구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 3. 26. 대통령령 제22085호로 개정되기 전의 것) 제67조 제2항, 제3항 제1호에 따라 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 감면받기 위해서는 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였을 것이 요구된다. ☞ 원고가 이 사건 종전 농지를 취득한 2005. 8. 18.부터 2005. 10. 말경까지는 ○○○으로 하여금 계속 벼를 재배하다 수확하게 한 이상, 그 이유가 이미 재배하고 있던 농작물은 즉시 이전하기 어렵고 벼는 파종한 사람에게 수확할 권리를 주는 거래 관습이 있기 때문이라고 하더라도, 위 기간을 원고가 직접 경작한 것과 같이 취급할 수는 없고, 따라서 위 기간은 양도소득세 감면요건으로 정한 직접 경작기간에서 제외하여야 한다고 한 사례

주식매입선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익이 구 조세특례제한법 제15조 제1항 소정의 과세특례대상 소득이 되기 위하여는 같은 조 제2항 제1호에 의하여 주식매입선택권 부여 당시 매입가액을 정하는 경우는 물론이고 주식매입선택권 부여 후 그 매입가액을 조정하는 경우에도 기존 주주들의 이익을 보호하기 위하여 상법 제434조의 규정에 의한 주주총회 특별결의를 거쳐야 함이 원칙이지만, 주식매입선택권 부여 후 매입대상 주식이 분할되어 그 분할비율에 따라 1주당 매입가액을 감액하는 경우는 분할비율에 따라 매입대상 주식의 수량이 늘어나는 반면 그 1주당 액면가액이 감액되는 것을 반영함으로써 주식매입선택권 부여 당시의 조건을 그대로 유지시켜 주는 것에 불과하고 기존 주주들의 이해관계에 어떠한 영향을 미치지 아니하므로 이러한 경우에까지 주주총회 특별결의를 거쳐야 한다고는 볼 수 없다.

구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조의2 제1항은 ‘한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조, 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다’고 규정하고, 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항 제5호는 ‘자산재평가법의 규정에 의한 재평가차액은 당해 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다. 한편, 조세감면규제법 중 개정법률(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조 제1항, 조세특례제한법 시행령 제138조는 ‘구 조세감면규제법 제56조의2 제1항에 의하여 재평가를 한 법인이 2003. 12. 31.까지 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다’고 규정하고 있다. 위 각 규정의 입법취지는 주식시장의 활성화를 위하여 주식의 상장을 전제로 자산재평가를 한 법인에 대하여는 자산재평가법상의 재평가요건을 갖추지 못하였더라도 그 재평가차액을 법인세의 과세대상에서 제외함으로써 주식의 상장을 유도하되, 사후 당해 법인이 주식의 상장을 게을리 하는 경우에는 이러한 과세특례를 박탈함으로써 이를 악용하는 것을 방지하고자 하는 데 있으므로, 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항에 의하여 자산재평가를 한 법인이 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 못하였더라도 그 원인이 당해 법인에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유에서 비롯되었을 경우에는 재평가차액에 대하여 법인세를 과세할 수 없다고 보아야 한다.

구 조세특례제한법(2007. 12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제121조의3 제1항, 제3항, 제121조의5 제2항, 구 조세특례제한법 시행령(2007. 12.31. 대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것) 제116조의8 제1항 제2호, 조세특례제한법 시행규칙 제51조의5 제3호, 관세법 제38조 제1항, 제2항, 관세법 시행령 제112조 제1항, 제132조 제1항, 관세법 시행규칙 제8조 제1항 제1호 등 규정의 문언, 체계와 취지, 특히 관세의 감면 대상 물품에 대한 세액심사는 수입신고수리 전에 해야 하는 점 및 외국인투자기업이 구 조특법 제121조의3 규정에 의해 관세 등을 면제받은 때에는 수입신고수리 후부터 사후관리를 받아야 하며 만일 당해 수입물품을 면제받은 용도로 사용하지 않으면 관세 등을 추징당하는 점 등을 종합하여 보면, 외국인투자기업이 구 조특법 제121조의3 규정에 의해 관세 등을 면제받기 위해서는 수입신고수리 전에 세관장에게 면제신청을 해야만 하고 수입신고수리 후에 경정청구를 통하여 면제신청을 한 때에는 관세 등을 면제받을 수 없다.

석유정제업자로부터 석유류를 공급받아 다시 주유소에 공급하는 사업자(이하 ‘대리점’이라 한다)가 주유소를 통하여 조세특례제한법 제106조의2의 규정에 의하여 농민에게 부가가치세나 교통세 등이 면제된 가격으로 석유류를 공급한 것처럼 외양만을 갖추어 석유정제업자로부터 석유류를 공급받으면서 징수당하였던 부가가치세 등을 돌려받은 다음 그 석유류를 제3자에게 공급하면서 세금계산서를 교부하지 않은 경우에, 석유정제업자로부터 위와 같이 부가가치세를 부당하게 돌려받는 행위와 제3자에게 세금계산서를 교부하지 않고 석유류를 공급한 후 그 매출을 신고하지 않음으로써 부가가치세를 포탈하는 행위는 그 발생 원인이 서로 다른 점 등에 비추어 대리점이 석유정제업자로부터 거래징수당한 매입부가가치세액을 부당하게 돌려받아 그 부담을 면하였다고 하여, 그 후에 이루어진 제3자에 대하여 세금계산서를 교부하지 않은 채 석유류를 공급하고 부가가치세확정신고를 하면서 이를 누락함으로써 매출부가가치세액을 포탈한 행위에 대해서 조세범처벌법 제9조 제1항 소정의 조세포탈죄가 성립하지 않는다고 볼 수는 없다.

조세특례제한법 제6조, 제119조 및 제120조, 중소기업창업지원법 제2조1호, 중소기업창업지원법 시행령 제2조1항의 각 규정 내용 및 그 취지에 비추어, 취득세 등의 면제대상이 되는 창업이란 중소기업을 새로이 설립하여 사업을 개시하는 것으로서, 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하거나 법인의 조직변경 등 기업형태를 변경하여 변경 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우에는 창업으로 보지 아니하고, 기존의 사업자가 기존의 업종에 다른 업종을 추가하는 경우에는 추가하는 업종이 통계청장이 작성·고시하는 한국표준사업분류표상의 세분류를 달리하는 업종으로서 추가된 업종의 매출액이 총 매출액의 100분의 50 이상인 경우에 한하여 창업에 해당한다고 할 것이다. 원고 회사의 설립이 조세특례제한법이 정하는 중소기업의 창업에 해당하는지에 관하여 보건대, K요가와 원고 회사의 사업장소재지가 같은 건물에서 층만 달리하였던 사실, K요가의 사업자등록증의 사업종목이 ‘제조 및 전자상거래’로 되어 있었고, 업종코드도 한국표준사업분류표의 세분류상 운동 및 경기용구 제조업에 해당하는 ‘369302’를 사용하였던 사실이 인정되나, 한편 K요가는 원고 회사와는 달리 전자상거래를 위하여 사용하던 컴퓨터 1대를 제외하고는 별다른 기계장치를 보유하고 있지 않아 제조업을 위한 기본적인 생산시설도 구비하고 있지 않았던 것으로 보이고, K요가가 요가 관련 제품의 생산을 위하여 원재료를 구입하였거나 종업원을 고용하였다고 볼만한 자료가 전혀 없으며, 척추이완 기구의 실용신안등록과 미끄럼 방지형 요가용 매트 및 그 제조방법에 대한 특허등록은 K요가를 폐업한 후에 비로소 이루어졌으므로, 위와 같은 사정들을 종합하여 보면, 앞서 인정한 사실만으로 K요가가 전자상거래 외에 제조업도 함께 영위하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 그러므로, K요가는 전자상거래업만 영위하였을뿐 제조업을 영위한 적이 없고, 원고 회사는 K요가의 영업 내용에 제조업을 추가하였고 제조업이 차지하는 매출액이 총매출액 중 50% 이상이므로, 원고 회사의 설립은 A가 개인사업으로 영위하던 사업체를 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립한 경우에 해당한다고 할 수 없어 등록세 등의 감면대상이 되는 중소기업의 창업에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 취득세 등 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1999. 9. 7. 법률 제6018호로 제정된 농업협동조합법(이하 ‘농협법’이라 한다)의 여러 규정, 조세특례제한법 제72조, 국정감사 및 조사에 관한 법률 제7조, 공직자윤리법 제3조 제1항 제9호, 제10조 제1항 제10호, 부패방지법 제2조 제1호 라목, 공직자윤리법 제3조 제1항 제10호 등의 규정 내용 및 취지에 비추어 보면, 농협중앙회는 국민경제 및 산업에 중대한 영향을 미치고 있고 업무의 공공성이 현저한 기업체에 해당한다. 또한, 농협법은, 제125조 제4항, 제163조에서 농림부장관은 농협중앙회 이사회의 의결사항이 위법한 경우는 물론 부당하다고 인정할 경우에도 이를 취소하거나 그 집행을 정지할 수 있도록 규정함으로써 확장된 이사회의 권한에 비례하여 국가의 감독 범위 또한 확장되었고, 제162조 제1항에서는 농림부장관은 농협법이 정하는 바에 따라 농협중앙회를 감독하며 대통령령이 정하는 바에 따라 감독상 필요한 명령과 조치를 할 수 있도록 규정하고, 제162조 제4항, 제164조 제1항, 제165조 제1항, 제168조 제2항 등 여러 규정에 의하여 농림부장관 또는 금융감독위원회가 농협중앙회의 운영 전반에 관하여 광범위하고 다양한 방법으로 지도·감독을 하도록 하고 있다. 이러한 점을 종합하여 보면, 농협중앙회는 국민경제 및 산업에 중대한 영향을 미치고 있고 업무의 공공성이 현저하여 국가가 법령이 정하는 바에 따른 지도·감독을 통하여 그 운영 전반에 관하여 실질적인 지배력을 행사하고 있는 기업체로서 특가법 제4조 제1항 제2호 소정의 정부관리기업체에 해당한다고 보기에 충분하다.

2001. 12. 29. 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정법’이라 한다) 부칙 제25조 제2항은 “이 법 시행 당시 종전의… 제80조… 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우에 양도소득세… 에 관한 감면·이월과세·과세이연 및 추징에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있는바, 관련규정을 종합하면, 위 조항은 개정법 시행 전에 종전 규정의 세액감면혜택을 신뢰하여 양도계약을 체결하였으나 개정법 시행 후 2003년 12월 31일 이전에 대금이 청산되어 일반적 적용례에 관한 부칙 제2조로는 그 신뢰가 보호되지 아니하는 결과가 발생될 수 있는 경우에 납세의무자의 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하는 특별규정으로 봄이 상당하므로 개정법 부칙 제25조 제2항의 ‘종전의… 제80조… 의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우’라 함은 ‘토지소유자가 구법이 개정되기 전에 국민주택건설용지의 양도계약을 체결하였으나 개정법 시행 이후부터 2003. 12. 31. 이전에 대금을 청산한 경우’를 의미한다고 해석해야 할 것이다.

구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 제66조 제2항 제2호 등에 의하면, 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 지난 농지는 양도소득세의 감면대상이 되는 자경농지에서 제외한다고 규정하고 있는바, 위 규정의 입법취지나 그 규정의 체계 및 문언 등에 비추어 보면, 여기서 환지예정지의 지정일이라 함은 특별한 사정이 없는 한 종전의 농지 외의 토지로 환지예정지의 지정이 이루어진 당초의 지정일을 의미하는 것으로 보아야 할 것이지 최종적으로 환지계획의 변경인가가 이루어진 날로 볼 것은 아니다.

비록 선박이 공시방법과 강제집행에 있어서 부동산과 동일하게 취급되는 면이 있다고 하더라도 지방세법의 취득세에서 사용하는 용어에 관하여 부동산과 선박을 별도로 규정하고 있고, 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것)에서 별도의 규정이 없는 한 지방세법에서 사용하는 용어의 예에 의하도록 하고 있는 이상, 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제13호 가.목 및 120조 제1항 제12호 소정의 　‘부동산’의 소유권에 관한 등기에 ‘선박’ 소유권에 관한 등기가 당연히 포함된다고 해석할 수는 없고, 오히려 부동산의 개념에 선박을 포함하여 해석하는 것은 합리적 이유 없이 조세감경의 요건을 확장하는 것으로서 조세공평의 원칙에 반하여 허용될 수 없다고 보아야 할 것이다.