1. 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법(이하 ‘제주특별법’이라 한다) 제292조 제1항은, 도지사는 도의회의 동의를 얻어 한라산·기생화산·계곡·하천·호소·폭포·도서·해안·연안·용암동굴 등으로서 자연경관이 뛰어난 지역(제1호), 수자원 및 문화재의 보존을 위하여 필요한 지역(제2호), 야생동물의 서식지 또는 도래지(제3호), 자연림지역으로서 생태학적으로 중요한 지역(제4호), 그 밖에 자연환경의 보전을 위하여 도조례로 정하는 지역(제5호) 중 어느 하나에 해당하는 지역을 자연환경의 고유한 특성을 보호하기 위한 지역(이하 ‘절대보전지역’이라 한다)으로 지정·변경할 수 있다고 규정하고 있는바, 위 규정의 형식 및 문언에 의하면, 도지사의 절대보전지역 지정 및 변경행위는 재량행위로 봄이 상당하다. 한편, 제주특별자치도 보전지역 관리에 관한 조례 제3조 제1항에 의하면, 도지사가 제주특별법 제292조부터 제294조까지의 규정에 따라 보전지역·지구 등을 지정(변경을 포함한다)하고자 하는 때에는 주민의견을 들어야 하나, 보전지역·지구등의 면적의 축소(제1호), 보전지역·지구등의 면적의 100분의 10 이내의 확대(제2호) 등 경미한 사항의 변경의 경우에는 그러하지 아니하므로, 도지사가 절대보전지역의 면적을 축소하는 경우에는 주민의견 청취절차를 거칠 필요가 없다. ☞ 절대보전지역의 지정 및 변경이 도지사의 재량행위에 해당한다는 것을 전제로 하여, 이 사건 절대보전지역변경(축소)결정은 절대보전지역 중 이 사건 사업부지에 속한 105,295㎡를 해제하여 절대보전지역의 범위를 축소하는 것이어서 주민의견 청취절차가 필요 없고, 도지사가 관계 법령의 범위 내에서 도의회의 동의를 얻어 정책상의 전문적·기술적 판단을 기초로 재량권의 범위 내에서 행한 것이어서 적법하다는 원심의 판단을 정당하다고 본 사안 2. 비록 사전환경성검토 단계에서 사업입지 관련 대안을 자세히 검토하지 않았고, 계획 적정성에 관한 내용이 누락되었으며, 환경영향평가단계에서 멸종위기종의 존재를 누락하는 등 환경영향평가에 다소 미흡한 부분이 있었다고 하더라도, 그 부실의 정도가 환경영향평가제도를 둔 입법 취지를 달성할 수 없을 만큼 심하여 환경영향평가를 하지 아니한 것과 다를 바 없는 정도라고 할 수는 없다는 원심의 판단을 정당하다고 본 사안 3. 구 환경정책기본법(2010. 2. 4. 법률 제10032호로 개정되기 전의 것, 이하 같다), 구 환경정책기본법 시행령(2009. 7. 7. 대통령령 제21621호로 개정되기 전의 것, 이하 같다), 환경영향평가법, 구 환경영향평가법 시행령, 구 국방사업법, 구 국방·군사시설 사업에 관한 법률 시행령(2012. 1. 25. 대통령령 제23529호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국방사업법 시행령’이라 한다)의 내용과 체제에 비추어 보면, 구 환경정책기본법령 및 환경영향평가법령은 사전환경성검토와 환경영향평가가 갖는 각각의 고유한 목적과 기능, 구 국방사업법 제4조에 따른 국방·군사시설사업에 대한 실시계획 승인의 법적 성격 등을 고려하여, 구 국방사업법상 국방·군사시설사업에 대하여 실시계획 승인처분 전에 사전환경성검토와 환경영향평가를 모두 거칠 것을 요구하는 것이 아니라, 그 법적 성격이 사업지역의 지정 단계에 불과한 실시계획 승인 전에는 구 환경정책기본법에 따라 환경측면의 적정성 및 입지의 타당성을 검토하는 사전환경성검토를, 구 건설기술관리법(2009. 12. 29. 법률 제9848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다), 구 건설기술관리법 시행령상 기본설계의 승인 전에는 환경영향평가법에 따라 환경보전방안을 강구하는 환경영향평가를 각각 거치도록 규정한 것으로 해석하는 것이 합리적이다. 환경영향평가법 제16조가 환경영향평가서의 제출 시한을 사업계획 등에 대한 ‘승인등을 받기 전’이라고 규정하면서 그 구체적인 시기를 대통령령에 위임하고 있는 취지는 환경영향평가의 결과를 반영하여야 할 세부적인 계획이 승인등에 의해 확정되기 전에 환경영향평가서를 제출하게 하되 다양한 대상사업의 개별적 특성 및 그 진행과정을 고려하여 가장 적절한 제출시기를 대통령령에 위임한 것으로 해석되므로, 승인‘등’에는 ‘승인·인가·허가·면허 또는 결정’과 같은 승인기관의 구체적 사실에 관한 법집행행위로서의 행정처분뿐만 아니라 환경영향평가의 취지를 달성하는 데 적합한 환경영향평가 대상사업의 진행과정 중 이에 준하는 절차도 포함된다고 할 것이다. 그런데, 구 건설기술관리법 제5조, 구 건설기술관리법 시행령 제20조, ‘특별건설기술심의위원회 운영 및 시공 등 평가 훈령’(국방부훈령 제1042호)에 따라 군사시설공사 중 군사기밀에 관련된 건설공사에 관한 설계사항을 심의하기 위하여 국방부에 특별건설기술심의위원회가 설치되어 있어, 기본설계를 비롯한 설계 및 시공에 관한 사항에 대하여는 위 위원회의 심의·의결을 거쳐야 한다. 그렇다면 기본설계에 관한 위 위원회의 의결 내지는 이를 거쳐 정하여지는 기본설계절차 등은 위와 같은 승인등에 준하는 절차로서 구 환경영향평가법 시행령 제23조 [별표 1] 제16호 (가)목에서 정한 ‘기본설계의 승인’으로 볼 수 있다. 따라서 이 사건 시행령규정의 ‘기본설계의 승인 전’은 구 건설기술관리법 시행령 제38조의9 소정의 ‘기본설계의 승인 전’을 의미하는 것으로 해석하여야지 이를 구 국방사업법상 ‘실시계획’의 승인 전을 의미하는 것으로 해석할 것은 아니다. ☞ 위 다수의견에 대하여, 구 국방사업법에 따른 국방·군사시설사업의 경우 환경영향평가법 제16조 제1항의 ‘사업계획 등에 대한 승인등’은 구 국방사업법 제4조 제1항의 ‘실시계획의 승인’을 의미한다고 보아야 하므로 구 국방사업법에 따른 국방·군사시설사업의 경우 환경영향평가서 제출시기를 실시계획의 승인 이후인 ‘기본설계의 승인 전’으로 규정한 이 사건 시행령규정은 무효이고, 무효인 이 사건 시행령규정에 따라 행해진 이 사건 승인처분은 그 하자가 중대하고 명백하여 무효라 할 것이어서, 이 사건 승인처분 전에 환경영향평가를 거치지 아니한 하자가 중대·명백하여 승인처분이 무효라고 본 원심의 판단은 결과적으로 정당하다는 대법관 전수안, 대법관 이상훈의 반대의견이 있음