1. 법인세할 주민세의 가산세는 지방세법상의 납세의무자에게 부여된 협력의무위반에 대한 책임을 묻는 행정적 제재를 조세의 형태로 구성한 것이다. 즉, 가산세는 오직 형식에 있어서만 조세일 뿐이고 본질에 있어서는 본세의 징수를 확보하기 위한 수단이므로 가산세의 부담은 세법상의 의무위반의 내용과 정도에 따라 달리 결정되어야 한다. 법인세할 주민세의 자진납부의무 위반정도는 미납기간의 장단과 미납세액의 다과라는 두 가지 요소에 의하여 결정되어야 함에도 불구하고 구 지방세법 제177조의2 제3항이 산출세액의 100분의 20을 가산세로 획일적으로 규정하여 의무위반의 정도를 결정하는 두 가지 요소 중 미납세액만을 고려하고 또 하나의 요소인 미납기간의 장단을 전혀 고려하지 아니한 것은 의무위반의 정도와 부과되는 재제 사이에 적정한 비례관계를 결한 것으로서 헌법상 비례의 원칙에 위배된다. 2. 가산세는 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재이지만, 가산세도 세금의 하나이므로 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 않는 바, 구 지방세법 제177조의2 제3항의 ‘신고납부의무’는 법인세할 주민세의 과세표준과 세액을 신고할 의무와 법인세할 주민세의 세액을 납부할 의무라는 두 가지 의무를 가리키는 것인데도 불구하고, 구 지방세법 제177조의2 제3항이 두 가지 의무 중 하나만을 불이행한 사람과 두 가지 의무 모두를 불이행한 사람을 구별하지 아니하고, 또한 자진납부의무를 불이행한 자들 사이에서도 그 미납기간의 장단을 전혀 고려하지 않고 똑같이 취급하고 있는 것은 헌법상 평등의 원칙에 어긋난다. 재판관 송인준, 주선회의 헌법불합치의견 구 지방세법 제177조의2 제3항에 대하여 단순위헌을 선고하여 그 효력을 상실시킬 경우에는 법인세할 주민세의 가산세를 부과할 수 없게 되는 법적 공백이 생겨 지방세 수입을 감소시키는 등 지방자치단체의 재정에 상당한 영향을 주게 되고, 이미 가산세를 납부한 사람과 그렇지 아니한 사람 사이에 형평의 문제를 일으켜 법적 혼란을 야기한다. 따라서, 구 지방세법 제177조의2 제3항의 위헌성은 국회가 선택가능한 다양한 입법수단 중에서 재량으로 결정하여 제거하는 것이 바람직하므로 단순위헌선언을 할 것이 아니라 헌법불합치의 선언을 함이 옳다고 생각한다.

구 외자도입법(1992. 12. 8. 법률 제4519호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제14조 제5항은 “외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 재무부장관에게 감면신청을 하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 법 제14조 제6항은 재무부장관이 제5항의 감면신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면여부를 결정하도록 규정하여 그러한 감면결정이 있는 때에 비로소 감면혜택을 받을 수 있도록 하고 있으며, 법 시행령(1993. 2. 20. 대통령령 제13845호로 개정되기 전의 것) 제14조는 “법 제14조 제5항의 규정에 의한 조세감면신청은 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 소득세 및 법인세의 과세연도 종료일 이전에 하여야 한다.”라고 규정하고 있는바, 이 규정의 취지를 종합하면 외국인 투자가나 외국인 투자기업이 소득세 및 법인세 등을 감면 받기 위해서는 반드시 재무부장관에게 감면신청을 하여야 한다고 할 것인데, 그 경우 신청기한을 두는 것은 누구나 쉽게 예상할 수 있는 것이며, 법 시행령 제14조가 그 신청기한을 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 소득세 및 법인세의 과세연도 종료일 이전으로 제한하고 있는 것은 합리적이고 상당하다고 인정되므로 법 시행령 제14조가 모법의 규정취지에 위배된다거나 반드시 모법에 명시적 위임규정이 있을 것을 필요로 한다고 할 수 없다.

구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전) 제1조 제1항은 법인세의 납세의무자에 관하여 규정하면서, 그 단서에서 비영리 내국법인은 그 법인의 정관 또는 목적사업에 불구하고 같은 항 각 호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으므로, 비영리 내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것이다[중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률에 의하여 설립된 비영리 내국법인인 원고(중소기업진흥공단)의 이 사건 사업은 대출금리와 조달금리의 차이에서뿐만 아니라 중소기업구조고도화자금의 성격 및 대출금리 결정 등 그 운용방법에 기인하는 사업자체의 성격상으로도 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위되는 것이라고 볼 수는 없으므로 수익사업에 해당하지 않는다 할 것이고, 따라서 이 사건 사업으로 인하여 얻은 이차보전출연금은 법인세의 과세대상이 되지 않는다고 한 사례].

결손금소급공제는 어떤 과세기간의 결손금을 그 전 과세연도에서 발생한 이익으로 전보하는 것으로, 전 과세기간의 과세표준 및 세액을 재계산하고 기납부된 세액을 환급하여야 하므로 조세행정을 복잡하게 하고 국가세입을 불안정하게 하는 등의 문제점이 있기 때문에, 결손금소급공제제도를 신설한 구 법인세법(1996. 12. 30 법률 제5192호로 개정되고 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것)은 그 적용요건을 엄격하게 규정하고, 그 부칙 제8조에서 위 제도를 최초 시행함에 있어서 소급하여 적용되지 않도록 규정하였다. 이렇게 결손금소급공제에 의한 법인세의 환급을 제한적·예외적으로 인정하는 취지와 더불어, 법인세할 주민세는 비록 법인세액을 그 과세표준으로 하지만 법인세의 부가세가 아니라 엄연한 독립세로서 그 부과주체, 부과요건, 부과절차 등이 서로 다른 별개의 조세인 점을 고려하면, 결손금소급공제에 따른 법인세 환급이 있었다 하더라도 법인세할 주민세의 환부까지 소급하여 인정하지 않았다 하여 그러한 입법자의 결정이 합리적인 재량의 범위를 벗어난 자의적 입법이라고 할 수는 없다. 또한, 결손금의 소급공제와 이월공제 사이에 선택의 여지가 있는 중소기업이 자신의 이익 내지 편의를 위하여 1997 사업연도에 발생한 결손금에 관하여 이월공제방법을 택하지 아니하고 소급공제방법을 택함으로써 이월공제방법을 택한 법인에 비하여 조세편의를 받은 이상, 법인세할 주민세를 환부받지 못한 점을 들어 이 사건 규정이 이월공제방법을 택한 법인과 소급공제방법을 택한 법인 사이에 차별을 야기한다고 볼 수도 없다. 결국, 이 사건 규정이 법인세할 주민세 환부에 관한 규정의 적용시점을 결손금소급공제에 의한 법인세의 환급이 이루어지기 시작한 시점부터 소급하여 인정하지 않았다 하더라고 그것만으로 입법재량의 한계를 현저히 벗어난 불합리한 조항이라거나 평등의 원칙에 위반한 조항이라고 볼 수 없고, 이 사건 규정이 법인세할 주민세의 환부에 관한 기산점을 소급하여 인정하지 아니한 데에 합리적 이유가 있는 이상 재산권을 침해한다고도 볼 수 없다. 재판관 김영일의 반대의견 공평과세실현이라는 측면에서든 중소기업지원 등과 같은 조세정책 목적의 일관성있고 체계적인 추진이라는 측면에서든 소급공제에 의해 법인세를 환급받은 중소기업에 대해 법인세할 주민세도 환부해 줄 필요성은 청구인처럼 1997 사업연도에 결손금이 발생한 기업이나 위 사업연도 이후에 결손금이 발생한 여타의 중소기업이나 똑같이 인정되며, 이러한 점에서 양자는 본질적으로 다르지 않다. 또한 1997 사업연도에 결손금이 발생한 기업이든 위 사업연도 이후에 결손금이 발생한 기업이든 그 환부로 인해 조세행정이 복잡해지고 국가세입이 불안정해지는 등의 문제점이 야기될 수 있다는 점에서도 양자는 아무런 차이가 없다. 그런데 이 사건 규정을 통해 법인세할 주민세 환부규정의 적용시점을 제한하여 유독 1997 사업연도에 결손금이 발생한 기업만 결손금소급공제에 따른 주민세환부를 받을 수 없게 할 어떠한 불가피한 합리적 이유가 있다고는 인정되지 않는다. 그러므로 이 사건 규정은 입법자의 합리적 재량의 범위를 벗어난 자의적인 규정으로서 헌법 제11조 제1항 평등의 원칙에 위반된다 할 것이다.

법인세법상 대손금의 형태가 법적으로는 청구권이 소멸되지 않고 채무자의 자산상황, 지급능력 등에 비추어 회수불능이라는 회계적 인식을 한 경우에 불과하다면, 이는 채권 자체는 그대로 존재하고 있으므로, 법인이 회수불능이 명백하게 되어 대손이 발생하였다고 회계상의 처리를 하였을 때에 한하여 이것이 세무회계상 법인세법령에 따른 대손의 범위에 속하는지 여부를 가려 그 대손이 확정된 사업연도의 손금으로 산입할 수 있는 것이고(대법원 1992. 1. 21. 선고 91누1684 판결 등 참조), 보증채무를 이행한 보증인은 주채무자나 다른 연대보증인들에 대하여 그 변제금액에 상당한 구상채권을 취득하게 되므로, 그 보증채무의이행으로 곧바로 그 변제금액에 상당한 보증인의 자산을 감소시키는 손비가 발생하였다고는 볼 수는 없으며, 다만, 그 보증채무의 이행 당시 주채무자나 다른 연대보증인들이 이미 도산하여 그들에게는 집행할 재산이 없는 등 자력이 전혀 없어 보증인이 주채무자나 다른 연대보증인들에 대하여 그 변제금원에 대한 구상권을 행사할 수 없는 상태에 있었다면 보증인의 위 구상채권은 회수할 수 없는 채권으로서 보증인에게 귀속된 손비의 금액으로 보아 손금에 산입할 수 있다(대법원 1988. 3. 22. 선고 87누737 판결 참조).

구 국세기본법 제26조의2 제1항은 국세부과의 제척기간을 규정하면서 법인세의 경우 원칙적으로 이를 5년으로 정하고 있는바, 같은 조 제2항에서 위 제1항 소정의 제척기간이 만료된 경우에도 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 판결 또는 결정에 따른 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있음에 비추어 위 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667판결, 1996. 9. 24. 선고 96누68 판결 참조), 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하다고 보아야 하며, 과세제척기간이 만료되었다는 이유 때문에 그러한 처분이 불가능하거나 위법하다고 해석할 것은 아니다.

상속개시 당시 증권거래소에 상장되지 아니한 주식의 가액을 산출하기 위하여 당해 법인의 순자산가액을 계산함에 있어 그 법인의 재산평가가액에서 공제하여야 할 부채에 해당하는 ‘법인의 소득에 대한 법인세 등 세액’은 상속개시일까지 그 법인의 재산평가액에 포함되는 소득에 대하여 이미 부과되었거나 부과될 것이 확정적인 법인세 등을 의미한다(대법원 1998. 11. 27. 선고 96누16308 참조). 자산재평가법에 의한 고정자산의 재평가차액에 대하여는 법인세 등을 부과할 수 없고, 자산재평가법에 의하지 아니한 ‘자산의 임의평가증’의 경우에는 보험업법 기타 법률이 정하는 특별한 경우에만 법인세 소득계산상 익금에 산입할 수 있는 것이어서 결국 이 사건 자산의 평가차익에 대한 장래의 법인세 등은 부과될 것이 확정적인 것이라 할 수 없으며, 또한 법인의 청산가치 측면에서 보아 위와 같은 자산 평가차익이 장차 법인의 해산시에 청산소득을 구성한다고 하더라도 이 사건 상속개시 당시로서는 법인의 해산이라는 법률관계가 구체적으로 확정되지 아니하여 청산소득에 대한 법인세 등의 조세부담이 확정되었다 할 수 없으므로 결국 위 법인세 등을 구 상속세법시행령 제5조 제6항 제1호 (다)(라)목 소정의 재산평가가액에서 공제할 부채로 볼 수 없다.

법인세는 과세기간인 사업연도 개시와 더불어 과세요건이 생성되어 사업연도 종료시에 완성하고, 그 때 납세의무가 성립하며 그 확정절차도 과세기간 종료 후에 이루어지므로, 사업연도 진행 중 세법이 개정되었을 때에도 그 사업연도 종료시의 법에 의하여 과세 여부 및 납세의무의 범위가 결정된다 할 것이므로, 이 사건 계쟁토지가 비업무용부동산에 해당하는지 여부는 각 과세연도 별로 그 종료시의 법에 따라 판단하여야 할 것이다.

구 법인세법 제38조의2의 결손금소급공제는 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도로서 이 경우의 환급청구권은 납세자의 신청에 기하여 관할세무서장이 이월결손금의 발생 등 그 실체적 요건 및 절차적 요건의 충족 여부를 판단하여 환급세액을 결정함으로써 비로소 확정되므로 위 환급세액의 성질은 과오납의 성질을 가지는 것이라고 볼 수 없으며, 구 지방세법 제178조 제2항 소정의 법인세의 결정·경정이라 함은 납세의무자가 과세표준신고를 하지 않아 과세관청이 조사하여 결정하거나 과세표준신고는 하였지만 그 신고에 오류·탈루가 있어 이를 시정하여 결정하는 것을 말하므로, 결손금소급공제에 의한 환급세액의 결정은 구 지방세법 제178조 제2항의 결정·경정에 해당한다고 볼 수 없고, 그 후 지방세법의 개정에 의하여 결손금소급공제에 의한 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우가 법인세할 주민세의 환부 대상으로 추가되었다고 하더라도 이와 달리 볼 것은 아니다.

임대주택을 소정기간 이상 임대한 후 양도하는 경우에 개인에 대하여는 양도소득세를 감면하고, 법인에 대하여는 특별부가세만 감면함에 따라 양도소득에 대한 법인세를 납부하여야 하도록 규정한 것이 평등의 원칙에 위배되는지 여부(소극) 법인의 양도소득에 대하여 법인세가 과세되는 것은 본질적으로 개인과 법인 사이의 과세체계의 차이에서 비롯된 것으로서 개인의 양도소득에 대하여 과세를 할 것인지 여부와는 직접적인 관련이 없는 별개의 입법정책적인 문제이고, 이 사건 법률조항이 임대주택의 양도에 따른 양도소득에 대하여 개인의 경우에는 양도소득세를 감면하는 반면, 법인의 경우에는 특별부가세만을 감면하고 법인세는 감면하지 아니하는 것은 개인과 법인을 달리 취급하고 있는 과세체계에 근거한 당연한 결과라 할 것이며, 이를 가리켜 개인과 법인을 불합리하게 차별하는 것이라고 할 수 없다. 그리고 부동산투기의 억제라는 과세목적에 비추어 볼 때, 일반적으로 법인은 개인에 비하여 월등한 자금동원능력을 보유하고 있고 취득하는 토지의 규모도 크므로, 법인이 자금을 생산자본으로 사용하지 않고 토지를 투기적으로 취득할 경우에는 급격한 지가상승을 유발하고, 기업자금을 토지매입자금으로 사장시킴으로써 기업의 재무구조가 부실해지며, 기업경쟁력이 약화되는 결과를 초래하는 등 국민경제의 건전한 발전을 저해하게 될 것이며, 그러한 부정적 파급효는 개인에 비하여 훨씬 크다 할 것이므로, 법인이 조세우대조치를 악용하여 대규모의 부동산투기를 하는 등의 부정적인 행위를 하는 것을 억제하기 위한 공익적 필요에서도 법인에 대하여는 개인의 경우보다 조세감면의 혜택을 적게 하는 것이 상당하다. 그러므로 개인과 법인에 대하여 조세감면혜택을 부여함에 있어서 위와 같은 정도의 차별취급을 하는 것은 합리적 이유가 있다고 할 것이며, 이러한 조치가 조세감면의 혜택을 부여하는 입법을 함에 있어 입법자에게 주어지는 재량의 범위를 벗어났다고 볼 수 없다.