부동산 매수인이 계약금만 지급한 상태에서 부동산을 양도한 것을 미등기 전매로 보고 양도세를 중과한 것은 부당하다는 대법원 판결이 나왔다. 소득세법 제104조3항은 부동산 투기를 막기 위해 부동산을 취득한 뒤 등기를 하지 않고 양도하는 행위에 대해 양도소득 과세표준의 70%의 중과세율을 적용하도록 규정하고 있다. 대법원 행정1부(주심 김창석 대법관)는 지난달 27일 윤모(56)씨가 부천세무서를 상대로 낸 양도소득세 및 주민세 부과처분 취소소송 상고심(2010두23408)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "소득세법상 토지 양도는 등기를 마친 소유권 뿐만 아니라 매수 후 그 대금의 거의 전부를 지급한 사실상의 소유권 양도도 포함하는 것이나, 토지의 매수인이 계약금만 지급한 정도로는 그 토지에 대한 사실상의 소유권을 취득했다고 할 수 없고 이 상태에서 다시 타인에게 양도한 것은 매수인의 권리나 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것에 불과하다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "소득세법상 중과세되는 미등기 양도자산은 '그 자산 취득에 관한 등기를 하지 않고 양도하는 것'을 말한다고 돼 있어 토지에 대한 계약금만 지급한 상태에서 그 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도하는 경우에는 매매 당사자간에 대금완급 전이라도 소유권이전등기를 먼저 넘겨주기로 특약을 하는 등 특별한 사정이 없는 한 그 자산의 취득에 관한 등기 자체가 원칙적으로 불가능한 것이므로 이를 양도했다고 해서 소득세법상 미등기 양도자산에 해당한다고 볼 수 없으므로 중과세율이 아닌 통상의 양도소득세율을 적용해야 한다"고 설명했다. 재판부는 "윤씨가 토지에 관한 권리를 양도한 것이 조세회피 목적이나 전매이득 취득 등 투기 목적이 있었다고 볼 수 없고 분양계약 체결 후 사실상의 소유권 내지 처분권을 확보하지 않은 상태에서 이를 다시 양도했다고 해서 윤씨에게 책임을 추궁하는 것은 가혹하다고 볼 수 있으므로 양도소득세 중과세율이 적용되는 미등기 양도자산에서 제외된다고 판단한 원심은 정당하다"고 덧붙였다. 대한주택공사로부터 경기도 부천시 토지 1만 1만3420㎡를 임차해 자동차 운전면허학원을 운영하던 윤씨는 차임을 연체해 소송을 당했고, 윤씨가 부지를 35억여원에 매입하는 조정이 성립됐다. 2001년 6월 3억5000여만원의 계약금을 건넨 상태에서 윤씨는 토지와 건물, 운전면허학원의 운영과 관련된 권리를 합쳐 50억원에 김모씨 등 2명에게 매도했다. 부천세무서는 2007년 6월 미등기 양도자산에 관한 중과세율을 적용해 양도소득세 16억여원을 부과하자 윤씨는 소송을 냈다. 1심은 윤씨가 조세를 포탈할 목적으로 등기를 하지 않은 자산을 양도했다고 보고 원고패소 판결했으나, 2심은 "윤씨가 투기목적 없이 분양대금을 납부할만한 처지가 못돼 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도했다"며 원고승소 판결했다. 윤성식 대법원 공보관은 "전속적 매수 지위가 확정된 아파트 분양권자와는 달리 일반 부동산 매매에서는 매도인이 계약금의 배액을 상환하는 방식으로 언제든지 매매계약을 해제할 수 있으므로 매수인이 이를 양도한 것은 소유권 양도라고 볼 수 없다는 법리에 따른 판결"이라고 설명했다.

도심재개발사업자가 재래시장 정비사업을 추진하면서 사업구역 내 토지 대부분을 소유한 회사를 인수하기 위해 지출한 컨설팅 비용은 매입세액 공제 대상에 해당한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 행정2부(주심 이상훈 대법관)는 최근 D주식회사가 동대문세무서를 상대로 낸 부가가치세 부과처분 등 취소소송 상고심(2010두12552)에서 원고패소판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "부가가치세법 제17조는 자기의 사업을 위해 사용됐거나 사용될 재화 또는 용역의 공급이나 수입에 대한 세액을 공제하도록 규정하고 있는데, 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비춰봤을 때 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "A청과는 D사가 추진한 시장정비사업 구역 내 토지면적의 약 75%를 소유하고 있어 D사로서는 시장정비사업 시행을 위해 A청과의 동의를 얻는 게 필수적이었다는 사실을 고려하면 A청과의 주식인수를 위한 컨설팅대금 지출은 시장정비사업의 수행에 필요한 것으로 사업관련성이 있으므로 그에 대한 매입세액은 공제대상에 해당한다고 봐야 한다"고 설명했다.

농지 소재지에 실제 거주하지 않거나 농지를 직접 경작하지 않으면 매도할 때 비사업용 토지로 봐 60%의 양도소득세를 물게한 소득세법 규정은 합헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 26일 오모씨가 구 소득세법 제104조 등에 대해 낸 헌법소원사건(2011헌바357)에서 재판관 전원일치 의견으로 합헌결정을 내렸다. 헌재는 결정문에서 "소득세법은 농지 소유자가 일정 기간 동안 농지 소재지에 거주하지 않거나 자기가 경작하지 않는 농지를 비사업용 토지로 규정해 양도소득세를 중과세함으로써 농지에 대한 투기 억제를 목적으로 하고 있다"며 "국토의 효율적이고 균형있는 이용·개발과 보전을 위해 필요한 제한과 의무를 부과할 수 있다는 헌법 제122조와 경자유전의 원칙과 소작제도 금지를 규정한 헌법 제121조1항에 근거를 둔 것으로 입법목적의 정당성이 인정된다"고 밝혔다. 이어 "세율의 적정성은 입법목적의 정당성과 수단 내지 방법의 적절성이 인정된다면 입법자의 판단을 존중해 재산권의 과도한 침해를 야기하는 사유가 없는 한 위헌이라고 볼 수는 없다"며 "구 소득세법에서는 부동산 투기 억제를 위해 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에게도 60%의 세율을 적용하고 미등기 양도자산의 경우에는 이보다 높은 70%의 세율을 적용하고 있으므로 다른 조항들과 비교할 때 입법자가 설정한 60%의 세율은 이를 존중할 필요가 있다"고 설명했다. 오씨는 양주시 회천읍의 농지 3200여㎡를 소유하고 있다가 2007년 11월 한국토지공사에 21억여원에 매도했다. 다음해 한씨는 자경농지를 매도했다며 의정부세서에 양도소득세 3억여원을 냈지만 세무서는 한씨가 거주·경작한 적이 없다며 60%의 세율을 적용해 양도소득세 7억1000여만원을 추가로 부과했다. 한씨는 양도소득세취소송을 낸 후 위헌법률심판을 제청했으나 기각되자 헌법소원을 냈다.

토지매수인이 매매계약을 해제해 매도인에게 위약금이 귀속되는 경우 위약금과 관련해 법정 다툼이 있더라도 위약금에 대한 종합소득세 부과기준 시점은 매매계약이 해제된 때로 봐야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 조일영 부장판사)는 19일 배모씨가 "매매계약이 해제된 때로부터 제척기간 5년이 지났으므로 8억3600여만원의 종합소득세 부과는 위법하다"며 용산세무서장을 상대로 낸 종합소득세부과처분 취소소송(2012구합379)에서 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "위약금은 매매계약 해제일인 1998년 6월에 배씨에게 지급됐다고 봐야 하므로 위약금의 수입시기는 구 소득세법 시행령 제50조1항 제3호에 따라 지급받은 날로 봐야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "기타소득인 위약금 수입에 대한 종합소득세 부과제척기간은 수입시기인 1998년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고기한인 1999년 5월 31일의 다음 날부터 5년이 지난 2004년 5월 31일에 만료됐다"며 "따라서 위약금 관련 조정 성립일인 2007년 9월 27일을 수입시기로 보고 제척기간 5년이 지나지 않았다고 판단해 지난해 4월에 한 종합소득세 부과처분은 무효"라고 설명했다. 재판부는 "매수인인 A사가 배씨를 상대로 계약금 반환을 구하는 관련 소송을 제기해 항소심 진행 중 계약금 20억원 가운데 일부를 반환하는 내용의 조정이 성립됐다고 해도, 이는 위약금 약정 및 매매계약의 해제에 따라 위약금이 배씨에게 귀속된 상태에서 그 후 발생한 다툼에 불과하다"고 지적했다. 배씨는 1997년 9월 A사에게 인천 중구의 잡종지 167,174㎡를 202억여원에 매도하는 계약을 체결하고 계약금으로 20억원을 받았다. A사가 계약을 위반하면 계약금 20억원은 위약금으로 배씨에게 귀속하기로 했다. 그러나 A사가 매매잔금을 지급하지 않자 배씨는 수차례 재촉을 하다가 1998년 6월 매매계약을 해제했다. A사는 계약금을 돌려달라고 소송을 내 1심에서 패소했으나, 2007년 9월 항소심에서 배씨가 3억원을 반환하는 것으로 조정이 이뤄졌다. 그러자 용산세무서는 20억원 가운데 3억원을 뺀 나머지 17억원이 2007년 귀속 기타소득에 해당한다며 종합소득세 8억3600여만원을 부과했다. 배씨는 조세심판원에 심판청구를 냈으나 기각당하자 지난 1월 소송을 냈다.

신탁 토지의 지목(地目, 토지의 주된 사용 목적에 따라 종류를 구분·표시하는 명칭)이 바뀌어 수익이 났다면, 위탁자가 지목을 변경했다 하더라도 취득세를 내야하는 주체는 수탁자라는 대법원 판결이 나왔다. 지방세법은 토지의 지목을 사실상 변경해 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 간주해 세금을 부과할 수 있게 하고 있다. 대법원 민사2부(주심 전수안 대법관)는 최근 토지 수탁자인 (주)한국토지신탁이 "취득세 3억5000여만원을 취소해달라"며 용인시 기흥구청을 상대로 낸 취득세등 부과처분 취소소송 상고심(☞2010두2395)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "토지 취득세 과세대상이 되는 것은 토지의 소유권을 취득하거나 소유하고 있는 토지의 지목이 사실상 변경돼 그 가액이 증가한 경우인데, 부동산 신탁에 있어 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면 소유권이 수탁자에게 이전되는 것이지 위탁자에게 유보되는 것은 아니다"라고 밝혔다. 재판부는 이어 "신탁법은 '신탁재산의 관리·처분·멸실·훼손 기타의 사유로 수탁자가 얻은 재산은 신탁재산에 속한다'고 규정하고 있어 신탁재산에 속하게 되는 부동산 등의 취득에 대한 취득세의 납세의무자도 원칙적으로 수탁자인 점에 비춰보면 소유권이 이전된 토지 지목의 변경으로 인한 취득세의 납세의무자는 수탁자로 봄이 타당하고, 위탁자가 그 토지의 지목을 사실상 변경했다고 해서 달리 볼 것은 아니다"라고 설명했다. 재판부는 "원심이 위탁자가 비용과 노력을 들여 지목을 사실상 변경한 경우에는 위탁자를 취득세 납세의무자라고 판단해 기흥구청의 취득세 부과처분이 위법하다는 결론을 내린 것은 법리를 오해한 것"이라고 지적했다. 한국토지신탁은 2003년 7월 김모씨와 신탁계약을 맺고 김씨의 토지를 신탁받아 소유권이전등기를 마쳤다. 한국토지신탁은 신탁받은 토지에 3동의 건물을 신축 분양했고, 기흥구청은 신탁 대상 토지 지목이 건물사용일을 기준으로 사실상 대지로 변경됐다고 판단해 한국토지신탁에 취득세 3억5000여만원을 부과했다. 1·2심은 "스스로의 비용과 노력으로 건물을 신축함으로써 토지의 지목을 변경하게 한 김씨가 그 가액의 증가분을 취득한 것으로 봐야 한다"며 원고승소 판결했다.

임야 주인이 임야 소재지에 실제로 거주했다면 주민등록을 하지 않았더라도 양도했을 때 중과세해서는 안 된다는 판결이 나왔다. 소득세법 제104조의3 제1항은 '임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야'라고만 하고 있으나, 시행령 제168조의9 제2항은 주민등록까지 요건으로 규정하고 있다. 서울행정법원 행정1단독 최호식 판사는 지난 13일 토지소유자 이모씨가 서울 성북세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분 취소소송(2011구단18369)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "비사업용 토지의 양도에 관해 중과하는 취지가 일정 기간 토지를 사업에 제공하지 않은 채 양도하는 경우 양도소득세를 중과해 그 토지를 목적에 맞게 이용하도록 하기 위한 것으로 보인다"며 "소득세법 제104조의3 제1항2호 규정은 '임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야'라고 규정하고 있을 뿐, 임야 소재지에 주민등록이 돼 있을 것과 사실상 거주할 것 두 가지 모두를 요구하지 않는다"고 밝혔다. 경기도 파주시 문산읍에 임야를 소유하고 있던 이씨는 2008년 4월 토지를 양도했고, 2010년 3월 사업용 토지 기준으로 일반세율 36%를 적용해 2008년 귀속 양도소득세 5780만여원을 납부했다. 하지만 성북세무서는 같은 해 9월 이씨가 "임야 소재지에 실제 거주했더라도 주민등록이 서울로 돼 있다"며 중과세율 60%를 적용해 양도소득세 1억2380만여원을 내라고 고지했다. 그러자 이씨는 "1972년부터 실제로 임야 소재지인 파주시에 살고 있으며 주민등록을 서울로 옮긴 것은 손녀의 학교 전학 문제로 아파트를 임차한 후 확정일자를 받기 위해 편의상 이전해 놓은 것인데 양도한 임야를 비사업용 토지로 규정해 양도세를 산정한 것은 위법하다"며 지난해 7월 소송을 냈다.

토지거래허가구역에 있는 토지를 관청의 허가 없이 사들여 제3자에게 전매한 뒤, 최종 매수인이 최초 매도인에게서 곧바로 산 것처럼 소유권이전등기를 마치도록 해 양도소득세를 내지 않았다면 조세포탈죄로 형사처벌할 수 있다는 대법원 판결이 나왔다. 이번 판결은 토지거래허가구역 내의 토지에 대해 관청의 허가를 받지 아니한 상태에서 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 후 취득한 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 전매하고 그 대금을 전부 지급받은 경우에도 양도소득세 과세대상인 '자산의 양도'로 볼 수 있다고 판단한 지난해 7월 행정소송에서의 대법원 전원합의체 판결(2010두23644)을 형사재판에 소급적용한 것이다. 대법원 형사1부(주심 안대희 대법관)는 지난달 23일 토지거래허가구역 내 토지를 사들이고 중간매수 단계를 숨긴 채 토지를 팔고 세금을 내지 않은 혐의(특가법상 조세포탈)로 기소된 김모(64)씨에 대한 상고심(☞2007도9143)에서 무죄를 선고한 원심을 파기하고 사건을 부산고법으로 되돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "소득세법상의 '양도'는 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인해 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것이라고 규정하고 있을 뿐, 원인이 된 매매 등 계약이 법률상 유효할 것까지를 요구하고 있지 않다"며 "매매 등 계약이 처음부터 토지거래허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 이뤄졌고, 당사자 사이에서는 그 매매 등 계약이 유효한 것으로 취급돼 대금을 그대로 보유하고 있다면 경제적 이익이 매도인에게 있다고 할 것이므로 계약이 법률상 무효라는 이유로 매도인 등이 그로 인해 얻은 양도차익에 대해 과세할 수 없다고 보는 것은 그 매도인에게 과세 없는 양도차익을 누리게 하는 결과로 조세정의와 형평에 심히 어긋난다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "김씨가 토지에 대한 거래허가를 받거나 소유권이전등기를 마칠 의사 없이 S주식회사로부터 토지를 매수해 이모씨 등 2명에게 토지를 취득할 수 있는 권리를 양도했으므로 이씨 등이 자신들과 S사를 매매당사자로 토지거래허가를 받았다고 하더라도 S사와 김씨, 김씨와 이씨 등 사이의 양도계약은 모두 확정적으로 무효라고 할 것이지만 무효인 계약에 기해 S사로부터 이씨 앞으로 소유권이전등기가 마쳐진 채 말소되지 않았고, 김씨는 이씨로부터 받은 양도대금을 그대로 보유하고 있으므로 김씨는 토지를 취득할 수 있는 권리의 양도로 인한 소득이 있고 그것은 양도소득세의 과세대상이 된다"고 판단했다. 김씨는 2005년 부산의 토지거래허가구역에 있는 S사 소유 토지를 토지거래허가서를 허위로 작성한 뒤 토지를 매수하고 등기하지 않은 채 이씨에게 토지를 취득할 수 있는 권리를 팔았다. 김씨는 이씨에게 자신이 아닌 S사 명의로 매매계약서를 작성해줬고, 이 과정에서 19억9000여만원의 전매차익을 챙겼음에도 양도소득세 9억7000만원을 내지 않았다. 지난해 7월 대법원 전원합의체 판결이 나오기 전에 이뤄진 1,2심은 토지거래허가서를 위조한 혐의만 유죄로 판단하고 징역 10월에 집행유예 2년을 선고했으며, 김씨의 세금탈루 부분에 대해서는 무죄를 선고했다. 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률은 연간 세금탈루액이 5억원 이상 10억원 미만인 경우 3년 이상의 유기징역에 처하도록 규정하고 있다.

비영리법인의 양도소득에 대해 법인세를 감면해주는 법인세법상 특례규정을 적용할 때 법인의 영리성 판단 기준 시점은 사업연도가 아니라 행위 시라는 대법원 판결이 나왔다. 법인세법 제62조의2 제1항은 비영리법인에 대해 법인세 산정을 위한 사업연도 소득금액을 계산할 때 자산 양도 소득액을 포함하지 않도록 하는 특례규정을 두고 있다. 대법원 행정3부(주심 신영철 대법관)는 지난달 26일 A법인이 강서세무서를 상대로 제기한 법인세부과처분취소소송 상고심(☞2010두3763)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "법인세법 비영리법인 특례규정이 적용되지 않는 '수익사업을 영위하는 비영리내국법인'은 문언 체계상 '양도소득이 발생할 당시 수익사업을 영위하는 비영리내국법인'이라고 풀이하는 것이 자연스럽고, 과세특례조항이 적용되면 법인세법 제62조의2 제7항에 따라 자산양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 해야 하므로, 자산양도시점을 기준으로 과세특례조항의 적용여부를 선택할 수 있어야 한다"고 밝혔다. 이어 "비영리법인의 자산양도소득에 대한 법인세 부담이 양도소득세보다 과중하지 않도록 하려는 과세특례조항의 입법 취지를 고려하면 A법인이 수익사업을 영위하지 않던 기간에 토지양도로 인한 양도소득이 발생했으므로, 그 후 같은 사업연도 내에 수익사업을 영위했다고 하더라도 토지양도로 인한 양도소득에 대해 과세특례조항을 적용할 수 있다고 봐야 한다"고 설명했다.

여러 개의 세금 부과처분 가운데 하나가 무효로 밝혀졌어도 압류처분을 무효로 단정할 수 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 차한성 대법관)은 최근 이모(85)씨가 강동구청장을 상대로 낸 취득세 부과처분 취소소송 상고심(2009두20380)에서 "압류처분의 원인이 된 다른 부과처분의 무효 여부를 살피지 않은 것은 위법하다"며 원고승소 판결을 내린 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 다만, 납세고지서의 공시송달이 적법하게 이뤄지지 않았다는 이유로 취득세 부과처분을 위법으로 본 원심의 판단은 그대로 확정했다. 재판부는 판결문에서 "체납처분은 부과처분의 집행을 위한 절차에 불과하므로 부과처분에 중대하고도 명백한 하자가 있어 무효인 경우에는 부과처분의 집행을 위한 체납처분도 무효"라고 하면서도 "다만 압류처분의 근거가 된 부과처분이 여러 개이고 그 중 하나가 납세고지서 송달 부적법으로 무효로 밝혀지더라도 그러한 사정만으로 곧바로 압류처분에 중대하고 명백한 하자가 있어 무효라고 단정할 수는 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "압류처분 당시 구청은 이씨가 지방세 합계 14건 총 세액 4억7000여만원을 체납하고 있다는 이유로 압류처분을 했는데, 부과처분의 대상이 된 취득세 이외에도 재산세, 종합토지세 등 다른 지방세도 압류의 원인으로 삼았다"고 지적했다. 재판부는 "압류처분은 부과처분과는 별개의 행정처분으로서 독립성이 있고 부과처분과는 아무런 관련이 없는 재산세 등도 압류처분의 원인이 됐다"며 "재산세 등에 관한 부과처분이 무효임을 인정할 만한 아무런 자료가 없는 이상 부과처분이 납세고지서 송달 부적법으로 무효라고 해도 그러한 사정만으로 곧바로 압류처분에 중대하고 명백한 하자가 있어 압류처분이 무효라고 단정할 수는 없다"고 설명했다.

소송 결과에 이해관계가 있어 소송에 보조참가한 법인이 소송당사자들을 위해 지급한 소송비용은 손금에 해당하지 않는다는 판결이 나왔다. 법인세법 제19조2항이 손금의 요건으로 규정하고 있는 '일반적으로 용인되는 통상적인 비용'과 '수익과 직접 관련된 것'에 해당하지 않다는 이유에서다. 손금(損金)은 손비(損費)의 금액으로,현행 법인세법은 일정기간 기업의 생산 및 판매활동 등 이익창출 과정에서 발생하는 비용은 과세대상에서 제외하고 있다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 최근 부동산개발업체인 M사가 서울 종로세무서장을 상대로 낸 법인세등부과처분취소소송 항소심(2011누1421)에서 원심을 취소하고 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "보조참가인은 당사자의 승소보조자에 불과해 피참가인을 보조하기 위해 참가하는 자로서 소송당사자가 부담할 비용을 보조참가인이 부담하는 것은 합리적이라고 볼 수 없다"며 "보조참가인에 불과한 원고가 보유지분을 초과해 소송비용을 모두 부담한 것은 '일반적으로 용인되는 통상적인 비용'에 해당하지 않는다"고 밝혔다. 재판부는 "원고가 소송에서 승소했지만 결국 사업시행인가를 받지 못했으므로 소송 비용을 모두 부담한 것이 '수익과 직접 관련된 것'에 해당한다고 볼 수도 없다"고 덧붙였다. 서울 종로 중학동 지역에 업무용 빌딩 및 호텔을 신축하는 등 부동산개발을 추진 중이던 M사는 2002년 서울시가 이 지역을 도심재개발구역으로 지정하고 다른 업체를 시행자로 선정해 사업이 무산될 위기에 처하게 됐다. 이에 M사의 대표이사인 최모 씨 등은 서울 종로구청장을 상대로 도심재개발사업시행인가처분취소소송을 제기해 2005년 대법원으로부터 승소확정판결을 받았다. 한편 이 소송에 보조참가인으로 참여한 M사는 소송비용 8억 6800여만원을 모두 지급한 후, 이 비용 전액을 2002~2005 사업연도 손금에 산입해 세액에서 공제했다. 하지만 종로세무서는 "취소소송에 따른 효익이 M사는 물론 해당 부동산개발사업 구역 내에 있는 다른 토지소유자에게도 미쳐 토지소유비율에 따라 이해관계가 발생하므로 소송 비용 역시 M사와 토지소유자인 개인이 나눠 부담해야한다"며 소송 비용 중에서 M사가 소유한 토지비율만을 공제해 법인세를 부과했다. 1심은 "특정 사업을 위해 소송이 제기된 경우 소송 비용 전액이 사업을 시행하는 법인의 손비에 해당한다"며 원고승소 판결했다.