1. (가) 지방세법 제234조의15 제2항 단서 제3호는 “대통령령으로 정하는 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지의 가액”이라고 규정하고 있는데, 이 조항 중 “공장용지”부분에 대해서는 헌법재판소가 이미 조세법률주의나 포괄위임입법금지원칙에 위배되지 않는다고 결정한 바 있고, “대통령령으로 정하는 전·답·과수원 및 목장용지”란, 직·간접적으로 농업 내지 축산업의 생산활동에 제공되는 토지로되, 이를 빌미로 토지의 과다보유를 초래할 염려가 없는 한도내의 토지가 여기에 해당할 것임을 어렵지 않게 예측할 수 있으므로 조세법률주의나 포괄위임입법금지원칙에 위반되지 아니한다. (나) 지방세법 제234조의15 제2항 단서 제6호는 “제3호 내지 제5호의 규정에 의한 토지와 유사한 토지 및 종합토지세를 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지의 가액”이라고 규정하고 있는데, 제도의 성격상 분리과세표준에는 매우 다양하고 상이한 요소들이 혼재되어 있고, 분리과세의 대상으로 삼을 것인지의 문제는 경제상황의 변천 등에 대응하여 탄력적으로 규율할 필요가 크므로 국회제정법률로 개별·구체적으로 상세히 규율하는 것은 부적절하며, 종합토지세 및 분리과세제도의 취지에 분리과세표준 대상토지를 예시하고 있는 제3호 내지 제5호 등 관련 법조항을 종합하여 보면, 대통령령에 위임될 분리과세 대상 토지의 대강을 전혀 짐작할 수 없는 것도 아니므로 조세법률주의나 포괄위임입법금지원칙에 위반되지 아니한다. 2. 지방세법 제234조의16 제1항에 규정된 종합합산과세의 세율은, 응능과세원칙을 확립하고 토지의 과다보유 억제와 토지의 수급을 원활히 하려는 종합토지세의 취지, 최고세율을 적용하는 경우에도 세부담율이 그 자체로 지나치게 높다고 보기 어려운데다 이마저 명목세율을 적용한 것이고, 전국평균 과세표준현실화율이 약32.2%에 그치고 있어 과세표준액 자체가 매우 저평가되고 있기 때문에 실제 조세부담율은 이보다 훨씬 더 낮아진다는 점, 종합합산과세 대상자의 대부분이 낮은 세율을 적용받고 있으며, 높은 세율이 적용되는 대상자의 비율은 극히 미미하다는 점 등에 비추어 볼 때, 재산권의 본질적 내용인 사적 유용성과 원칙적인 처분권한을 여전히 토지소유자에게 남겨 놓는 한도내의 재산권 제한이고, 현재와 같이 과세표준현실화율이 낮은 상태에서는 매년 종합토지세를 부과한다 하더라도 짧은 기간내에 사실상 토지가액 전부를 조세 명목으로 징수함으로써 토지재산권을 무상으로 몰수하는 효과를 가져오는 것도 아니므로 재산권의 본질적 내용이 침해된다거나 국민의 재산권을 비례성원칙에 위반하여 과도하게 침해하는 것이라 할 수 없고, 종합합산과세 대상자를 합리적 이유없이 차별대우하는 것이라 볼 수 없으므로 평등원칙에도 위배되지 아니한다.

조세범처벌법 제10조에 규정된 ‘납세의무자가 정당한 사유 없이 1 회계연도에 3회 이상 체납하는 경우’에 있어서 체납회수는 납세고지서 또는 납입통지서 1통을 1회로 보아서 계산하여야 하고, 그 납세고지서 등에 여러 개의 조세가 함께 기재되었다고 하여 각 세목별로 체납회수를 따로 계산하여서는 안된다.

농지세 과세 대상이 되는 토지는 농작물을 직접 재배하거나 재배하도록 하여 그로부터 수입금액이 생기는 토지를 말하고(지방세법 제197조, 제198조, 제206조), 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문개정되기 전의 것) 제63조 제1항에 의하여 양도소득세 등이 감면되는 경우로써 구 농어촌특별세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문 개정된 조세특례제한법시행령 부칙 제9조 제1항에 의하여 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 제1호에 의하여 농어촌특별세의 비과세 대상이 되는 토지는 직접 경작에 이용된 토지로써 농지세 과세 대상이 되는 토지에 한정되므로, 농업용수의 공급과 배수를 위하여 사용된 토지라고 하더라도 농작물의 재배에 직접 사용되지 않는 구거, 수로 등의 토지는 그에 대한 양도소득세 등이 위 조세감면규제법 제63조 제1항의 규정에 의하여 감면되더라도 농어촌특별세 비과세 대상이 된다고 할 수 없다.

1. 서울대학교병원, 국립대학교병원, 지방공사병원은 공법인, 민법상 비영리법인은 사법인인 점에서 법률적 성격에 본질적인 차이가 있고, 양자 사이에는 설립목적, 경영원칙, 목적사업, 운영형태, 재정지원 및 감독 등의 점에서도 규율을 달리하고 있으므로, 위 법률조항이 지방세의 면제 여부에 관하여 이들 공법인과 민법상의 비영리법인을 달리 취급하는 것은 양자의 본질적 차이에 따른 것이므로 합리적인 이유가 있다. 또 의료법인과 민법상의 비영리법인은 목적사업의 범위, 허가나 검사·감독권한의 소재에 있어서 규율을 달리하고 있고, 그에 따라 의료법인의 설립을 유도·장려할 정책적 필요성이 인정되며, 따라서 위 법률조항이 의료법인과 민법상의 비영리법인을 달리 취급하는 것은 위와 같은 합리적인 정책적 차이에 기인하므로 평등의 원칙에 위반되지 아니한다. 2. 위 법률조항은 재산세의 비과세대상을 ‘제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자’라고 개별적·구체적으로 한정하면서, 단지 그 구체적인 내용을 대통령령에서 정하도록 위임하고 있으므로 위 법률조항의 입법목적이나 위임배경 등을 참작하면, 대통령령으로 정하여질 비과세대상자라는 것은 사회정책과 경제정책 등의 여러 요소를 고려하여 재산세를 비과세하여야 할 만큼 사업의 공익성이 강하게 인정되는 비영리사업자로 규정될 것임은 쉽게 예측할 수 있고, 따라서 위 법률조항은 헌법이 정한 입법권 위임의 한계를 준수하여 조세법률주의에 반하지 아니한다. 재판관 권성, 재판관 송인준의 반대의견 1. 다수의견이 들고 있는 의료법인과 민법상 비영리법인 사이의 차이는 결코 본질적인 것이 아니고 지엽적인 사소한 차이임이 분명하고, 그로부터 공익성이나 공공성의 측면에서 대단한 차이가 초래될 수 없으며, 나아가 민법상의 비영리법인과 같은 국가 이외의 자가 국가를 대신하여 공익사업을 대신 수행하여야 할 필요성이 점증하는 시대적 상황에 비추어 세제의 측면에서 민법상의 비영리법인을 지원 육성할 정책적 필요성 또한 의료법인에 비하여 결코 적다고 할 수 없다. 따라서 지방세의 면제 대상을 정함에 있어 의료법인과 민법상의 비영리법인을 구별할 아무런 본질적인 차이가 없음에도 불구하고 의료법인만을 면제대상으로 정하여 차별하는 것은 현저히 불합리하고 불공정한 조치여서 평등의 원칙에 위반된다. 2. 위 법률조항은 행정입법에 위임하여야 할 불가피성이 없는데도 불구하고 광범위한 모집단 중에서 극히 일부를 뽑아내어 비과세의 혜택을 차별적으로 제공하는 중요한 선택 권한을 최소한의 기준도 정하지 않은 채 행정부에 수여함으로써 포괄위임금지라는 위임입법의 한계를 벗어나서 위헌임을 면할 수 없다.

가. 위 법률규정은 중과세되는 부동산취득의 공간적 지역적 범위를 ‘수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안’에서 취득한 부동산으로 한정하고 있으며, 중과세되는 부동산취득의 사항적 한계를 ‘본점 또는 주사무소의 사업용’ 부동산으로 분명히 규정하고 있으므로, 중과세되는 부동산취득에 관한 기본사항을 상당한 정도로 구체적으로 규정하면서 단지 세부적, 기술적 사항만을 대통령령에 위임한 것이라 할 것이고, 그로써 대통령령에 위임될 내용과 범위를 통상인의 경우 누구라도 예측할 수 있도록 하였다고 할 것이어서 조세법률주의나 포괄위임입법금지원칙에 위반되지 아니한다. 나. (1) 위 법률규정은 단순히 ‘취득’이라고 규정하고 있어, 과밀억제권역안에서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득하기만 하면 그 점만으로 아무런 제한없이 곧바로 중과세의 요건에 해당하는 것으로 볼 소지가 없지 않으나, 그와 같이 풀이하는 것은 불필요하고 지나치게 포괄적인 규제를 허용하는 셈이 되어, 위 법률규정의 입법취지에 어긋날 뿐만 아니라, 법인 등 경제주체의 거주·이전의 자유, 직업의 자유를 지나치게 제약하는 것으로서 헌법적으로 용인되지 아니한다. (2) 그러므로 위 법률규정은 이미 과밀억제권역 내에 본점 또는 주사무소용 사무실을 가지고 있다가 같은 권역 내의 다른 곳으로 사무실을 이전하는 경우와 같이 ‘과밀억제권역내에 인구유입 또는 경제력 집중을 유발하는 효과’가 없는 경우에는 적용되지 않는 것으로 좁게 풀이하는 것이 상당하고(대법원 2000. 5. 30. 선고 99두6309 판결; 2000. 10. 10. 선고 99두5269 판결 참조), 이렇게 풀이할 경우 입법목적도 적절히 달성할 수 있고 과잉규제로 인한 헌법위반의 소지도 없어진다. (3) 그렇다면 그 적용범위를 위와 같은 합헌적인 범위밖에까지 부당히 확장하지 않는 한, 위 법률규정은 기업 등의 거주 이전의 자유 및 직업의 자유를 헌법 제37조 제2항에 위반하여 침해하는 것이라고 볼 수 없다.

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 그 법문대로 엄격하게 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것인바, 국세환급가산금은 국세환급금에 대한 법정이자로서의 성질을 가진 지급금이라고 할 것이므로, 납세자가 세액을 금전으로 납부하였다가 환급받는 경우에만 적용된다고 보는 것이 타당하고, 반면 물납허가를 받아 물납을 하였다가 부과처분과 물납허가처분이 각 취소되어 그 물납재산을 반환받는 경우는 ‘국세환급금’에 당연히 포함된다고 해석할 수 없으므로, 국세환급가산금에 관한 국세기본법 제52조의 규정이 물납재산의 보유로 인한 이득반환의 범위를 정함에 있어서까지 적용된다고 보는 것은 조세법규를 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것에 해당하여 허용될 수 없다.

기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그 기준시가에 의하여 산정한 양도차익이 실지거래가액에 의한 양도차익을 넘을 수 없으니, 이 경우 기준시가에 의하여 산정한 양도차익이 실지양도차익을 넘을 수 없다는 과세장해사유는 납세의무자가 입증하여야 한다.

구 법인세법 제38조의2의 결손금소급공제는 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도로서 이 경우의 환급청구권은 납세자의 신청에 기하여 관할세무서장이 이월결손금의 발생 등 그 실체적 요건 및 절차적 요건의 충족 여부를 판단하여 환급세액을 결정함으로써 비로소 확정되므로 위 환급세액의 성질은 과오납의 성질을 가지는 것이라고 볼 수 없으며, 구 지방세법 제178조 제2항 소정의 법인세의 결정·경정이라 함은 납세의무자가 과세표준신고를 하지 않아 과세관청이 조사하여 결정하거나 과세표준신고는 하였지만 그 신고에 오류·탈루가 있어 이를 시정하여 결정하는 것을 말하므로, 결손금소급공제에 의한 환급세액의 결정은 구 지방세법 제178조 제2항의 결정·경정에 해당한다고 볼 수 없고, 그 후 지방세법의 개정에 의하여 결손금소급공제에 의한 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우가 법인세할 주민세의 환부 대상으로 추가되었다고 하더라도 이와 달리 볼 것은 아니다.

원고들이 상속세를 신고·납부함에 있어서 기준으로 삼은 국세청 질의회신 및 국세심판소 결정은 조세행정에 관하여 전문적인 지식을 지닌 국세청 및 국세심판소에 의하여 이루어진 유권해석으로서 그 합리성에 관하여는 충분히 논란의 여지가 있으므로 실제 그 후 대법원에서 이와 상반된 취지로 판시한 바 있다 하여도 원고들이 이를 따른 것은 단순한 법령의 부지나 오해를 넘어 세법해석상 의의(疑義)로 인한 견해의 대립이 있는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이고, 위와 같은 상속재산의 가액평가에 관한 국세청의 유권해석이 존재하는 경우에 납세의무자인 원고들에게 이와 다른 방식에 따라 상속재산의 가액을 평가, 신고할 것을 기대하는 것은 무리라 할 것이므로, 원고들이 위 유권해석에 따라 산정한 상속세 과세표준에 의하여 신고, 납부한 것이 최종적으로 정당하게 계산된 과세표준에 미달한다 하더라도 이와 같은 상속재산의 가액 평가상의 차이로 인한 신고 및 납부 누락 부분에 대하여는 원고들에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이다.

조세소송에 있어서는 국세기본법 규정에 의하여 행정소송법 제18조 제2항, 제3항 및 제20조의 규정이 적용되지 아니하나, 다만 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적, 발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여, 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판소로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 한다.