1. 서울대학교병원, 국립대학교병원, 지방공사병원은 공법인, 민법상 비영리법인은 사법인인 점에서 법률적 성격에 본질적인 차이가 있고, 양자 사이에는 설립목적, 경영원칙, 목적사업, 운영형태, 재정지원 및 감독 등의 점에서도 규율을 달리하고 있으므로, 위 법률조항이 지방세의 면제 여부에 관하여 이들 공법인과 민법상의 비영리법인을 달리 취급하는 것은 양자의 본질적 차이에 따른 것이므로 합리적인 이유가 있다. 또 의료법인과 민법상의 비영리법인은 목적사업의 범위, 허가나 검사·감독권한의 소재에 있어서 규율을 달리하고 있고, 그에 따라 의료법인의 설립을 유도·장려할 정책적 필요성이 인정되며, 따라서 위 법률조항이 의료법인과 민법상의 비영리법인을 달리 취급하는 것은 위와 같은 합리적인 정책적 차이에 기인하므로 평등의 원칙에 위반되지 아니한다.
2. 위 법률조항은 재산세의 비과세대상을 ‘제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자’라고 개별적·구체적으로 한정하면서, 단지 그 구체적인 내용을 대통령령에서 정하도록 위임하고 있으므로 위 법률조항의 입법목적이나 위임배경 등을 참작하면, 대통령령으로 정하여질 비과세대상자라는 것은 사회정책과 경제정책 등의 여러 요소를 고려하여 재산세를 비과세하여야 할 만큼 사업의 공익성이 강하게 인정되는 비영리사업자로 규정될 것임은 쉽게 예측할 수 있고, 따라서 위 법률조항은 헌법이 정한 입법권 위임의 한계를 준수하여 조세법률주의에 반하지 아니한다.
재판관 권성, 재판관 송인준의 반대의견
1. 다수의견이 들고 있는 의료법인과 민법상 비영리법인 사이의 차이는 결코 본질적인 것이 아니고 지엽적인 사소한 차이임이 분명하고, 그로부터 공익성이나 공공성의 측면에서 대단한 차이가 초래될 수 없으며, 나아가 민법상의 비영리법인과 같은 국가 이외의 자가 국가를 대신하여 공익사업을 대신 수행하여야 할 필요성이 점증하는 시대적 상황에 비추어 세제의 측면에서 민법상의 비영리법인을 지원 육성할 정책적 필요성 또한 의료법인에 비하여 결코 적다고 할 수 없다. 따라서 지방세의 면제 대상을 정함에 있어 의료법인과 민법상의 비영리법인을 구별할 아무런 본질적인 차이가 없음에도 불구하고 의료법인만을 면제대상으로 정하여 차별하는 것은 현저히 불합리하고 불공정한 조치여서 평등의 원칙에 위반된다.
2. 위 법률조항은 행정입법에 위임하여야 할 불가피성이 없는데도 불구하고 광범위한 모집단 중에서 극히 일부를 뽑아내어 비과세의 혜택을 차별적으로 제공하는 중요한 선택 권한을 최소한의 기준도 정하지 않은 채 행정부에 수여함으로써 포괄위임금지라는 위임입법의 한계를 벗어나서 위헌임을 면할 수 없다.