구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조의2 제1항 본문에 따라 처음으로 주식을 상장하는 것을 전제로 자산재평가를 하고 그 신고를 함에 따라 구 자산재평가법(1998. 4. 10. 법률 제5531호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따라 그 재평가차액에 대하여 자산재평가세가 부과, 납부되었으나, 법정기간 내에 주식이 상장되지 아니한 경우에는 1990. 12. 31 법률 제4285호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항의 규정에 따라 이미 행한 재평가를 구 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하는 결과, 이미 이루어진 자산재평가세 부과처분은 처음부터 그 근거를 상실하여 위법한 것으로 돌아가므로 취소되어야 하고, 자산재평가차액은 다시 법인세법의 규정에 의한 소득계산상 해당 연도의 익금에 산입되어 법인세 등이 경정, 부과처분되어야 한다. 이와 같이 자산재평가세 부과처분이 취소됨에 따라 납세자가 이미 납부하였던 자산재평가세액을 납세자에게 환급하는 것은 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1호에 해당하는 것임이 분명하고, 따라서 그 환급금에 대하여는 그 납부일의 다음 날부터 국세환급가산금을 가산하여야 할 것이고, 이를 법률의 개정으로 인한 것이라고 볼 수는 없으므로 구 국세기본법 제52조 제5호가 적용될 것은 아니라고 할 것이다. ☞ 원고가 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항 본문에 따라 주식의 상장을 전제로 자산재평가를 하여 재평가세를 납부한 다음 상장기한인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하자 피고가 재평가세 부과처분을 취소하고 재평가세를 환급하면서 납부일 다음날부터 환급일까지의 환급가산금을 가산하여 지급하였다가 그 후 피고가 위 환급가산금 중 납부일 다음날부터 2003. 12. 31.까지 부분에 대하여는 환수처분을 한 사안에서, 피고는 구 국세기본법 제52조 제5호에 따라 납부일 다음날부터 환급가산금을 가산하여 지급할 의무가 있으므로, 재평가세 부과처분이 위법하게 된 2004. 1. 1.부터 환급가산금을 가산하여 지급하여야 할 의무가 있는 것을 전제로 한 피고의 환급가산금 환수처분을 위법하다고 보아 원심을 파기한 사례

부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행해지는 세무조사결정이 있는 경우 납세의무자는 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담하게 되는 점, 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 납세의무자로 하여금 개개의 과태료 처분에 대하여 불복하거나 조사 종료 후의 과세처분에 대하여만 다툴 수 있도록 하는 것보다는 그에 앞서 세무조사결정에 대하여 다툼으로써 분쟁을 조기에 근본적으로 해결할 수 있는 점 등을 종합하면, 세무조사결정은 납세의무자의 권리·의무에 직접 영향을 미치는 공권력의 행사에 따른 행정작용으로써 항고소송의 대상이 된다고 할 것이다.

세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 또한 납세자의 성실성 추정이 배제되어 우선적 세무조사의 대상이 되는 경우로서 구 국세기본법시행령(1998. 2. 24. 대통령령 제15686호로 개정되기 전의 것) 제63조의4 제1항에서 규정하고 있는 ‘납세자에 대한 구체적인 탈세제보가 있는 경우’, ‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’ 등 보다는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하여 해석하는 것이 규정체계상 합리적인 점, 재조사를 금지하는 입법취지에는 납세자의 실질적인 권익보호뿐만 아니라 세무조사 기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의3에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 한다. 따라서 객관성과 합리성이 뒷받침되지 않는 한 탈세제보가 구체적이라는 사정만으로는 여기에 해당한다고 보기 어렵다.

1. 개별공시지가 산정업무 담당공무원 등이 그 직무상 의무에 위반하여 현저하게 불합리한 개별공시지가를 결정되도록 함으로써 국민 개개인의 재산권을 침해한 경우에는 그 손해에 대하여 상당인과관계 있는 범위 내에서 그 담당공무원 등이 소속된 지방자치단체가 배상책임을 지게 된다. 2. 개별공시지가는 그 산정목적인 개발부담금의 부과, 토지 관련 조세 부과 등 다른 법령이 정하는 목적을 위해 지가를 산정하는 경우에 그 산정기준이 되는 범위 내에서는 납세자인 국민 등의 재산상 권리·의무에 직접적인 영향을 미칠 수 있지만, 이에 더 나아가 개별공시지가가 당해 토지의 거래 또는 담보제공을 받음에 있어 그 실제 거래가액 또는 담보가치를 보장한다거나 어떠한 구속력을 미친다고 할 수는 없다. ☞ 피고 소속 담당공무원 등의 토지에 관한 개별공시지가 산정에 관한 직무상 위반행위와 원고가 이 사건 토지의 담보가치가 충분하다고 믿고 추가로 물품을 공급하였다가 입은 손해 사이에 상당인과관계가 있다고 보기 어렵다고 한 사례.

이의신청 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 처분청으로 하여금 하나의 과세단위의 전부 또는 일부에 관하여 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 후속 처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있다. 이에 따라 재조사결정을 통지받은 이의신청인 등은 그에 따른 후속 처분의 통지를 받은 후에야 비로소 다음 단계의 쟁송절차에서 불복할 대상과 범위를 구체적으로 특정할 수 있게 된다. 이와 같은 재조사결정의 형식과 취지, 그리고 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 복잡하고 전문적·기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성 등을 감안하면, 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없다. 그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이므로, 재조사결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이 상당하다. ☞ 이와 달리, 재조사결정에 따른 행정소송의 제소기간은 원칙적으로 납세자가 재결청으로부터 재조사결정의 통지를 받은 날부터 기산된다는 취지로 판시한 대법원 1997. 10. 24. 선고 96누10768 판결, 대법원 1998. 5. 26. 선고 98두3211 판결, 대법원 1999. 5. 28. 선고 99두1021 판결, 대법원 2007. 5. 10. 선고 2004두2837 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2005두3585 판결, 대법원 2009. 5. 28. 선고 2006두16403 판결 등을 비롯한 같은 취지의 판결들을 이 판결의 견해와 저촉되는 범위에서 변경한 사안임 ☞ 위 다수의견에 대해서는, (1) 재조사결정은 단지 효율적인 사건의 심리를 위하여 처분청에 재조사를 지시하는 사실상의 내부적 명령에 불과하여 그로써 이의신청 등에 대한 결정이 있었다고 할 수 없으므로, 이의신청인 등에게 재조사결정이나 후속 처분이 통지되었다고 하더라도 그 후 다시 재결청이 국세기본법에 규정된 유형의 결정을 하여 이의신청인 등에게 이를 통지할 때까지는 심사청구기간 등이 진행하지 않는다고 보아야 한다는 대법관 김영란, 대법관 양승태, 대법관 안대희의 별개의견이 있고, (2) 대법관 이홍훈의 다수의견에 대한 보충의견이 있음

1. 국세기본법 제18조 제3항이 규정하고 있는 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그와 같은 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하는바, 위와 같은 공적 견해의 표시는 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속되는 경우에 그것이 그 사항에 대하여 과세의 대상으로 삼지 아니하는 뜻의 과세관청의 묵시적인 의향의 표시로 볼 수 있는 경우 등에도 이를 인정할 수 있다. 2. 피고가 사업소세 도입 이래 20년 이상 원고가 경영하는 병원에 대하여 사업소세를 부과하지 않으면서, 그와 같은 장기간의 비과세 기간 동안 인근 다른 과세관청의 유사 사례에 대한 사업소세 과세 시도를 보면서도 같은 조치를 취하지는 않은 채 그와 같은 과세 시도가 무산된 취지에 부응하여 비과세 조치를 계속 유지하였다고 볼 수 있으므로, 이와 같은 경위로 피고가 장기간에 걸쳐 비과세의 사실상태를 유지한 것은 묵시적으로 사업소세 비과세의 의사를 표시함으로써 비과세관행이 성립하였다고 볼 여지가 있다고 한 사례 3. 과세관청이 과거의 언동을 시정하여 장래에 향하여 처분하는 것은 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위반되지 않으므로, 비과세관행이 성립하였다고 하더라도 장래에 향한 과세처분은 할 수 있다.

1. 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 규정형식, 입법취지 및 엄격해석의 원칙상 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 하였다고 하더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 된다고 할 것이고, 이는 당해 납세자가 다른 납세자의 조세포탈 등에 가담하였더라도 자신의 포탈세액 등이 없는 이상 달리 볼 것은 아니다. 2. 신고납세방식의 국세에 있어서 당해 국세의 포탈이나 부정환급ㆍ부정공제가 있었는지 여부는 가산세를 제외한 본세액을 기준으로 판단하여야 하며, 재화나 용역을 공급하는 사업자가 가공의 매출세금계산서와 함께 가공의 매입세금계산서를 기초로 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 신고한 경우에는 그 가공의 매출세금계산서상 공급가액에 대하여는 부가가치세의 과세대상인 재화나 용역의 공급이 없는 부분으로서 이에 대한 추상적인 납세의무가 성립하였다고 볼 수 없으므로, 비록 공제되는 매입세액이 가공이라고 하더라도 이러한 경우에는 가공의 매출세액을 초과하는 부분에 한하여 그 가공거래와 관련된 부가가치세의 포탈이나 부정환급ㆍ부정공제가 있었다고 보아야 한다.

국세기본법 제51조, 제53조 및 국세기본법 시행령 제42조 제2항에 의하면 납세자가 국세환급금채권을 제3자에게 양도하고 세무서장에게 적법하게 양도 요구를 한 경우에는 세무서장은 양도인이 납부할 다른 체납 국세 등이 있는지 여부를 조사·확인하여 체납 국세 등이 있는 때에는 지체 없이 체납 국세 등에 먼저 충당한 후 그 잔여금이 있으면 이를 양수인에게 지급해야 하는 바, 여기서 충당이 유효한지 여부를 판단함에 있어서는 국세환급금채권이 확정된 이후에 양도 요구를 받은 경우에는 양도 요구를 받은 때로부터, 국세환급금채권이 확정되기 전에 미리 양도 요구를 받은 경우에는 국세환급금채권이 확정된 때로부터 각 지체없이 충당하였는지를 기준으로 판단해야 한다.

1. 세무조사라 함은 세무공무원이 각 세법에 규정되어 있는 질문검사권 내지 질문조사권을 행사하여 납세의무자 등에게 직무상의 필요에 따라 질문을 하고 또 관계서류·장부 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미하고{법인세법 제122조, 소득세법 제170조, 조사사무처리규정(국세청 훈령) 제2조 제1호 등 참조}, 국세기본법 제81조의4, 같은 법 시행령 제63조의2 및 조사사무처리규정 제13조에서 규정하고 있는 중복세무조사금지원칙의 입법취지는 반복적인 세무조사를 허용하게 되면 납세자의 영업의 자유, 프라이버시를 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험도 있어 과세관청에 의한 세무조사의 남용을 방지함에 있다. 따라서 관련규정들을 종합하여 보면 국세기본법 제81조의4 제2항 각호 및 같은 법 시행령 제63조의2 각호에 규정된 예외적인 사유에 해당하는 경우가 아니면 중복세무조사는 허용되지 않으며 세무조사착수 후에도 중복세무조사 사실이 확인되는 경우에는 과세관청은 즉시 조사철회 및 조사반철수 등 필요한 조치를 취해야 하고(조사사무처리규정 제13조 제1항), 부분조사가 이루어진 부분에 대하여 전부조사라는 명목으로 다시 조사할 수도 없다고 봄이 상당하다(조사사무처리규정 제13조3항). 2. 다만 자료상혐의자료, 위장가공자료, 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무, 세무조사과정에서 실시하는 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 사실여부확인, 민원처리 등을 위한 현지출장·확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무 등의 현지확인은 중복세무조사금지원칙에 따라 금지되어야 하는 조사에 해당되지는 않는다(조사사무처리규정 제13조1항 단서, 제2조 제2호). 3. 중복조사금지원칙은 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시 침해방지 및 자의적인 세무조사에 대한 사전적 통제를 통하여 납세자의 권리를 절차적인 측면에서 보장함을 목적으로 하고 있는 점에 비추어 중복조사금지원칙에 위배한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다.

양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정되는 점, 양도소득세과세표준 예정신고(이하 ‘예정신고’라 한다)를 이행한 경우에도 소득세법 제110조 제4항 단서, 소득세법 시행령 제173조 제4항 제1호 내지 제3호에 해당하는 때에는 반드시 양도소득세과세표준 확정신고(이하 ‘확정신고’라 한다)를 하여야 하는 점, 그 밖에 예정신고납부의 예납적 성격, 예정신고 및 자진납부의 불이행에 대하여 가산세가 부과되지 않는 점 등을 종합하여 보면 납세자가 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우에는 그 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸한다고 보아야 하고, 이에 따라 예정신고를 기초로 이루어진 징수처분 역시 효력을 상실한다고 보아야 한다.