경유차 소유자에게 환경개선부담금을 부과하도록 한 환경개선비용 부담법은 헌법에 어긋나지 않는다는 헌법재판소 첫 결정이 나왔다. 헌재는 지난달 30일 A씨가 이같은 내용을 담은 환경개선비용 부담법 제9조 1항이 재산권 등을 침해한다며 낸 헌법소원 사건(2019헌바440)에서 재판관 전원일치 의견으로 합헌 결정했다. 이 조항은 '환경부장관은 경유를 연료로 사용하는 자동차의 소유자로부터 환경개선부담금을 부과·징수한다'는 내용이다. 헌재는 "환경개선부담금은 경유차 소비와 사용 자제를 유도하면서 징수된 부담금으로 환경개선을 위한 투자재원을 합리적으로 조달하는 것에 주된 목적이 있는 '원인자부담금'으로, 헌법 제35조 1항에 따라 국가에 부여된 환경보전이라는 헌법적 과제실현을 위한 것이므로 입법목적의 정당성이 인정된다"고 밝혔다. 또 "환경개선부담금 부과로 인한 경제적 부담이 경유차의 소유·운행을 직접 규제한다고 볼 수 있을 정도로 과도하다고 보기 어려운 반면 쾌적한 환경 조성이라는 공익은 경유차 소유자가 받는 불이익에 반해 작다고 할 수 없어 이 조항이 과잉금지 원칙을 위반해 청구인의 재산권을 침해한다고 볼 수 없다"고 설명했다. 아울러 "경유차가 초래하는 환경피해비용 또한 휘발유차에 비해 월등히 높은 것으로 연구되고 있어 환경개선부담금을 경유차 소유자에게만 부담시키는 것은 합리적인 이유가 있다"며 "평등원칙에도 위반되지 않는다"고 덧붙였다. 소형 경유 화물차 소유자인 A씨는 경남 창원시장이 환경개선부담금을 부과하자 행정소송을 냈다. A씨는 소송 중 위헌법률심판 제청을 해달라고 법원에 신청했지만 기각되자 헌법소원을 냈다.

부동산의 소유권이전 등기를 하지 않았더라도 매매 대금 거의 모두를 지급한 경우 부동산을 사실상 취득한 것으로 보고 부동산의 소유자나 양수인에게 취득세를 부과하도록 하는 지방세법 조항은 헌법에 어긋나지 않는다는 헌법재판소 첫 결정이 나왔다. 헌재는 A씨가 이 같은 내용을 담은 지방세법 제7조 2항이 위헌이라며 낸 헌법소원 사건(2019헌바107)에서 재판관 전원일치 의견으로 최근 합헌 결정했다. A씨는 2014년 3월 한국토지주택공사로부터 대전 유성구의 한 토지를 14억6555여원에 분양받기로 하는 매매계약을 체결했다. A씨는 2016년 5월 분양대금과 할부이자 합계액 중 일부인 14억6407만여원을 내 분양 잔대금은 448만여원으로 전체 분양대금 원금의 0.3%만 남았다. 그런데 A씨는 잔금 미납으로 토지에 대한 등기를 마치지 않은 상태에서 2018년 3월 제3자에게 토지 분양권을 14억5000만원에 양도하기로 하는 계약을 체결했다. 이에 대전 유성구청장은 A씨가 토지를 '사실상 취득'했다고 보고 2018년 4월 A씨에게 토지에 대한 취득세와 지방교육세, 농어촌특별세 등을 부과했다. A씨는 이에 불복해 소송을 제기했고 소송 진행 중 지방세법 조항에 대해 위헌법률심판제청을 신청했지만 기각되자 2019년 3월 헌법소원을 냈다. 헌재는 "취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착해 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로서 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착해 부과하는 것이 아니므로 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 한다"고 밝혔다. 이어 "사전적으로 '취득'이란 자기의 것으로 만들어 가짐을 의미하고 '사실상'이란 실제로 있었던 상태 또는 현재에 있는 상태를 의미한다"며 "심판대상 조항에서 말하는 부동산의 '사실상 취득'이라 함은 민법에 따른 등기를 하지 않았더라도 매매의 경우에 있어서는 그 대금 등의 지급을 마쳐 매수인이 언제든지 소유권을 취득해 부동산을 사용·수익할 수 있는 상태를 뜻한다"고 설명했다. 그러면서 "대법원도 이러한 전제 하에 매매의 경우에 있어 사실상 취득이란 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급됐다고 볼 만한 정도의 대금지급이 이행되었음을 뜻한다고 봐야 하고, 이와 같이 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 수 있는지 여부는 개별적·구체적 사안에 따라 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등 제반 사정을 종합적으로 판단해야 한다고 판시해, 심판대상 조항에 관한 구체적 해석의 지침을 제시하고 있다"며 "건전한 상식과 통상적인 법감정을 가진 일반인이라면 '부동산의 사실상 취득'이 무엇인지 예측하는 것이 곤란하다고 보기 어렵고 불명확한 개념이라고 보기 어려워 심판대상조항은 과세요건 명확주의에 위배된다고 볼 수 없다"고 판단했다. 아울러 "심판대상 조항에 의하더라도 양수인이 등기를 마치지 아니한 모든 경우가 아니라 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 수 있는 경우에만 취득세를 부과하므로 해당 조항이 과잉금지원칙에 반하여 재산권을 침해한다고 볼 수 없다"고 덧붙였다.

임차인이 약정한 보증금의 일부만 지급해 나머지 보증금을 받지 못했더라도 임대인은 원래 약정한 전체 보증금을 기준으로 부가가치세를 내도록 규정한 부가가치세법은 합헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 부동산 임대업자 A씨가 "실제로 받지 못한 임대차 보증금에까지 세금을 부과하는 것은 위헌"이라며 낸 헌법소원사건(2014헌바423)에서 최근 재판관 전원일치 의견으로 합헌 결정을 내렸다. A씨는 2011년 서울 강남구의 한 골프장을 보증금 20억원, 월세 1억원에 B씨에게 임대하는 계약을 체결했다가 세무서에 덜미를 잡혔다. 이듬해 중부지방국세청 개인통합조사에서 A씨가 보증금을 6억원으로 축소 신고한 사실이 적발됐기 때문이다. 이에 따라 서울 삼성세무서는 두 사람이 약정한 보증금 20억원을 과세표준으로 잡아 A씨에게 1800만원의 세금을 납부하라고 통보했다. 그러자 A씨는 약정된 보증금은 20억원이지만 B씨가 지급한 보증금은 10억원이 전부라며 자신이 실제 받은 10억원을 과세표준으로 세금이 부과돼야 한다며 소송을 제기했다. A씨는 재판 도중 법원에 과세의 근거가 된 옛 부가가치세법 제13조 1항 2호(현행 제29조 3항 2호)에 대한 위헌법률심판제청을 신청했지만 기각되자 헌법소원을 냈다. 이 법조항은 '금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가를 과세표준으로 한다'는 내용인데 '대가를 받는 경우'에 대가를 실제로 받은 경우뿐만 아니라 대가를 받기로 약정했지만 실제로는 받지 못한 경우도 포함되는지가 쟁점이 됐다. 헌재는 "부가가치세는 간접소비세로 재화나 용역의 공급이 완료되면 과세요건은 충족된 것으로 봐야 한다"며 "대금의 수령 여부 등은 문제되지 않는다"고 밝혔다. 이어 "대가를 받기로 약정해 그 공급에 대한 매출채권이 발생하면 '대가를 받는 경우'에 해당돼 부가가치세 납세의무를 부담하게 되는 것이고, 사후에 그 매출채권을 실제로 수령했는지 여부는 부가가치세 납세의무 성립에 아무런 영향을 미치지 못한다"고 설명했다. 헌재는 또 "대법원도 '대가를 받기로 하고 타인에게 용역을 공급한 이상 실제로 그 대가를 받았는지 여부는 부가가치세 납세의무의 성립 여부를 결정하는 데 아무런 영향을 미칠 수 없다'라고 일관되게 판시해 약정한 대가를 실제 받았는지 여부가 부가가치세의 과세요건이 아님을 명확히 하고 있다"며 "해당 조항의 의미를 '대가를 실제로 받은 경우' 뿐만 아니라, '대가를 받기로 약정했으나 실제로는 받지 못한 경우'도 포함하는 것이라고 확정하는 것이 어렵지 않으므로 과세요건 명확주의에도 위배되지 않는다"고 했다.

수정수입세금계산서의 발급 요건을 제한하고 있는 부가가치세법은 헌법에 위반되지 않는다는 헌법재판소의 결정이 나왔다. 관세청은 수입업자가 당초 신고·납부한 관세 및 부가세의 부족분이 발생할 경우 이를 추징·고지하면서 관할지 세관장을 통해 수정수입세금계산서를 발급해 왔으나, 지난 2013년 7월 부가가치세법 및 시행령이 개정되면서 발급 제한 사유가 신설됐다. 수정수입세금계산서가 발급되지 않으면 매입세액을 공제받지 못하고 납부한 부가세도 환급받지 못한다. 헌재는 A씨 등 2명이 부가가치세법 제35조 2항 2호 등이 헌법에 위반된다며 낸 헌법소원사건(2014헌바372 등)에서 최근 재판관 전원일치 의견으로 합헌 결정을 내렸다. 해당 조항은 세관의 과세표준 또는 세액결정 고지서를 받거나, 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위, 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위해 현지출장이나 확인 업무에 착수하는 행위 등이 있을 경우 수정수입세금계산서를 발급하지 않도록 규정하고 있다. A씨 등은 의류를 수입하면서 수입가격을 저가로 신고했다는 이유로 조사를 받고 인천세관장에게 부가가치세 수정신고를 한 다음 추가로 부가가치세 등을 납부했다. A씨는 추가로 납부한 부가가치세에 대해 인천세관장에게 수정수입세금계산서 발급을 신청했지만 인천세관장은 발급을 거부했다. 이에 A씨는 인천세관장을 상대로 수정수입세금계산서 발급 거부처분 취소소송을 제기했고, 재판 도중 법원에 관련 조항에 대한 위헌법률심판제정을 신청했다가 기각되자 2014년 8월 헌법소원을 냈다. 헌재는 "해당 조항은 납세의무자의 성실한 과세표준 신고를 유도하기 위한 것으로서 그 입법목적의 정당성이 인정된다"며 "수입자에게 수정수입세금계산서를 발급하지 않음으로써 매입세액 불공제라는 세제상의 불이익을 주는 것은 이러한 입법목적 달성을 위한 실효성 있는 제도적 장치라고 할 것이므로 수단의 적절성도 인정된다"고 밝혔다. 이어 "부가가치세법은 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유 없음을 증명하는 경우 등에는 여전히 수정수입세금계산서 발급이 가능하도록 규정하고 있어 수입자의 재산권 침해를 최소화하기 위한 합리적인 장치도 두고 있다"면서 "수정수입세금계산서를 일정한 요건 하에 발급하도록 함으로써 성실한 납세의무자와의 과세형평을 제고하고 성실한 납세신고를 유도하는 등 건전한 과세문화를 정착시키고자 하는 것이므로 해당 조항으로 달성하고자 하는 공익이 중대하다"고 설명했다.

공무원이 공금을 횡령해 징계를 받았을 때 횡령액의 5배 안에서 징계부가금을 부과하도록 한 것은 헌법에 위배되지 않는다는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 경기도 수원시 소속 공무원이었던 박모씨가 "횡령액의 5배의 징계부가금을 물도록 한 지방공무원법 제69조의2 제1항은 헌법에 위반된다"며 낸 헌법소원사건(2012헌바435)에서 재판관 6대 3의 의견으로 합헌결정했다. 재판부는 "공금 횡령은 공무원의 윤리를 훼손하고 공직기강에 나쁜 영향을 미치기 때문에 예방할 필요성이 높고, 징계부가금을 통해 횡령액 환수에도 효과적으로 대응할 수 있어 정당성이 인정된다"고 밝혔다. 또 "징계부가금은 지방자치단체가 사용자의 입장에서 공금횡령을 한 공무원에게 부과하는 행정상 제재일뿐 형벌인 처벌에 해당하지 않아 이중 처벌하는 것도 아니다"라고 덧붙였다. 반면 이정미·김이수·강일원 재판관은 반대의견을 내고 "횡령액이 클 때 공무원은 형벌, 당연퇴직, 퇴직급여와 퇴직수당의 감액, 변상 책임의 제재를 받게 된다"며 "징계부가금까지 부과하는 것은 지나치다"고 밝혔다. 박씨는 경기도 수원시 팔달구 소속 공무원으로 근무하면서 교통유발부담금 부과 업무를 담당했다. 납부 대상자들에게 자신이 관리하는 구청 명의 계좌로 교통유발부담금을 송금하면 정상적으로 납부된다고 거짓말을 해 돈을 가로채 사기죄로 징역 1년을 선고받고 파면을 당했다.

중소기업이 결손금 소급공제를 받았지만 이후 소급공제 대상이 아니라는 이유로 다시 반환하도록 규정하면서 법 시행 이전에 받은 소급공제도 반환하도록 한 법인세법 부칙은 위헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. A사는 2003년 7월 수원시 팔달구의 한 오피스텔 건물을 신축해 분양했고, 2007년 사업연도에 32억원이 넘는 결손이 발생했다. A사는 건설업을 주된 사업으로 하는 법인이라며 2008년 6월 법인세법 제72조1항 결손금 소급공제에 의한 환급을 신청해 수원세무서로부터 4억300만여원을 환급받았다. 하지만 수원세무서는 2009년 11월 A사가 건설업이 아닌 부동산 공급업을 주된 사업으로 하는 기업이라며 결손금 소급공제 대상인 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 A사가 환급받은 법인세액에 이자를 가산한 4억6700여만원을 징수하는 처분을 했다. A사는 수원지법에 징수처분 취소소송을 냈지만 패소했고, 항소심에서 위헌법률심판제청을 신청했지만 기각되자 2012년 3월 헌법소원을 냈다. A사는 결손금 소급공제에 의한 환급 규정을 법 시행 후 최초로 환급세액을 징수하는 분부터 적용하도록 한 법인세법 부칙 제9조가 위헌이라고 주장했다. 헌재는 24일 A사가 법인세법 부칙 제9조는 위헌이라며 낸 헌법소원사건(2012헌바105)에서 재판관 전원일치 의견으로 위헌 결정했다. 재판부는 "부칙은 개정 후 법인세법 시행 이전에 결손금 소급공제 대상이 아닌데도 법인세를 환급받은 법인에도 개정조항을 적용할 수 있도록 규정하고 있다"며 "이미 종결한 과세요건사실에 소급해 적용할 수 있도록 하는 것이어서 헌법에서 원칙적으로 금지하는 진정소급입법에 해당한다"고 밝혔다. 또 "법인세를 부당 환급받은 법인은 소급입법을 통해 이자를 포함한 조세채무를 부담할 것이라고 예상할 수 없었고, 환급세액과 이자상당액을 법인세로서 납부하지 않을 것이라는 신뢰는 보호할 필요가 있다"며 "진정소급입법을 허용할 수 있는 사정이 없어 소급입법 과세금지 원칙에 위반된다"고 지적했다.

구 조세감면규제법에 의해 700억원대의 세금을 물었던 ㈜GS칼텍스가 최근 대법원 판결을 취소해 달라며 헌법재판소에 재판소원을 내 대법원과 헌재에 긴장감이 고조되고 있다. 대법원은 헌재의 한정위헌 결정은 해석에 불과하므로 법원에 대한 기속력을 인정하지 않고 있으나, 헌재는 한정위헌 결정에 따르지 않은 대법원 판결을 취소한 전례가 있어 양 기관이 충돌을 피하기가 어려울 것으로 보인다. GS칼텍스(소송대리인 법무법인 태평양)는 지난달 16일 역삼세무서를 상대로 "헌재가 한정위헌 결정을 내린 법률이 적용된 법원 판결과 역삼세무서의 세금부과처분을 취소해 달라"며 헌법재판소에 헌법소원(2013헌마496)을 낸 것으로 확인됐다. 헌재는 사건을 접수해 헌법재판관 3명으로 구성된 지정재판부에서 사전심사를 한 뒤 전원재판부로 회부했다. GS칼텍스 측은 청구서를 통해 "조세부과처분이 정당하다고 본 법원 판결은 모두 위헌결정의 소급효가 미치며, 이 판결들은 헌재가 위헌임을 확인한 법률규정을 적용함으로써 기본권을 침해했으므로, 재심청구 기각판결과 마찬가지로 헌법소원심판의 대상이 되는 공권력의 행사에 해당한다"고 밝혔다. 또 "헌재는 법원의 재판을 거쳐 확정된 행정처분이라고 하더라도 그 행정처분을 심판의 대상으로 삼았던 법원의 재판이 예외적으로 헌법소원심판의 대상이 돼 재판 자체가 취소되는 경우에는 헌법소원심판대상으로 인정하고 있다"며 "재심청구기각판결에 대한 상고심이라는 구제절차가 남아있기는 하지만, 한정위헌결정은 재심사유가 될 수 없다는 대법원 판례의 입장이 확고해 상고심에서 권리구제가 이뤄질 가능성이 없으므로 다른 법률에 의한 권리구제절차가 없는 경우에 해당한다"고 설명했다. GS칼텍스는 헌재의 한정위헌 결정 이후 서울고법에 재심을 청구했으나, 지난 6월 기각되자 대법원에 일단 재항고한 상태다. 대법원과 헌재는 1997년 12월에도 한정위헌 결정의 효력을 둘러싸고 갈등을 빚었다. 당시 헌재는 양도소득세의 과세기준에 대한 구 소득세법 사건에서 사법사상 처음으로 위헌인 법령을 근거로 재판을 했다는 이유로 대법원 판결을 취소했다(96헌마172). 이 사건은 과세관청이 헌재결정 취지에 따라 세금부과를 취소하면서 사건은 일단락됐다. 하지만 다수의 법조인들은 액수가 수천만원 대였던 과거와는 달리 이번에는 천문학적인 액수이기 때문에 과세관청이 세금부과처분을 취소하는 식으로 사건이 종결되는 것은 어려울 것으로 전망하고 있다. 헌재가 구 조세감면규제법 관련 조항에 대해 한정위헌결정을 내린 지난해 6월 당시 재판관 가운데 박한철(60·사법연수원 13기) 소장과 이정미(51·16기) 재판관을 제외한 7명의 재판관 대부분이 법관 출신으로 교체된 점이 어떤 영향을 미칠지도 주목된다.

국세 납세 고지서 발송일 후에 설정된 피담보채권에 우선해 국세를 징수할 수 있도록 한 법률은 합헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 지난달 23일 아파트 전세권자 배모씨가 국세기본법 제35조1항에 대해 낸 헌법소원사건(☞2011헌바97)에서 재판관 전원일치 의견으로 합헌결정을 내렸다. 헌재는 "조세채권과 피담보채권과의 우열을 가리는 기준시점을 납세고지서 발송일보다 이후의 시점으로 한다면 납세의무자의 허위 담보권 설정 등을 통해 국세징수가 불가능 또는 곤란해질 우려가 있다"며 "허위채권에 기한 담보권 설정으로 조세채무를 회피하는 악용사례를 방지하기 위해서도 납세의무 확정일 이후인 납세고지서 발송일 이후에는 조세채권을 우선적으로 보호하는 것이 필요하다"고 밝혔다. 헌재는 "담보권을 체결하려고 하는 자는 상대방인 납세의무자에게 납세증명서 등을 발급받아줄 것을 요청하거나 납세의무자로부터 증명발급 위임을 받아 상대방의 조세채무의 존부와 범위를 확인할 수 있으므로 담보권자의 예측가능성은 어느 정도 보장되고 있다"고 덧붙였다. 배씨는 2007년 9월 충남 태안읍의 전모씨의 소유 아파트에 전세권 설정등기를 마치고 거주해왔다. 전씨는 앞서 2005년 사업소득세와 종합소득세 등 신고를 누락했고, 충남 세무서는 세액을 고쳐 2007년 2월부터 6월까지 전씨에게 고지했다. 이후 전씨의 아파트에 근저당권을 가지고 있던 농협이 경매 신청을 하자 경매법원은 국가 조세채권의 법정기일이 전세권설정등기일보다 앞서는 것으로 배당표를 작성, 배씨를 배당에서 제외했다. 전씨는 배당이의의 소를 냈으나 1심에서 패소하자 항소하면서 지난해 5월 헌법소원을 제기했다.

농지 소재지에 실제 거주하지 않거나 농지를 직접 경작하지 않으면 매도할 때 비사업용 토지로 봐 60%의 양도소득세를 물게한 소득세법 규정은 합헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 26일 오모씨가 구 소득세법 제104조 등에 대해 낸 헌법소원사건(2011헌바357)에서 재판관 전원일치 의견으로 합헌결정을 내렸다. 헌재는 결정문에서 "소득세법은 농지 소유자가 일정 기간 동안 농지 소재지에 거주하지 않거나 자기가 경작하지 않는 농지를 비사업용 토지로 규정해 양도소득세를 중과세함으로써 농지에 대한 투기 억제를 목적으로 하고 있다"며 "국토의 효율적이고 균형있는 이용·개발과 보전을 위해 필요한 제한과 의무를 부과할 수 있다는 헌법 제122조와 경자유전의 원칙과 소작제도 금지를 규정한 헌법 제121조1항에 근거를 둔 것으로 입법목적의 정당성이 인정된다"고 밝혔다. 이어 "세율의 적정성은 입법목적의 정당성과 수단 내지 방법의 적절성이 인정된다면 입법자의 판단을 존중해 재산권의 과도한 침해를 야기하는 사유가 없는 한 위헌이라고 볼 수는 없다"며 "구 소득세법에서는 부동산 투기 억제를 위해 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에게도 60%의 세율을 적용하고 미등기 양도자산의 경우에는 이보다 높은 70%의 세율을 적용하고 있으므로 다른 조항들과 비교할 때 입법자가 설정한 60%의 세율은 이를 존중할 필요가 있다"고 설명했다. 오씨는 양주시 회천읍의 농지 3200여㎡를 소유하고 있다가 2007년 11월 한국토지공사에 21억여원에 매도했다. 다음해 한씨는 자경농지를 매도했다며 의정부세서에 양도소득세 3억여원을 냈지만 세무서는 한씨가 거주·경작한 적이 없다며 60%의 세율을 적용해 양도소득세 7억1000여만원을 추가로 부과했다. 한씨는 양도소득세취소송을 낸 후 위헌법률심판을 제청했으나 기각되자 헌법소원을 냈다.

구 조세감면규제법 부칙 제23조가 유효한지를 두고 헌법재판소와 대법원이 갈등을 빚고 있는 가운데 헌재가 다시 대법원 판결이 잘못됐다는 점을 인정하는 결정을 내려 파장이 커지고 있다. 헌재는 지난달 26일 (주)KSS해운과 (주)교보생명이 기업이 상장을 취소하면 그동안 받은 세제혜택을 반환하게 하는 근거조항인 구 조세감면규제법 부칙 등에 대해 낸 헌법소원사건(2009헌바35, 2009헌바82)에서 재판관 전원일치 의견으로 한정위헌 결정을 내렸다. 헌재는 지난 5월 GS칼텍스가 낸 헌법소원사건(2009헌바123)에서 이 법조항에 대해 처음으로 한정위헌 결정을 내렸다. 헌재는 결정문에서 "구 조세감면규제법 부칙조항에 대해서는 이미 전면개정법의 시행에도 불구하고 구법 부칙이 실효되지 않는 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반된다고 선고한 바가 있어 이번 사건에서도 같은 취지로 위헌임을 확인한다"며 "법률이 전부 개정된 경우에는 종전의 본칙은 물론 부칙규정도 모두 소멸하는 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효된다"고 밝혔다. 이어 "구 조세감면규제법 부칙조항은 법인세의 과세요건을 설정하는 근거조항이므로 조세법률주의 원칙상 엄격한 해석이 요구된다"며 "부칙조항이 실효되지 않는 것으로 해석하는 것은 헌법상 권력분립의 원칙과 조세법률주의의 원칙에 위배된다"고 설명했다. 2004년 교보생명과 KSS해운은 주식 상장을 전제로 법인세를 신고했으나 주식상장을 하지 못해 과세당국으로부터 구 조세감면규제법 부칙을 근거로 747억여원과 52억여원의 법인세를 부과받아 각각 소송과 헌법소원을 냈다. GS칼텍스가 부과받은 세금은 707억여원이다. 이로써 구 조세감면규제법 부칙조항 효력 유무에 따라 환급 여부가 결정될 세액은 총 1500억여원에 이르게 됐다. 지난해 4월 KSS해운이 낸 법인세 취소소송에서 대법원은 "부칙조항이 유효하지 않은 것으로 본다면 상장 기한 내에 상장을 하지 않거나 자산재평가를 취소한 법인을 그렇지 않은 법인에 비해 합리적 이유 없이 우대하는 결과에 이른다"며 과세당국의 손을 들어줬다. 교보생명의 대법원 상고심은 아직 선고가 나지 않았다. 앞서 GS칼텍스사는 헌재의 한정위헌결정이 내려지자 지난달 22일 서울고법에 법인세 등 707억원을 돌려달라는 재심을 청구했다(2012재누110). 하지만 대법원은 헌재의 한정위헌 결정은 위헌이나 헌법불합치 결정과는 달리 기속력을 인정하지 않는 입장이어서 법원이 재심을 받아들일지는 불투명하다. 만약 재심청구가 기각되고 GS칼텍스가 법원 판결을 취소해달라며 재판소원을 내면 대법원과 헌재가 정면 충돌하는 상황이 발생할 수도 있다. 지난달 11일 김능환 대법관은 퇴임식에서 "헌법재판소법은 법원의 재판을 헌법소원 대상에서 명시적으로 제외하고 있다"며 헌재 결정을 비판했다.