원고는 2000년 4월 18일 부동산임대업 사업자등록을 하고, 자신 소유의 토지 위에 건물을 신축하여 2000년 11월 10일 소유권보존등기를 마친 다음, 여관업을 하는 ○○○에게 건물을 임대하였다. 원고는 2011년 8월 5일 □□□과 사이에 이 사건 토지 및 건물을 대금 13억6000만원에 매도하기로 하는 계약을 체결하고, 2011년 9월 30일 □□□ 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다. 원고는 이 사건 양도를 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제6항 제2호, 같은 법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항에서 정한 '사업의 양도'로 보아 세금계산서를 발행하지 않았고, 이후 2011년 제2기 부가가치세 신고 시 이 사건 양도대금을 매출액에 포함시키지 않았다. 피고인 서대구세무서는 원고에 대한 조사 결과, 이 사건 건물의 양도가 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당한다고 보아 2013년 10월 22일 원고에게 2011년 제2기 부가가치세 1억1000여만원을 과세하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였고, 이에 원고는 2013년 11월 1일 과세전 적부심사를 청구하였으나, 피고는 2013년 11월 25일 불채택결정을 하였다. 그리고 피고는 2013년 12월 2일 원고에 대하여 2011년 제2기 부가가치세 1억1000여만원을 경정·고지하였다. 원고는 이에 불복하여 2013년 12월 26일 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2014년 5월 29일 청구기각 결정을 하였다.
구 부가가치세법 제6조 제6항 제2호, 구 부가가치세법 시행령 제17조 제2항은 사업을 양도하는 것으로서 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 여기서 말하는 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 뜻한다고 할 것이므로, 그 사업은 인적ㆍ물적 시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이어야 하고, 양도대상이 단순한 물적 시설이 아니라 이러한 유기적 결합체라는 사실은 부가가치세에 있어서 과세 장해 사유로서 그에 대한 입증책임은 납세의무자가 진다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누12778 판결, 대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결, 대법원 2007. 11. 29. 선고 2005두17294 판결 등 참조). 그러므로 이 사건 양도가 사업의 양도에 해당하는지에 관하여 보건대, 원고가 □□□에게 포괄적 사업의 양도로서 이 사건 토지 및 건물을 양도하였다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 원고는 □□□에게 이 사건 토지 및 건물을 양도하면서 매매계약서만을 작성하였을 뿐 사업포괄양도양수계약서를 별도로 작성하지 아니하였고, 이 사건 매매계약서에는 매매목적물, 매매대금, 대급지급기일 등 부동산 매매거래에 있어 통상적으로 기재되는 내용만이 있을 뿐 □□□이 원고의 사업을 포괄적으로 양수하거나 사업과 관련된 채권채무를 양수하는 등의 내용은 전혀 없다. 다만 이 사건 매매계약서의 특약사항란에 '부가가치세 문제는 포괄양도양수로 계약하기로 한다'라고 기재되어 있으나, 재화의 공급으로 보지 않는 '사업의 양도'에 해당하는지는 객관적 요건의 충족 여부에 따라 판단할 문제이지, 부가가치세 문제 시 사업양도로 본다는 당사자의 약정으로 사업의 양도에 해당하게 되는 것이 아니다. 원고가 □□□과 사이에 이 사건 매매계약을 체결하면서 사업양도양수의 대가나 원고가 영위하던 부동산임대업과 관련된 자산·부채의 평가나 영업권의 평가가 있었다거나 대고객관계·사업상 비밀·경영조직 등의 이전이 있었다고 볼 아무런 증거가 없다. 원고는 부동산임대업 사업자등록을 마치고 이 사건 건물을 이용하여 부동산 임대업을 하였고, 이 사건 양도 이후 □□□은 사업장소재지를 이 사건 건물로 하는 숙박업 사업자등록을 마치고 숙박업을 하였는바, 원고는 부동산임대업에 제공되던 이 사건 토지 및 건물을 특정하여 양도의 대상으로 삼은 것에 불과하므로, 이 사건 양도 전후에 사업의 동일성이 유지되었다고 볼 수 없다. 그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.