한·몰타 조세조약 제1조는 이 협약은 일방 또는 양 체약국의 거주자인 인에게 적용한다고 규정하고, 제10조 제1항은 일방체약국의 거주자인 법인이 타방체약국의 거주자에게 지급하는 배당에 대하여는 동 타방체약국에서 과세할 수 있다고 규정하고, 제2항은 그러한 배당에 대하여는 배당을 지급하는 법인이 거주자인 체약국에서도 동 체약국의 법에 따라 과세할 수 있되, 다만 한국의 거주자인 법인이 배당의 수익적 소유자(Beneficial Owner)인 몰타의 거주자에게 배당을 지급하는 경우 그렇게 부과되는 조세는 수익적 소유자가 배당을 지급하는 회사 자본금의 최소한 25퍼센트를 직접 소유하는 회사(조합을 제외)인 경우 배당총액의 5퍼센트(a호), 기타의 경우 배당총액의 15퍼센트(b호)를 초과할 수 없다고 규정하고 있다.
한편 국세기본법 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이다. 소득이 실질적으로 귀속된다는 것은 그 소득에 대하여 독립적으로 완전한 지배·통제권을 가지고 소득을 사용·수익·처분할 수 있음을 의미한다. 따라서 재산의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다. 그리고 그 경우에 해당하는지 여부는 당해 주식이나 지분의 취득 경위와 목적, 취득자금의 출처, 그 관리와 처분 과정, 귀속명의자의 능력과 그에 대한 지배관계 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하고(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조), 이러한 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두11948 판결 등 참조).
따라서 한·몰타 조세조약에 직접 정의되어 있지 아니한 조세조약상 수익적 소유자의 의미는 조세조약의 목적인 이중과세 방지 또는 조세회피 방지의 취지에 부합하고 조약의 문언에 배치되지 않는 범위 내에서 해석상의 제약을 가할 필요가 있다고 할 것이므로, 이 사건 배당소득을 수령함에 있어 원천지국의 소득을 수령하는 자가 타방체약국의 거주자라는 것으로는 부족하고, 그 해당 거래의 법률상·계약상 명의나 형식에 불구하고 실질적·경제적으로 당해 배당소득을 지배·관리·처분하는 자이여야 하고, 귀속명의자가 독자적으로 사업을 할 능력이 없어야만 하는 것은 아니고 그러한 능력이 있다 하더라도 배당소득과의 관계에서 귀속명의자가 이를 지배·관리할 의사나 능력이 없고 그 배후에 실질적으로 이를 지배 관리하는 자가 따로 있는 경우에는 그 배후에 있는자를 수익적 소유자로 볼 수 있다.
모회사인 TEC US 또는 TE가 TE Malta를 통해 원고의 조직변경, 유상감자, 이 사건 배당금의 지급 등 원고의 주주로서의 실질적 권한을 모두 행사하였고, TE Malta는 형식상 역할만을 수행하였을 뿐이며, 이러한 형식과 실질의 괴리는 오로지 한·몰타 조세조약의 제한세율을 적용받기 위한 조세회피의 목적에서 비롯되었으므로, 실질과세의 원칙에 의하여 이 사건 배당소득의 실질적 귀속자를 TE Malta라고는 볼 수 없다는 이유로, 피고의 과세처분이 적법하다.
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