세무사가 사망한 의뢰인의 생전에 '초과 세부담이 발생할 경우 전적인 책임을 부담하겠다'는 확인서를 작성해줬다면 추가 납세고지를 받은 상속 자녀들에게도 책임 제한 등을 주장할 수 없다는 판결이 나왔다. 서울중앙지법 민사71단독 김영수 판사는 사망한 A씨의 자녀 2명이 B세무법인을 상대로 낸 약정금소송(2021가단5163131)에서 최근 "B세무법인은 A씨의 자녀들에게 각각 700여만원을 지급하라"며 원고일부승소 판결했다. A씨는 서울에서 토지와 건물을 1989년부터 30년간 총 세 차례에 걸쳐 취득했다. 이후 A씨는 2018년 C씨에게 이 부동산을 75억원에 매각하며 B세무법인에 세금신고 대행을 맡겼다. B세무법인 소속 세무사는 12억원대 양도소득세를 신고납부하면서, A씨에게 '과실로 초과 세부담이 발생할 경우 전적으로 본 세무사가 책임진다'는 확인서를 작성해줬다. 그런데 A씨가 2020년 사망한 뒤 재산을 상속받은 자녀들은 관할 세무서로부터 감가상각비 취득가액 가산누락 등을 이유로 총 3600여만원의 추가 납세고지를 받자 소송을 냈다. 서울중앙지법 원고일부 승소판결 이에 대해 B세무법인은 "양도소득금액 계산시 중개 및 세무수수료 등 공제에 착오가 있었던 점은 인정한다"면서도 "A씨 부동산에 대한 감가상각비를 산정하려면 과거 30년치 결산서가 있어야 되는데, A씨가 이를 제출하지 않아 협의 끝에 감가상각비를 취득가액에서 차감하지 않고 신고한 것"이라며 무과실을 주장했다. 김 판사는 "건물 감가상각비를 정확히 계산하기 위해서는 소득세법 등 관련 법령상 회계자료를 확보해 확인이 필요하다"며 "B세무법인은 이를 확인하지 않은 채 취득가액을 신고해 감가상각비 취득가액에 관한 관련법령을 숙지하지 못했거나, A씨에게 이에 관해 설명하지 않은 잘못이 있다"고 밝혔다. 이어 "양도소득 과세표준 신고 당시 관련 법령을 숙지해 중개수수료 등을 적정하게 계상했다면 추가 세부담은 피할 수 있었다"며 "추가 양도소득세와 신고불성실가산세 등은 B세무법인 잘못이 없었다면 A씨의 자녀들이 납부하지 않아도 되는 손해"라고 설명했다. 다만 "결산서 등 회계자료가 있다고 인정할 증거가 없는 이 사건에서 B세무법인의 착오나 잘못이 없었다고 해도, 감가상각비 취득가액 가산누락 사유로 인해 추가 납세고지된 본세 부분은 사망한 A씨가 원래 부담해야 할 세액이어서 손해라 보기 어렵다"며 "추가 납세고지된 세액 중 이 본세 부분을 제외한 나머지 부분이 손해액"이라고 판단했다. 그러면서 "손해액은 추가 납세고지된 세액 3600여만원에서 감가상각비 취득가액 가산누락 사유로 납세고지된 본세 2200여만원을 뺀 1400여만원"이라며 "초과 세부담이 발생하는 경우 전적으로 B세무법인이 책임지기로 했으므로 책임제한이나 손익공제 등의 법리도 적용할 수 없다"고 판시했다.

국내에 등록되지 않은 특허에 대한 대가는 한·미 조세협약에 따라 법인세 원천징수 대상이 아니기 때문에 세무서가 삼성전자에 113억여원의 법인세를 부과한 것은 위법하다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 노정희 대법관)는 최근 삼성전자가 동수원세무서를 상대로 낸 법인세 원천징수처분 등 취소 소송(2019두47100)에서 원고승소판결한 원심을 확정했다. 삼성전자는 2011년 7월 1일 마이크로소프트(MS)와 안드로이드 기반 스마트폰과 태블릿 사업 등을 운영하는데 필요한 특허권 사용료(로열티)를 지급하는 내용의 계약을 체결했다. 삼성은 이후 2012년부터 2015년까지 로열티를 지급하면서 이 로열티가 국내원천소득에 해당한다고 판단, 한·미 조세협약 제14조 1항에 따른 제한세율 15%를 적용해 산정한 법인세를 원천징수해 납부했다. 동수원세무서는 2016년 10월 10일부터 2017년 3월 31일까지 실시한 법인세 통합조사 결과 삼성전자가 2013년 MS로부터 받아야 할 690억여원을 로열티와 같은 금액에서 상계하고 나머지 금액에 대한 법인세를 징수해 법인세를 과소 납부했다고 통보했다. 이후 삼성전자에 690억여원에 대한 법인세 113억여원을 징수했다. 이에 반발한 삼성전자는 조세심판원에 징수 처분의 취소를 요구하는 심판을 청구했지만 기각되자 소송을 냈다. 삼성전자는 "로열티에 적용되는 한·미 조세협약 제6조 3항에 의하면 미국법인이 국내에 특허권을 등록해 국내에서 특허실시권을 가지는 경우 그 대가로 받는 로열티만이 국내원천소득에 해당한다"며 "국내에 등록되지 않은 특허권의 사용 대가로 받은 로열티는 원천징수대상에 해당하지 않는다"고 주장했다. 세무당국은 "한·미 조세협약 제2조 2항에 따라 '사용'의 의미는 국내법에 따라 판단해야 한다"며 "구 법인세법에 제93조 8호 단서 후문에 따라 국내에 등록되지 않은 로열티 소득이라도 그 소득이 특허권을 국내에서 제조·판매 등에 사용한 대가라면 국내원천소득으로 본다"고 맞섰다. 법원은 삼성전자의 손을 들어줬다. 1,2심은 "미국법인이 사용료의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미 조세협약에 따라 판단해야 한다"며 "미국법인이 특허권을 국외에서 등록했을 뿐 국내에는 등록하지 않은 경우 미국법인이 그와 관련해 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없고 이러한 법리는 해당 특허권이 국내에 등록되어 있지 않는 이상 미국 이외의 국가에 등록된 경우에도 마찬가지로 적용된다"고 판시했다. 대법원도 "원심 판단에 국내세법과 조세조약의 관계, 특허권의 속지주의 원칙 및 국내법에 의한 조약배제에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다"며 확정했다.

266억원 상당의 법인세 부과 처분을 취소해달라며 소송을 제기한 SH에 대해 법원은 기각 판결을 내렸다. 2018년 소송을 제기한지 4년 만이다. 서울행정법원 행정5부(재판장 정상규 부장판사)는 서울주택도시공사(SH)가 삼성세무서장을 상대로 제기한 법인세부과처분 취소소송(2018구합55005)에서 최근 원고패소 판결했다. 서울지방국세청은 2013년 1월부터 5월까지 SH에 대해 법인세 정기 통합조사를 실시해 △B시로부터 위탁받은 집단에너지 공급사업의 관리업무를 수행하면서 2006년부터 2012년까지 B시로부터 수취한 사업비를 법인세 과세표준에 포함하고, 해당 사업비를 공급가액으로 보고 부가가치세를 부과하며 △SH와 C사간 용지매매계약에 따른 분납채권의 4회분 분납금액에 대한 2011 사업연도 연부이자 90억여원의 이자수익 채권을 계상 누락한 것으로 보고 이를 익금산입하는 등 6가지 사유로 인한 법인세 및 부가가치세 과세자료를 삼성세무서에 통지했다. 이에 삼성세무서는 통지내용에 따라 2013년 6월 SH에게 2008 내지 2012 사업연도 법인세 479억여원을 경정·고지했다. SH는 2013년 12월 조세심판원에 해당 부가가치세 및 부과처분을 취소해달라는 심판청구를 했는데, 조세심판원에서는 일부만 받아들여졌고 나머지에 대해선 기각 결정하면서 당초 처분세엑에서 212억여원을 제외한 266억여원을 부과 처분했다. 이에 불복한 SH는 소송을 냈다. 재판부는 법인세 부과처분에 대한 적법 여부를 각각 판단했는데, 각 사항에 대한 SH의 청구를 모두 기각했다. 재판부는 "B시장으로부터 승인 받은 시행계획에 따라 수탁업무를 수행하고, 이에 관해 지도·감독을 받도록 정한 관련 규정들은 지방공사인 SH가 위탁받아 수행하는 집단에너지 공급사업의 사업비 지출 및 업무 수행에 대해 B시의 통제를 받도록 한 것에 불과하다"며 "해당 사업비와 용역 공급과의 대가관계 또는 사업비가 SH의 책임과 계산으로 지출된 점을 부정할 만한 사정에 해당하지 않는다"고 설명했다. 이어 "SH는 이 사건 처분이 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰해 10년이 넘는 기간 동안 해당 용역이 부가가치세 면제 대상임을 전제로 매출세액을 거래징수하지 않았고 매입세액을 공제받지도 않았던 SH의 신뢰를 현저히 침해하는 것이라고 주장한다"며 "그러나 SH가 주장하는 사정만으로는 과세관청이 처분의 전제가 되는 과세표준 산정에 있어 SH에게 어떠한 공적인 견해표명을 했거나, 이를 신뢰한 SH에게 귀책사유가 없었던 것이라고 볼 수는 없다"고 밝혔다.

주식 양도를 증여로 판단해 증여세를 부과하려면 주식 양도 당사자 간에 특수관계가 있다는 사실 등을 과세관청이 입증해야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 A씨가 서울양천세무서장을 상대로 낸 증여세 부과처분 취소소송(2019구합89654)에서 최근 원고승소 판결했다. 증여에 해당하려면 최소 '타인에 의한 이익부여' 평가할 실질 있어야 약사면허를 갖고 있는 A씨는 1998년 4월 의약품 제조업 등을 목적으로 B사를 설립, 대표이사에 취임해 회사를 실질적으로 운영해왔다. B사는 1998년 6월 스위스인 C씨로부터 120만 달러 상당의 차관을 도입해 임의경매절차가 진행 중이던 의약품 제조업체 D사의 공장을 낙찰받았다. 이 과정에서 공장 수리비용과 원재료 구매비용 등으로 운영자금이 필요해졌고, A씨는 룩셈부르크 소재 투자회사인 E사로부터 'B사의 발행주식 전부를 E사에 양도하되, E사가 B사의 지배·경영에는 관여하지 않고 향후 회사의 경영 상황이 개선되면 주식의 10%를 A씨에게, 3%는 G에게 환매한다'는 조건으로 자금 투자를 받았다. 이후 A씨와 E사는 B사의 경영상태가 개선됨에 따라 2005년 11월 당초 약정대로 B사 주식 8만5000여주를 되살 수 있는 권리를 A씨에게 부여하는 옵션계약서를 작성했다. A씨는 옵션 중 일부를 행사하고 액면분할과 무상감자를 통해 2007년 최종 46만8017주를 보유하게 됐고, B사의 주식은 2010년 7월 코스닥에 상장됐다. 그런데 서울지방국세청은 2017년 7월부터 A씨에 대한 주식변동조사를 실시하고, 최대주주인 E사와 특수관계가 있는 A씨가 E사로부터 B사의 주식을 취득했다고 판단해 양천세무서에 과세자료를 통보했다. 양천세무서는 2018년 7월 구 상증세법 시행령에 따라 증여재산가액을 산정해 A씨에 대해 총 40억원의 증여세를 고지했다. 이에 A씨는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 냈다. 서울행정법원 원고승소 판결 재판부는 "증여에 해당하기 위해서는 최소한 타인에 의한 이익 분여라고 평가할 만한 실질이 있어야 한다"며 "상증세법상 과세요건을 충족하기 위해서는 증여자 등이 최대주주에 해당하는 외에도 문언 그대로 최소한 증여 내지 양도 당시 기업의 상장 계획 등 경영 관련 미공개 정보를 이용할 수 있을 만한 구체적인 위치 내지 상황에 있어야 한다는 점을 인정할 수 있어야 한다"고 밝혔다. 이어 "이러한 증여자 요건은 과세요건 사실에 해당하므로 원칙적으로 과세관청이 이를 증명해야 한다"며 "그런데 사정을 모두 종합해 보면, A씨가 주식을 취득할 당시 E사가 구체적으로 B사의 경영에 관한 미공개 정보를 이용할 수 있는 지위에 있었다고 인정하기 어렵고, 달리 이 점을 인정할 만한 증거가 없다"고 설명했다. 그러면서 "E사가 A씨에게 B사 주식을 양도한 것은 오로지 당초 투자 조건으로 제시하고 이후 구체적으로 약정한 환매계약 조건인 유동자산 비율 등 경영성과를 A씨가 달성했기 때문이었던 것으로 보일 뿐, 상장 등과 무관해 보인다"며 "양천세무서의 부과 처분은 과세요건에 해당하지 않아 위법하므로 취소돼야 한다"고 판시했다.

미국의 다국적 IT기업 마이크로소프트(MS)가 동수원세무서를 상대로 법인세 약 6300억원을 돌려달라며 낸 소송에서 대법원이 MS 측의 손을 들어준 원심 판결을 파기했다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 10일 MS사와 자회사 MS라이센싱이 동수원세무서를 상대로 낸 경정거부처분 취소소송(2019두50946)에서 세무당국이 경정거부처분한 금액 중 6337억원은 취소하라고 판결한 원심을 파기하고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다. 삼성전자는 2011년 7월 MS와 안드로이드 기반 스마트폰과 태블릿 사업을 운영하는데 필요한 특허권 사용료(로열티)를 지급하는 내용의 계약을 체결했다. 삼성은 2012년부터 2015년까지 MS라이센싱 명의의 계좌로 로열티를 지급하면서 이 로열티가 국내원천소득에 해당한다고 보아 한·미조세협약 제14조 1항에 따라 제한세율 15%를 적용해 산정한 법인세를 원천징수해 동수원세무서에 납부했다. 4년 동안 삼성전자가 사용한 특허권의 대가는 모두 4조3582억원이었고, 이중 법인세 원천징수액은 15%인 6537억여원이었다. MS 측은 2016년 6월 동수원세무서에 "이 사건 특허권 사용료 중 한국에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용 대가 부분은 국내원천소득이 아니므로, 원천징수된 세액은 MS 측에 환급되어야 한다"며 경정청구를 했다. 경정청구란 과다납부한 세액을 바로잡아달라고 요청하는 것을 말한다. MS 측은 이 사건 특허권 사용에 대한 법인세 원천징수액 6537억원 중 6344억여원을 돌려달라고 요구했다. 그러나 동수원세무서는 경정청구를 거부했고, MS 측은 이에 불복해 2016년 10월 조세심판원에 심판을 청구했지다. 조세심판원이 2017년 6월 MS 측의 청구를 기각하자, MS 측은 소송을 냈다. 1,2심은 동수원세무서가 경정을 거부한 MS 측의 경정청구액 6344억원 중 대부분인 6337억원을 취소하라며 MS측의 손을 들어줬다. 1,2심은 "국내에 등록되지 않은 미국법인의 특허권이 국내에서 제조·판매에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미 조세협약에 따라 판단해야 한다"며 "한·미조세협약 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없기에 미국법인이 특허권을 국내에 등록하지 않은 경우와 관련해 지급받는 소득은 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다"고 판시했다. 다만 MS라이센싱을 제외한 MS의 청구에 대해선 "설령 이 사건 특허권 및 그 사용료를 실질적으로 관리하는 주체가 MS라고 하더라도, MS라이센싱의 경정청구권 행사에 따른 환급 세액의 귀속은 원고들 사이의 내부적인 분배 문제"라며 "MS는 별도의 경정청구권이 인정되지 않는다고 봐야 한다"고 덧붙였다. 그러나 대법원의 판단은 달랐다. 재판부는 "동수원세무서는 원심에서 '이 사건 사용료에는 국내원천소득으로서 원천징수대상인 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등의 사용대가가 포함되어 있다'고 주장함으로써 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 사유를 추가 또는 변경했다고 볼 수 있기 때문에 원심으로서는 이같은 주장에 관해 심리·판단했어야 한다"고 지적했다. 이어 "이와 다른 전제에서 동수원세무서의 주장이 법원의 심리대상이 아니라고 판단한 원심판결에는 법원의 심리대상 등에 관한 법리를 오해해 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다"며 사건을 파기환송했다. 아울러 MS의 경정청구권이 인정되지 않는다고 판단한 원심에 대해서도 "소득의 실질귀속사는 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있다"며 "원심은 MS가 특허권 사용료 소득의 실질귀속자인지 여부에 관해 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다"고 판시했다.

집합건물의 관리인이 법원의 가처분 결정으로 건물관리 업무를 중단한 뒤 사업자등록 휴업 신청을 했다면 부가가치세 및 가산세를 납부하지 않아도 된다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정9부(재판장 김시철 부장판사)는 최근 A사가 영등포세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2021누31599)에서 원고승소 판결했다. A사는 2005년 8월 서울 여의도에 있는 지하 4층, 지상 11층 규모 건물의 관리를 목적으로 구성된 관리단의 공동관리인 3개 회사 중 하나로 선임됐다. A사 등 공동관리인으로 선임된 회사들은 같은 해 10월 건물 지하에 관리사무소를 설치하고 공동사업자로 등록했다. 이후 관리인 지위를 놓고 A사와관리단, 다른 공동관리인 사이에 분쟁이 생겨 건물에 대한 관리행위의 금지를 구하는 가처분 신청 및 업무방해 금지 가처분 신청 등 여러 소송이 있었다. A사는 2014년 6월 관리단으로부터 업무방해 금지 가처분 신청을 당했는데, 2015년 3월 법원은 "A사는 건물의 관리행위를 해서는 안 된다"며 "위반 시 1일당 200만원을 관리단에 지급하라"고 결정했다. 이에 따라 A사는 건물 관리업무를 수행할 수 없게 됐다. A사는 다만 임대료에 대해서는 부동산임대사업자의 지위에서 개별적으로 부가가치세를 신고·납부했다. A사는 관리업무에서 배제됨에 따라 2017년 10월 영등포세무서에 사업장등록에 대한 휴업 신고를 했으나, 영등포세무서는 "건물관리 용역이 계속 제공되고 있어 휴업상태로 볼 수 없고, 다른 공동사업자의 동의가 없다"는 이유로 수리하지 않았다. 이후 관리단도 영등포세무서에 사업자등록을 신청했으나, 영등포세무서는 A사 명의로 기존 사업자등록이 돼있어 중복신청할 수 없다며 거부했다. 이에 A사는 영등포세무서장을 상대로 휴업 신고 수리 거부 처분을 취소하라는 소송을 냈고, 법원에서 승소 확정 판결을 받았다. 이후 2019년 6월 영등포세무서는 이 확정 판결의 취지에 따라 관리사무소의 상호를 관리단으로 정정했다. 서울행정법원 원고승소 판결 한편, 관리단은 사업자등록 명의가 변경되기 전인 2018년 제1기까지 종전 사업자등록 명의인 A사 등의 명의로 부가가치세 관련 세금계산서를 발급·수취했고, (A사 등의 명의로) 부가가치세를 확정신고했으나 그 신고세액을 납부하지 않았다. 그런데 영등포세무서는 2018년 9월 관리사무소에 대해 관리단이 납부하지 않은 부가가치세에 납부불성실 가산세 29만원을 포함한 2300여만원을 A사에 고지했고, 같은 해 10월 2018년 제2기분 부가가치세 2300여만원을 예정고지세액으로 결정·고지했다. 이에 반발한 A사는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각됐고, 소송을 제기했다. A사는 "관리인 지위에서 해임된 후 건물의 관리업무에 관여한 바 없다"며 "사업자등록 명의가 돼있었다는 사정만으로 내려진 처분은 실질과세원칙에 위반된다"고 주장했다. 재판부는 "관리단이 A사 명의로 2018년 제1기분 부가가치세를 확정신고한 것은 A사의 사업자등록 변경 등에 관한 귀책사유에서 비롯된 것이 아니고, 오히려 영등포세무서가 관리단 명의의 사업자등록을 거부한 데에서 비롯된 것으로 볼 수 있다"며 "A사로서는 장차 소송에서 승소하는 경우를 대비해 사업자등록에 대한 폐업 신고를 하기 어려웠고, 실질적으로 관리인으로서 업무를 수행하지 않았음에도 자신의 명의로 부가가치세 신고를 하도록 용인하기도 어려웠던 상황에 처해 있던 것으로 보이며, 이를 고려해 휴업 신고에 이른 것으로 보인다"고 밝혔다. 이어 "A사와 관리단 사이의 분쟁 상황을 인지하고 있었던 세무서로서는 분쟁의 성격을 반영해 관련 소송이 확정될 때까지 잠정적으로나마 관리단에 의한 부가가치세 신고를 허용하는 등의 적절한 세무행정을 했어야 하는데, 판결이 확정될 때까지 적절한 조치가 이뤄지지 않았다"며 "세무서가 A사의 휴업 신청 및 관리단 측의 공동사업자 명의 변경, 사업자등록 신청을 거부함에 따라 부득이하게 A사 명의의 부가가치세 신고가 이뤄졌다"고 설명했다. 그러면서 "판결을 통해 A사가 더 이상 관리인 지위에 있지 않다는 사실관계가 정리된 상태였으므로, 부가가치세 신고는 납세의무자가 아닌 자의 신고로서 그 하자가 중대하고도 명백하다"고 판시했다.

실제 용역을 공급받은 사업장이 아닌 다른 사업장을 '공급받는 자'로 작성한 세금계산서는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당하므로, 이 세금계산서로 매입세액을 공제해 부가가치세 확정신고 및 환급신고를 한 사업장에 과세관청이 세금계산서불성실가산세 등을 부과한 것은 적법하다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 오경미 대법관)는 이베이코리아가 서울 용인세무서를 상대로 낸 가산세 부과처분 취소소송(2021두39447)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 2000년 4월 주소지를 역삼 본점 사업장으로 해서 사업자등록을 한 이베이코리아는 2014년 5월 CJ대한통운과 2014년 6월부터 2016년 5월까지 2년간 물류처리업무를 위탁하는 계약을 체결했다. 이후 이베이코리아는 2015년 8월 물류대행 수수료율을 인상해 2015년 6월 1일부터 소급적용하기로 하는 물류대행추가약정을 체결했다. 이에 따라 이베이코리아는 소급적용이 시작되는 2015년 6월 1일부터 2015년 11월 30일까지 발생하는 물류대행 수수료의 정산차액(정산수수료) 12여억원을 2015년 12월까지 CJ대한통운에 청구하기로 했다. 한편 이베이코리아는 2015년 12월 7일 용인세무서에 사업장 소재지를 용인시 소재 물류센터로 삼아 사업자등록을 한 뒤 같은 달 14일 본점 관할인 역삼세무서에 사업자 단위 과세 사업자등록을 신청해 사업자등록을 마쳤다. 이에 따라 용인사업장에 관한 사업자등록은 2015년 12월 31일 폐업을 이유로 말소됐다. 이후 이베이코리아는 2015년 12월 CJ대한통운으로부터 정산수수료와 관련해 '공급받는 자'를 용인사업장으로 하고 12여억원의 전자세금계산서를 수령했다. 또 용인세무서에 2015년 2기(2015년 7월~12월)에 대한 부가가치세 확정신고를 하면서 이 세금계산서에 관한 매입세액을 매출세액에서 공제한 뒤 매입세액이 매출세액을 초과한다는 이유로 환급세액 1억7050여만원을 신고했다. 하지만 용인세무서는 정산수수료가 용인사업장이 아닌 역삼 본점 사업장의 매입에 해당하므로 본점이 아닌 용인사업장이 수취한 세금계산서는 '공급받는 자'가 달라 사실과 다른 세금계산서라고 판단했다. 그러면서 환급세액을 4650여만원으로 감액 경정했다. 또 세금계산서의 매입새액 1억2400여만원에 대한 가산세(세금계산서불성실 가산세 및 초과환급신고 가산세) 3720여만원을 부과 결정했다. 이후 용인세무서는 2016년 3월 "이베이코리아가 신고한 환급세액 1억7050여만원에서 1억6100여만원(이사건 세금계산서의 매입세액 + 가산세)을 차감한 900여만원을 환급세액으로 결정한다"고 통지했다. 이베이코리아는 환급처분에 불복해 가산세 부과처분 취소소송을 냈고 절차상 하자를 이유로 원고승소 판결을 받아 확정됐다. 그러나 용인세무서는 이후 절차상 하자를 해결한 뒤 2018년 7월 다시 가산세 3720여만원을 부과했다. 한편 이베이코리아는 2016년 10월 역삼세무서장에게 본점 사업장에 관한 2015년 제2기 부가가치세 신고와 관련해 이 사건 세금계산서상 부가가치세를 매입세액으로 하는 과세표준 및 세액경정을 청구해 2017년 4월 역삼세무서장으로부터 세금계산서의 매입세액에 해당하는 1억2400여만원 전액을 환급받았다. 이베이코리아는 또한 용인세무서장을 상대로 "2018년 7월 11일 이베이코리아에게 한 2015년 제2기 부가가치세에 대한 가산세 3700여만원에 대한 부과처분을 취소해달라"며 소송을 냈다. 1,2심은 세무서 측의 손을 들어줬다. 대법원도 "역삼 본점과 용인 소재 물류센터의 각 사업장을 보유한 이베이코리아가 CJ대한통운과 물류대행서비스 계약을 체결하고 용역을 공급받은 사업장은 역삼 본점이지 용인사업장이 아니므로, '공급받는 자'를 용인사업장으로 해서 작성된 세금계산서는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다"며 "이베이코리아가 이 세금계산서로 매입세액을 공제해서 부가가치세 확정신고 및 환급신고를 한 것에 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵기 때문에 용인세무서가 이베이코리아에 한 세금계산서불성실가산세 및 초과환급신고가산세 부과처분은 적법하다"고 판시했다.

비상장 주식 거래시 경영권 프리미엄 등이 반영돼 있다면 현금흐름할인법(DCF)에 따른 평가액으로 비교가액을 정할 수 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정8부(재판장 이종환 부장판사)는 A씨가 반포세무서장을 상대로 낸 증여세 부과처분 취소소송(2020구합70014)에서 최근 원고승소 판결했다. 연예기획사 대표인 A씨는 2015년 10월 자신이 대표로 있는 B사의 발행주식 1만주 중 5500주(55%)를 보유한 최대주주였다. A씨는 같은 해 11월 C씨로부터 이 회사 주식 4500주(45%)를 1주당 138만원에 양수해 회사 주식 100%를 보유하게 됐다. 같은 달 A씨는 또 다른 연예기획사인 D사에 B사 주식 중 7000주(70%)를 1주당 180만원에 양도했다. 서울지방국세청은 B사의 주식변동 내역을 조사하는 과정에서 A씨가 C씨로부터 1주당 138만원에 매수해 곧바로 일부를 1주당 180만원에 D사로 매도했고, C씨 명의의 주식은 원래 B사 설립자 중 한 명인 E씨가 명의신탁한 자산이라고 판단했다. 서울지방국세청은 A씨가 시가보다 낮은 주당 138만원에 양수해 차액 상당분을 증여받았다고 보고, A씨 주소지의 관할세무서장인 반포세무서장에게 이런 취지의 과세자료를 통보했다. A씨는 이에 불복해 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 냈다. 재판에서는 비교가액인 180만원이 시가에 해당하는지 여부가 쟁점이 됐다. A씨 측은 "회사 대표이자 최대주주로서 회사의 급속한 성장에 기여했고, 과반수의 지분을 보유하고 있어 회사에 미칠 수 있는 실질적인 영향력이 더 크므로 이른바 '경영권 프리미엄'이 있다"며 "비재무적 가치까지 포함하고 있어 시가가 아니다"라고 주장했다. 이에 대해 세무서 측은 "전문회계법인에 의뢰해 DCF에 따른 평가액으로 이 사건 비교가액을 정했다"며 "회사의 경영권 프리미엄이 포함되지 않아 180만원을 시가로 볼 수 있다"고 맞섰다. 재판부는 "시가는 일반적이고 정상적인 거래에 의해 형성된 객관적 교환가격을 의미하고, 경영권과 함께 양도하는 경우 그 거래가격은 주식만을 양도하는 경우의 객관적 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없다"며 "경영권 지배를 수반하는 주식의 양도는 일반적으로 가격형성이 높게 될 가능성이 있어 그 양도대금을 바로 해당 주식의 일반적인 시가로 보기 어렵다"고 밝혔다. 이어 "회사 발행 주식 70%를 보유하는 경우에는 단독으로 상법상 특별결의요건을 충족시킬 수 있어 A씨가 회사에서 행사할 수 있는 법률상·사실상의 영향력은 소수주주가 가지는 영향력과 비교할 수 없다"며 "비교가액에는 경영권 이전 대가도 상당 부분 포함돼 있어 주식의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하는 정상적인 거래로 인해 형성된 가액이라고 보기 어렵다"고 설명했다. 그러면서 "이 사건 주식의 시가가 비교가액과 동일한 1주당 180만원임을 전제로 한 처분은 위법하다"고 판시했다.

상속세 및 증여세법상 동거주택 상속공제 요건은 원칙적으로 주민등록표 상의 전출입 내역을 기준으로 판단해야 하며, 그와 다른 특별한 사정에 대한 증명책임은 상속인에게 있다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 A씨가 서울반포세무서장을 상대로 낸 상속세부과처분 취소소송(2020구합72119)에서 최근 원고패소 판결했다. A씨는 사망한 아버지 B씨로부터 서울 서초구에 있는 주택의 지분 절반을 상속하고 2018년 9월 구 상속세 및 증여세법 제23조의2 1항에 따라 동거주택 상속공제(5억원)를 적용해 상속세를 신고했다. 해당 법령에서는 △상속개시일부터 소급해 10년 이상(상속인이 미성년자인 기간은 제외) 계속해서 하나의 주택에 동거 △상속개시일부터 소급해 10년 이상 계속해 1세대를 구성하면서 대통령령에서 정하는 1세대 1주택에 해당 △상속개시일 현재 무주택자로서 피상속인과 동거한 상속인이 상속받은 주택일 것 등의 요건을 모두 갖춘 경우 상속주택가액의 80%에 해당하는 금액을 상속세 과세가액에서 공제하도록 했다. 다만, 공제할 금액은 5억원을 한도로 했다. 반포세무서는 2019년 B씨에 대한 상속세를 조사했는데, 그 결과 주민등록표의 주소변동 내역을 근거로 A씨의 신고가 상증세법상 해당 요건을 충족하지 못했다고 봤다. 주민등록표 주소변동 내역상 A씨와 B씨가 상속개시일까지 약 8년 동안 주소지를 달리하고 있었기 때문이다. 반포세무서는 A씨가 신고한 상속세의 동거주택 상속공제를 부인하고 같은 해 11월 A씨에게 상속세 8980만원을 결정·고지했다. 이에 반발한 A씨는 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각되자 소송을 냈다. ‘주소 달리한 기간도 동거’ 증거 없어 공제대상 안돼 A씨는 "아버지와 동거 했는지 그리고 1세대를 구성했는지는 단순히 주민등록상의 주소지를 기준으로 판단할 것이 아니라, 일상생활에서 볼 때 동일한 생활자금으로 생활하는지 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판단해야 한다"며 "상증세법 시행규칙에 따라 직장의 변경 등 근무상의 형편으로 동거하지 못한 경우엔 계속 동거한 것으로 봐야 한다"고 주장했다. 재판부는 "과세처분 취소소송에서 감면요건에 대한 증명책임은 원칙적으로 그 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다"며 "주민의 거주관계 등 인구의 동태를 명확하게 파악해 주민생활의 편익을 증진시키고 행정사무를 적정하게 처리하는 것을 목적으로 하는 주민등록법은 30일 이상 거주 목적으로 특정한 장소에 거주지를 가지는 자가 거주지 관할 시장 등에게 신고하도록 정하고 있어, 구 상증세법의 동거 요건 충족 여부는 특별한 사정이 없는 한 주민등록표상 주소가 동일한지를 기준으로 하되, 주소를 달리한 기간에도 여전히 동거했다면 특별한 사정을 상속인이 증명해야 한다"고 밝혔다. 이어 "A씨가 B씨의 병원비나 일부 휴대전화 요금 지불, 온라인을 통한 식료품 등 구매 정도의 사정만으로는 자녀로서의 일부 부양의무를 이행한 정도를 넘어 A씨의 수입을 공유·소비하며 생계를 같이 했다고 평가하기엔 부족하다"고 판시했다.

면세유류 관리기관인 수협의 관리부실로 면세유류 구입카드를 잘못 교부·발급한 경우 감면세액의 20%를 가산세로 징수하도록 한 조세특례제한법은 합헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 15일 A수협 등이 "조세특례제한법 제106조의2 11항 2호는 위헌"이라며 낸 헌법소원 사건(2018헌바338등)을 재판관 8대 1의 의견으로 기각했다. 조세특례제한법상 면세유류 관리기관으로 지정된 수협은 어업용 면세유 공급을 위한 면세유류 구입카드나 출고지시서를 교부·발급해왔다. 그런데 세무서는 A수협 등이 관련 증거서류를 제대로 확인하지 않는 등 관리부실로 면세유류 구입카드를 잘못 발급했다며 감면세액의 20%에 해당하는 가산세를 부과했다. 이에 A수협 등은 가산세부과처분 취소소송을 제기하고 재판과정에서 위헌법률심판 제청을 해줄 것을 신청했지만 기각되자 헌법소원을 냈다. 조세특례제한법 제106조의2 11항 2호는 면세유류 관리기관인 조합이 관련 증거서류를 확인하지 않는 등 관리부실로 농·어민 등에게 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하거나 농·어민 등 외의 자에게 면세유류 구입카드 등을 발급한 경우에는 해당 석유류에 대한 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 자동차세의 감면세액의 100분의 20에 해당하는 금액을 가산세로 징수하도록 하고 있다. 헌재는 "이 조항은 면세유류 관리기관인 수협의 관리·감독 책임을 강화해 어업용 면세유의 부정유통을 사전에 방지하고, 궁극적으로는 어업용 면세유제도의 실효성을 확보하고 조세정의를 실현하기 위한 것으로 입법목적의 정당성이 인정된다"며 "수협이 관리부실로 면세유류 구입카드를 어민에게 잘못 교부·발급하거나 어민이 아닌 자에게 교부·발급한 경우 감면세액의 일부에 해당하는 금액을 가산세로 징수하도록 한 것은 입법목적 달성에 적합한 수단"이라고 밝혔다. 이어 "감면세액의 일부에 해당하는 금액을 가산세로 징수하도록 한 것은 의무위반의 정도를 고려한 제재로 볼 수 있고, 20%라는 가산세율이 본래의 제재 목적 달성에 필요한 정도를 현저히 벗어났다고 보기도 어렵다"며 "어업용 면세유의 부정 유통을 방지해 면세유 제도의 실효성을 확보하고 조세정의를 실현하고자 하는 공익은 면세유류 관리기관인 수협이 관리부실로 인해 감면세액의 일부에 해당하는 금액을 가산세로 징수당하는 불이익보다 중대하므로 법익의 균형성도 충족한다"고 설명했다. 이에 대해 이선애 헌법재판관은 "해당 조항은 수협의 관리 부실에도 불구하고 실제로는 어업용 면세유 부정 유통의 결과가 발생하지 않아 의무위반의 정도가 상대적으로 가벼운 경우와 어업용 면세유 부정 유통의 결과가 발생해 의무위반의 정도가 상대적으로 무거운 경우를 구별하지 않고 동일한 가산세율을 적용토록 하고 있다"며 "그 결과 관리부실이 인정되기만 하면 수협은 실제로 어업용 면세유 부정유통의 결과가 발생하지 않은 경우에도 의무위반의 정도를 넘는 금전적 부담을 지게 되는데, 이는 헌법상 비례원칙에 어긋난 재산권 침해"라는 반대의견을 냈다.