면세담배를 공급받은 자가 면세용도에 맞지 않게 담배를 유통시킨 경우 담배소비세와 가산세의 납부의무를 담배 제조자에게 부담시키는 지방세법 관련조항은 위헌이라는 헌재 결정이 나왔다. 헌법재판소 전원재판부(주심 金京一 재판관)는 24일 면세담배를 공급받은 자가 부당하게 국내에 담배를 유통시킨 경우 담배소비세와 가산세 등을 담배제조자에게 부과하도록 한 지방세법 제233조의7 제2항제1호 중 제232조제1항은 위헌소지가 있다는 법원의 위헌법률심판제청을 받아들여 재판관 전원일치의 의견으로 위헌결정을 내렸다.(2002헌가27) 재판부는 결정문에서 “공급받은 면세담배를 용도 외로 처분한 데 대한 책임이 누구에게 있는지에 대한 고려없이 징세절차의 편의만을 위해 무조건 원래의 납세의무자였던 제조자에게 담배소비세와 가산세를 부과하는 것은 자신의 통제권 내지 결정권이 미치지 않는데 대해서까지 책임을 지게 하는 것으로 자기책임의 원리에 부합하지 않는다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “담배 제조자는 법령이 정한 일정한 자격을 갖춘 상대방에게 특수용 담배임을 표시해 특수용담배공급계약에 따라 담배를 제공함으로써 일응의 책임을 다한 것이고 용도 외 처분에 관해 귀책사유가 있다는 특별한 사정이 없는 한 그 책임을 제조사에게 묻는 것은 옳지 않다”고 덧붙였다. 한국담배인삼공사는 지난 2002년12월 외항선 및 원양어선의 선원에 대한 판매용 면세담배를 (주)국제마린에 공급했다가 국제마린이 담배를 면세용도 외로 국내에 불법 유통시켜 담배소비세와 가산세, 교육세로 4천8백여만원을 대신 부과받자 부산지법에 행정소송을 제기하고 위헌제청을 신청했었다.

휴대폰 판매회사가 자사제품의 유통업체에게 공급한 제품에 대해 약정에 따라 신제품 출시에 따른 가격 인하폭 만큼 값을 환급해 주었다면 이는 판매장려금이 아닌 에누리액에 해당돼 부가가치세를 물릴 수 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 특별6부(재판장 李東洽 부장판사)는 13일 모토로라코리아(주)가 강남세무서를 상대로 낸 부가세 부과처분 취소 청구소송(☞2002누4404)에서 원심을 깨고, "원고에 대한 12억4천여만원의 부과처분중 11억여원을 취소하라"고 판결했다. 재판부는 판결문에서 "강남세무서는 원고의 환급정책이 판매촉진 목적에서 보상성격이 강한 판매장려금이라고 주장하지만 원고가 특정업체에 국한되지 않고 약정에 따라 모든 대리점에 동일하게 환급해 준 점을 감안하면 이는 부가가치세법상 부가세를 낼 필요가 없는 에누리액으로 보는 것이 타당하다"고 밝혔다. 모토로라코리아(주)는 95년5월 '신제품 출시로 기존 제품의 가격이 인하될 경우 인하폭 만큼 환급해 주겠다'며 유통업체들과 체결한 공급가격보호약정에 따라 1996년12월까지 10여차례에 걸쳐 환급해 준후 이를 면세대상인 에누리액으로 보아 부가세 신고를 했으나 강남세무서가 판매장려금으로 보고 부가세를 매기자 소송을 냈었다.

부가세 면세사업자인 은행도 비면세인 해외기업과의 용역거래가 있을 경우 국내에 부가세를 납부해야 한다는 판결이 나와 보험 · 의료 · 교육 · 방송업 등 다른 면세업자에게도 파장이 예상된다. 서울행정법원 제3부(재판장 姜永虎 부장판사)는 6일 부가가치세 면세사업자인 국민은행 등 국내 10개 시중은행이 남대문세무서 등 서울지역 3개 세무서를 상대로 낸 부가가치세부과처분취소 청구소송(☞2002구합23991, 2002구합39484)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "원고는 우리나라 과세권이 미치지 않는 해외에서 공급받은 용역의 사용료에 대해 대리 납부를 적용한 것은 부당하다고 주장하지만 외국기업에서 전송하는 용역이 결국 국내에 전용통신망을 연결해 표준 메시지 양식을 사용하게 하는 것이므로 용역의 가장 본질적인 부분을 국내에서 공급받았다고 할 것"이라면서 "용역제공 해외기업이 우리나라에 부가가치세를 납부해야 하고 원고인 10여개의 은행은 부가가치세 대리납부 부담을 져야 한다"고 밝혔다. 10개 시중은행은 해외은행과 금융거래를 하는 경우 자금결제 등 거래메시지 전송 및 저장 용역 등을 공급하는 벨기에 '국제은행간 금융통신조직(SWIFT)'에 지불한 사용료에 대해 지난해 세무서가 12억여원의 부가세 대리납부 처분을 내리자 소송을 냈다.

비교적 가까운 거리에 위치한 섬의 주민이 육지로 왕래하는데 이용되는 카훼리 선박은 부가가치세 면세 대상이라는 판결이 나왔다. 대법원 제1부(주심 朴在允 대법관)는 8일 전북 격포∼위도간 항로를 운항하는 위도카훼리호의 사업자 계림해운(주)가 군산세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소 청구소송 상고심(☞2001두10011)에서 "95년부터 97년까지 부과한 5천6백여만원의 부가가치세처분을 취소한다"는 원심 판결을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "이 사건 선박과 같이 차량탑재구역이 상시 개방돼 승객과 차량의 승 · 하선이 주로 선수의 출입문을 통해 한꺼번에 이뤄지며 비교적 가까운 거리에 위치한 섬의 주민이 육지로 왕래하는 교통수단으로 사용되는 이른바 차도선형 여객선은 부가세 면세대상"이라고 밝혔다. 재판부는 이어 "비록 부가세법 시행령 31조3호 다목에 자동차운송겸용여객선을 부가세 대상으로 규정하고 있지만 이는 차량탑재구역이 구분돼 일반 승객의 출입이 제한돼 있고 주로 관광객과 차량, 컨테이너 등의 대량수송을 목적으로 비교적 원거리를 운항하는 이른바 카훼리선 형태의 선박을 가리키는 것"이라고 덧붙였다. 계림해운은 95년부터 격포∼위도간 항로에서 위도카훼리호 운항사업을 해오며 부가세를 납부하지 않고 있었는데 군산세무서가 '부당하게 세금을 면제해 주고 있다'는 민원 접수에 따라 "이 사건 선박은 부가세 대상인 자동차운송 겸용 여객선에 해당한다"며 95년부터 소급해 5천6백여만원의 세금을 물리자 소송을 냈다.

사법시험 등 각종 시험을 준비하는 사람들에게 유료로 방과 식사를 제공하는 고시원은 숙박업에 해당되는 만큼 부가가치세를 내야 한다는 대법원판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 손지열·孫智烈 대법관)는 17일 서울 신림동에서 고시원을 운영하고 있는 신병철씨 등 64명이 과세처분에 불복해 금천세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소소송 상고심(☞2000두4330)에서 이같이 판시, 원고들의 상고를 기각하고 원고패소판결을 내린 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "원고들이 운영하고 있는 고시원들은 이용자들로부터 일정기간의 대실료를 받아 책상 등의 기본적인 가구가 비치된 방을 제공해 숙박하도록 하고 이에 부수해 식사의 편의도 제공하고 있는 경우가 있는 점 등에 비춰볼 때 고시원영업은 전체로서 숙박업에 해당할 뿐 부가가치세법 제12조1항 제15호에서 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있는 도서관 입장 용역에 해당되지 않는다고 판단한 원심은 정당하다"고 밝혔다. 신씨 등 고시원 운영자들인 원고들은 지난 98년 6월 금천세무서로부터 모두 1억8천1백여만원의 부가가치세를 부과받자 "고시원 영업은 부가세 면세대상인 도서관 입장 용역에 해당되므로 과세처분은 위법하다"고 주장하며 이 사건 소송을 냈으나 1·2심에서도 모두 패소했었다.

적색금융거래자로 잘못 지정, 사흘 뒤 해제해주었다 하더라도 은행이 1천만원을 물어주어야 한다는 판결이 나왔다. 서울고법 민사11부(재판장 이태운·李太云 부장판사)는 6일 김모씨가 "불량거래자로 잘못 지정돼 사업이 망했으니 7천만원을 배상하라"며 제일은행을 상대로 낸 손해배상청구소송(☞2001나25049)에서 "1천만원을 물어주라"고 판결했다. 재판부는 판결문에서 "김씨는 제일은행의 황색 및 적색거래자 등재로 말미암아 자금융통에 어려움을 겪었고 금융거래정보에 등재사실이 해제만 되고 말소되지 않은 채 잔존, 그 후의 자금융통에도 애로가 발생함으로써 상당한 정신적 고통을 받았을 것임이 경험칙상 명백하다"며 "하지만 김씨로서도 자신의 대출금채무에 대해 상계주장을 함으로써 적색거래자등록을 막을 수도 있었다는 점을 고려할 때 1천만원 정도가 적당하다"고 밝혔다. 김씨는 제일은행과 면세점용 상품할인카드사업을 하면서 대출금형식으로 돈을 받고 은행이 입금해 주는 방식으로 업무제휴약정을 맺었다가 계약이 해지되자 대출금상환요구를 받게됐으나 이를 이행치 않고 분쟁을 벌이다 제일은행이 99년4월27일 적색거래자로 등재했다 사흘후인 29일 해제하자 소송을 냈었다.

서울중앙병원 등을 소유한 아산사회복지사업재단에 부과된 23억여원의 세금과 관련한 헌법소원사건에서 헌재가 세금을 부과한 지방자치단체의 손을 들어줘 아산복지재단은 세금을 내야할 것으로 보인다. 국공립대학교병원, 의료사업이 목적인 지방공사, 의료법인의 병원 등과 달리 재단법인이 설립한 의료기관만 과세면제대상에서 제외시킨 지방세법(제290조, 제184조 본문 등)은 위헌이라며 아산복지재단이 낸 헌법소원사건에서 헌재 전원재판부(주심 권 성·權誠 재판관)는 지난달 18일 합헌결정을 내렸다.(98헌바75 등 3건) 재판부는 결정문에서 "국립대학교병원, 지방공사병원은 모두 국가나 지방자치단체가 설립하는 공법인인 반면, 청구인과 같은 민법상의 비영리법인은 사인이 설립하는 사법인인 점에서 그 법률적 성격에 본질적인 차이가 있다"며 "민법상 비영리법인에 지방세를 면제하지 않는다고 해서 평등의 원칙에 위반되는 것은 아니다"라고 밝혔다. 하지만 권 성(權誠), 송인준(宋寅準) 재판관은 소수의견에서 "의료법인과 민법상의 비영리법인을 구별할 아무런 본질상의 차이가 없음에도 불구하고 의료법인만을 면제대상으로 정해 차별하는 것은 평등의 원칙에 위반된다"고 주장했다.