하지 않는 경과규정을 내용으로 하는 개선입법이 이뤄지면 그 때 최종적인 세율부담이 결정된다. 한편 김종대 재판관은 "혼인이나 가족관계를 결정적 근거로 한 차별 취급이라고도 볼 수 없으며 단지 합리적인 조세제도 운용에 있어 파생된 부수적인 결과물"이라며 합헌의견을 냈다. 주택 두채를 소유하고 있던 최씨는 결혼 후 남편 소유의 주택과 합쳐 3주택이 됐다. 2006년 최씨 소유의 주택 한 채가 경매에 넘어가 60%의 세율이 적용된 양도소득세를 내게 되자 강남세무서에 감액경정청구를 냈으나 거절당했다. 최씨는 행정소송을 냈고, 항소심 계속 중 낸 위헌법률심판제청신청이 기각당하자 2009년 헌법소원을 냈다.

토지거래허가구역에 있는 토지를 관청의 허가 없이 매수한 다음 제3자에게 전매하고 소유권이전등기를 최초 매도인에게서 곧바로 최종 매수인으로 마친 경우 중간 매도인이 양도차익을 얻었다면 양도소득세를 내야 한다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 이번 판결로 토지거래허가구역의 토지거래계약이 허가를 받지 않아 무효 상태에 있다면 매매대금이 지급됐더라도 이를 양도소득세 과세대상인 자산의 양도에 해당한다고 할 수 없다고 판시한 종전 대법원 판결(98두5811등)은 모두 변경됐다. 대법원 전원합의체(주심 김능환 대법관)는 21일 송모(71)씨가 평택세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소청구소송 상고심(☞2010두23644)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "매매 등 계약이 법률상 무효라는 이유로 매도인 등이 얻은 양도차익에 대해 양도소득세를 과세할 수 없다고 보는 것은 과세 없는 양도차익을 향유하게 하는 결과가 돼 조세정의와 형평에 어긋난다"고 밝혔다. 이어 "토지거래허가구역 내의 토지를 매도했으면서 매매가 아닌 증여가 이뤄진 것처럼 꾸며 이전등기를 마친 경우 또는 거래허가를 받지 않고 이전등기를 마치지도 않은 채 토지를 제3자에게 전매해 대금을 수수하고서도 최초 매도인이 제3자에게 직접 매도한 것처럼 계약서를 작성해 이전등기를 마친 경우 등에는 중간의 매도인 등에게 자산양도로 인한 소득이 있다고 봐야 하고 이는 양도소득세 과세대상이 된다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "원심이 이 사건 매매계약과 전매계약이 무효인 이상 양도소득세 부과대상인 자산의 양도가 있다거나 자산양도로 인한 소득이 있다고 볼 수 없다는 이유로 세금부과처분이 위법하다고 단정한 것은 잘못"이라고 지적했다. 반면, 박시환·김지형·전수안·차한성·이인복·이상훈 대법관은 "토지거래허가구역 내의 토지에 관한 매매계약이 처음부터 허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 이뤄진 경우에는 확정적으로 무효이며, 매매계약이 무효인 이상 그 매매대금이 양도인에게 지급됐더라도 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다고 할 수 없다"며 반대의견을 냈다. 송씨는 2005년 4월께 황모씨로부터 서울 강남구 토지거래허가구역 안에 있는 토지를 20억여원에 산 직후 권모씨 등 7명에게 27억여원을 받고 전매한 뒤 황씨와 권씨 등을 직접 당사자로 하는 토지거래허가를 받아 권씨 등의 명의로 소유권이전등기를 마쳤다. 송씨는 2009년 평택세무서가 "최종 매수인들에게 토지를 전매한 것은 사실상 유상양도에 해당하므로 양도소득세 부과대상이 된다"며 6억6000여만원의 양도소득세를 부과하자 소송을 냈다. 1,2심은 모두 "허가받지 않은 거래는 무효이므로 과세대상에 해당하지 않는다"며 원고승소 판결했다. 대법원 관계자는 "토지거래허가구역 내에서 당사자가 토지거래허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 계약을 체결해 매도인 등이 매매대금을 수수하고 최종 매수인에게 이전등기를 마친 결과 그 경제적 이익이 매도인에게 귀속돼 있는데도 불구하고 매도인에게 양도소득세를 부과할 수 없는 부당한 결과를 시정함으로써 조세정의 실현에 기여한 판결"이라고 의미를 설명했다. 토지거래허가제도는 특정 토지에서 투기거래가 성행하거나, 그러한 가능성이 있는 지역, 지가가 급격히 상승하거나 상승할 우려가 있는 지역을 토지거래허가구역으로 지정해 계약 전에 허가를 받고 거래하도록 하는 제도다. 따라서 이 구역의 토지를 계약하려면 사전에 시장, 군수, 구청장으로부터 토지거래계약허가를 받아야 한다.

주택 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택에 해당되기 위해 반드시 배우자가 해당 주택에 함께 거주할 필요는 없다는 판결이 나왔다. 양도소득세 비과세 여부는 배우자가 각각 비과세 요건을 갖추면 된다는 이유에서다. 서울행정법원 행정1단독 최호식 판사는 3일 A씨가 서울 노원세무서장을 상대로 제기한 양도소득세부과처분취소소송(2010구단19907)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "1세대 1주택의 양도로 인해 발생한 소득에 대해 양도소득세를 부과하지 않는 취지가 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 데에 있는 점에 비춰 보면 1세대 1주택에 해당하기 위해 반드시 '세대주 전원'이 당해 주택에 거주해야 하는 것은 아니다(대법원 97누7479)"며 "배우자가 있는 거주자의 경우 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당하기 위해서는 거주자 또는 그 배우자가 보유 및 거주요건을 갖추면 되고, 거주자가 반드시 그 배우자와 함께 당해 주택에 거주해야만 하는 것은 아니다"고 밝혔다. A씨는 지난 2007년4월 남편 B씨의 집으로 거주지를 옮기고 자신이 거주하던 집을 팔았다. 이 과정에서 A씨는 자신이 '1세대 1주택 비과세 요건'에 해당한다고 판단해 양도소득세를 신고하지 않았다. 하지만 노원세무서가 "A씨와 남편인 B씨가 함께 해당 주택에서 거주하지 않아 비과세 요건에 해당하지 않는다"며 2,100여만원의 양도소득세를 부과하자 소송을 냈다.

대법원 특별2부(주심 전수안 대법관)는 자신이 최대주주로 있는 회사에 개인 주식을 양도하면서 최대주주 할증액을 내지 않아 세금 6억여원을 부과받은 김모(50)씨가 종로세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2008두9140)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "협회등록법인 주식의 양도가 부당행위계산 부인의 대상인지 여부를 판단함에 있어 주식의 시가는 특별한 사정이 없는한 양도일 전·후 각 2개월 사이에 공표된 매일의 증권업협회 기준가격 평균액으로 봐야 하고 이때 최대주주 등이 보유하는 주식의 시가는 할증률을 가산한 금액"이라고 밝혔다. 재판부는 이어 "김씨는 자신이 최대주주인 (주)L사에 개인주식을 1주당 9,900원에 양도하면서 최대주주 할증가액을 가산하지 않고 납부했다"며 "이에 세무서는 김씨가 시가보다 낮은 가격에 주식을 양도한 것은 조세부담을 부당하게 감소시킨 것이라고 판단해 과세처분을 했다"고 설명했다. 재판부는 따라서 "주식의 1주당 시가는 양도일 이전·이후 각 2월간에 공표된 매일의 증권업협회 기준가격의 평균액 9,949원에 할증률 20%의 최대주주 할증가액을 가산한 11,938원이 되기 때문에 세무서의 처분은 적법하다"며 "원심은 양도소득의 부당행위계산에 있어 협회등록법인 주식의 시가에 관한 법리를 오해해 위법하다"고 판단했다. 김씨는 코스닥에 상장된 (주)C사의 회사주식 18.2%를 소유하고 있었고 김씨가 대표이사 겸 최대주주로 있는 L사 역시 C사 주식을 15.8% 가지고 있었다. 이후 김씨는 자신이 개인적으로 소유하던 주식을 모두 1주당 9,900원으로 계산해 L사에 양도하고 세금신고를 했다. 그러나 세무서가 "김씨가 자신이 대표이사로 있어 자신과 특수관계에 있는 L사에 주식을 양도하면서 시가보다 낮은 가격으로 주식을 양도했다"며 양도소득세 6억5,000여만원을 부과하자 행정소송을 냈다. 1심은 "김씨가 주식을 양도한 전·후 2월간 한국증권거래소 최종시세가액에 최대주주 할증가액을 합하면 주식의 시세는 11,938원에 해당하고 김씨가 이보다 낮은 가격으로 주식을 양도한 것은 조세부담을 부당하게 감소시킨 것"이라며 원고패소 판결을 내렸다. 그러나 2심은 "주식 가액을 시가에 의해 평가하는 경우에는 해당 주식이 최대주주 등이 보유하는 주식이라고 해도 할증규정을 적용할 수 없고 양도 당시의 주식가액이 시가에 해당하지 않는다고 볼 증거도 없다"며 1심을 뒤집고 원고승소 판결을 내렸다.

3채 이상의 주택을 보유한 사람에게 양도소득세를 중과세하도록 규정한 소득세법 규정은 합헌이라는 헌재결정이 나왔다. 이번 결정으로 참여정부 당시 수도권 아파트의 가격상승을 막기 위해 도입된 양도소득세법을 두고 빚어진 위헌논란은 종지부를 찍었다. 헌법재판소는 주택 6채를 보유하고 있던 윤모씨가 "1세대가 3주택 이상의 주택을 보유한 경우 목적을 묻지 않고 장기보유특별공제를 배제, 60%의 양도소득세를 부과한 것은 평등권을 침해한다"며 낸 헌법소원(☞2009헌바67)을 지난달 28일 재판관 전원일치 의견으로 기각했다. 헌재는 결정문에서 "소득세법 관련 조항은 입법자가 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 주택소유를 억제해 주택가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위해 사실상 1세대 3주택 이상의 주택소유를 억제할 수 있는 정도의 세율을 정하고 그것도 과세구간에 따른 누진세율이 아니라 고율의 단일세율을 정한 것이라 침해의 최소성을 벗어나지 않았다"고 밝혔다. 헌재는 이어 "이 사건 장기보유특별공제 배제조항에 의해 예외적인 상황이라면 부칙조항이 정한 유예기간 내에 주택을 양도함으로써 1세대 3주택 이상의 요건을 피할 수 있는 길이 열려 있어 장기보유특별공제 배제조항으로 인해 명목소득만이 발생하고 실질소득이 없는 경우에도 양도소득세를 부담할 수 있다는 사정만으로는 침해의 최소성 원칙을 벗어났다고 볼 수 없다"고 판단했다. 헌재는 또 "1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유특별공제, 일반 양도소득세율 제도가 변함없이 존속될 것이라는 청구인의 신뢰는 헌법상 특별히 보호해야 할 가치나 필요성이 있는 것이라고 보기 어렵다"고 덧붙였다. 주택 6채를 보유하고 있던 윤씨는 2007년1월께 서울 송파구 A아파트를 16억원에 매도했다. 윤씨는 1세대 3주택자에 해당하는 세율의 양도소득세 8억9,000여만원을 세금으로 신고하면서 그 중 7,000만원을 납부했다. 그러나 이듬해인 2008년7월 삼성세무서에 "1세대 3주택자에게 양도소득세를 중과세하도록 규정한 것은 헌법상 무효"라고 주장하며 양도세를 3억6,000여만원으로 낮춰달라고 청구했으나 거부당하자 같은해 12월 행정법원에 소송을 제기했다. 윤씨는 재판부에 소득세법 관련조항이 위헌이라며 위헌제청을 신청했으나 거부당하자 직접 헌재에 헌법소원을 냈다.

사업시행인가전에 사업시행자에게 토지를 양도한 경우에도 과세특례규정을 적용해 기준시가로 양도소득세를 산정해야 한다는 판결이 나왔다. 사업시행인가전 양도시 과세특례규정 적용여부에 대해 항소심에서 나온 첫 판결로 동일한 쟁점으로 법원에 계류중인 재판들에 영향을 미칠 것으로 보인다. A씨는 지난 2006년12월 마포구 서교동 소재의 토지를 B사에 매도했다. 서교동 일대는 그 이전인 3월에 도시환경정비구역으로 지정·고시됐고 B사는 정비사업을 시행하기 위해 토지를 매입하는 중이었다. A씨는 이어 2007년2월 ‘실지거래가액’을 기준으로 양도소득세 4억6,000여만원을 신고·납부했다. 한편 마포구는 5월 B사를 사업시행자로 하는 도시환경정비구역 사업시행인가 통지 및 고시를 했다. 그러자 A씨는 사업시행자에게 양도한 경우에 해당해 구 조세특례제한법의 과세특례가 적용된다며 ‘기준시가’를 기준으로 양도소득세를 계산해 차액인 3억7,000여만원을 돌려달라며 마포세무서에 경정청구를 했다. 2006년1월부터 시행된 개정 소득세법 제96조1항은 ‘기준시가’가 아니라 ‘실지거래가액’에 따라 양도소득세를 부과하도록 했다. 다만 구 조세특례제한법 제85조는 정비구역을 지정한 날 이전에 취득한 토지를 2006년 12월31일 이전에 사업시행자에게 양도하는 경우에는 ‘기준시가’에 의해 양도가액을 산정할 수 있도록 했다. 하지만 마포세무서는 A씨가 토지를 양도할 당시 B사가 공익사업시행자로 지정되지 않았다며 2007년8월 경정청구를 거부하는 처분을 했다. 그러자 A씨는 “실제 사업시행을 하면서 토지의 양도·양수 이후 사업시행인가를 받은 사업시행자도 포함해 해석해야 한다”며 지난해 4월 소송을 내 1심에서 승소했다. 서울고법 행정4부(재판장 윤재윤 부장판사)는 지난 21일 A씨가 마포세무서장을 상대로 낸 양도소득세과세표준과세액의경정 청구소송(2009누2056)에서 “사업시행인가전 사업시행자에게 양도한 경우에도 과세특례규정이 적용된다”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “조특법은 사업시행자에 관해 인가받은 사업시행자라고 명백히 규정하고 있지 않다”며 “도시 및 주거환경정비법도 사업시행자를 정비사업을 시행하는 자를 말한다고 규정하고 있을 뿐 사업시행자로 인정되기 위한 요건으로 사업시행인가를 받아야 된다는 규정을 두고 있지 않다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “납세자의 세부담 완화와 공익사업의 원활한 시행을 도모하려는 입법취지에 비춰 사업시행인가 이전의 사업시행에 협조해 토지를 양도한 자를 사업시행인가 이후에 양도한 자에 비해 더 불리하게 과세특례규정을 특별히 배제해야 할 합리적인 이유가 있다고 보이지 않는다”고 덧붙였다.