중소기업이 결손금 소급공제를 받았지만 이후 소급공제 대상이 아니라는 이유로 다시 반환하도록 규정하면서 법 시행 이전에 받은 소급공제도 반환하도록 한 법인세법 부칙은 위헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. A사는 2003년 7월 수원시 팔달구의 한 오피스텔 건물을 신축해 분양했고, 2007년 사업연도에 32억원이 넘는 결손이 발생했다. A사는 건설업을 주된 사업으로 하는 법인이라며 2008년 6월 법인세법 제72조1항 결손금 소급공제에 의한 환급을 신청해 수원세무서로부터 4억300만여원을 환급받았다. 하지만 수원세무서는 2009년 11월 A사가 건설업이 아닌 부동산 공급업을 주된 사업으로 하는 기업이라며 결손금 소급공제 대상인 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 A사가 환급받은 법인세액에 이자를 가산한 4억6700여만원을 징수하는 처분을 했다. A사는 수원지법에 징수처분 취소소송을 냈지만 패소했고, 항소심에서 위헌법률심판제청을 신청했지만 기각되자 2012년 3월 헌법소원을 냈다. A사는 결손금 소급공제에 의한 환급 규정을 법 시행 후 최초로 환급세액을 징수하는 분부터 적용하도록 한 법인세법 부칙 제9조가 위헌이라고 주장했다. 헌재는 24일 A사가 법인세법 부칙 제9조는 위헌이라며 낸 헌법소원사건(2012헌바105)에서 재판관 전원일치 의견으로 위헌 결정했다. 재판부는 "부칙은 개정 후 법인세법 시행 이전에 결손금 소급공제 대상이 아닌데도 법인세를 환급받은 법인에도 개정조항을 적용할 수 있도록 규정하고 있다"며 "이미 종결한 과세요건사실에 소급해 적용할 수 있도록 하는 것이어서 헌법에서 원칙적으로 금지하는 진정소급입법에 해당한다"고 밝혔다. 또 "법인세를 부당 환급받은 법인은 소급입법을 통해 이자를 포함한 조세채무를 부담할 것이라고 예상할 수 없었고, 환급세액과 이자상당액을 법인세로서 납부하지 않을 것이라는 신뢰는 보호할 필요가 있다"며 "진정소급입법을 허용할 수 있는 사정이 없어 소급입법 과세금지 원칙에 위반된다"고 지적했다.

로펌이 "등기부에는 구성원 변호사로 돼 있지만 사실은 고용변호사이므로 변호사 급여를 법인세 손금에 산입해 세금을 깎아 달라"는 소송을 냈으나 패소했다. 서울고법 행정8부(재판장 장석조 부장판사)는 최근 H법무법인이 서초세무서를 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송 항소심(2013누19600)에서 원고패소 판결했다. H법무법인은 재판에서 "법인등기부상 노무 출자 구성원인 장모 변호사 등 6명은 법무법인 구성요건 충족을 위해 부득이 형식상 구성원으로 등재한 것일뿐 실질적으로 근로계약을 체결하고 고용된 변호사"라고 주장했으나 받아들여지지 않았다. 재판부는 "장 변호사 등이 짧은 기간 H로펌에 근무하며 급여를 받긴 했지만, 고용계약을 체결했는지, 로펌에서 일하게 된 경위가 어떻게 되는지, 업무 내용이 무엇인지 등을 알 수 있는 아무런 자료가 없어 고용변호사로 인정하기 어렵다"고 지적했다. 2009년 설립된 H로펌은 법인 등기부에 등기된 노무 출자 구성원인 신모, 이모 변호사 등 9명에게 급여 3억8500만원을 지급하고 이를 손금으로 계산해 법인세를 신고했다. 서초세무서는 법인세법 시행령 제43조에 따라 노무 출자 사원에게 지급하는 보수는 상여로 손금이 아니라고 판단해 2011년 11월 법인세 7300여만원을 부과했다. 또 신 변호사 등에게는 법무법인으로부터 이익 배당을 받은 것으로 보고 3억8500여만원의 소득금액변동통지를 했다. 법인이 세금을 내지 않자 서초세무서는 신 변호사 등에게 구성원 변호사로서 법무법인의 세금을 연대책임 지라며 법인세에 가산금까지 7600만원을 내라고 통지했다. H법무법인은 "신 변호사 등은 실제로는 고용변호사"라며 지난해 소송을 냈다. 1심은 "법무법인 등기부에 형식상 구성원으로 등기돼 있어도 실질적으로 급여를 받는 고용변호사에 불과하다면, 법무법인은 변호사 급여를 법인세 손금에 산입해야 한다"며 "법인의 무한책임 사원에게 2차 납세의무를 부과하기 위해서는 실질적인 무한책임사원으로 법인의 운영에 관여할 수 있는 위치에 있어야 하고 형식상 등기부에 무한책임사원으로 등재된 것만으로는 안 된다"고 판시했다. 이에 따라 재판부는 H법인이 고용변호사라고 주장한 9명 중 신모, 최모 변호사만 실제 담당한 업무와 채용 경위 등을 감안해 고용변호사로 인정했고, 서초세무서는 법원의 판단에 따라 법인세경정처분을 하고 차액을 환급했다. 그러자 H법무법인은 나머지도 고용변호사이므로 법인세를 깎아달라며 항소했다.

삼성생명이 삼성증권 등 다른 계열사들의 배당금에 대한 69억8800여만원 상당의 법인세 과세 혜택을 받기 위해 소송을 냈지만 패소했다. 서울행정법원 행정3부(재판장 김병수 부장판사)는 최근 삼성생명이 서울 남대문세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2013구합59842)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "일반 내국법인인 삼성생명에 대해서는 옛 법인세법 제18조의2 1항 4호 단서가 준용되지 않는다"며 "준용된다고 해도 배당금을 지급한 회사가 금융지주회사의 자회사여야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "삼성생명 주장처럼 기관 투자자에 해당하기만 하면 금융지주회사의 자회사가 아닌 모든 내국법인이 지급한 배당에 대해서도 혜택을 적용하게 돼 법령 해석의 한계를 넘게 된다"고 지적했다. 2008년 개정되기 전 법인세법은 자회사로부터 배당금을 받으면 그 일부를 법인세 과세 대상에서 제외하되 자회사가 다른 계열사에 재출자한 경우 이같은 혜택을 보지 못하도록 했다. 다만 해당 자회사가 기관 투자자인 경우 재출자에 따른 불이익을 모회사가 당하지 않도록 하는 단서(제18조의2 1항 4호 단서)를 붙였다. 삼성증권, 삼성화재, 삼성카드, 삼성자산운용 등의 주식을 각각 보유한 삼성생명은 2007∼2008년 이들 회사로부터 총 1천148억7500여만원에 달하는 배당금을 지급받았다. 삼성생명은 삼성증권 등이 기관 투자자로서 다른 계열사에 재출자한 점을 내세워 법인세 과세 혜택을 보려 했으나 실패하자 소송을 냈다.

사업상 정당한 사유로 매매대금이나 용역대금이 감액됐다면 감액 부분에 대해 법인세를 부과해서는 안 된다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 김용덕 대법관)는 최근 LSF-KDIC사가 역삼세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송 상고심(2011두1245)에서 원고패소판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세법은 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 권리확정주의를 채택하고 있는데, 이러한 권리확정주의는 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와 시간 간격이 있는 경우에는 권리가 확정적으로 발생한 때 소득이 있는 것으로 보고 해당 사업연도의 소득을 산정하는 방식"이라며 "실질적으로는 불확실한 소득에 대해 장래 그것이 실현될 것을 전제로 미리 과세하는 것을 허용하는 것을 말한다"고 밝혔다. 재판부는 "소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생해 일단 납세의무가 성립했다고 하더라도 일정한 후발적 사유 때문에 소득이 실현되지 않은 것으로 확정됐다면, 당초 성립했던 납세의무는 그 전제를 상실해 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 봐야 한다"고 덧붙였다. 재판부는 "여기서 말하는 후발적 사유에는 사업상 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우도 포함되는 것이 타당하므로, 특별한 사정이 없는 한 그 감액분을 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함해 법인세를 과세할 수는 없다"고 설명했다. LSF-KDIC사는 해밀컨설팅그룹과 부산 사상구에 위치한 종합화물터미널 부지를 매도하는 계약을 체결했다. 계약상에는 'LSF-KDIC사가 2005년 5월 30일까지 용도변경을 추진하되, 용도변경이 안 되는 경우에는 해밀이 계약을 해제하거나 환매를 요청할 수 있다'는 조건이 들어갔다. LSF-KDIC는 3차 매매계약에서 용도변경이 이뤄지는 게 불가능하다고 보고 매매대금을 1100억원에서 1030억원으로 70억원을 감액하는 조건을 제시했고, 해밀은 이를 받아들여 감액분 70억원을 반환받았다. 그러나 이 부분이 반영되지 않은 채 법인세가 과세되자 LSF-KDIC는 "부지매매대금을 감액하기로 한 것은 매매계약 해제 등으로 인한 불이익을 피하기 위한 것으로, 사업상 정당한 사유가 있는데도 이 부분에 대해 법인세가 부과된 것은 위법하다"며 소송을 냈으나, 1·2심은 원고패소판결했다.

도시개발사업 시행사가 사업을 방해하겠다는 조합장의 협박에 못 이겨 지급한 금품도 손비에 해당한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정3부(재판장 심준보 부장판사)는 지난달 21일 ㈜드림리츠가 역삼세무서를 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2013구합7544)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "조합장이 직무 수행을 거부하고 실력행사를 하거나 집단민원을 낼 경우 사업 진행에 지장이 생길 수 있다"며 "드림리츠가 조합장에게 지급한 40억원은 업무와 관련된 것으로 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로서 법인세법이 정한 손비에 해당한다"고 밝혔다. 또 "드림리츠는 범죄의 피해자로 사업의 계속 추진을 위해 어쩔 수 없이 40억원을 지급한 것이므로 그 지급이 사회질서에 심히 반한다고 볼 수 없다"고 덧붙였다. 드림리츠는 부동산개발사업과 아파트 분양업을 하는 회사로 고양시 일산서구 덕이동 도시개발사업 시행사를 맡았다. 드림리츠는 사업 시행자인 도시개발사업조합의 조합장으로부터 40억원을 주지 않으면 사업을 방해하겠다는 협박을 받고 조합장에게 40억원을 지급하고 손비로 처리했다. 역삼세무서는 40억원은 사업과 관련해 일반적으로 인정되는 비용으로 볼 수 없다며 손비로 인정하지 않고 법인세 68억여원을 부과했다. 드림리츠는 지난 3월 소송을 냈다.

국내회사가 외국회사를 통해 국내 다른 회사의 주식을 사들인 경우, 외국회사가 법인으로서의 실질을 갖추고 있다면 주식 양도로 인한 법인세 납부 주체는 외국회사가 돼야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 행정2부(주심 김용덕 대법관)는 11일 AIG해외법인을 통해 국내회사 주식을 매입한 ㈜케이티(소송대리인 법무법인 세종)가 "법인세 231억원을 취소해달라"며 성남세무서를 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송 상고심(☞ 2011두4411)에서 원고일부승소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "외국의 단체가 소득세법이나 법인세법에서 규정한 국내원천소득을 얻어 이를 구성원들에게 분배하는 영리단체에 해당하는 경우 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있다면 그 단체를 납세의무자로 정하고, 만약 외국법인으로 볼 수 없다면 단체의 구성원들을 납세의무자로 정하고 세금을 징수해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "AIG모펀드는 미국 등지의 투자자들로부터 모집된 자금으로 AIG라부안 법인을 통해 주식을 취득해 보유하다가 양도하는 등의 고유한 사업활동을 하면서 KT의 주식매입자금의 실질적인 공급처 역할을 했고, AIG모펀드는 KT 주식 투자거래 외에도 아시아지역에서 다수의 투자거래를 수행해온 사실을 종합하면 AIG모펀드는 오로지 조세를 회피할 목적으로 설립된 것으로 볼 수 없다"고 설명했다. 재판부는 "원심은 AIG모펀드를 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있는지를 심리해 양도소득의 납세의무자를 정했어야 했는데도 KT를 납세의무자로 단정한 것은 법리를 오해한 위법이 있다"고 지적했다.

변호사가 법무법인의 등기부에 구성원으로 등기돼 있어도 실제로는 급여를 받는 고용 변호사에 불과하다면 법무법인은 변호사 급여를 법인세 손금에 산입할 수 있다는 판결이 나왔다. 2009년 설립된 H법무법인은 법인 등기부에 등기된 노무출자 구성원인 신모, 이모 변호사 등 9명에게 급여 3억8500만원을 지급하고 이를 손금으로 계상해 법인세를 신고했다. 서초세무서는 법인세법 시행령 제43조에 따라 노무 출자 사원에게 지급하는 보수는 상여로 손금이 아니라고 판단해 2011년 11월 법인세 7300여만원을 부과했다. 또 신 변호사 등에게는 법무법인으로부터 이익 배당을 받은 것으로 보고 3억8500여만원의 소득금액변동통지를 했다. H법무법인이 세금을 내지 않자 서초세무서는 신 변호사 등에게 구성원 변호사로서 법무법인의 세금을 연대책임 지라며 법인세에 가산금까지 7600만원을 내라고 통지했다. H법무법인은 "신 변호사 등은 법무법인 설립 구성요건을 맞추기 위해 형식상 구성원으로 등기한 것이고 실제로는 고용변호사"라며 지난해 7월 소송을 냈다. 이어 신 변호사와 이 변호사도 "실제 고용변호사기 때문에 법무법인의 세금에 대해 연대책임을 지지 않는다"며 같은해 9월 소송을 냈다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김경란 부장판사)는 지난 13일 H법무법인과 신 변호사, 이 변호사가 서초세무서를 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2012구합23815)등에서 원고일부승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "등기부에 형식상 구성원으로 등기돼 있어도 실질적으로 급여를 받는 고용변호사에 불과하다면, 급여를 법인세 손금에 산입해야 한다"고 밝혔다. 또 "법인의 무한책임 사원에게 2차 납세의무를 부과하기 위해서는 실질적인 무한책임사원으로 법인의 운영에 관여할 수 있는 위치에 있어야 하고 형식상 등기부에 무한책임사원으로 등재된 것만으로는 안 된다"며 "신 변호사는 2010년 법률신문에 게재된 공증변호사 초빙 공고를 보고 연락해 연봉 6000만원에 채용됐고 법인의 운영에는 관여하지 않아 고용 변호사로 인정된다"고 판단했다. 반면 이 변호사에 대해서는 "4개월간 급여 2200여만원을 받았고 어떤 업무를 맡았는지 알 수 있는 자료가 없어 고용변호사로 인정하기 어렵다"고 판단했다.

김승연(61) 한화그룹 회장의 누나 김영혜(65)씨가 과세당국을 상대로 낸 300억원대의 소송에서 사실상 패소했다. 서울행정법원 행정4부(재판장 최주영 부장판사)는 지난 7일 김씨가 "과다 청구된 세금 306억여원을 취소해 달라"며 서울 성북세무서를 상대로 낸 경정청구 거부처분 취소소송(2012구합25033)에서 "초과 납부한 18억여원만 취소한다"며 원고일부패소 판결했다. 김씨는 2009년 동생 김 회장이 이끄는 한화그룹에 자신이 소유한 제일화재 주식 630만여주를 1만9000원에 처분한 뒤 종합소득세 306억여원을 납부했다. 법인세법에는 법인이 특수관계자와 시가보다 높은 가격으로 거래해 조세 부담을 부당하게 낮추면, 거래로 이득을 본 상대에게 소득세 등 추가 납세의무를 부과하고 있다. 과세당국은 김씨가 한국거래소의 최종시세가액인 주당 5490원보다 고가로 주식을 매매한 것으로 보고 종합소득세 306억여원을 부과했다. 김씨는 "세금을 과다납부했다"며 경정청구를 신청했지만 거부되자 지난해 7월 소송을 냈다. 김씨 측은 "당시 경쟁사인 메리츠화재 보험이 더 높은 가격을 제시하며 경영권 양도를 요구한 상황에서 동생이 그룹 회장인 점을 고려해 더 낮은 가격을 제시한 한화그룹에 주식을 판매했기 때문에 한화그룹 입장에서는 합리적인 거래였다"고 주장했다. 하지만 재판부는 "제일화재 주식매매가 경영권 양도를 전제로 이뤄졌다고 하더라도 주가가 시가의 3배에 이르는 것은 비정상적인 거래"라며 "종합소득세 306억여원을 취소해달라는 김씨의 주장은 받아들일 수 없다"고 밝혔다.

금융기관이 기업에 대출한 금액을 출자해 주식으로 전환할 때 법인세가 면제되는 주식발행 액면 초과액(발행가액-액면가액)의 범위를 제한한 법인세법 시행령은 무효라는 대법원 판결이 나왔다. 법인세법 제17조는 주식발행 액면초과액은 법인의 사업연도 소득산정시 익금에 산입하지 않도록 하고 있지만, 같은 법 시행령 제15조는 출자전환으로 주식을 발행하는 경우 주식의 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하인 경우에는 시가에서 액면가액을 차감한 금액만 액면초과액으로 하고 있다. 대법원 전원합의체(주심 박보영 대법관)는 22일 (주)쌍용양회공업이 남대문세무서를 상대로 낸 법인세경정청구거부처분 취소소송 상고심(☞ 2010두17564)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "법인세법 제17조에서 말하는 '주식발행 액면초과액'이란 문언상 액면 이상의 주식을 발행한 경우 그 액면을 초과한 금액, 즉 주주가 납입한 주식의 인수가액에서 액면가액을 뺀 금액을 의미한다"고 밝혔다. 재판부는 "2003년 대통령령으로 개정된 법인세법 시행령 제15조 제1항은 법인세법 제17조 제1호가 규정한 주식발행액면초과액의 범위에서 주주가 납입한 주식의 인수가액과 시가의 차액에 상당하는 금액 부분을 제외해 결과적으로 법인세의 과세 대상이 되는 수익의 범위를 확장하고 있다"며 "시행령 조항이 납세자에게 불리한 방향으로 법인세의 과세대상을 확장하는 것은 법인세법 제17조 제1호의 규정과 부합하지 않을 뿐만 아니라 위임한 모법의 규정을 찾아볼 수 없으므로 조세법률주의의 원칙에 반해 무효"라고 설명했다. 쌍용양회는 2001년 채권금융기관과 채무를 출자전환하는 경영정상화 계약을 체결했다. 당시 쌍용양회의 주식 1주의 액면가액은 5000원이었고, 금융기관의 인수가액은 4만원이었다. 쌍용양회는 1주당 3만5000원을 법인세가 면제되는 '액면 초과액'으로 계산해 법인세를 납부했으나, 남대문세무서는 "시행령에 따라 1주당 인수가액인 4만원에서 시가 1만5800원을 뺀 2만4200원은 실질상 채무면제액으로 액면초과액으로 볼 수 없다"며 7800억여원을 법인세가 부과되는 이익금에 산입했다.

동아제약이 보고투자개발 유상증자 참여해 실권주를 고가에 인수했다가 납부하게 된 37억7800여만원의 법인세를 돌려받게 됐다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난달 26일 동아제약(소송대리 소순무 변호사)이 동대문세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송 항소심(2012누5451)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 "실권주의 고가 인수에서 경제적 이익의 분여는 실권주 인수자와 실권 주주 사이에 생기고 실권주를 발행한 법인은 당사자가 될 수 없다"며 "실권주 발행법인인 보고투자개발에 이익을 분여한 것으로 보고 구 법인세법 시행령 제88조1항 제1호를 적용한 과세처분은 위법하다"고 밝혔다. 재판부는 "법인이 실권주를 평가액보다 높게 발행한다고 해서 실권주 인수인인 주주와의 관계에서 이익이 발생하지 않는다"며 "실권주 발행법인으로서는 그 발행시점에 무상으로 인수가액을 출연받았다가 청산 시 남아 있는 자기자본을 지분비율대로 돌려주면 그만이기 때문에, 그 과정에서 법인에 차익이 생길 수가 없다"고 설명했다. 동아제약은 2003년 지분의 53.4%를 보유하고 있던 보고투자개발이 동원상호저축은행으로부터 대출받은 채무에 대해 180억원 한도로 지급보증을 했다. 자본잠식 상태였던 보고투자개발은 2004년에 300만주를 유상증자했고, 동아제약은 다른 주주들이 인수를 포기한 실권주 139만주를 포함해 모든 유상증자 주식을 인수하고 150억원을 납입했다. 유상증자 대금은 1주당 5000원이었지만, 시가는 2317원에 불과했다. 보고투자개발은 150억원을 동아제약이 보증을 선 대출금을 갚는 데 사용했다. 그러자 동대문세무서는 2009년 동아제약이 유상증자라는 형식으로 신주를 고가에 매수해 보고투자개발에 이익을 나누어 준 것으로 보고, 2005~2006년 법인세로 37억 7800여만원을 부과했다. 동아제약은 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각결정을 받았고, 지난해 7월 소송을 냈으나 1심에서 패소했다.