과밀억제권역 내에 본점을 둔 기업이 새로 본점건물을 신축·이전해도 인구유입 등의 우려가 없다면 취득세를 중과세할 수 없다는 판결이 나왔다. 지방세법 개정으로 중과세를 면탈할 가능성이 생겼다는 이유만으로 인구유입 유발여부와 무관하게 본점 부동산 신축에 일률적으로 중과세하려는 과세관청의 법해석에 제동을 건 것이다. 서울행정법원 행정3부(재판장 김종필 부장판사)는 지난 15일 A사가 "과밀억제권역 내 본점을 매각하고 같은 권역 내에 건물을 신축해 이전했다면 중과세 대상이 아니므로 취득세와 농어촌특별세 5,700여만원의 부과처분을 취소하라"며 강남구청장을 상대로 취득세 등 부과처분 취소소송(☞2008구합50742)에서 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 부동산을 취득하는 경우 3배의 취득세로 중과하는 지방세법 제112조3항의 취지는 수도권 지역내의 인구유입과 산업집중을 현저하게 유발시키는 본점 사무소 등의 신·증설을 억제하기 위한 것"이라고 설명했다. 재판부는 이어 "A사는 이미 과밀억제권역 내에 본점용 부동산인 양재동 건물을 신축해 취득한 후 중과세를 납부했고 이후 동일 권역내에 건물을 신축해 본점을 이전한 것으로 입법취지에 반한다고 할 수 없다"고 밝혔다. 강남구청은 재판과정에서 "개정 지방세법이 중과세하는 부동산의 범위에서 승계취득을 제외한 탓에 과거 판례를 적용하면 법인이 과밀억제권역 내에 사업용 부동산을 승계취득해 사용하다가 본점건물을 신축·이전하면 중과세할 방법이 없다"며 "과밀억제권역 내에서 본점 등 사업용 부동산을 신축해 본점을 이전하는 경우 반드시 중과세하는 취지로 해석해야 한다"고 주장했다.

사업시행인가 전에 취득한 토지가 이후 정비기반시설로 편입돼도 비과세 대상이 안 된다는 판결이 나왔다. 지방세법은 국가 등에 귀속을 전제로 취득한 토지에 취득세 및 등록세를 부과하지 않고 있는데 사업시행인가 전에는 귀속여부가 확정적으로 예정돼 있다고 볼 수 없다는 것이다. 이번 판결은 최종승인 전에 취득한 토지라도 행정관청과 기부채납에 대한 협의가 진행 중이었다면 비과세 대상으로 보는 ‘기부채납’에 대한 법리가 ‘귀속’에는 적용되지 않는다는 것을 밝힌 점에서 의미가 있다. 서울행정법원 행정13부(재판장 정형식 부장판사)는 지난 12일 A사가 “도시환경정비구역으로 지정된 토지가 귀속대상이 됐다면 비과세해야 한다”며 중구청장을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 소송(2008구합13910)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “지방세법 제106조2항, 제126조2항은 국가 등에 귀속될 것을 조건으로 취득하는 부동산 및 등기에 대해 궁극적으로는 국가 등이 취득하는 부동산을 잠정적으로 일시 취득하는 것으로 봐 취득세, 등록세를 부과하지 않겠다는 것”이라며 “부동산 및 등기는 적어도 취득 당시에는 확정적으로 국가 등에 귀속이 예정돼 있어야 하며 당해 부동산의 취득자가 귀속의 부담을 지는 자로 확정돼 있어야 한다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “도시환경정비구역으로 지정될 당시 정비기반시설로 계획된 토지가 사업시행인가시에 확정된 정비기반시설의 위치 및 면적과 상당부분 일치한다 해도 정비구역 지정은 잠정적, 유동적인 것”이라며 “적어도 관할 구청장의 사업시행인가시에 확정된다고 봐야 하므로 A사가 토지를 취득할 당시에 국가 등에 귀속이 확정적으로 예정돼 있었다고 볼 수 없다”고 덧붙였다. 한편 A사는 최종승인 이전이라도 행정관청과 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있으면 ‘기부채납을 조건으로 취득한 토지’로서 비과세대상에 해당하는 것으로 보는 법리가 귀속에도 적용된다고 주장했다. 재판부는 이에 대해 “기부채납은 기부자가 증여의 의사표시를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 함으로써 성립하는 증여계약”이라며 “이와 달리 귀속의 경우는 관할청이 토지소유자에게 정비계획수립 등 과정에서 의견제출 등 관여 기회를 부여한 바 있다 할지라도 이를 기부채납에 있어서의 협의와 마찬가지로 볼 것은 아니다”라며 받아들이지 않았다. 서울시 중구청은 2008년3월 다동 제7지구에 대해 A사를 사업시행자로 한 도시환경정비사업 사업시행인가를 고시했다. A사는 인가전에 토지를 취득했는데 그 중 일부가 정비기반시설로 편입됐다. 그러자 A사는 지난해 3월 “1980년 도시환경정비구역 지정 당시 이미 정비기반시설의 위치와 면적이 특정된 상태에서 토지를 취득했으므로 편입된 토지는 무상귀속이 예정돼 있었으므로 비과세 규정이 적용돼야 한다”고 주장하며 소송을 냈다.

부동산 매매계약 후 취득세를 자진신고해 납세의무가 확정됐더라도 이후 매매계약이 해제됐다면 지자체의 취득세부과처분을 무효라고 봐야 한다는 대법원판결이 나왔다. 이번 판결은 하자가 행정처분의 당연무효사유에 해당되는 지 여부를 판단하는 기준으로, 통설과 판례의 입장인 '중대명백설'을 따르면서 특별한 사정이 있는 경우에는 예외적으로 명백성을 요구하지 않는다는 취지의 첫 대법원판결이다. 현행 행정소송법은 행정처분에 대한 취소소송의 경우 처분 등이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 소송을 제기하도록 하고 있으나, 무효소송은 제소기간이 정해져 있지 않다. 따라서 이번 판결은 국민들의 권리구제의 범위를 확대했다는 의미가 있다. 종래 대법원판례인 중대명백설은 법적 안정성을 지나치게 중시한 나머지 당연무효의 인정범위를 지나치게 협소하게 인정해 국민의 권리구제에 충실하지 못하다는 비판을 지적받아 왔다. 대법원 특별3부(주심 이홍훈 대법관)는 강모(59)씨가 인천부평구청장을 상대로 낸 취득세부과처분무효확인소송 상고심(☞2008두11716)에서 원고패소 판결을 내린 원심을 파기하고 지난 12일 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "취득세 신고행위는 납세의무자와 과세관청 사이에 이뤄지는 것으로서 취득세 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는다"고 지적했다. 재판부는 이어 "반면, 과세요건 등에 관한 중대한 하자가 있고 그 법적 구제수단이 국세에 비해 상대적으로 미비함에도 위법한 결과를 시정하지 않고 납세의무자에게 그 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하더라도 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 이와 같은 하자있는 신고행위가 당연무효라고 함이 타당하다"고 밝혔다. 재판부는 또 "이 사건의 경우 원고가 부동산에 관해 등기와 같은 소유권취득의 형식적 요건을 갖추지 못했을 뿐만 아니라 지방세법에 규정된 취득이라는 과세요건이 완성되지 않는 등의 중대한 하자가 있는 만큼 그 하자가 중대한 이 사건 신고행위의 경우에는 이를 당연무효라고 볼 만한 특별한 사정이 있다"고 덧붙였다. 강씨는 지난 99년11월 송모씨로부터 인천 부평의 상가건물을 50억원에 매수하기로 하는 계약을 체결하고 12월 과세표준액을 50억원으로 해 취득세 1억원과 농어촌특별세 1,000여만원을 자진신고했다. 그러나 강씨가 세금을 내지 않자 부평구는 2003년4월 가산세를 포함, 취득세 1억7,500만원과 농어촌특별세 1,600만을 납부하라고 고지했다. 그러자 강씨는 매매계약 체결후 매매대금을 지급하지 않은 상태에서 계약을 해제해 건물을 취득하지 않은 만큼 취득세부과처분은 무효라며 소송을 냈다. 1·2심은 중대명백설에 입각해 "과세대상이 되지 않는 어떤 법률관계나 사실관계에 대해 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있어 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사해야 비로소 밝혀질 수 있는 경우에는 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고는 할 수 없으므로 이처럼 과세요건을 오인한 과세처분을 당연무효라고는 할 수 없다"며 원고패소 판결을 내렸다. 대법원 관계자는 "이번 판결은 '명백성 보충요건설'을 정면으로채택한 것은 아니지만 특별한 사정이 있는 경우에는 하자의 명백성을 요구하지 않는다는 절충안을 채택한 것"이라며 "종래 중대명백설에 대해 진일보한 판결로 보인다"고 말했다.

부동산업자가 확실하지 않은 사실을 확정적인 것처럼 이야기해 실제보다 높은 가격에 부동산을 낙찰받았다면 부동산업자는 이에 대한 손해를 배상할 책임이 있다는 판결이 나왔다. 서울고법 민사17부(재판장 곽종훈 부장판사)는 5일 부동산업자의 말을 믿고 적정시가 보다 높은 가격에 부동산을 낙찰받았다가 손해를 입은 김모씨가 부동산업자인 고모씨 등을 상대로 낸 손해배상 청구소송 항소심(2006나34550)에서 “고씨는 원고에게 12억여원을 배상하라”며 1심과 달리 원고 일부 승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “고씨는 김씨가 낙찰받은 부동산을 다시 매수할 사람이 확실하지 않은 상황임에도 부동산을 낙찰받을 경우 이를 전매할 매수자가 있는 것처럼 확정적으로 말하고 부동산가격에 대해 객관적인 조사도 하지 않은 채 건물 건축가의 말만 믿고 실제 가치보다 높은 가격에 부동산을 낙찰받게 했다”며 “고씨가 부동산의 전매가능성 및 적정한 가격에 대해 사실과 다르게 고지했고, 이로 인해 김씨가 부동산을 취득해 입은 손해를 배상할 책임이 있다”고 밝혔다. 재판부는 또 “고씨는 부동산이 장기간 전매되지 못할 경우 김씨가 대출원리금의 부담을 이기지 못하고 부동산을 낮은 가격에 처분할 수 밖에 없을 것이라고 쉽게 예상할 수 있었던 점 등에 비춰보면 김씨는 부동산을 높은 가격에 전매할 수 있다는 고씨의 말만 믿고 기다리다가 이를 처분할 적절한 시기를 놓치게 됐다고 보인다”며 “결국 김씨가 취득세 등을 감당하지 못해 공매처분으로 17억여원에 부동산이 넘어갔으므로 고씨는 입찰대금 28억원에서 17억여원을 제외한 금액을 배상해야 한다”고 설명했다. 재판부는 이어 “고씨는 김씨에게 낙찰대금 지급능력이 부족해 대출기관으로부터 대출을 받을 수밖에 없다는 사정을 잘 알고있었다”며 “고씨는 김씨에게 대출금 이자와 비용을 합한 1억8,000만여원도 배상해야한다”고 덧붙였다. 김씨는 부동산을 경매에서 28억원에 저렴하게 낙찰받을 수 있고 이후에 더 높은 가격에 전매를 할 수 있다는 고씨의 말을 믿고 경매를 통해 부동산을 낙찰 받았다. 그러나 그 부동산은 이미 4회나 입찰이 유찰돼 최저 입찰가격이 15억여원에 불과했고, 결국 김씨가 취득세 등을 감당하지 못해 부동산은 공매로 넘어가게 됐다. 이에 김씨는 고씨 때문에 손해를 입었다며 소송을 내 1심에서 패소했다.

등기부등본에 주택으로 돼 있어도 콘도처럼 사용됐다면 다른 아파트를 분양받더라도 1가구 1주택으로 볼 수 있다는 판결이 나왔다. 공부상 주택으로 등기 된 건물의 일부지분을 소유했더라도 건물이 기능상 콘도로 사용됐고 지분의 일부만을 가지고 있었다면 주거용 건물로 볼 수 없으므로 그 후 아파트를 분양 받더라도 1가구 1주택자에 해당해 서울시 조례가 정한 세금감면혜택자에 해당한다는 취지의 판결이다. 이번 판결은 재산세법상 주택의 일종인 별장으로 분류되는 건물 중 콘도와 유사한 기능을 가진 건물에 대한 판단기준이 명시되지 않은 상황에서 나온 것으로 상급심의 판단이 주목된다. 서울행정법원 행정6부(재판장 박상훈 부장판사)는 1가구 1주택자로 세금 절반을 감면받아 아파트를 분양받았던 육모씨가 후에 2층건물의 지분 일부를 소유한 사실이 밝혀져 감경받았던 세금이 다시 부과되자 "2층 건물은 주택이 아니라 콘도와 유사한 휴양시설"이라며 도봉구청장을 상대로 낸 취득세등부과처분 취소소송(☞2006구합23456)에서 "400여만원의 세금부과 처분을 취소한다"고 원고 승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "등기부등본상 용도가 주택으로 돼있으나 분양자에 관리, 보수, 사용권을 위탁한 후 필요할 경우 예약을 통해 별도의 사용수수료를 내고 있다"며 "기능상 주택의 일종인 일반적인 별장이라기보다는 콘도미니엄에 가깝다고 볼 수 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "건물에 대해 별장에 해당되는 세율로 취득세와 재산세를 납부하고 있더라도 서울특별시세감면조례에서 정한 1가구 1주택자에 해당하는지 여부를 판단할 때는 별도로 해야한다"며 "숙박시설로 분류될 수 있는 회원제 휴양시설의 실체를 가지는 2층 건물에 대해 지분 일부를 소유했다고 해서 주택으로 볼 수 없으므로 취득세 등의 감면대상에 포함된다"고 덧붙였다. 육씨는 서울 도봉구에 있는 아파트를 처음으로 분양받아 취·등록세를 50% 감면 받았으나 과세청으로부터 아파트를 분양받을 때 경기도에 2층 건물의 지분 50분의 1을 소유한 사실이 드러나 1가구2주택에 해당한다는 이유로 세금감면을 취소당하자 소송을 냈다. 한편 서울특별시세감면조례에서는 "분양 목적으로 건축한 공동주택을 최초로 분양받아 1가구 1주택이 되는 경우 전용면적이 40~60㎡인 경우 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다"고 규정하고 있다.

국세청이 정한 부동산의 시가표준액이 취득 당시의 가격(시가) 보다 높다면 시가표준액을 근거로 한 취득세와 등록세는 취소돼야 한다는 첫 판결이 나왔다. 이번 판결로 인해 부동산 취득 당시의 가격보다 높은 시가표준액을 기준으로 취득세와 등록세를 낸 부동산 소유자들의 줄소송이 예상된다. 특히 이번 판결은 부동산 매매를 통해 소유권을 이전받은 사람에 대한 등록세와 취득세에 대한 부담을 현실적으로 맞추었다는 평가를 받고 있다. 부동산 경기 불황 등으로 부동산 거래 가격이 떨어질 경우 과세관청이 정한 시가표준액 보다 낮을 수 있기 때문이다. 인천지법 제1행정부(재판장 양현주 부장판사)는 19일 인천시주안동의 상가건물을 산 정모씨가 인천 남구청장을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 청구소송(2005구합3541)에서 "정씨가 매수한 부동산에 부과한 취득세와 등록세, 농어촌특별세, 지방교육세 등 중 건물부분에 대한 부분을 취소한다"며 원고 일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "시가표준액은 재산의 객관적인 가치, 즉 시가를 적절히 반영해야 할 것으로 (헌법재판소 1999.12.23 선고 ☞99헌가2 결정) 시가는 객관적인 기준이 아닌 그때 그때의 수급사정에 따라 늘 변동하는 것임에 비해 과세관청인 피고로서는 일정한 기준을 두어야 할 과세기술상의 필요성이 있을 것이므로, 시가와 시가표준액이 언제나 일치할 것을 기대할 수 없다"고 밝혔다. 그러나 재판부는 " 양자간에 어느 정도의 괴리는 불가피하지만 건물 부분의 시가표준액이 시가의 약 1.5배에 이르는 경우라면 이를 '재산의 객관적 가치를 적절히 반영한 시가표준액'이라고 할 수 없다"며 "그에 기초한 과세는 정당한 과세권의 범위를 일탈해 국민의 재산권을 침해하는 것으로서 허용될 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "피고 관내의 상가 대부분에 대해 시가를 초과하는 '시가표준액'이 산정되어 있다면, 취득세, 등록세 뿐만 아니라 재산세, 공동시설세 등도 위 시가표준액을 과세표준으로 적용하고 있으므로 이를 시급히 시정해 주민의 재산권을 보호하고 과세권행사의 적정화를 기해야 할 것이다"이라고 지적했다. 정씨는 지난해 2월 인천남구주안동의 상가를 매수했다 남구청으로부터 건물부분 시가표준액 3억2,267만여원을 기준으로 한 취득세 982만여원, 등록세 820여만원 등의 처분을 받자 시가보다 비싼 시가표준액을 기준으로 부과한 취득세와 등록세 등은 부당하다며 소송을 냈었다.

울산지법(재판장 고종주 수석부장판사)은 지난달 20일 김모씨 등이 경매를 통해 주택을 취득한 경우에는 개인간의 유상거래가 아니라는 이유로 취득세와 등록세를 감경하지 않고 부과한 울산시 남구청장 등을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 소송(☞2006구합1153)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "경매는 사법상 매매의 법적 성격을 가지므로 구 지방세법(2006. 9. 1. 법률 제7972호로 개정되기 전의 것) 제273조의2의 규정의 해석상 경매를 감경조항에서 정한 '개인간의 유상거래'에 해당하지 않는다고 단정하기 어려울 뿐 아니라 경매가 공법상 처분의 성질을 아울러 가지는 특성이 있으나, 법령에서 매매·교환 등의 일반적인 유상거래와 경매의 경우를 달리 취급하는 명시적 규정을 두고 있지 않는 이상 조세법적으로 양자를 달리 취급해서는 안 된다"고 밝혔다. 재판부는 또 "현행 지방세법 제273조의2는 '유상거래를 원인으로'취득한 주택에 대해 취득세 등을 경감한다고 규정해 아파트 신규분양의 경우와 같은 법인과 개인 사이의 거래까지 취득세 등을 감경하고 있으며 구 지방세법 시행일인 2006년 1월1일부터 현행 지방세법 시행 전날인 8월31일까지 8개월의 기간 내에 경매로 주택을 취득한 자에 대해서만 상대적으로 높은 세율을 적용하는 것은 조세법규의 엄격해석 원칙 및 공평과세의 원칙에 반하는 것으로 위법하다"고 덧붙였다. 구 지방세법(2006. 9. 1. 법률 제7972호로 개정되기 전의 것) 제273조의2는 개인간의 유상거래를 원인으로 주택을 취득하는 경우 취득세액의 100분의 25를 경감하고 등록세액의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있었다.

올해 초부터 8월까지 경매로 집을 구입한 사람들이 "취득세를 환급해 달라"며 지방자치단체를 상대로 무더기로 낸 소송에서 1심 법원의 판결이 엇갈리고 있어 상급심의 판단이 주목된다. 서울행정법원 행정 11부(재판장 김상준 부장판사)는 28일 김모씨외 44명이 서울시를 상대로 낸 취득세등부과처분 취소 청구소송(2006구합16465)에서 "경매도 개인간 유상거래에 해당하므로 취득세의 25%를 돌려줘라"고 원고 승소판결을 내렸다. 이날 행정11부에서는 같은 취지의 소송 9건에 대해 같은 취지의 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "지방세법상 '개인'의 의미를 따로 정의하고 있지는 않지만 일반적으로 '법인'이라는 말에 대응해서 쓰이고 있다"며 "따라서 '개인간' 거래란 법인 간 거래나 개인과 법인간 거래에 대응한다고 봐야한다"고 밝혔다. 재판부는 또한 "거래의 양 주체가 개인인 한에서는 그 거래 중간에 제3자가 법률상, 사실상으로 개입 했다고 해도 '개인 간' 거래임은 변함이 없다"고 덧붙였다. 재판부는 이어 "연초에 지방세법 개정이 부동산 가격의 안정을 위해 보유세는 인상하고 거래세는 인하하고자 하는 조세정책의 취지가 반영된 것"이라며 "그런 취지로 볼 때 일반적인 매매나 경매에 차별적 취급을 해야 할 이유가 없다"고 설명했다. 하지만 서울행정법원 행정 14부(재판장 신동승 부장판사)는 21일 엄모씨가 서울시를 상대로 낸 같은 취지의 소송에서 "경매는 개인간의 거래행위와는 다르다"며 원고 패소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "지방세법의 개정은 실거래가 신고제도 도입으로 증가하는 세부담을 줄이기 위한 것이므로 실거래가 제도 시행 이후 세금이 늘어나지 않는 경매는 포함되지 않는다"고 밝혔다. 재판부는 또한 경매가 개인간 거래인지에 대해서는 "법원이 주도해 물건을 매도하고 그 소유권 이전도 법률의 규정에 의해 이뤄지는 등 그 성격이 개인간 거래행위와는 다르다"고 덧붙였다. 문제가 되는 것은 연초에 개정된 지방세법 조항이다. 지방세법은 지난 9월에 다시 개정되기 이전 까지 '개인간 유상거래를 원인으로 취득·등기하는 주택에 대해 취득세는 25%를, 등록세의 50%를 경감해준다'고 규정했다. 그러나 구 지방세법에서는 '사실상 취득가격이 입증되지 않는 개인간 유상거래에 대해 세금을 감면해준다'고 밝혀 경매는 감경대상이 되지 않았다. 9월에 다시 개정된 지방세법에는 '개인간'이라는 말이 빠지면서 경매가 감경대상에 포함되는데 논란의 여지가 없다. 소송을 제기한 사람들은 1월 초부터 8월말까지 경매로 집을 구입한 사람들로 경매가 '개인간 유상거래'에 포함된다면 취득·등록세의 일부를 돌려받게 된다.

부동산을 매수하면서 잔금지급일 이전에 소유권이전등기를 경료했다가 그 등기일로부터 30일이 경과하기 전에 매매계약을 해제했더라도 취득세를 내야 한다는 법원판결이 나왔다. 서울고법 특별7부(재판장 洪性戊 부장판사)는 A사가 용인시장을 상대로 "소유권이전등기일로부터 30일이 지나기 전에 매매계약을 해제했기 때문에 취득세부과는 부당하다"며 낸 취득세등부과처분취소 청구소송 항소심(☞2004누7896)에서 지난달 21일 1심판결을 취소하고 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "부동산 취득의 시기를 규정하고 있는 지방세법시행령 제73조1항1호에서 '사실상의 잔금지급일'은 실제로 잔금이 지급된 날을 의미하는 것으로서 확인된 잔금지급일을 취득시기로 보는데 불합리한 점이 없으나, 같은항2호의 '계약상의 잔금지급일'의 경우는 계약상의 잔금지급일에 실제로 잔금이 수수된다고 단정할 수 없는 것이어서 실제로 잔금이 지급된 바 없음이 확인된 경우에도 계약상 잔금지급일을 취득의 시기로 의제하는 것은 불합리하므로 이 규정이 현저하고 명백한 사실상의 취득시기를 배제하는 것은 아니라고 해석하는 것이 타당하다"며 "계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 않은 경우에는 계약일로부터 30일이 경과된 날)에 잔금이 지급되지 않은 상태에서 계약이 해제된 경우까지 취득한 것으로 의제해 취득세를 과세하는 것은 더욱 불합리하므로 제73조1항2호 단서의 규정은 이와 같은 불합리한 점을 보완하기 위한 규정으로 제73조3항에 의한 등기를 마치거나 시행령 제73조1항1호의 사실상의 잔금지급을 마침으로써 법률상·사실상의 취득이 이루어진 때에는 그 적용이 없다고 봐야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고는 이 사건 부동산의 잔금지급일 이전에 등기를 경료했다는 것이므로 이로써 취득세의 과세요건은 완성되었다 할 것이고, 비록 등기일로부터 30일 이내에 계약이 해제되었다고 하더라도 법시행령 제73조1항2호 단서규정이 적용되지 않는다"고 덧붙였다. A사는 지난 2001년1월 경기도용인시에 있는 부동산을 B사로부터 11억원에 매수하고 한달 뒤 소유권이전등기를 마쳤다가 30일이 지나기 전 매매계약을 해제하고 소유권이전등기말소등기를 마쳤다. 그 후 A사는 용인시가 2001년2월 A사가 창업일로부터 2년 이내에 사업용 재산으로 부동산을 매수한 것으로 보고 취득세와 등록세를 면제했다가 같은 해 10월 "부동산을 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업에 직접 사용하지 않았다"는 이유로 당초 면제한 세금에 가산세를 더해 취득세 2천6백40만원과 농어촌특별세 2백42만원, 등록세 3천9백60만원, 지방교육세 7백26만원을 부과하자 소송을 내 1심에서 승소했었다.

비법인인 단체가 법인으로 승격하면서 종전에 가지고 있던 부동산을 증여형식으로 취득한 경우 '부동산 취득'으로 볼 수 없어 이에 대한 취득세부과는 부당하다는 판결이 나왔다. 이번 판결은 동일한 단체에 대해 법적지위가 달라졌다는 이유로 그 소유 부동산에 취득세를 부과한 것이 '실질과세 원칙'에 위배된다고 판단한 것으로 의미가 있다. 서울행정법원 13부(재판장 白春基 부장판사)는 비영리 종교단체에서 법인으로 승격한 A 재단법인이 용산구청을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 청구소송(☞2004구합17839)에서 15일 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "민법 제32조는 종교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 재단은 주무관청의 허가를 얻어야만 이를 법인으로 할 수 있도록 규정하고 있어 비법인 단체의 경우 법인으로 허가받기 전 설립허가에 필요한 자산으로 소유하게 된 부동산을 허가받을 법인에게 출연하는 형식을 취해 설립허가를 받은 다음 법인 명의로 소유권이전등기를 하는 경우 설립허가의 결과여부에 따라 취득세 납세의무로 해석하는 것은 실질과세 원칙 등에 반한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "설사 원고와 종전 비법인단체와의 법적규율의 정도, 법인격 등의 측면에서 다소 차이가 있더라도 재단법인 설립허가를 받음으로써 법인으로 전환된 원고가 종전 비법인단체 명의로 되어 있던 부동산에 관한 등기를 자신 명의로 하기 위한 방편으로 한 토지 증여계약은 지방세법 제105조제1항 소정의 '부동산의 취득'에 해당하지 않는다"고 밝혔다. A 재단법인은 지난 2000년4월 문화관광부장관으로부터 재단법인 설립허가를 받아 설립등기를 한 후 비법인 단체시 소유하고 있던 토지를 새로운 법인명의로 등기하기 위해 형식적인 증여계약을 통해 소유권이전등기를 경료했는데, 이에 대해 용산구청이 '부동산 취득에 해당한다'며 취득세를 부과하자 소송을 냈었다.