구 조세감면규제법 부칙 제23조가 유효한지를 두고 헌법재판소와 대법원이 갈등을 빚고 있는 가운데 헌재가 다시 대법원 판결이 잘못됐다는 점을 인정하는 결정을 내려 파장이 커지고 있다. 헌재는 지난달 26일 (주)KSS해운과 (주)교보생명이 기업이 상장을 취소하면 그동안 받은 세제혜택을 반환하게 하는 근거조항인 구 조세감면규제법 부칙 등에 대해 낸 헌법소원사건(2009헌바35, 2009헌바82)에서 재판관 전원일치 의견으로 한정위헌 결정을 내렸다. 헌재는 지난 5월 GS칼텍스가 낸 헌법소원사건(2009헌바123)에서 이 법조항에 대해 처음으로 한정위헌 결정을 내렸다. 헌재는 결정문에서 "구 조세감면규제법 부칙조항에 대해서는 이미 전면개정법의 시행에도 불구하고 구법 부칙이 실효되지 않는 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반된다고 선고한 바가 있어 이번 사건에서도 같은 취지로 위헌임을 확인한다"며 "법률이 전부 개정된 경우에는 종전의 본칙은 물론 부칙규정도 모두 소멸하는 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효된다"고 밝혔다. 이어 "구 조세감면규제법 부칙조항은 법인세의 과세요건을 설정하는 근거조항이므로 조세법률주의 원칙상 엄격한 해석이 요구된다"며 "부칙조항이 실효되지 않는 것으로 해석하는 것은 헌법상 권력분립의 원칙과 조세법률주의의 원칙에 위배된다"고 설명했다. 2004년 교보생명과 KSS해운은 주식 상장을 전제로 법인세를 신고했으나 주식상장을 하지 못해 과세당국으로부터 구 조세감면규제법 부칙을 근거로 747억여원과 52억여원의 법인세를 부과받아 각각 소송과 헌법소원을 냈다. GS칼텍스가 부과받은 세금은 707억여원이다. 이로써 구 조세감면규제법 부칙조항 효력 유무에 따라 환급 여부가 결정될 세액은 총 1500억여원에 이르게 됐다. 지난해 4월 KSS해운이 낸 법인세 취소소송에서 대법원은 "부칙조항이 유효하지 않은 것으로 본다면 상장 기한 내에 상장을 하지 않거나 자산재평가를 취소한 법인을 그렇지 않은 법인에 비해 합리적 이유 없이 우대하는 결과에 이른다"며 과세당국의 손을 들어줬다. 교보생명의 대법원 상고심은 아직 선고가 나지 않았다. 앞서 GS칼텍스사는 헌재의 한정위헌결정이 내려지자 지난달 22일 서울고법에 법인세 등 707억원을 돌려달라는 재심을 청구했다(2012재누110). 하지만 대법원은 헌재의 한정위헌 결정은 위헌이나 헌법불합치 결정과는 달리 기속력을 인정하지 않는 입장이어서 법원이 재심을 받아들일지는 불투명하다. 만약 재심청구가 기각되고 GS칼텍스가 법원 판결을 취소해달라며 재판소원을 내면 대법원과 헌재가 정면 충돌하는 상황이 발생할 수도 있다. 지난달 11일 김능환 대법관은 퇴임식에서 "헌법재판소법은 법원의 재판을 헌법소원 대상에서 명시적으로 제외하고 있다"며 헌재 결정을 비판했다.

707억원대 법인세 부과처분에 불복해 헌법소원을 내 한정위헌 결정(▼ 하단 관련기사 참조)을 받은 GS칼텍스가 패소판결을 내린 법원 판결을 취소해 달라며 재심을 청구해 파장이 예상된다. GS칼텍스는 지난 22일 "이 사건은 헌법재판소법 제75조7항이 재심을 허용하고 있는 '제68조2항에 따른 헌법소원이 인용된 경우'에 해당하기 때문에 법원이 다시 재판해야 한다"며 역삼세무서장을 상대로 법인세 등 부과처분 취소소송의 재심청구소송(2012재누110)을 서울고법에 냈다. 이번 재심 사건은 헌재에서 한정위헌결정을 이끌어낸 법무법인(유) 태평양의 곽태철(57·사법연수원 13기) 변호사가 GS칼텍스측을 계속 대리하고 있다. 서울고법은 사건을 행정11부(재판장 김의환 부장판사)에 배당했다. GS칼텍스는 소장에서 "헌재의 (한정)위헌결정으로 법원이 적용한 관련법 부칙조항 전부가 실효됐다"며 "법인세 부과처분은 근거 법률이 없어 조세법률주의에 반하는 위법한 처분으로 1심 판결을 취소해야 한다"고 주장했다. 하지만 대법원은 헌재의 한정위헌 결정은 위헌이나 헌법불합치 결정과는 달리 기속력을 인정하지 않는 입장이어서 법원이 재심을 받아들일지는 불투명하다. 만약 재심청구가 기각되고 GS칼텍스가 법원 판결을 취소해달라며 재판소원을 내면 대법원과 헌재가 정면 충돌하는 상황이 발생할 수도 있다. GS칼텍스는 1990년 구 조세감면규제법에 근거해 자산재평가를 시행하고 주식 상장을 준비했으나 조세특례법 시행령이 정한 2003년 12월 31일까지 상장이 어렵게 되자 자산재평가를 취소했다. 이에 역삼세무서는 2004년 1월 상장기간 내에 상장하지 않았거나 자산재평가를 취소한 경우 법인세를 다시 계산해 부과하도록 규정한 구 조세감면규제법에 따라 총 707억여원의 세금을 부과했다. GS칼텍스는 세금부과 처분을 취소해 달라는 소송을 제기해 2심에서 승소했으나, 대법원은 2008년 12월 패소취지로 파기환송했다(2006두19419). 당시 대법원은 "1990년 개정된 구 조세감면규제법 부칙 제23조가 실효된 것으로 본다면 이미 상장을 전제로 자산재평가를 시행한 법인에 대한 사후관리가 불가능하게 되는 법률의 공백상태가 발생한다"고 밝혔다. 이어 "상장기한 내에 상장을 하지 않거나 자산재평가를 취소한 법인을 그렇지 않은 법인에 비해 합리적 이유 없이 우대하는 결과에 이르므로 부칙조항이 전부개정법의 시행에도 실효되지 않았다고 볼만한 특별한 사정이 있다"고 설명했다. GS칼텍스는 서울고법에서 파기환송심이 진행되던 2009년 6월 헌법소원(2009헌바123)을 냈다. 헌재는 이 사건에서 "법률이 전부개정된 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서, 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 그에 관한 경과규정을 두거나 이를 계속 적용한다는 등의 규정을 두지 않는 이상 전부개정법률의 시행으로 실효된다"고 밝혔다. 이어 "1993년 전문개정된 법에 계속 적용에 관한 규정을 두지 않았고 부칙조항을 대체할 만한 별도의 경과규정을 두지 않았으므로 부칙 제23조 조항은 전문개정법이 시행된 1994년 1월 1일 자로 실효됐다고 봐야 한다"고 설명했다.

헌법재판소가 대법원이 유효하다고 판단해 적용한 법조항에 대해 한정위헌 결정을 내려 파장이 커지고 있다. 헌재 결정으로 대법원은 무효인 법률을 전제로 재판을 한 셈이 돼 최고 사법기관이라는 위상에 큰 상처를 입게 됐다. 앞으로 재심이 청구되면 인용할지를 두고도 대법원의 고민이 깊어질 것으로 보인다. 헌재 결정 주문이 '한정위헌' 형식이기 때문이다. 헌재는 한정위헌도 위헌의 일종이므로 법원을 포함한 모든 국가 기관에 대해 기속력이 있다고 강조하지만, 대법원은 한정위헌은 법률 해석에 불과해 기속력이 없다는 태도를 보이고 있다. 이 때문에 이 사건을 두고 헌재와 대법원이 또다시 정면 충돌할 가능성도 있다. ◇헌재, "대법원 판결은 조세법률주의 위반"= 헌법재판소는 지난달 31일 재판관 전원일치 의견으로 (주)GS칼텍스가 구 조세감면규제법 부칙 제23조에 대해 제기한 헌법소원사건(2009헌바123)에서 "(1993년) 개정된 조세감면규제법 시행에도 불구하고 (1990년 개정된)구 조세감면규제법 부칙 제23조가 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반된다"며 한정위헌 결정을 내렸다. 구 조세감면규제법 부칙 제23조는 기업이 상장을 신청하면 자산재평가를 통해 감세 혜택을 주지만, 상장을 취소하면 그동안 받은 세제혜택을 반환하게 하는 조항이다. 헌재는 결정문에서 "법률이 전부 개정된 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서, 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 그에 관한 경과규정을 두거나 이를 계속 적용한다는 등의 규정을 두지 않는 이상 전부개정법률의 시행으로 인해 실효된다"고 밝혔다. 이어 "1993년 전문개정된 법에 계속 적용에 관한 규정을 두지 않았고 부칙조항을 대체할 만한 별도의 경과규정을 두지 않았으므로, 1990년 개정 조세감면규제법 부칙조항은 전문개정법이 시행된 1994년 1월 1일자로 실효됐다고 봐야 한다"고 설명했다. 하지만 대법원은 2008년 12월 GS칼텍스에 대한 상고심(2006두19419)에서 "(1990년 개정) 부칙조항이 실효된 것으로 본다면 이미 상장을 전제로 자산재평가를 실시한 법인에 대한 사후관리가 불가능하게 되는 법률의 공백상태가 발생하고, 상장기한 내에 상장을 하지 않거나 자산재평가를 취소한 법인을 그렇지 않은 법인에 비해 합리적 이유 없이 우대하는 결과에 이르므로 부칙조항이 전부개정법의 시행에도 불구하고 실효되지 않았다고 볼만한 특별한 사정이 있다"며 구 조세감면규제법 부칙 23조를 적용, 패소판결을 내렸다. 헌재는 이번 결정에서 이 대법원 판결을 지목해 "부칙 조항을 적용한 것은 조세법률주의 원칙에 반한다"고 지적했다. 이 때문에 이번 헌재 결정은 형식상으로는 법률 부칙에 대한 한정위헌 결정이지만, 실질적으로는 대법원 판결이 조세법률주의를 위반해 위헌이라는 점을 분명히 함으로써 재판소원의 결과를 가져왔다. ◇헌재-대법원, 정면충돌하나= 헌법소원을 제기한 GS칼텍스는 1990년 개정된 구 조세감면규제법에 근거해 자산재평가를 실시하고 주식 상장을 준비했으나 2003년 11월 31일까지 상장이 어렵게 되자 스스로 자산재평가를 취소했다. 역삼세무서는 2004년 1월 상장기간 내에 상장을 하지 않았거나 자산재평가를 취소한 경우 법인세를 다시 계산해 부과하도록 규정한 구 조세감면규제법 부칙 제23조2항에 따라 총 707억원여의 세금을 부과했고, GS칼텍스는 세금부과 처분을 취소해달라는 소송을 제기해 2심에서 승소했으나 대법원이 패소취지로 사건을 파기환송하자 서울고법 재판 도중인 2009년 6월 헌법소원을 제기했다. 이번 헌재 결정에도 불구하고 법원 판결은 확정이 됐기 때문에 GS칼텍스가 세금을 내지 않기 위해서는 법원에 재심을 청구할 수 밖에 없다. 하지만 헌재의 결정 주문 형식이 '한정위헌'이기 때문에 법원이 재심을 받아줄 가능성은 그리 높지 않다. 대법원은 2001년 4월 "주문에서 법률조항의 해석기준을 제시함에 그치는 한정위헌 결정은 법원에 전속돼 있는 법령의 해석·적용 권한에 대해 기속력을 가질 수 없다"며 "소송사건이 확정된 후 그와 관련된 헌법소원에서 한정위헌결정이 선고됐다고 해서 재심사유가 존재한다고 할 수 없다"고 판결(95재다14)한 이후 일관된 태도를 유지하고 있기 때문이다. 법원이 재심을 기각하면 GS칼텍스는 '대법원 판결을 취소해 달라'며 헌재에 헌법소원을 낼 수 있다. 헌법재판소법상 재판에 대한 헌법소원은 원칙적으로 허용되지 않지만 '위헌법률이 적용된 재판은 헌법소원의 대상이 된다'는 것이 헌재의 입장이다. 법원의 재판에 대한 헌법소원이 제기되면 헌재가 대법원 판결을 취소하는 사태가 벌어져 양 기관이 극단적으로 대립할 가능성도 배제할 수 없다. ◇'한정위헌 결정 기속력' 놓고 의견 여전히 엇갈려= 헌법학자들은 대부분 한정위헌 결정의 기속력을 인정해야 한다는 입장이다. 이종수 연세대 로스쿨 교수는 "한정위헌 결정에 기속력을 부여하면 사실상 4심제가 되는 것이 아니냐는 지적도 있지만, 헌법재판소가 위헌법률심사를 할 때 꼭 헌법해석만 해야 되는 게 아니라 당연히 법률해석도 같이 하는 것이고, 한정위헌과 같은 변형결정도 가능한 것이라고 본다"고 말했다. 그는 "국민에게 보장된 기본권 보호의 권리구제 효율성 측면에서 볼 때 법원 판결 또한 국민 기본권 침해가능성이 있다는 인식을 가지고 이번 사건을 계기로 법원의 재판을 대상으로 하는 헌법소원제도에 대해 좀 더 전향적으로 생각해봐야 한다"고 덧붙였다. 하지만 이상원 서울대로스쿨 교수는 "양 기관이 견해차로 인해 마찰할 수도 있지만 경쟁관계로 인해 국민에게 합리적인 해석을 도출하는 순기능도 한다"며 "헌재가 우위를 점하고 있는 독일식으로 가는 것보다는 우리 사법구조 특성을 고려해서 법률해석이 포함된 변형위헌결정, 특히 헌재가 대법원 재판결과와 충돌하는 결정을 내리는 것은 자제하는 게 바람직하다"고 말했다.

세금부과 근거가 되는 법률이 전면개정됐다면 구법의 규칙은 실효되므로 구법 부칙에 근거해 세금을 부과하는 것은 헌법에 위반된다는 헌재 결정이 나왔다. 헌법재판소는 지난달 31일 재판관 전원일치 의견으로 (주)GS칼텍스가 구 조세감면규제법 부칙 제23조에 대해 제기한 헌법소원사건(2009헌바123)에서 "(1993년) 개정된 조세감면규제법 시행에도 불구하고 (1990년 개정된)구 조세감면규제법부칙 제23조가 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반된다"는 한정위헌결정을 내렸다. 헌재는 결정문에서 "법률이 전부 개정된 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서, 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 그에 관한 경과규정을 두거나 이를 계속 적용한다는 등의 규정을 두지 않는 이상 전부개정법률의 시행으로 인해 실효된다"고 밝혔다. 이어 "1993년 전문개정법에서 계속 적용에 관한 규정을 두지 않았고 부칙조항을 대체할 만한 별도의 경과규정을 두지 않았으므로, 1990년 개정 조세감면규제법 부칙조항은 전문개정법이 시행된 1994년 1월 1일자로 실효됐다고 봐야 한다"고 판단했다. 헌재는 또 "대법원은 20006두19419 판결에서 '(1990년 개정) 부칙조항이 실효된 것으로 본다면 이미 상장을 전제로 자산재평가를 실시한 법인에 대한 사후관리가 불가능하게 되는 법률의 공백상태가 발생하고, 상장기한 내에 상장을 하지 않거나 자산재평가를 취소한 법인을 그렇지 않은 법인에 비해 합리적 이유 없이 우대하는 결과에 이르므로 부칙조항이 전부개정법의 시행에도 불구하고 실효되지 않았다고 볼만한 특별한 사정이 있다'고 해석한 후 이를 전제로 부칙조항을 적용한 것은 조세법률주의 원칙에 반한다"고 지적했다. GS칼텍스는 1990년 개정된 구 조세감면규제법에 근거해 자산재평가를 실시하고 주식 상장을 준비했으나 2003년 11월 31일까지 상장이 어렵게 되자 스스로 자산재평가를 취소했다. 역삼세무서는 2004년 1월 상장기간 내에 상장을 하지 않았거나 자산재평가를 취소한 경우 법인세를 다시 계산해 부과하도록 규정한 구 조세감면규제법 부칙 제23조2항에 따라 총 707억원여의 세금을 부과했다. GS칼텍스는 세금부과 처분을 취소해달라는 소송을 제기한 후 대법원이 패소취지로 사건을 파기환송하자 서울고법 재판 도중 위헌법률심판제청을 냈고, 신청이 기각되자 2009년 6월 헌법소원을 제기했다. 대법원 관계자는 "이 사안에서 대법원과 헌재의 견해차는 구법이 전면개정됐음에도 '특별한 사정'이 있으면 구 부칙이 실효되지 않고 적용가능한 것이냐에 관한 것인데, 법 해석에 관한 견해차를 위헌이라고 단정지어야 하는 것인지 의문"이라고 말했다.

서울고법 행정8부와 행정5부는 모두 '위법 상태', '사회적 해악'이라는 표현을 통해 리베이트의 위법성을 인정하면서도 손금산입 인정여부에 대해서는 다른 판단을 내놨다. 위법성이 있는 비용의 손금 산입에 대해 대법원은 지난 2009년 6월 "위법소득을 얻기 위해 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대해서도 손금 산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다"고 판시했다(2008두7779). 행정8부는 "리베이트 관행은 사회적으로 용인되는 통상적인 것이 아니고, 업계의 잘못된 관행으로 사회질서에 심히 반한다"며 "리베이트 경비 지출이 법인 순자산의 감소를 가져오는 것이라고 하더라도 손비로서 인정될 수는 없다"고 판단했다. 리베이트 자금 조성과정의 불법성을 이유로 리베이트 관행을 '사회질서에 심히 반하는 특별한 사정'으로 해석한 것이다. 행정8부는 또 "조세법이 리베이트 비용을 손금으로 산입해 과세소득에서 공제한다면 위법한 상태를 무한정 용인하는 것이 된다"고 지적했다. 반면 행정5부는 "사회적 해악이 작지 않다"며 위법성을 인정했지만 "사회질서에 심히 반하는 것은 아니다"라는 입장이다. 재판부는 "리베이트는 실질에 있어서 다량 거래를 계속한 거래처에게 사전 약정에 따라 판매대금 중 일부를 환급해 준 것으로, 기업회계상 매출금에서 감액하도록 돼 있고 세무회계에서도 동일하게 취급되고 있다"고 지적했다. 이런 맥락에서 행정5부는 리베이트의 손금산입이 허용돼야 한다고 본 것이다. 행정5부는 또 "리베이트 관행은 기본적으로 의약품 유통구조, 의료보험 체계 등 구조적 요인에서 기인하는 것으로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다"라고 설명했다. 이에 대해 서울고법의 한 판사는 "조세법률주의 원칙에 따라 세법 규정을 엄격하게 해석한 것으로 보인다"고 평가했다. 두 재판부는 리베이트 수수행위의 형사처벌 가능성에 대해서도 다르게 판단했다. 행정8부는 "만약 국공립대 병원 의사에게 리베이트를 제공했다면 의사와 제공자는 뇌물수수와 뇌물공여죄로, 사립대 병원이라면 배임수재와 배임증재죄로 형사처벌을 받을 위험성이 크다"고 지적했다. 하지만 행정5부는 "사례금을 지급받은 상대방 중 뇌물죄 적용이 가능한 사람은 없었고, 이들이 병원이나 약국 등 몰래 개인적인 용도로 사용하기 위해 돈을 지급받은 것도 아니라면 배임죄가 성립될 여지도 없다"고 판단했다.

의약품 거래와 관련한 사례금(리베이트)을 법인세 산정시 손비금액에 포함할지를 두고 판결이 엇갈리고 있다. 손비(損費)금액이란 법인 순자산을 감소시키는 거래로 인해 발생하는 금액으로, 판매한 상품의 매입가액이나 자산의 평가차손 등을 말한다. 서울고법 행정5부(재판장 김문석 부장판사)는 지난달 22일 의약품 도매업체 T사가 "약국과 도매상 등에 지급한 리베이트는 판매 부대비용이므로 손금에 산입해야 한다"며 성동세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누17938)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 "법인세 2억5200여만원 및 대표자에 대한 소득금액변동통지 14억6900여만원의 부과처분을 취소하라"며 원고일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "법인세법에는 위법소득을 얻기 위해 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대한 손금산입을 부인하는 특별규정을 마련해 두고 있지 않다"며 "법령이나 사회질서를 어기는 행위를 제재하기 위해 세법을 확대 적용하면 국민의 재산권 보장과 조세법률주의의 원칙에 반하는 결과를 초래할 위험이 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "의약품 거래와 관련한 사례금 수수관행은 회계처리하지 않는 비자금 조성과 연결돼 탈세 등 폐해를 낳게 되고, 건강보험 재정 부실화를 초래하는 등 사회적 해악이 작지 않은 것은 맞지만, 이러한 관행은 의약품 유통구조 등 구조적 요인에서 기인하는 것으로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다"라고 지적했다. 재판부는 또 개정 약사법 시행규칙이 시행된 2008년 12월 14일 이전에 의약품 도매상이 의약품 판매촉진 목적으로 의료기관 등 개설자에게 지급한 사례금은 약사법령에 정한 준수사항을 위반한 것이 아니라고 설명했다. 개정 전에는 '현상품·사은품 등 경품류'만 금지하고 있었으나, 개정 후에는 '금전, 물품, 향응 그밖의 경제적 이익'으로 금지 대상이 확대됐다. 재판부는 "제약회사와 도매상, 도매상 상호 간 사례금 수수는 현재까지도 약사법에서 금지된 사항이 아니다"라며 "T사가 사례금을 지급한 S사가 병원이 우회 설립한 도매상이라고 하더라도 S사에 지급한 사례금을 의료기관에 지급한 것과 동일하게 평가할 수는 없다"고 지적했다. 서울지방국세청은 T사에 대한 2004~2008년 사업연도 법인세 통합조사를 하면서 제약회사에 대한 외상매입금 채무를 현금 변제했다고 회계처리한 18억6900여만원을 손금산입에서 제외했다. 이에 T사는 "이 금액은 약국, 제약사, 도매상 등에 사례금으로 지급됐으니 손금으로 처리해야 한다"며 법인세 5억3400여만원과 대표자에 대한 소득금액변동통지 19억9700여만원을 취소해달라며 2010년 3월 소송을 냈으나, 1심에서는 패소했다. 한편 지난달 3일 서울고법 행정8부(재판장 김인욱 부장판사)는 W제약이 수원세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2010누43466)에서 "리베이트 제공은 위법한 비용의 지출로서 손금산입 인정은 사회질서에 심히 반한다"며 원고패소 판결을 내렸다. 당시 재판부는 "리베이트 자금은 분식회계 등을 통해 조성된 비자금으로 집행될 수밖에 없고, 비자금은 횡령·분식회계·조세포탈·불공정거래행위 등을 전제로 하고 있으며, 조세법이 그러한 비용을 손금으로 산입해 과세소득에서 공제한다면 위법 상태를 무한정 용인하는 것이 된다"고 지적했다. 두 판결 모두 리베이트의 위법성을 인정했지만 손금산입을 인정할지에 대해서는 입장이 상반됐다. 행정8부는 리베이트를 '위법 상태'로 평가해 손금산입을 할 수 없다는 입장이지만, 행정5부는 '사회적 해악'을 인정하면서도 세법의 확대 적용은 안 된다고 판시했다. 2심에서 이처럼 엇갈린 판결이 나옴에 따라 대법원이 리베이트의 위법성과 손금산입 여부에 대해 어떤 판단을 내놓을지 관심이 집중되고 있다. 공정거래위원회 등에 따르면 지난해 제약사의 병·의원 리베이트 금액은 적발된 것만 약 969억원이며, 실제 연간 리베이트 규모는 3조원 가량으로 추정된다.

모회사가 과점주주에 대한 간주취득세(看做取得稅,취득세로 간주하는 세금) 면탈을 위해 별도의 자회사들을 설립해 부동산 회사의 지분을 50% 이하로 각각 매수해 전체 지분 절반 이상을 취득한 경우 모회사에게 과점주주 지위를 인정해 간주취득세를 부과한 것은 정당하는 대법원 판결이 나왔다. 이번 판결은 IMF(국제통화기금) 구제금융 이후 국내에 들어온 외국계 자본이 부동산 회사들을 인수해 처분하는 과정에서 막대한 이익을 누리면서도 취득세나 양도소득세 등의 세금을 면하기 위해 명목회사에 불과한 자회사들의 명의를 이용하는 변칙적 거래 관행에 제동을 건 것이다. 대법원 전원합의체(주심 박병대 대법관)는 19일 네덜란드의 V사가 종로구를 상대로 제기한 취득세등부과처분취소소송 상고심(☞2008두8499)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 되돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "V사의 자회사인 R사와 J사는 I사와 C사의 주식 등을 보유하다가 그 중 일부를 처분하는 방식으로 재산을 보유·관리하고 있을 뿐 그 외 별다른 사업실적이 없고, 회사로서의 인적 조직이나 물적 시설을 갖추고 있는 것도 없어서 독자적으로 의사를 결정하거나 사업목적을 수행할 능력이 없는 것으로 보인다"며 "그 결과 이 사건 주식 등의 취득자금은 모두 V사가 제공한 것이고 그 취득과 보유 및 처분도 전부 V사가 관장했으며, R사가 취득한 I사 주식 75%도 사정이 같다"고 밝혔다. 이어 "이 사건 주식 등을 V사가 직접 취득하지 않고 자회사들 명의로 분산해 취득하면서 주식 등의 취득 자체로는 과점주주의 요건에 미달하도록 구성한 것은 오로지 구 지방세법에 의한 취득세 납세의무를 회피하기 위한 것이라고 보기에 충분하다"고 지적했다. 이에 대해 전수안·이상훈 대법관은 "원고의 자회사들이 지분을 분산해 취득한 것이 취득세 회피를 위한 것이더라도 민법상 가장행위에 해당하지 않고 자회사들의 법인격을 부인할 수 없는 이상, 원고가 지방세법에서 구체적으로 규정하고 있는 과점주주의 요건을 충족할 수 없으므로 조세법률주의의 원칙상 원고에게 과점주주로서의 취득세 납세의무가 있다고 할 수 없다"며 반대의견을 냈다. 네덜란드 법인인 V사는 1998년 한국법인인 R사를 설립한 후 2003년에는 J사를 설립했다. R사는 I사의 주식 75%를 보유하고 있었고, J사는 2005년 7월 I사의 나머지 주식 25%를 사들였다. 2003년 R사와 J사는 C사의 지분을 50%씩을 각각 사들였다. 2006년 종로구는 V사에 대해 I사 주식 25% 매입으로 인한 세금 6억여원, C사 주식 100% 매입으로 인한 세금 19억여원을 부과했다.

2008년 12월 개정된 종합부동산세법 시행규칙에 따른 공제 대상 재산세액 산정기준은 정당하다는 항소심 판결이 나왔다. 그동안 재산세는 종부세의 과세 대상에서 공제돼 왔지만, 개정법은 부과된 재산세액에 공정시장가액비율을 곱해 산출한 세액만을 공제하도록 해 공제받지 못한 재산세 부분에 대해서 이중과세라는 논란이 있었다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 15일 건설공제조합 등 25개 기업이 각 관할지역 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세부과처분등취소소송 항소심(2011누21593)에서 1심을 깨고 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "개정된 종부세 시행규칙에 따르더라도 주택 등 과세표준에 대한 재산세액은 모두 공제돼 이중과세의 위험이 없다"며 "설령 종부세 과세 대상에 대한 재산세액이 일부 공제되지 않는 결과가 생긴다고 하더라도 납부한 재산세액을 전액 공제해야 한다는 헌법적 원칙이 있는 것이 아니므로 재량을 벗어났다고 할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "종부세법 시행규칙의 공제재산세액 계산법에 따르면 과세대상 공시지가에 재산세와 종부세의 공정시장가액비율을 각각 곱한 뒤 재산세율을 적용한다"며 "이는 공제대상 재산세액의 기준이 되는 금액이 종전 과세기준 초과금액에서 과세표준(과세기준 초과금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액)으로 변경됨에 따라 계산식을 변경한 것에 불과하다"고 설명했다. 또 "종전 법에 따른 재산세액 과대공제의 불합리를 개선한 것이며, 실질과세 원칙 및 과세형평을 관철하기 위한 규정으로 조세법률주의에 어긋나지 않는다"고 덧붙였다. 2008년 12월 개정된 종합부동산세법과 그 시행령은 공제 대상 재산세액의 기준 금액을 종전 과세기준 초과금액에서 과세표준(과세기준 초과금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액)으로 변경했다. 개정된 법령에 따라 2009년분 종부세를 납부한 건설공제조합 등 25개 기업은 지난해 8월 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종부세를 부과한 부분은 이중과세에 해당해 위법하다고 소송을 냈다. 1심은 "현행법은 공제 가능한 재산세액의 범위를 축소해 조세법률주의에 위반된다"며 "재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종부세를 부과한 부분은 이중과세에 해당해 위법하다"고 판단했다.

중소기업 유예기간 중에 있던 기업이 다른 중소기업을 흡수합병했더라도 여전히 중소기업에 해당한다는 판결이 나왔다. 중소기업법 제2조3항은 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년 간은 유예기간으로 하여 중소기업으로 보도록 하고 있다. 서울행정법원 행정1단독 최호식 판사는 6일 유명 게임업체 N사의 주주인 박모씨 등 5명이 서울 역삼세무서장 등을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소소송(2011구단8065)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "중소기업으로 보는 기업과 중소기업이 합병하는 경우에 중소기업 유예제도에 의한 유예기간을 허용하지 않는 중소기업법 시행령 제9조1호는 중소기업이 주체가 돼 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우에 합병의 주체인 중소기업에게 유예기간을 허용하지 않는다는 것"이라며 "반대로 이 규정이 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업이 중소기업을 합병하는 경우에 중소기업으로 보는 기업에게 기존에 부여된 유예기간이 실효되는 근거 규정으로 보기 어렵다"고 밝혔다. 재판부는 "단지 합병결과의 규모에만 중점을 두고 조세평등의 원칙을 내세워 중소기업 유예 중에 있는 기업이 합병의 주체가 돼 다른 중소기업을 합병하는 경우까지 중소기업 유예가 실효된다고 확장해석하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용되지 않는다"고 설명했다. 법원의 판단에 따라 N사와 같은 중소기업 유예 기간 중 다른 중소기업을 합병한 기업의 주식을 양도한 경우, 양도소득세는 중소기업 주식의 양도에 대한 세율인 10%를 적용해야 한다. 소득세법 제104조1항은 중소기업의 주식을 양도한 경우 10%의 세율을 적용한 양도소득세를, 중소기업이 아닌 기업의 주식을 양도한 경우 20%의 세율을 적용한 양도소득세를 부과하도록 하고 있다.

조례 시행일 이전인 지방세법 개정 시로 소급해 부과된 원자력발전 지역개발세는 무효라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 전원합의체(주심 이인복 대법관)는 2일 한국수력원자력(주)이 "지역개발세의 과세시기를 조례의 시행일이 아닌 개정 지방세법의 시행일로 소급해 부과한 것은 소급과세금지원칙에 반해 무효"라며 경주시 등을 상대로 낸 지역개발세 부과처분 취소소송 상고심(☞2008두17363)에서 재판관 전원일치 의견으로 원고일부승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "조세법률주의를 규정한 헌법 제38조와 59조의 취지에 의하면 국민에게 새로운 납세의무나 가중된 납세의무를 부과하는 규정은 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용 대상으로 삼을 수 있음이 원칙"이라며 "법률에서 특별히 예외규정을 두지 아니하였음에도 하위법령인 조례에서 새로운 납세의무를 부과하는 요건에 관한 규정을 신설하면서 시행시기 이전에 이미 종결한 과세요건 사실에 소급해 이를 적용하도록 하는 것은 허용될 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 "구 지방세법 제253조에 따라 원자력발전에 대한 지역개발세는 부과요건의 하나인 부과지역에 관한 조례가 정해져야만 비로소 부과지역이 대외적으로 확정돼 부과할 수 있다"며 "조례의 부칙규정들은 지역개발세의 부과요건에 관한 규정을 시행시기 이전에 이미 종결한 과세요건 사실에 소급해 적용하도록 하는 것으로서 헌법 제38조와 59조의 취지에 반한다"고 설명했다. 한국수력원자력에 부과한 원자력 발전량을 기준으로 하는 과세는 2006년 1월 원전에 대한 지역개발세를 신설한 지방세법이 개정·시행되면서 시작됐다. 그런데 경상북도 및 전라남도는 과세와 관련된 조례를 제정하면서 세금부과 시점을 개정 지방세법 시행 후 발전량부터 적용했고, 경주시 등은 이에 따라 1월 발전량부터 세금을 부과했다. 대법원 관계자는 "이번 판결은 법적 안정성 또는 당사자의 신뢰보호를 위해 국민에게 새로운 납세의무를 부과하는 규정은 특별한 사정이 없는 한 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용대상으로 삼을 수 있다는 조세법령 불소급의 원칙을 재확인한 데에 의의가 있다"고 말했다.