(1) 구 국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률(2011년 9월 15일 법률 제11041호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 제6호에서 말하는 '교육훈련 또는 직무수행 중 상이(공무상의 질병을 포함한다)'란 군인 또는 경찰·소방공무원이 교육훈련 또는 직무수행 중 부상을 입거나 질병에 걸리는 것을 뜻한다. 그러므로 위 규정이 정한 상이가 되기 위하여는 교육훈련 또는 직무수행과 그 부상·질병 사이에 상당인과관계가 있어야 하고, 그 직무수행 등과 부상 등 사이의 인과관계에 관하여는 이를 주장하는 측에서 증명을 하여야 한다. 그러나 그 인과관계는 반드시 의학적·자연과학적으로 명백히 증명하여야 하는 것은 아니고 제반 사정을 고려할 때 교육훈련 또는 직무수행과 그 부상·질병 사이에 상당인과관계가 있다고 추단되는 경우에도 그 증명이 되었다고 보아야 하고, 또한 평소에 정상적인 근무가 가능한 기초질병이나 기존질병이 훈련 또는 직무의 과중 등이 원인이 되어 자연적인 진행속도 이상으로 급격하게 악화된 때에도 그 증명이 된 경우에 포함되는 것이며, 교육훈련 또는 직무수행과 그 부상·질병과의 인과관계의 유무는 보통의 평균인이 아니라 당해 군인 등의 건강과 신체조건을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2009두9079 판결 등 참조).
(2) 이러한 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, ① 원고가 입대 전 건강상태에 아무런 문제가 없었고 가족들 중에도 갑상선 관련 질환을 앓은 사람이 없는 점, ② 원고는 입대 후 불과 약 5~6개월 만에 병영부조리, 가깝게 지내던 동기 병사의 자살, 그에 따른 헌병대 조사, 부대 재배치 후 관심병사 처우, 텃세, 기존 부대 선임병들과 마주침에의 노출 등의 특별한 일련의 상황들을 겪으면서 극심한 스트레스를 받았던 것으로 보이는 점, ③ 기존 부대 해체 및 부대 재배치 후 불과 한 달여 만에 전신 마비 증세가 나타났고 그 치료 중 의병 전역한 점, ④ 그레이브스 병은 자가면역질환으로서 그 발병 원인이 명확하지 않지만 극심한 정신적 스트레스도 요인 중의 하나이고, 갑상선발증 내지 주기성마비를 동반하였다는 것은 그 병세가 급속도로 악화된 것인 점, ⑤그러한 악화 원인으로 현대 의학상 통상적으로 알려진 요인들 중에 원고의 경우는 정신적 스트레스 외에 다른 요인을 찾기 어려운 점 등 위 인정사실에서 본 발병 경위와 치료 경과, 의학적 소견 등의 여러 사정들을 종합하여 보면, 원고의 이 사건 상병은 직접적인 발병 원인에 대해서 단정할 수는 없으나 적어도 원고의 군 복무 중의 심각한 스트레스로 인하여 자연적인 진행 속도 이상으로 급격하게 악화된 것으로 넉넉히 추단할 수 있다.
(3) 따라서, 원고의 이 사건 상병과 군인으로서의 교육훈련 또는 직무수행 사이에는 상당인과관계가 있다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다.