대주주가 주식을 팔 때 먼저 취득한 주식을 양도한 것으로 간주, 양도소득세를 부과하는 것은 위법이라는 법원판결이 처음으로 나왔다. 이번 판결은 대주주가 주식을 팔 때 실제와는 달리 과세관청이 관행적으로 적용해온 양도세 부과방법에 제동을 건 것으로 법원에 계류중인 같은 종류의 사건에 영향을 끼칠 것으로 보인다. 현재 대주주가 주식을 양도할때 위탁받은 증권사는 제일 마지막에 매수한 주식부터 먼저 파는 '후입선출법'을 사용하고 있지만 세무서는 먼저 산 주식부터 양도하는 '선입선출법'으로 간주, 양도소득세를 계산해 부과하고 있다. 서울행정법원 제1단독 조성권 판사는 엔씨소프트 대주주 이모씨가 마포세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송(☞2005구단3434)에서 "고객의 이익을 고려한 증권사의 후입선출법에 의한 양도주식의 방식을 과세관청도 존중해야 한다"며 최근 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "장기보유주식의 배당소득에 대한 과세상의 혜택이 부여되는 구 조세감면규제법 제81조의3이 시행됨에 따라 소유주식이 장기보유주식인지를 구분해야 할 필요성이 생겨 대신증권을 포함한 모든 증권회사들은 고객계좌의 잔고주식을 취득일자별로 구분·관리하게 되었고 구 조감법시행령 제80조7항에 따라 그중 일부가 양도되는 경우 후입선출법에 따라 계좌상 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 관리하는 방식으로 회계처리하는 것이 관행으로 자리잡았다"며 "1998년1월1일 이후 현재까지 업무처리의 기준으로 채택돼 관행화되어온 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식은 구 조감법시행령 제80조7항 및 고객의 이익을 고려한 것으로서 공정·타당하므로 기업회계의 존중을 규정한 국세기본법 제20조의 취지에 비춰 과세관청은 이를 존중해야 할 것"이라고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고가 주식관리를 위탁한 대신증권은 다른 증권회사들과 마찬가지로 고객의 장기보유주식 확인을 위해 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식을 업무처리 기준으로 채택해 운영해왔고 원고는 이에 대해 아무런 이의를 제기하지 않은 점, 증권회사들이 고객계좌의 잔고주식을 취득일자별로 관리하고 있는 이상 수회에 걸쳐 취득한 같은 종목의 주식중 일부를 양도한 경우라도 양도된 주식을 그 취득일자에 의해 특정할 수 있는 점, 양도주식은 그 취득당시의 취득가액이 서로 다를 것이어서 적어도 양도소득세 산정을 위한 양도차익 계산에 있어서는 주식을 취득일자별로 특정해, 구분·관리하는 것이 의미가 있다는 점 등을 고려하면, 원고가 양도한 주식이 그 취득일자를 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수도 없다"며 "원고가 양도한 주식의 취득시기가 분명하지 않다는 이유로 소득세법시행령 제162조5항에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도했다고 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다"고 덧붙였다. 이씨는 지난99년 엔씨소프트의 주식 11만4천5백48주를 가지고 있었으며 이씨의 남편도 같은 회사 주식 10만3천5백98주를 가지고 있어 총 소유주식이 엔씨소프트의 총발행주식 4백50만주의 3%를 초과해 대주주가 됐다. 이씨는 엔씨소프트가 2000년7월 코스닥시장에 등록되자 같은해 8월부터 12월까지 대신증권에 개설된 위탁자계좌를 통해 엔씨소프트 주식 2만4천8백주를 새롭게 매수했다가 다시 5만5천5백8주를 양도한후 양도가액을 54억6천7백8만여원으로, 취득가액을 대신증권 위탁계좌원장에 기재된 주식의 입고일과 매수일을 기준으로 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 후입선출법으로 계산한 20억9천4백88만여원으로 해 양도소득세 3억1백22만7천여원을 신고·납부했으나 마포세무서가 "양도주식의 취득시기가 확인되지 않고 취득시기가 분명하지 않다"는 이유로 선입선출법으로 재계산, 지난해 6월 2000년도 귀속 양도소득세를 3억4천55만여원으로 경정·고지하자 소송을 냈었다.

상장주식의 양도로 인해 소득을 얻은 사람중 대주주에게만 양도소득세를 부과토록한 소득세법의 규정은 헌법상 평등의 원칙이나 조세평등주의 원칙에 위반되지 않는다는 법원판결이 나왔다. 서울행정법원 제2단독 金炳秀 판사는 삼성전자 주식 8천4백80주를 지난 2001년 17억3천3백58만5천원에 양도해 양도세를 부과받은 이모씨(51)가 "대주주만 양도소득세를 내는 것은 부당하다"며 강남세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송(2005구단5898)에서 "세무서의 처분은 정당하다"며 14일 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "법률조항에 의해 상장주식의 양도로 인한 소득을 얻은 자중 대주주에 대해서만 양도소득세를 부과한 결과를 가져온다 하더라도 이는 합리적인 이유가 있는 차별로서 헌법상 평등의 원칙이나 조세평등주의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 또 "과세대상 여부가 문제된 본인이 소유한 주식만이 아니라 그 특수관계자가 소유한 주식까지 합산해 일정수준 이상의 보유비율(3%) 또는 시가총액(1백억원)에 이른 경우 본인과 그 특수관계자들 모두 대주주로 보고 양도소득세의 과세대상으로 규정한 구 소득세법시행령 제157조4항은 특정회사의 주식을 분산해 보유한 특수관계자들은 주권의 행사나 주식의 거래에 있어 쉽게 담합해 회사를 지배하거나 주식시장의 가격형성에 영향력을 미칠 수 있다는 점에서 그 주식이 1인에게 집중된 경우와 같은 결과를 초래한다"며 "특수관계자들이 그들 소유의 주식을 합산한 결과 일정수준 이상의 보유비율 또는 시가총액에 이르게 된 경우 세법상 1인의 소유주식이 일정수준 이상의 보유비율 또는 시가총액에 이르게 되는 경우와 달리 취급할 이유가 없으며, 이들 모두를 대주주로 보아 양도소득세의 과세대상으로 삼더라도 자본시장의 위축이라는 부정적인 영향이 적고, 비정상적으로 형성된 투기적인 자본이익에 대해 보다 엄격한 과세를 할 필요가 있다"고 설명했다. 이씨는 지난 2001년 자신이 가지고 있던 삼성전자 주식 8천4백80주를 17억3천3백58만여원에 양도했는데, 강남세무서가 이씨와 가족들이 가지고 있는 주식이 모두 1백억원을 넘어 대주주에 해당한다며 양도소득세 3억2천1백76만여원을 부과하자 소송을 냈었다.

아파트 분양권끼리 맞바꾼 경우에도 비슷한 분양권 거래사례를 참고해 양도소득세를 부과해야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2단독 崔恩培 판사는 4일 안모씨와 조카 이모씨가 아파트 분양권을 맞바꾼 뒤 "분양권에 별도 프리미엄을 붙여 팔지 않았는데 양도소득세를 부과한 것은 부당하다"며 각각 중부세무서와 금천세무서를 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송(2003구단5566)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "두 사람이 분양권을 맞바꾸면서 분양권 가격을 감정하는 등 객관적 가치를 산정하지 않아 실거래가액을 확인할 수는 없으나 유사 거래사례를 보면 단지 서로 분양권 취득가 차액만 정산했다고 믿기 어렵다"며 "비슷한 시기의 같은 평형 아파트 거래사례에 따라 양도소득세를 부과한 피고의 처분은 적법하다"고 밝혔다. 안씨는 지난 2001년10월 자신이 소유한 서울이촌동 한강변의 54평형 아파트 분양권과 조카 이씨가 소유한 서울방학동 49평형 아파트 분양권을 1억5천5백만원을 더 받는 조건으로 맞바꿨으나 관할세무서가 양도소득세를 부과하자 '분양권 취득가액의 차액만큼 서로 정산한 것 뿐이라 별도의 양도차익이 없다'며 소송을 냈었다.

임대주택도 주거용 주택에 해당, 주택임대사업자가 거주하는 주택을 양도할 경우 '1가구 1주택 양도'로 볼 수 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 특별7부(재판장 吳世彬 부장판사)는 2일 주택임대사업자 정모씨(53)가 "임대용 주택을 거주용 주택으로 봐 양도소득세를 부과한 것은 부당하다"며 동작세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송 항소심(2003누16862)에서 원고항소를 기각하는 한편 구소득세법(2002년12월 개정되기 전 법률) 제89조 제3호에 대해 낸 위헌제청신청(2004아96)도 "이유없다"고 기각했다. 재판부는 판결문에서 "1세대가 2개 이상의 주택을 소유하고 있는 경우, 주거용으로 사용하는 1개 주택을 제외한 나머지 주택을 모두 임대용으로 사용하고 있다고 해도 나머지 주택들은 소유자의 주거용으로 전환할 수 있는 것이어서 주거용으로 사용하는 1개 주택의 양도에 대해 양도소득세를 과세하더라도 주거생활의 안정이나 거주이전의 자유를 해치지 않는다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "모든 임대사업자의 임대용 주택을 소유주택에서 제외할 경우 임대주택이 부동산투기에 이용될 가능성 또한 적지 않다"며 "임대사업자의 임대주택에도 양도소득세를 과세할 필요가 있다고 할 수 있고 그로 인해 헌법상 평등의 원칙이나 행복추구권, 직업선택의 자유에 반한다고도 할 수 없다"고 덧붙였다. 정씨는 지난 2001년7월 안양시에 있는 아파트를 양도하면서 양도소득세 2천여만원을 납부했다가 다음해 이 주택이 '1가구 1주택'에 해당돼 비과세 대상이라며 납부한 세금을 돌려달라고 주장했지만 세무서가 "임대용 주택을 포함, 1가구 3주택"이라며 환급을 거부하자 소송을 내 1심에서 패소했었다.

부동산을 증여받은 친척 등 특수관계인이 이를 2년 내에 팔 경우 증여인에게 양도소득세를 부과하도록 규정하고 있는 구 소득세법 제101조제2항은 증여세와 양도소득세를 함께 부담시키는 이중과세여서 헌법에 합치되지 않는다는 헌법재판소의 결정이 나왔다. 헌법재판소 전원재판부(주심 周善會 재판관)는 24일 이모씨가 "동생에게 증여한 토지가 부산시에 수용되자 양도소득세를 추가로 부과하면서도 증여세를 반환하지 않는 것은 부당하다"며 낸 헌법소원 사건에서 구 소득세법(96년12월 개정전 법률) 101조2항에 대해 헌법불합치 결정과 적용중지 결정을 내렸다.(☞2000헌바28) 재판부는 결정문에서 "이 규정에 의해 조세법적으로는 부인된 증여세액 등을 환급하지 않고 과세관청이 보유한다면 조세부과의 불공평을 시정한다는 입법목적 이상으로 언제나 수증자에게 부과된 증여세액 만큼을 이중으로 징수하는 결과에 이른다"며 "이는 입법목적의 달성에 필요한 정도를 과도하게 넘은 이중과세이며 그 내용이 재산권을 과도하게 침해하는 것으로 헌법에 위반된다"고 밝혔다. 이씨는 96년2월 여동생에게 토지를 증여, 증여세를 냈음에도 이 토지가 2개월 뒤 부산시에 수용돼 양도소득세가 추가로 부과되자 헌법소원을 냈다.

구 소득세법 제23조4항 단서(양도소득세 부과기준)에 대한 해석을 놓고 3년이상 끌어왔던 헌법재판소와 대법원간의 갈등으로 빚어진 사태는 일단 마무리됐다. 양도소득세를 실거래가액을 기준으로 부과해야 한다는 대법원 판례와 공시지가에 따라 계산해야 한다는 취지로 대법원 판결을 취소한 헌재의 결정으로 이러지도 저러지도 못했던 국세청이 양도소득세 체납을 이유로 압류하고 있던 이길범씨등 10여명의 재산압류를 해제하고 공시지가를 초과하여 부과했던 세금도 취소했다. 이에 따라 이씨등도 양도소득세부과와 관련하여 헌재와 법원에 냈던 헌법소원과 소를 모두 취하했다. 이로써 구 소득세법과 관련한 갈등에 따른 납세자들의 재산권침해 문제는 모두 해소됐으나 헌법재판소법 개정 등 근본적인 대책이 없는 한 같은 성질의 갈등이 되풀이될 소지는 여전히 남아있다는 지적이다. 구 소득세법을 둘러싼 헌재와 대법원간의 갈등은 헌재가 지난 95년 11월 양도소득세의 과세기준에 대해 원칙적으로 기준시가에 의하도록 하면서 예외적으로 "대통령령이 정하는 경우 실거래가에 의한다"고 정하고 있는 구 소득세법 제23조4항 단서에 대해 "실거래가가 기준시가를 초과하는 경우에도 실거래가를 기준으로 세금을 부과하는 것으로 해석하는 한 위헌"이라며 한정위헌결정(94헌바40, 95헌바13)을 내리면서 시작됐다. 이 결정을 근거로 이길범씨가 실거래가를 기준으로 자신에게 부과된 세금 8억8천여만원은 위헌법령에 의한 것으로 부당하다며 행정소송을 냈으며 대법원은 96년4월 문제의 법조항은 합헌이고 세무서의 과세처분은 적법하다며 이씨의 상고를 기각, 헌재결정과 정반대의 판결을 선고했다. 당시 대법원은 헌재의 한정위헌결정은 법원의 법률해석권한에 대한 견해 표명에 불과하므로 법원을 기속하지 않는다고 밝혔었다(95누11405). 이에 이씨는 위헌법령을 재판의 근거로 삼은 대법원 판결을 취소해 달라며 헌법소원(재판소원)을 냈으며 헌재는 97년 12월 한정위헌결정을 따르지 않은 재판도 헌법소원 대상이 된다며 사법사상 처음으로 대법원 판결을 취소했다(96헌마173). 국세청은 헌재 결정에 따라 양도세부과처분을 취소하지도 못하고, 대법원 판례에 의해 공매처분에 들어가지도 못한 채 이씨 재산에 대한 압류만 계속해 놓고 있었다. 학계에서는 국세청의 조치에 대해 헌재의 결정을 따르지 않은 법원 판결은 헌법소원(재판소원) 대상이 된다는 것을 최종 확인한 셈이라는 평가이다. 반면 대법원은 "법령을 최종적으로 해석·적용할 권한이 대법원에 있다는 입장에는 변함이 없다"며 "현행 헌법재판소법상 법원의 재판은 헌법소원 대상이 될 수 없다"고 강조했다. 대법원은 기본적으로 국세청 조치에 동감할 수는 없으나 또다시 헌재와의 갈등론에 휘말리는 것은 국가 전체와 법조계의 이익을 위해 바람직하지 않다는 반응이다. 그러나 헌재가 대법원의 판결을 취소한 97년 12월 이후에도 갈등의 소지를 안고 있는 한정위헌(2건)이나 한정합헌(12건) 결정을 계속 내리고 있고 대법원도 "법률해석권은 법원의 고유권한이므로 법원이 헌재의 해석을 반드시 따를 필요는 없다"는 입장을 고수하고 있는 한 법률해석권을 둘러싼 갈등의 소지는 여전히 남아 있다. 결국 근본적인 해결책은 헌법재판소법을 개정하여 한정위헌(합헌)과 같은 변형결정을 할 수 없도록 명시하든지, 법원의 재판도 헌법소원의 대상이 되도록 규정하는 입법조치뿐이라는 지적이다.

양도소득세 과세부과에 관한 구소득세법의 한정위헌결정의 효력을 둘러싼 헌재와 대법원의 대립이 3년째 이어지고 있다. 이같은 사실은 구 소득세법에 따른 과세처분에 불복해 제기한 행정소송에서 패소했으나 헌법재판소가 그 근거법인 구소득세법에 대한 한정위헌결정에 반한다며 대법원판결을 취소함으로써 빚어진 양 기관의 갈등으로 세금부과처분을 취소 받지 못하자 한 시민이 최근 국가를 상대로 손해배상 청구소송을 제기함으로써 드러났다. 특히 이 시민은 소장에서 "헌법재판소법 제75조1항은 '헌법소원의 인용결정은 모든 국가기관과 지방자치단체를 기속한다'고 규정하고 있는데도 세무서가 아직까지 양도소득세와 부동산압류처분을 취소하지 않고 있는 것은 명백한 직무유기에 해당된다"고 주장했다는 점에서 앞으로 법원판결이 주목된다. 이번에 손배소송을 낸 이 시민은 97년 당시 위헌법령을 재판의 근거로 삼은 대법원판결을 취소해 달라며 헌법소원을 제기했으며, 헌재는 한정위헌결정을 따르지 않는 재판도 헌법소원의 대상이 된다면서 이씨에 대한 대법원판결을 취소했다. 당시 이 사건은 사법사상 처음으로 법원판결이 헌재에 의해 취소되는 충격적인 사건으로 법조계에 적지않은 파문을 빚었다는 점에서 이번 손배소송의 결과에 비상한 관심이 집중되고 있다. ◇ 국가배상청구 세무서의 양도소득세부과처분에 불복해 헌법소원을 냈던 이길범씨(61·전국회의원)는 지난달 8일 "헌재가 세무서의 양도소득세 부과처분을 취소하는 결정을 했는데도 세무서가 아직까지 양도세부과처분과 부동산에 대한 압류처분을 취소하지 않고 있는 것은 부당하다"며 국가와 부동산을 압류한 동작세무서를 상대로 1천1백만원의 지급을 구하는 손해배상 청구소송(2000가소93199)을 서울지법에 냈다. ◇ 쟁점 이씨가 아직까지도 양도소득세부과처분을 취소 받지 못하고 있는 것은 이 사건 양도세부과처분의 근거가 된 구 소득세법 제23조4항 단서와 제45조1항1호 단서를 두고 법원과 헌법재판소가 해석을 달리 하고있는 가운데 일선 세무서가 어느 기관의 판단을 따라야 할 지 아직 입장을 정리하지 못하고 있기 때문이다. 헌재는 이씨가 헌법소원을 내기 한 해 전인 95년11월 김모씨 등이 낸 헌법소원사건(94헌바40, 95헌바13)에서 "이들 법조항이 실지거래가액에 의할 경우를 그 실지거래가액에 의한 세액이 그 본문의 기준시가에 의한 세액을 초과하는 경우까지를 포함해 대통령령에 위임한 것으로 해석하는 한 조세법률주의와 헌법 제75조가 규정한 포괄위임금지의 원칙에 위반된다"며 한정위헌결정을 내렸다. 하지만 대법원은 96년4월 이 같은 헌재결정에도 불구하고 "양도소득세등 8억8천여만원의 세금부과는 위헌법령에 의한 것으로 부당하다"며 행정소송을 낸 이씨의 상고심재판(95누11405)에서 "이들 법조항은 헌법상의 조세법률주의와 포괄위임금지의 원칙에 위배되지 않는 유효한 규정이므로 세무서의 과세처분은 적법하다"며 이씨의 상고를 기각, 헌재결정과 정반대의 판결을 선고했다. 이에 이씨는 "위헌법령을 재판의 근거로 삼은 대법원판결을 취소해 달라"며 헌법재판소에 헌법소원(96헌마173)을 제기했으며, 헌재는 이 사건에서 헌법소원의 대상에서 법원의 재판(재판소원)을 제외하고 있는 헌법재판소법 제68조1항을 이유로 재판취소를 구하는 헌법소원을 모조리 각하하던 종전의 입장을 변경해 "한정위헌결정을 따르지 않는 재판도 헌법소원의 대상이 된다"며 이씨에 대한 대법원판결을 취소, 사법사상 처음으로 법원판결이 다른 기관에 의해 취소되는 사태가 벌어졌다. 당시 대법원은 이에 대해 "국가적 난국 상황에서 헌재 결정에 대응하는 것은 국민들에게 불안감을 주고 기관이기주의라는 오해를 살 수 있다"며 공식입장의 표명을 유보하면서도 "헌법 체계상 구체적 사건에 관한 최종적인 법률해석과 적용권한은 대법원에 있으므로 헌재의 한정위헌결정에 따를 필요가 없다"는 입장을 밝혔다. ◇ 세무서 입장 이처럼 헌재와 대법원이 갈등이 장기화되자 양도소득세를 부과한 동작세무서는 이들 중 어느 일방의 주장도 따르지 못한 채 아직까지도 어정쩡한 태도를 보이고 있다. 즉 헌재결정 취지대로 결정당시 곧바로 양도세부과처분을 취소하거나, 아니면 대법원 판례를 쫓아 즉각 이씨 재산에 대한 공매처분에 들어갔어야 했는데도 아직까지 압류만 해 놓은 상태다. 동작세무서 관계자는 "세액이 크기 때문에 일선 세무서입장에서 선뜻 처리하기 어려워 현재 법무부에 법률해석을 의뢰한 것으로 안다"며 "다만 압류해지를 하지 않은 것은 이씨가 이 사건 세금외에도 증여세등 10억여원의 세금을 체납하고 있기 때문"이라고 밝혔다. ◇ 전망 헌재와 대법원의 첨예한 대립이 봉합될 징후는 아직까지 보이지 않는다. 또 이미 대법원의 입장이 확고한 만큼 법원이 이씨의 손해배상청구를 받아들일지 역시 미지수다. 이씨의 청구를 받아들이는 것은 곧 법원 스스로가 불법행위사실을 인정하는 것으로 비칠 수도 있기 때문이다. 하지만 이번 국가배상소송에서 패소할 경우 이씨는 다시 헌법소원을 낼 것으로 예상돼 민사소송과 헌법소원의 악순환이 계속될 것으로 보인다. 또 현재 대법원에 6건, 헌재에 2건 등 동일유형의 사건이 장기 계류중인 것으로 알려져 양측의 대립이 계속될 경우 '사법기관에 의한 재산권침해'가 재연될 수도 있다는 지적이다.