교육부가 지급한 연구개발비 일부를 공동관리하며 연구실 운영비 등으로 사용했다는 이유로 해당 금액을 환수하거나 담당 교수를 학술지원대상자에서 제외한 것은 과도하다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 조희대 대법관)는 서울대 교수 A씨가 교육부장관을 상대로 낸 학술지원 대상자 선정 제외 처분 등 취소소송(2018두56237)에서 최근 원고패소 판결한 원심을 파기하고 원고승소 취지로 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 서울대는 2009년부터 교육부로부터 세계수준의 연구중심대학 육성(WCU) 사업 학술지원 대상자로 선정돼 한국연구재단에서 사업비를 지원받았다. 서울대 산학협력단은 A교수가 소속된 사업단 학생연구원에게 연구장학금을 지급했다. 그런데 학생인건비로 지급된 2억6000여만원 중 7000여만원은 공동관리계좌로 입금돼 연구실 운영비나 학술회 참가 항공권 구매 등 비용으로 사용됐다. 이에 교육부는 2016년 5월 학생인건비 부적정 집행을 이유로 학술진흥법에 따라 7000여만원의 사업비 환수처분과 함께 A교수에 대해 3년 간 학술지원 대상자 선정 제외 처분을 내렸다. 이에 반발한 A교수는 소송을 냈다. 재판에서는 공동관리계좌로 환입된 학생연구원 인건비를 연구실 공동운영경비로 사용한 것이 학술진흥법상 학술지원대상자선정 제외처분 사유인 '사업비를 용도 외에 사용한 경우'에 해당하는지 여부가 쟁점이 됐다. 재판부는 "환수처분 및 제외처분을 통해 얻게 될 공익보다 A교수가 입게 될 불이익이 지나치게 크다"며 "환수처분 및 제외처분은 비례의 원칙을 위반해 재량권을 일탈하거나 남용한 것으로서 위법하다"고 밝혔다. 이어 "공동관리된 돈은 대부분 형식적으로는 해당 사업 연구에 참여하지 않지만 실질적으로는 참여하고 있는 학생연구원의 인건비나 등록금, 회식비용, 소속 학생연구원들의 학술대회 참가비용, 연구실의 통상의 운영경비 등 연구실 소속 전체 학생들을 위해 사용됐다"며 "A교수는 이 돈을 개인적·자의적으로 운용하지 않았다"고 설명했다. 또 "공동관리계좌 운영은 학생인건비 공동관리를 금지하는 공익 목적을 침해하는 정도나 그 위법성의 정도가 높다고 보기 어렵다"고 덧붙였다. 앞서 1심은 "환수처분과 제외처분은 부당하다"며 A교수의 손을 들어줬다. 하지만 2심은 "공동관리계좌 운영기간이 4년으로 장기이고, 지급된 총 인건비에서 공동관리계좌 운영 금액이 차지하는 비율이 약 27%로 높아 비난가능성이 크다"며 "환수처분은 공익 목적 달성에 필요한 최소한이며, 제외처분 역시 정당하다"며 원고패소 판결했다.

로스쿨 입학생의 출신대학과 연령 등은 비공개대상 정보가 아니라는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 박양준 부장판사)는 사법시험 준비생 모임(사준모) 대표인 권민식씨가 경희대 총장을 상대로 낸 정보공개거부처분 취소소송(2019구합62598)에서 최근 원고승소 판결했다. 사준모는 전국 25개 로스쿨의 '2019년 입학생의 출신대학과 나이 현황'을 파악하려 했으나 해당 정보의 공개 여부는 교육부의 권고사항이어서 각 로스쿨이 자발적으로 공개하지 않는 이상 정보공개법에 의한 정보공개청구를 통해 확인해야 했다. 이 과정에서 경희대는 해당 정보가 공공기관의 정보공개에 관한 법률 제9조 1항 5호 및 7호에서 정한 비공개 대상 정보에 해당한다는 이유로 정보공개 거부 결정을 했고, 이에 반발한 사준모는 소송을 냈다. 정보공개법 제9조 1항 5호와 7호는 '감사·감독·검사·시험·규제·입찰계약·기술개발·인사관리에 관한 사항이나 의사결정 과정 또는 내부검토 과정에 있는 사항 등으로서 공개될 경우 업무의 공정한 수행이나 연구·개발에 현저한 지장을 초래한다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 정보'와 '법인·단체 또는 개인의 경영상·영업상 비밀에 관한 사항으로서 공개될 경우 법인 등의 정당한 이익을 현저히 해칠 우려가 있다고 인정되는 정보' 등은 비공개 대상 정보로 규정하고 있다. 재판부는 "경희대 로스쿨은 2009년부터 2018년까지 로스쿨 입학생들의 출신대학 현황 및 연령별 현황을 공개해왔다"며 "전국 25개 로스쿨 중 21개 로스쿨이 2019년 입학생들의 출신대학 현황을, 14개 로스쿨이 입학생들의 연령별 현황을 공개해 사준모 측은 이러한 정보를 통계로 정리해 외부에 배포한 사실을 인정할 수 있다"고 밝혔다. 이어 "이 사건 정보는 로스쿨 입학생들의 출신대학 현황과 연령별 현황에 대한 것일 뿐 구체적인 평가기준이나 점수가 반영돼 있는 것은 아니다"라며 "이미 결정된 입학생들의 출신대학과 연령별 현황을 공개한다 하더라도 경희대측이 시험이나 입학업무를 수행함에 있어서 지장을 초래할 가능성은 거의 없다"고 설명했다. 그러면서 "전국의 대다수 로스쿨이 그동안 이 같은 정보를 공개해 온 경위 등에 비춰보면 정보공개로 인해 시험업무의 공정한 수행에 현저한 지장을 초래한다거나 경희대의 정당한 이익을 현저히 해칠 우려가 있다고 볼 수 없다"고 판시했다.

"민중은 개·돼지와 같다"고 발언한 의혹으로 파면된 나향욱 전 교육부 정책기획관이 이를 보도한 언론사를 상대로 정정보도소송을 냈지만 결국 패소했다. 대법원 민사2부(주심 노정희 대법관)는 나 전 기획관이 경향신문을 상대로 낸 손해배상 및 정정보도 청구소송(2017다282704)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 나 전 기획관은 지난해 7월 기자들과 저녁 식사 도중 "민중은 개·돼지다", "신분제를 공고화해야 한다"는 등의 발언을 한 사실이 공개돼 논란에 휩싸였다가 파면됐다. 이후 나 전 기획관은 자신의 발언 내용이 담긴 기사 보도가 허위사실이라며 소송을 냈다. 1심은 "발언을 들었다는 기자들의 진술 외에도 법원에 제출된 녹음테이프를 토대로 당시 오간 대화 흐름을 보면 해당 발언이 허위라고 보기 어렵다"며 원고패소 판결했다. 2심도 "전반적 내용으로 보면 기사 내용이 진실에 부합하고, 당시 상황을 적절하게 보도한 것으로 보인다"며 "나 전 기획관 측의 반론이나 의견도 충분히 기사에 반영됐던 것으로 보인다"고 판단했다. 대법원도 원심 판단이 옳다고 봤다. 한편 나 전 기획관은 자신의 발언을 문제 삼아 파면 징계를 내린 교육부를 상대로 파면처분취소소송을 내 1,2심에서 승소했다. 이후 인사혁신처는 2018년 5월 나 전 기획관을 강등처분했고, 이에 불복한 나 전 기획관은 강등처분 취소소송을 냈다.

교수가 학생들에게 직접 지급해야 할 인건비를 공동관리했다는 이류로 대학에 대해 5300만원의 연구비를 환수처분한 것은 정당하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이성용 부장판사)는 A대학교와 교수 B씨가 교육부장관을 상대로 낸 연구비 환수 등 처분 취소소송(2018구합79964)에서 최근 원고패소 판결했다. A대학 교수였던 B씨는 2011년 교육부와 협약을 맺은 연구개발과제의 연구책임자로 참여해, 학생인건비 5300만원을 포함한 연구개발비를 받았다. 그런데 2018년 7월 교육부는 B교수가 해당 과제에 참여한 대학원생에게 지급된 학생인건비를 바로 지급하지 않고 공동관리했다는 이유로 A대학에 5300만원의 연구비 환수처분을 하고, B교수에 대해서는 5년 동안 연구참여 제한처분을 했다. 이에 반발한 A대학과 B씨는 지난해 10월 소송을 냈다. 재판부는 "구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정은 '학생연구원에게 지급되는 학생인건비는 연구책임자가 공동관리해서는 안 된다'고 규정하고 있다"며 "이 규정의 취지는 학생연구원에게 지급되는 인건비가 확실하게 학생연구원 본인에게 바로 귀속되게 해 그의 자유로운 처분의 대상이 되도록 하고 나아가 학생연구원의 생활을 보호하고자 함에 있다"고 밝혔다. 관리규정에 ‘금지’ 명문화 위반 땐 연구비 환수 가능 이어 "연구책임자가 학생연구원들이 지급받은 인건비 등을 전달받아 이를 연구개발과제의 수행을 위한 공금에 혼입하는 순간 그 자체로 용도 외 사용 상태에 놓인다"며 "사후적으로 인건비로서의 특정성이 상실된 공금에서 학생연구원들에 대한 인건비 등이 지급됐다고 하더라도 처음으로 돌아가 용도에 맞는 사용이 될 수 없으므로 B씨가 인건비를 공동관리한 행위는 그 자체로 용도 외 사용에 해당한다"고 설명했다. 그러면서 "설령 B씨가 학생연구원들에게 지급됐다고 주장하는 3600여만원을 용도대로 사용된 것으로 보더라도 나머지 금액은 여전히 용도 외 사용에 해당하므로 사업비 환수금액이 반드시 나머지 금액으로 한정돼야 하는 것은 아니다"라며 "이 사건 처분은 학생인건비를 공동관리하는 방법으로 사업비를 용도 외로 사용하는 것에 대해 제재를 가해 향후 국가연구개발사업을 수행하는 연구책임자가 사업비를 지급된 목적과 용도에 맞게 사용되도록 하는 데에 적절한 수단인 것으로 보인다"고 판시했다.

장학사로 근무하던 시절 일선 교사로부터 50만원 상당의 수표를 받은 지 12일만에 돌려줘 견책처분을 받은 교감을 교육감이 교장승진 대상에서 제외한 것은 정당하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정13부(재판장 장낙원 부장판사)는 서울시내 고등학교 교감으로 일하고 있는 A씨가 교육부를 상대로 낸 교장임용승진 제외처분 취소소송(2018구합74495)에서 최근 원고패소 판결했다. 1990년 교사생활을 시작한 A씨는 2009년 서울시교육청 장학사로 근무하던 중 견책처분을 받았다. A씨는 2017년 3월 서울시교육청 중등학교 교장 승진후보자 명부에 32위로 등재됐으나, 서울시 교육감은 2018년 1월 58명을 교장임용 제청대상자로 보아 교육부에 임용 제청 관련 서류를 제출하면서 A씨를 제외했다. A씨는 이에 반발해 지난해 8월 소송을 제기했다. 재판부는 "A씨는 장학사로 근무하면서 일선 고교의 체육교사로부터 사적인 선물을 받았고 그 안에 포함돼 있던 50만원 상당의 수표 5장을 뒤늦게 인지했음에도 12일이 지난 뒤에 반환했다"며 "이로 인해 A씨가 받은 징계처분이 견책에 그쳤다고 하더라도 교장승진임용에 적합한 능력과 자질을 갖추고 있는지에 관한 심사와 평가에 있어 그러한 행위가 사회통념상 결코 가벼운 비위라고 할 수는 없다"고 밝혔다. 그러면서 "교장은 교무를 통할하고 소속 교직원을 지도·감독하며 학생을 교육할 임무를 지니므로 일반 교직원보다 더 높은 수준의 윤리성·도덕성이 요구된다"며 "A씨를 '교장에게 요구되는 수준의 윤리성·도덕성을 갖추지 못한 자'로 판단해 승진임용에서 제외한 것을 두고 사회통념상 합리성을 갖추지 못한 결정이라고 보기는 어렵다"고 설명했다. 이어 "시대의 변화에 따라 우리 사회가 교장에게 요구하는 자질과 도덕성의 수준이 높아지면 교장승진임용 후보자의 요건 역시 강화될 수밖에 없다"며 "과거에는 견책처분과 같은 징계전력이 크게 문제되지 않았다고 해도 달리 볼 것은 아니다"라고 판시했다.

이른바 '교과서 파동'으로 불렸던 2014년 교육부의 교과서 가격 인하 명령을 둘러싸고 벌어진 교육부와 출판사들간 분쟁에서 서울고법이 1심을 뒤집고 출판사의 손을 들어줬다. 서울고법 행정7부(재판장 노태악 부장판사)는 교학사와 금성출판사 등 5개 출판사가 교육부장관과 각 시·도 교육감 7명을 상대로 낸 가격조정명령처분 취소소송(2015누35859)에서 최근 원고승소 판결했다. 앞서 1심은 일부 출판사들에 대해서만 가격조정명령 처분을 취소했는데, 2심은 모든 출판사에 대한 명령을 취소했다. 재판부는 "교육부장관이 출판사에게 가격조정명령을 하기 위해서는 해당 교과용 도서가 교과용도서규정에서 정하는 가격조정사유에 해당하는 것은 물론, 그로 인해 '가격이 부당하게 결정될 우려'가 별도로 인정돼야 한다"고 밝혔다. 이어 "가격이 부당하게 결정될 우려가 있는지 여부는 출판사의 과다한 이득과 이로 인한 수요자의 경제적 부담 증가 등을 종합적으로 고려해 판단해야한다"며 "이 사건에서 항상 출판사가 과다한 이득을 얻는다거나 그로 인해 수요자의 경제적 증가한다고 단정하기 어렵다"고 설명했다. 서울고법 출판사 승소 판결 그러면서 "교과서의 가격상승률이 소비자물가상승률에 비해 훨씬 높다는 점 등만으로는 교과서의 가격이 사회통념상 용인할 수 없을 정도로 높게 결정됐다고 인정하기 부족하다"며 "이번 사건은 '교과서의 가격이 부당하게 결정될 우려가 있는 경우'에 해당한다고 볼 수 없어, 1심을 취소하고 교육부의 가격조정명령을 취소한다"고 판시했다. 2014년 각 출판사는 가격협상에서 전년도보다 교과서 가격을 73% 인상안을 내놓았다. 교육부는 이를 타당하지 않다고 판단해 검정교과서 175개 중 171개에 대해 가격 인하 명령을 내렸다. 출판사들은 이에 반발해 2015년 소송를 제기했다. 앞서 1심은 "교육부가 (가격을 낮추라는) 처분을 내리기 전 출판사 단체 및 출판사 대표들과 3차에 걸쳐 심의회를 열어 조정권고가격 산정 기준 등을 설명하고 의견을 듣는 등의 절차를 거쳤다"며 "교육부가 이유 제시 의무를 위반하는 등 절차적 위법성이 있다는 출판사들의 주장은 이유 없다"며 교육부의 손을 들어줬다. 다만 지방교육청에서 가격 인하 명령을 받은 금성출판사 등의 일부 교과서에 대해서만 "가격조정명령과 관련한 어떤 협의도 없었으므로 절차상 하자가 인정된다"며 원고일부승소 판결했다.

대학 설립 인가 과정에서 교육부가 입법예고를 거치지 않은 부칙에 근거해 내린 대학 설립 인가 거부 처분은 무효라는 판결이 나왔다. 서울고법 행정10부(재판장 한창훈 부장판사)는 학교법인 분진학원이 교육부를 상대로 낸 서인천대학 설립인가 거부처분 취소소송(2018누71863)에서 최근 원고승소 판결했다. 분진학원은 2016년 교육부에 서인천대학 설립인가 신청을 냈다. 그러나 교육부는 "대학설립·운영규정이 2015년 7월 대통령령 제26430호로 개정되면서 수익용 기본재산 확보기준이 변경돼 수익용 기본재산을 추가 확보해야 하는데도 이를 확보하지 못했다"며 거부했다. 이에 반발한 분진학원은 2017년 교육부를 상대로 소송을 냈다. 개정규정 적용 범위는 학교법인에 직접적인 영향 재판부는 "교육부는 2014년 2월 대학설립·운영 규정 일부개정령안을 입법예고 한 뒤 2015년 7월 개정했다"며 "그런데 수익용 기본재산의 기준 변경에 관한 경과규정인 부칙 제2조가 입법예고 된 개정안 부칙 제3조와 다른 내용으로 변경됐는데도 교육부는 입법예고 절차를 거치지 않았다"고 밝혔다. 2014년 교육부가 입법예고한 대학설립·운영규정 개정령안 부칙 제3조는 개정 규정 시행 당시 이미 설립돼 있는 '학교법인'의 수익용 기본재산에 대해서만 종전의 △대학 100억원 △전문대학 70억원 △대학원 대학 40억원의 기준을 적용하도록 했다. 그러나 2015년 실제 개정된 규정 부칙은 제3조를 삭제하고 제2조로 개정해, 개정 규정 시행 전에 설립돼 있는 '대학'의 경우 및 개정 규정 시행 전에 '대학' 설립 인가를 신청한 경우의 수익용 기본재산에 대해서만 종전의 낮은 수익용 기본재산 최소기준 규정을 적용하도록 했다. 이에 따라 2016년 설립 인가를 신청한 분진학원은 입법예고안에 따르면 종전의 낮은 규정이 적용되지만, 실제 개정 부칙에 따라 상향된 기준이 적용됐다. 입법예고 없이 중요사항 변경은 행정절차법 위반 재판부는 "개정 부칙의 변경은 대학설립의 인가기준인 수익용 기본재산의 최저기준을 상향 조정한 개정 규정 제7조의 적용 범위를 확대했다"며 "개정안 부칙은 입법예고 이후 단순한 표현·자구를 변경하는 수준을 넘어 그 내용이 실질적으로 변경된 것"이라고 했다. 이어 "개정 규정의 적용 범위 문제는 학교법인의 수익용 기본 재산 확보의무와 대학설립인가 여부 등에 직접적인 영향을 미치는 것으로서 학교법인으로서는 매우 중대한 이해관계를 지닌다"며 "개정안 부칙 제3조에 대한 입법예고 후 예고내용에 국민의 권리·의무에 직접 관련되는 내용이 추가되는 등 중요한 변경이 발생했는데도 교육부는 (추가) 입법예고를 하지 않았으므로 행정절차법 규정에 위반돼 무효"라고 설명했다. 그러면서 "무효인 개정 규정과 부칙에 근거해 이뤄진 대학 설립인가 거부처분은 취소돼야 한다"고 판시했다.

서울대학교 법인화에 반대해 법인에 소속되기를 거부한 교수를 교육부가 면직 처분한 것은 부당하다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 민유숙 대법관)는 전직 서울대 부교수 A씨가 교육부 장관을 상대로 낸 교원소청심사위원회 결정 취소소송(2019두33064)에서 최근 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 서울대는 2011년 법인으로 전환하면서 소속 교원들에게 공무원에서 퇴직하고 서울대 교원으로 임용되기를 희망하는지 문의했다. 희망하지 않을 경우 5년간 교육부 소속 공무원 신분이 된다는 점도 알렸다. A교수는 그해 12월 법인 임용을 희망하지 않는다고 밝혔고, 그는 교육부 소속으로 남아 서울대에 파견 근무를 했다. 하지만 교육부는 5년 뒤인 2016년 12월 A씨를 직권 면직 처분했고, 이에 반발한 A씨는 소송을 냈다. 1심은 "교육부의 직권면직처분을 제한할 어떠한 법적 근거도 존재하지 않는다"며 교육부의 손을 들어줬다. 하지만 2심은 "교육부는 서울대 내 다른 학과나 다른 국립대 또는 교육부 내 전환배치나 전직발령을 통해 면직회피 가능성이 있는지 검토할 의무를 게을리했다"며 "교육부 처분은 재량권을 일탈·남용해 위법하다"고 A씨에게 승소 판결했다. 대법원도 항소심 판단이 옳다며 A교수에 대한 직권면직 처분을 취소하라고 판시했다.

교육부의 교과서 가격조정명령은 최소한에 그쳐야 한다는 판결이 나왔다. 교과서 가격이 사회통념에 비춰 부당하게 높게 책정됐다는 점을 교육부가 입증하지 못하면 가격조정명령을 내릴 수 없다는 취지다. 서울고법 행정6부(재판장 박형남 부장판사)는 교과서 출판사 A사가 교육부장관을 상대로 낸 가격조정명령 취소소송(2016누34167)에서 최근 1심과 같이 원고승소 판결했다. A사는 2014년 한국사 교과용도서를 출판하면서 희망가격을 1권당 1만3800원으로 정했다. 이에 교육부는 A사에 교과서 가격을 1권당 5860원으로 인하할 것을 명령했다. 교과용도서에 관한 규정 제33조 2항 제3호는 '교과서 예상 발행부수보다 실제 발행부수가 1000부 이상 많은 경우, 가격이 부당하게 결정될 우려가 있으면 심의회를 거쳐 가격 조정을 명할 수 있다'고 규정하고 있다. A사는 이의신청을 냈지만 받아들여지지 않았고, 행정심판을 냈지만 역시 기각됐다. 이에 A사는 "교육부가 교과서 가격이 부당하게 결정될 우려가 있는지 판단하지 않은 채 가격조정명령을 내린 것은 위법"이라며 소송을 냈다. 재판부는 "교육부가 검정교과서에 대한 가격조정명령을 하려면 해당 교과서가 '예상 발행부수보다 실제 발행부수가 1000부 이상 많다'는 사정과 더불어 '그로인해 해당 교과서의 가격이 부당하게 결정될 우려가 있음'이 인정돼야 한다"고 밝혔다. 서울고법, 출판사 승소 판결 이어 "교과서 가격 자율화 제도의 보완책으로 '가격조정명령 제도'를 도입한 것은 비록 고등학교 검정 교과서가 공공재적 특성을 지닌다 해도 교과서 가격 결정에 대한 국가의 개입 정도를 최소한에 그치게 하려는 것"이라며 "가격조정명령은 국가·지방자치단체의 재정이나 학부모 부담 증가 등을 고려해 시장의 기능을 합리적으로 보완하기 위함"이라고 설명했다. 그러면서 "검정 교과서 가격이 부당하게 결정될 우려가 있다고 인정되기 위해선 단순히 해당 교과서 가격상승률이 물가상승률에 비해 높다는 등 사정만으로는 부족하고 경제상황과 국민소득, 유사 품목의 물가 등을 종합적으로 고려해야 한다"며 "교육부는 사회통념상 용인할 수 없을 정도로 교과서 가격이 과도하게 높게 결정됐다는 사정이 있어야 가격조정명령을 할 수 있고, 그 사정은 교육부가 직접 증명해야 한다"고 판시했다.

대학교수의 박사학위 논문 표절 판정 과정에서 조사위원이 누군지 알 수 없도록 해 피조사자가 '이해관계 있는 조사위원 기피신청권'을 박탈당했다면 그 조사결과를 근거로 재임용 탈락 처분을 해서는 안 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정1부(재판장 김용철 부장판사)는 모 대학교를 운영하는 A학원이 교원소청심사위원회를 상대로 낸 재임용 탈락 처분 취소결정 취소소송(2018구합63969)에서 최근 원고패소 판결했다. A학원이 설립·운영하는 대학교에 근무하던 B교수는 2004년 논문을 제출해 박사학위를 받았다. 하지만 2015년 교육부와 소속 대학에 B교수의 박사학위 논문에 대한 표절 조사를 요청하는 민원이 들어왔다. A학원은 그해 10월 '연구윤리진실성 위원회 운영규정'에 따라 예비조사위원회를 구성해 표절 여부를 조사했고, 'B교수의 논문은 표절 부정행위 처벌 대상이 아니다'라는 1차 판정을 내렸다. 이후 2016년 B교수의 박사학위 논문 표절 조사 민원이 또 다시 제기되자 A학원은 재차 조사에 나섰는데, 이때는 '논문 중 10쪽 이상을 그대로 옮겨 써 표절에 해당된다'고 판정했다. 이에 따라 대학 측은 B교수의 박사학위 취소 의결과 함께 재임용 거부 처분을 내렸다. 이에 B교수는 '박사학위수여 취소 무효확인소송'을 냈고 법원은 절차상 하자를 이유로 승소판결을 내렸는데, 이 판결은 그대로 확정됐다. 교원소청심사위는 판결에 따라 A학원에 B교수 재임용 거부처분을 취소하라고 결정했다. 하지만 A학원은 "절차상 하자는 없다"며 "설령 하자가 있다하더라도 논문은 표절이 명백하다"며 소송을 냈다. 서울행정법원, 대학 패소 판결 재판부는 "A학원이 설립한 대학의 운영규정에 따르면 '연구부정행위 조사위원회는 조사 사안과 이해갈등 관계가 있는 자를 위원회에 포함시키지 않는다. 본조사 착수 이전에 제보자에 조사위원 명단을 알려야 하며 피조사자가 기피에 관한 정당한 이유를 제시할 경우 수용해야 한다'고 규정하고 있다"며 "A학원은 B교수의 요구에도 (조사위원) 명단을 공개하지 않았고, 본조사위원회에 출석해 진술할 기회마저 제공하지 않아 조사위원이 누군지 알 수 없도록 했다"고 지적했다. 이어 "A학원은 논문 표절 판정을 하면서 B교수의 기피신청권을 본질적으로 침해했고, 이는 중대한 절차상 하자에 해당돼 치유할 수 없는 정도"라고 설명했다. 그러면서 "과거 운영규정은 논문 표절에 관한 시효기간을 5년으로 두고 있었기 때문에 대학의 조사권은 2009년 이미 소멸했다"며 "실제 A학원은 B교수의 박사학위 논문 표절 여부 1차 조사에서 시효기간 도과를 이유로 처벌대상이 아니라는 취지로 발표했음에도, 이후 운영규정을 개정해 검증시효기간을 삭제하고, 논문 표절 여부를 재조사한 후 B교수의 박사학위 수여를 취소하는 등 신의성실의 원칙에 어긋나는 처분을 했다"고 판시했다.