법원이 금지금 변칙거래로 세금을 탈루한 귀금속 도매회사 M사에 부과된 부가가치세와 법인세를 이 회사의 실제 운영자인 신삼길 전 삼화저축은행 회장에게 다시 부과한 것은 정당하다고 판결했다. 신 회장이 회사 주식의 100%를 소유하고 있다는 이유에서다. 하지만 일부 부과처분은 제척기간이 도과해 위법하다고 판단 받아 세무관청의 미숙한 과세업무를 질타하는 목소리가 높아지고 있다. 서울행정법원 행정1부(재판장 오석준 부장판사)는 11일 신삼길 전 삼화저축 회장이 종로세무서장을 상대로 낸 제2차납세의무자지정처분취소소송(2008구합47487)에서 원고일부승소 판결했다. 재판부는 우선 신 회장이 '자신이 과점주주가 아니기 때문에 제2차 납세의무자로 지정해서는 안된다'고 주장하는 것은 이유가 없다고 판단했다. 재판부는 판결문에서 "M사의 주식 30%를 보유하고 있는 것으로 기재된 다른 두 명은 자신들이 M사의 주주인 사실을 모르고, M사의 이사회나 주주총회에 참석한 적도 없으며, M사의 운영에 관해서도 아는 바가 없다"며 "이를 고려하면 부과처분의 과세기간 동안 원고는 M사의 100% 주주로서 과점주주인 것으로 인정된다"고 밝혔다. 재판부는 다만 "제2차 납세의무에 대해서도 주된 납세의무와는 별도로 그 부과의 제척기간이 진행한다"며 "주된 납세의무의 납부기한이 경과한 다음날부터 5년의 제척기간이 지난 2000년도 부가가치세와 법인세 14억 6296만원, 2001년도 2기분 부가가치세 44억 5080만원, 2002년도 1기분 부가가치세 5221만원의 부과처분은 위법하다"고 말했다. 판결이 나오자 세무관청의 잘못된 부과처분으로 인해 60여억원의 국고가 손실됐다는 지적이 오고 있다. 서초동의 한 변호사는 "신 회장이 금지금 변칙거래로 모은 자금으로 삼화저축은행 주식을 인수했고, 그 결과 수많은 서민들을 울린 삼화저축은행 비리사건이 발생한 것"이라며 "세무관청의 안일한 대응으로 인해 징수해야 할 부가가치세는 물론 잘못 환급된 세금마저 되찾을 길이 없게 됐다"고 말했다. 종로세무서는 신 회장이 운영하는 M사가 2000년부터 2002년까지 금지금 변칙거래로 부당하게 영세율을 적용받거나 매입세액을 공제받았다며 부가가치세와 법인세 총 325억289만원을 부과했다. 하지만 자금이 없는 M사가 이를 납부하지 않자 종로세무서가 2008년 2월 신 회장을 제2차 납세의무자라고 지정해 세금을 다시 부과했다. 이에 신 회장이 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각당하자 소송을 냈다. 한편 신 회장은 지난해 12월 금지금 변칙거래로 세금을 탈루한 혐의로 징역 3년에 집행유예 5년을 선고받았다.

명의신탁이 순수하게 조세회피 목적으로 이뤄지지 않았더라도 조세회피 의도가 있다면 증여의제 규정을 적용, 증여세를 부과할 수 있다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 안대희 대법관)는 최근 애경유화(주) 등이 "조세회피 목적이 없는데도 증여세를 부과한 것은 부당하다"며 역삼세무서 등 5개 세무서를 상대로 낸 40억여원의 증여세 등 부과처분 취소소송 상고심(☞2007두17175)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 증여세 부분을 다시 판단하라며 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 다만 회사에 매각차익이 귀속될 여지가 없었다는 이유로 구로세무서의 소득금액변동통지처분을 취소한 원심의 판단은 정당하다며 상고를 기각해 그대로 확정됐다. 재판부는 판결문에서 "명의신탁이 조세회피 목적이 아닌 다른 이유에서 이루어졌음이 인정되고 명의신탁에 부수해 사소한 조세경감이 생기는 것에 불과하다면 조세회피 목적이 있었다고 단정할 수는 없다"면서도 "명의신탁의 목적에 조세회피 목적이 포함돼 있지 않은 경우에만 증여의제로 의율할 수 없는 것이므로 다른 주된 목적과 아울러 조세회피의 의도도 있었다고 인정되면 조세회피의 목적이 없다고 할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "애경유화는 기관투자자들 명의의 거래로 인해 발생하는 법인세를 회사가 보전해 줘야 하는 문제 등도 고려해 당초 기관투자자들 명의로 취득했던 자기주식을 개인주주들 명의로 이전해 보유하게 됐다"며 "애경유화가 개인주주들과 명의신탁 약정을 함에 있어 회사 주식의 주가관리라는 주된 목적 외에 자기주식을 회사 명의로 실명전환해 매각할 경우 발생할 법인세 부담을 회피하려는 의도도 있었다고 봄이 상당하다"고 지적했다. 재판부는 "명의신탁약정에 따른 등기 등이 이루어진 이상 등기 등이 강행법규 위반 등으로 인해 무효인 경우에도 조세회피의 목적은 달성될 수 있는 점 등에 비춰 보면 제3자 명의로 이루어진 등기 등이 강행법규 위반 등으로 인해 무효라는 이유만으로 명의신탁재산에 대한 증여의제 규정이 배제되는 것은 아니다"라고 덧붙였다. 애경유화는 지난 1999년 8월 상장한 회사 주식의 가격이 공모가액 밑으로 하락하자 기관투자자를 통해 이듬해 2월까지 79만2750주를 취득했다. 애경유화는 이 가운데 36만2210주를 개인주주들 앞으로 명의개서를 했다가 결국 일부를 처분하고 나머지는 회사명의로 실명전환을 했다. 과세청은 증여의제 규정을 적용해 애경유화 및 명의를 빌려준 개인주주들에게 증여세 40억여원을 부과하고, 매각차익 중 일부가 사외유출돼 귀속이 불분명하다며 16억여원의 소득금액변동통지처분을 해 법인세를 재산정하도록 했다. 애경유화는 2006년 1월 소송을 내 1·2심에서 승소했다. 구 상속세 및 증여세법 제41조의2 제1항은 본문에서 '권리 이전이나 행사에 등기 등을 요하는 재산에 있어서 실제 소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조의 규정에 불구하고 등기 등을 한 날에 재산가액을 실제 소유자로부터 증여받은 것으로 본다'고 규정하고, 단서 제1호에서 '조세회피 목적 없이 타인의 명의로 재산의 등기 등을 한 경우에는 그러하지 아니하다'고 규정하고 있었다.

금괴를 가공해 만든 귀금속을 수출해 부가가치를 창출했다면 금지금(금괴) 변칙거래에 해당하지 않으므로 금괴 매입가격을 공제해 부가가치세를 신고하더라도 정당하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 김홍도 부장판사)는 지난달 26일 금가공품 수출업체인 A사가 서울 성동세무서장을 상대로 낸 부가가치세등부과처분취소소송(2011구합11372)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "원고는 소량으로 매입한 금지금을 가공해 귀금속으로 제조한 다음 이를 수출해 부가가치를 실제로 창출했다"며 "부정거래의 판로를 확보할 의도였다면 굳이 이러한 방법을 사용하지 않았을 것으로 보인다"고 판단했다. 재판부는 또 "귀금속 제조품 수출가격이 금지금의 시세나 수입가격에 못 미친다고 볼 자료도 없고, 수출거래 상대방이 비정상적인 업체라고 볼 자료도 없다"고 설명했다. A사는 지난 2003년 9월부터 2004년 6월까지 금지금 182㎏을 26억4187만원에 매입한 후 이를 매입세액으로 공제한 부가가치세를 성동구청에 신고했다. 하지만 서울지방국세청이 A사의 금지금 매입 중 19억7075만원이 변칙거래라고 통보하자 성동구청은 2008년 A사에 2003년 하반기와 2004년 상반기 부가가치세와 법인세 합계 3억2596억원을 부과했다. 이에 A사는 조세심판을 청구했으나 기각되자 소송을 냈다. 금지금의 변칙거래란 단기간 동안만 영업하는 '폭탄업체'를 이용해 부가가치세를 납입한 적이 없으면서도 금지금을 수출한다는 명목으로 부가가치세를 환급받는 세금 환급 사기 행위를 말한다.

소송 결과에 이해관계가 있어 소송에 보조참가한 법인이 소송당사자들을 위해 지급한 소송비용은 손금에 해당하지 않는다는 판결이 나왔다. 법인세법 제19조2항이 손금의 요건으로 규정하고 있는 '일반적으로 용인되는 통상적인 비용'과 '수익과 직접 관련된 것'에 해당하지 않다는 이유에서다. 손금(損金)은 손비(損費)의 금액으로,현행 법인세법은 일정기간 기업의 생산 및 판매활동 등 이익창출 과정에서 발생하는 비용은 과세대상에서 제외하고 있다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 최근 부동산개발업체인 M사가 서울 종로세무서장을 상대로 낸 법인세등부과처분취소소송 항소심(2011누1421)에서 원심을 취소하고 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "보조참가인은 당사자의 승소보조자에 불과해 피참가인을 보조하기 위해 참가하는 자로서 소송당사자가 부담할 비용을 보조참가인이 부담하는 것은 합리적이라고 볼 수 없다"며 "보조참가인에 불과한 원고가 보유지분을 초과해 소송비용을 모두 부담한 것은 '일반적으로 용인되는 통상적인 비용'에 해당하지 않는다"고 밝혔다. 재판부는 "원고가 소송에서 승소했지만 결국 사업시행인가를 받지 못했으므로 소송 비용을 모두 부담한 것이 '수익과 직접 관련된 것'에 해당한다고 볼 수도 없다"고 덧붙였다. 서울 종로 중학동 지역에 업무용 빌딩 및 호텔을 신축하는 등 부동산개발을 추진 중이던 M사는 2002년 서울시가 이 지역을 도심재개발구역으로 지정하고 다른 업체를 시행자로 선정해 사업이 무산될 위기에 처하게 됐다. 이에 M사의 대표이사인 최모 씨 등은 서울 종로구청장을 상대로 도심재개발사업시행인가처분취소소송을 제기해 2005년 대법원으로부터 승소확정판결을 받았다. 한편 이 소송에 보조참가인으로 참여한 M사는 소송비용 8억 6800여만원을 모두 지급한 후, 이 비용 전액을 2002~2005 사업연도 손금에 산입해 세액에서 공제했다. 하지만 종로세무서는 "취소소송에 따른 효익이 M사는 물론 해당 부동산개발사업 구역 내에 있는 다른 토지소유자에게도 미쳐 토지소유비율에 따라 이해관계가 발생하므로 소송 비용 역시 M사와 토지소유자인 개인이 나눠 부담해야한다"며 소송 비용 중에서 M사가 소유한 토지비율만을 공제해 법인세를 부과했다. 1심은 "특정 사업을 위해 소송이 제기된 경우 소송 비용 전액이 사업을 시행하는 법인의 손비에 해당한다"며 원고승소 판결했다.

투자금을 담보하기 위해 양도담보 방식으로 신주를 배정받은 경우에는 '명의신탁의 증여의제 규정'을 적용해 증여세를 부과할 수 없다는 판결이 나왔다. 담보 목적을 위해 주식의 실제 소유자와 명의자가 다른 경우에는 주식을 명의신탁한 것으로 볼 수 없다는 판단에 따른 것이다. 구 상속세 및 증여세법 제45조의2 제1항은 '등기 등을 요하는 재산에 있어서 실제 소유자와 명의자가 다른 경우에는 명의자가 실제 소유자로부터 증여받은 것으로 본다'고 규정하고 있다. 서울행정법원 행정11부(재판장 서태환 부장판사)는 최근 윤모(53)씨가 서울 송파세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분취소소송(2011구합7731)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "주식의 실제 소유자와 명의자가 다르다는 것만으로는 실제 소유자가 명의자에게 소유권을 명의신탁했다고 단정할 수 없다"며 "주식의 소유 권한만을 이전받는 명의신탁 목적이 아닌 투자원리금의 반환을 담보하기 위한 양도담보 목적으로 주식을 배정받았음이 상당한 경우에는 '명의신탁의 증여의제 규정'이 적용될 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 또 '명의신탁의 증여의제 규정'은 양도담보권을 명의신탁한 경우에도 적용할 수 없다고 판단했다. 재판부는 "양도담보 목적으로 주식의 소유 명의가 채권자 앞으로 돼 있다 하더라도 실질적으로는 채권자가 주식에 대한 소유권이 아니라 담보권을 보유하고 있는 것에 불과해 양도담보권만이 명의신탁된 경우에도 여전히 소유관계가 달라지는 것이 아니다"라며 "'명의신탁의 증여의제 규정'은 실제 소유자와 명의자가 다른 경우를 규정하고 있을 뿐 실제 양도담보권자와 명의상 양도담보권자가 다른 경우를 포함하는 것으로 해석하기 어렵다"고 설명했다. A주식회사는 지난 2005년 12월 B주식회사의 유상증자에 참여하기 위해 윤씨의 아내 정모씨 등 11명에게서 16억8729만 원의 투자금을 조달했다. A사는 이 투자금으로 B사의 유상증자에 참여해 40만5600주를 투자자들과 그들이 지정하는 3자 명의로 배정받았다. 이 과정에서 정씨는 그 중 2만4000주를 남편 윤씨 명의로 배정받았다. 이후 투자자들은 A사의 매도 지시에 따라 배정받은 주식을 74억2507만원에 판 뒤 투자원금 16억8729만원을 공제한 나머지 금액을 B사에 반환했다. 서울지방국세청은 2009년 8월 B사에 대한 법인세 통합조사 과정에서 이 같은 사실을 적발한 후 '명의신탁의 증여의제 규정'을 적용해 증여세를 부과하라고 송파세무서에 통보했다.

A회사가 자신의 대주주의 출자 비율이 30% 미만인 B회사와 거래를 했다면 B사는 A사의 '특수관계자'가 아니라는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 이 판결은 이같은 경우 A회사를 기준으로 해 특수관계자 해당 여부를 판단해야 한다는 일방관계설과, A갃회사 모두를 기준으로 해 특수관계자 해당 여부를 판단해야 한다는 쌍방관계설 가운데 일방관계설을 따른 것이다. 대법원은 과거 쌍방관계설에 따라 B회사도 특수관계인에 해당한다고 본 종래 대법원 판결(88누7248등)들을 모두 변경했다. 이번 판결에 대해서는 대법원이 조세법률주의 원칙을 재확인했다는 긍정적인 평가가 있는 반면, 기업들의 일감 몰아주기 관행을 근절해야 한다는 사회 분위기에 역행한다는 부정적인 비판도 나오고 있다. 대법원 전원합의체(주심 안대희 대법관)는 21일 A사가 "대주주가 30% 미만을 출자한 법인과의 거래를 부당거래로 간주해 법인세를 부과한 것은 부당하다"며 천안세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송 상고심(☞2008두150)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세법의 위임에 따라 법인세법시행령 제87조1항은 '법인과 각호의 1의 관계에 있는 자'를 특수관계자로 규정하고 있으므로 문언상 법인(A회사)을 기준으로 각호의 1의 관계에 있는 자만이 특수관계자에 해당한다"며 "이와 달리 법인과 거래를 한 상대방(B회사)을 기준으로 해 법인이 각호의 1의 관계에 있는 경우 거래상대방이 특수관계자에 해당한다고 보는 것은 시행령 조항의 문언에 반해 허용될 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "시행령 제87조1항 제4호는 '법인의 주주가 30% 이상을 출자하고 있는 다른 법인'을 특수관계자로 규정하고 있으므로, 그 문언대로 법인의 주주가 30% 이상을 출자하고 있는 다른 법인만이 특수관계자에 해당하고, 법인의 주주가 30% 미만을 출자하고 있는 다른 법인은 그 다른 법인의 주주가 법인의 발행주식 30% 이상을 소유하고 있다 하더라도 특수관계자에 해당하지 않는다"고 설명했다. 반면, 김능환·전수안·안대희·차한성 대법관은 반대의견을 통해 "법인세법 제52조1항의 부당행위계산부인 제도의 취지는 조세회피 행위를 방지하려는 데 있다"며 "자신에게 30% 이상을 출자하고 있는 주주가 출자하고 있는 다른 법인과 거래를 하는 경우에도 경제적 합리성이 없는 거래를 함으로써 조세의 부담을 부당히 경감 내지 배제시킬 가능성이 다분히 있다"고 지적했다. 이들 대법관들은 "법인(A회사)을 기준으로 해 거래상대방이 법인세법시행령 제87조1항 각호의 1에 해당하는 경우뿐만 아니라 거래상대방(B회사)을 기준으로 해 법인이 각호의 1에 해당하는 경우에도 그 거래상대방이 법인의 특수관계자에 해당한다고 봐야 한다"고 밝혔다. 원고 A사는 2004년 회사 주식 48.6%를 보유한 대주주 김모씨가 지분 20%를 소유한 B사에게 주식을 양도하고 금원을 대여했다. 그러나 세무서가 이를 부당행위계산으로 간주해 1999~2001년 사업연도에 법인세 148억원을 부과하자 원고는 이 가운데 51억원을 취소하라며 소송을 냈다. 1,2심은 B사를 특수관계자로 간주해 과세한 것이 정당하다며 A사의 청구를 받아들이지 않았다. 대법원 관계자는 "주주 입장에서는 A회사에 이익을 귀속시키는 것이 B회사에 귀속시키는 것보다 유리하기 때문에 A회사가 손해를 보면서까지 B회사에 고가로 일감을 몰아주는 경우는 그리 많지 않을 것"이라고 말했다.

법무법인이 받은 기업자문료가 직원의 실수로 거래내역이 불명확한 수입(가수금)으로 처리돼 매출액에서 누락됐더라도 이를 사외유출로 봐 대표변호사의 상여로 의제하는 것은 부당하다는 판결이 나왔다. 현행 법인세법은 법인이 고의로 매출액을 누락한 경우 이 금액이 사외로 유출된 것으로 보고 있고, 법시행령은 사외유출이 분명한 금액은 법인의 대표자에게 귀속된 것으로 간주해 일반적인 경우보다 고율의 소득세를 부과하고 있다. 서울행정법원 행정6부(재판장 김홍도 부장판사)는 지난 8일 A법무법인이 서울 역삼세무서장을 상대로 낸 소득금액변동통지취소소송(2011구합10485)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "법인의 매출액이 장부에 기재되지 않은 경우 특별한 사정이 없는 한 매출누락액이 사외로 유출된 것으로 봐야 하지만, 이 금액이 가수금으로 입금돼 가수금계정에 상정돼 있다면 과세관청이 사외로 유출된 사실을 입증해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "기업자문료 금액이 가수금 계정에 계상돼 있었고 그 내용이 대표자로부터의 차입금 거래를 기장한 것도 아니므로 사외로 유출됐다고 보기 어렵다"고 설명했다. B법무법인은 지난 2006년 H회사로부터 자문료 1억1,000만 원을 지급받았지만 직원의 실수로 이를 장부에 '기타 가수금 입금'으로 처리, 매출액에서 누락시킨 채 법인세를 신고했다. 이후 B법무법인은 국세청으로부터 '과세자료 해명안내'를 받고 부가가치세와 법인세를 수정신고 했다. 하지만 역삼세무서는 누락된 자문료가 법무법인의 대표변호사에게 사외유출된 것으로 간주하고 B법무법인에 대표변호사를 소득자로 한 소득금액변동통지를 했다. 이에 B법무법인이 조세심판을 신청했지만 기각당하자 소송을 냈다. 한편 B법무법인은 지난 2009년 C법무법인과 합병해 A법무법인으로 명칭을 변경했다.

관광사업체가 금강산 관광사업 전면중단으로 손해를 입었다면 회사는 그 손해를 과세표준에 반영할 수 있다는 판결이 나왔다. 청주지법 행정부(재판장 최병준 부장판사)는 9일 금강산 관광사업체 대표 이모씨가 "금강산 관광이 전면 중단된 데 따른 결손금을 과세표준에 반영해달라"며 청주세무서장을 상대로 제기한 법인세등경정청구거부처분취소소송(☞2010구합2024)에서 원고승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "'남북사이의소득에대한이중과세방지합의서'에는 상대방의 지역에서 결손금이 발생한 경우에 일방에서 이를 처리하기 위한 규정은 두고있지 않으므로, 결국 내국법인인 원고가 북한의 금강산 지구에서 남북경제협력사업의 하나로 승인받은 사업을 영위하는 과정에서 발생한 이 사건 결손금의 처리에 대해서는 남한의 법인세법이 적용돼야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "구 법인세법에 의하면 납세지 관할세무서장 등은 과세표준과 세액신고를 한 내국법인의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때는 이를 즉시 경정하도록 규정하고 있다"며 "청주세무서가 이씨의 2008사업연도의 법인세 과세표준 산정시 이 사건 결손금을 공제하지 않아야 한다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다"고 설명했다. 이씨는 2005년 12월 남북교류협력에관한법률에 의해 남북협력사업 승인을 받아 금강산 관광지구에 회사 지점을 설치하고 골프장 및 스파 리조트 사업을 해왔다. 2008년 7월 금강산 관광지구에서 남한관광객이 북한군의 총격으로 사망하는 사고가 발생해 금강산 관광이 전면 중단됐고, 이씨는 2008년 사업연도 중 금강산 지점에서 60여억원의 손실을 입게됐다. 이씨는 2009년3월 2008년 사업연도 소득에서 결손금을 공제하지 않고 법인세 및 농어촌특별세를 신고했다가 2009년 10월 결손금을 손금에 산입해 과세표준 및 세액경정청구를 했으나 청주세무서가 경정청구를 거부하자 소송을 제기했다.

당초 조세감면결정을 받았던 기술이 시간이 흘러 보편적인 기술이 됐다면 조세감면대상에서 제외해도 신뢰보호원칙을 위반한 것이 아니라는 대법원판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 전수안 대법관)는 수질오염물질처리사업체 (주)A사가 기획재정부를 상대로 낸 조세감면거부처분 취소소송 상고심(2008두19659)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "국립환경연구원은 2002년 이 사건 기술현황에 대해 2001년부터 2002년까지 국내 26개 업체가 이 기술 또는 유사한 환경신기술 보유업체로 지정받은 점을 근거로 해 원고의 기술은 국내의 활발한 기술개발로 인해 상용화됨으로써 기술이전효과가 미약하다는 취지의 의견을 표명했다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "이 사건 투자는 이 같은 의견표명이 있은 후에 이뤄졌고 법에서 말하는 기술은 신규성과 고도성 및 파급력 등을 요건으로 하므로 시간의 경과에 따라 그 해당여부에 대한 판단이 달라질 수밖에 없다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "기재부가 사정변경으로 이 기술이 법에서 정한 기술에 해당하지 않게 된 이후에 이뤄진 투자에 대해서도 조세감면대상사업에 해당한다는 견해표명을 했다고 할 수 없어 이 사건 처분이 사전확인통보의 취지에 반한다고 하더라도 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수 없다"고 판단했다. 하수처리시설의 건설 등을 위해 2001년 설립된 A사는 인천광역시와 협약을 체결하고 사업을 하던 중 자신들의 사업이 조세특례제한법에서 정한 '고도의 기술'을 이용하고 외국인의 투자를 받았다며 기획재정부에 조세감면신청을 해 조세감면결정을 받았다. 이후 A사는 2004년께 사업을 진행하면서 다시 기재부에 조세감면신청을 했으나 거부당하자 소송을 냈다. 1심은 "시간이 지나면 조세감면대상에 해당하는지 여부는 달라질 수 있어 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 할 수 없다"며 원고패소 판결했다. 그러나 2심은 이를 뒤집어 원고승소 판결을 내렸다. 현행 조세특례법은 '고도의 기술을 수반하는 사업, 국내에서 개발수준이 낮거나 개발이 되지 않은 기술을 수반하는 사업으로서 국내사업의 국제경쟁력 강화를 위해 필요하다고 인정되는 사업'에 대해서는 법인세 등을 감면한다고 규정하고 있다.

특정 사업을 위해 소송이 제기된 경우 소송비용 전액이 해당 사업을 시행하는 법인의 손비에 해당한다는 판결이 나왔다. 손비란 일정기간동안 기업의 생산 및 판매활동 등 이익창출과정에서 발생하는 비용으로 현행 법인세법은 손비가 발생한 부분만큼을 기업의 과세대상에서 제외하고 있다. 서울행정법원 행정2부(재판장 하종대 부장판사)는 지난 9일 부동산개발업체인 M사가 서울 종로세무서장을 상대로 낸 법인세등부과처분 취소소송(2010구합19898)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "법인세법은 손비를 법인의 사업과 관련해 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 규정하고 있다"며 "원고가 종로구청장을 상대로 제기했던 도심재개발사업시행인가처분 취소소송과 관련해 지출한 소송비용이 손비에 해당하는지 여부를 살피기 위해서는 결국 해당 소송비용이 원고의 사업과 관련해 지출된 비용인지 여부를 따져보아야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고가 당시 소송을 제기한 것은 재개발사업 등 원고의 목적사업을 위한 것일 뿐만 아니라 취소소송의 효익이 각 토지의 소유자들에게 미치는 것은 부수적인 것이고 주된 효익은 역시 원고에게 귀속된다고 봄이 상당하다"며 "원고가 지출한 소송비용 전부를 원고의 업무와 관련된 비용으로 봐야한다"고 판단했다. 원고측 소송대리를 맡았던 강창문(사법연수원 26기) 변호사는 "이번 판결은 법원이 사업시행과 관련된 소송의 소송비용전액을 사업을 수행하는 법인의 손비에 해당한다고 인정한 첫 사례로 향후 유사한 사건에서도 충분히 적용될 수 있을 것"이라고 의미를 강조했다. 서울 종로구 중학동 지역에 업무용 빌딩 및 호텔을 신축하는 등 부동산개발을 추진 중이던 M사는 지난 2002년 서울시가 이 지역을 도심재개발구역으로 지정하고 다른 업체를 시행자로 선정해 사업이 무산될 위기에 처하자 서울 종로구청장을 상대로 도심재개발사업시행인가처분 취소소송을 제기해 2005년 대법원으로부터 승소확정판결을 받았다. 이와관련 M사는 소송비용인 8억6,800여만원을 2002~2005 사업연도 손금에 산입해 매입세액을 공제했다. 하지만 종로세무서는 "취소소송에 따른 효익이 M사는 물론 해당 부동산개발사업 구역내에 있는 다른 토지소유자에게도 미쳐 토지소유비율에 따라 이해관계가 발생하므로 소송비용 역시 M사와 토지소유자인 개인이 나눠 부담해야 한다"며 소송비용 중에서 M사가 소유한 토지비율만큼만을 공제해 법인세를 부과했다. M사는 이에 불복해 소송을 냈다.